Fixed a bug in perl scripts for printing error messages
-rw-r--r-- 423 .gitignore
-rw-r--r-- 383 AlignerRefSeqPolicy.h
-rw-r--r-- 6589 BamConverter.h
-rw-r--r-- 5489 BamWriter.h
-rw-r--r-- 1945 Buffer.h
-rw-r--r-- 35147 COPYING
drwxr-xr-x - EBSeq
-rw-r--r-- 22144 EM.cpp
-rw-r--r-- 78 FOR_CYGWIN_USERS
-rw-r--r-- 3868 GTFItem.h
-rw-r--r-- 12039 Gibbs.cpp
-rw-r--r-- 1086 GroupInfo.h
-rw-r--r-- 2617 HitContainer.h
-rw-r--r-- 618 HitWrapper.h
-rw-r--r-- 6840 LenDist.h
-rw-r--r-- 75 Model.h
-rw-r--r-- 737 ModelParams.h
-rw-r--r-- 3165 NoiseProfile.h
-rw-r--r-- 4149 NoiseQProfile.h
-rw-r--r-- 753 Orientation.h
-rw-r--r-- 686 PairedEndHit.h
-rw-r--r-- 12320 PairedEndModel.h
-rw-r--r-- 13147 PairedEndQModel.h
-rw-r--r-- 1831 PairedEndRead.h
-rw-r--r-- 1876 PairedEndReadQ.h
-rw-r--r-- 1312 PolyARules.h
-rw-r--r-- 5331 Profile.h
-rw-r--r-- 5252 QProfile.h
-rw-r--r-- 3293 QualDist.h
-rw-r--r-- 16894 README.md
-rw-r--r-- 4358 RSPD.h
-rw-r--r-- 722 Read.h
-rw-r--r-- 1275 ReadIndex.h
-rw-r--r-- 2781 ReadReader.h
-rw-r--r-- 3423 RefSeq.h
-rw-r--r-- 457 RefSeqPolicy.h
-rw-r--r-- 4252 Refs.h
-rw-r--r-- 9945 SamParser.h
-rw-r--r-- 1009 SingleHit.h
-rw-r--r-- 14514 SingleModel.h
-rw-r--r-- 15262 SingleQModel.h
-rw-r--r-- 2460 SingleRead.h
-rw-r--r-- 2675 SingleReadQ.h
-rw-r--r-- 3603 Transcript.h
-rw-r--r-- 2813 Transcripts.h
-rw-r--r-- 3470 WHAT_IS_NEW
-rw-r--r-- 511 bam2readdepth.cpp
-rw-r--r-- 1163 bam2wig.cpp
-rw-r--r-- 2805 bc_aux.h
drwxr-xr-x - boost
-rw-r--r-- 1766 buildReadIndex.cpp
-rw-r--r-- 11622 calcCI.cpp
-rw-r--r-- 3509 calcClusteringInfo.cpp
-rwxr-xr-x 4541 convert-sam-for-rsem
-rwxr-xr-x 747 extract-transcript-to-gene-map-from-trinity
-rw-r--r-- 8153 extractRef.cpp
-rw-r--r-- 1402 getUnique.cpp
-rw-r--r-- 6332 makefile
-rw-r--r-- 3487 my_assert.h
-rw-r--r-- 5629 parseIt.cpp
-rw-r--r-- 2510 preRef.cpp
-rwxr-xr-x 30138 rsem-calculate-expression
-rwxr-xr-x 472 rsem-for-ebseq-generate-ngvector-from-clustering-info
-rwxr-xr-x 1054 rsem-form-counts-matrix
-rwxr-xr-x 3640 rsem-gen-transcript-plots
-rwxr-xr-x 3740 rsem-generate-ngvector
-rwxr-xr-x 4880 rsem-plot-model
-rwxr-xr-x 5273 rsem-plot-transcript-wiggles
-rwxr-xr-x 9392 rsem-prepare-reference
drwxr-xr-x - sam
-rw-r--r-- 3562 samValidator.cpp
-rw-r--r-- 1185 sam_rsem_aux.h
-rw-r--r-- 2196 sam_rsem_cvt.h
-rw-r--r-- 1318 sampling.h
-rw-r--r-- 4236 scanForPairedEndReads.cpp
-rw-r--r-- 784 simul.h
-rw-r--r-- 6532 simulation.cpp
-rw-r--r-- 4373 synthesisRef.cpp
-rw-r--r-- 648 tbam2gbam.cpp
-rw-r--r-- 3733 utils.h
-rw-r--r-- 4006 wiggle.cpp
-rw-r--r-- 1009 wiggle.h