makefile

   1 CC = g++
   2 CFLAGS = -Wall -c -I.
   3 COFLAGS = -Wall -O3 -ffast-math -c -I.
   4 PROGRAMS = rsem-extract-reference-transcripts rsem-synthesis-reference-transcripts rsem-preref rsem-parse-alignments rsem-build-read-index rsem-run-em rsem-tbam2gbam rsem-run-gibbs rsem-calculate-credibility-intervals rsem-simulate-reads rsem-bam2wig rsem-get-unique rsem-bam2readdepth rsem-sam-validator rsem-scan-for-paired-end-reads rsem-for-ebseq-calculate-clustering-info
   5
   6
   7 all : $(PROGRAMS)
   8
   9 sam/libbam.a :
  10         cd sam ; ${MAKE} all
  11
  12 Transcript.h : utils.h
  13
  14 Transcripts.h : my_assert.h Transcript.h
  15
  16 rsem-extract-reference-transcripts : utils.h GTFItem.h Transcript.h Transcripts.h extractRef.cpp
  17         $(CC) -Wall -O3 extractRef.cpp -o rsem-extract-reference-transcripts
  18
  19 rsem-synthesis-reference-transcripts : utils.h Transcript.h Transcripts.h synthesisRef.cpp
  20         $(CC) -Wall -O3 synthesisRef.cpp -o rsem-synthesis-reference-transcripts
  21
  22 BowtieRefSeqPolicy.h : RefSeqPolicy.h
  23
  24 RefSeq.h : utils.h
  25
  26 Refs.h : utils.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h
  27
  28
  29 rsem-preref : preRef.o
  30         $(CC) preRef.o -o rsem-preref
  31
  32 preRef.o : utils.h RefSeq.h Refs.h PolyARules.h RefSeqPolicy.h AlignerRefSeqPolicy.h preRef.cpp
  33         $(CC) $(COFLAGS) preRef.cpp
  34
  35
  36 SingleRead.h : Read.h
  37
  38 SingleReadQ.h : Read.h
  39
  40 PairedEndRead.h : Read.h SingleRead.h
  41
  42 PairedEndReadQ.h : Read.h SingleReadQ.h
  43
  44
  45 PairedEndHit.h : SingleHit.h
  46
  47 HitContainer.h : GroupInfo.h
  48
  49
  50 SamParser.h : sam/sam.h sam/bam.h utils.h my_assert.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h Transcripts.h
  51
  52
  53 rsem-parse-alignments : parseIt.o sam/libbam.a
  54         $(CC) -o rsem-parse-alignments parseIt.o sam/libbam.a -lz
  55
  56 parseIt.o : utils.h GroupInfo.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h HitContainer.h SamParser.h Transcripts.h sam/sam.h sam/bam.h parseIt.cpp
  57         $(CC) -Wall -O2 -c -I. parseIt.cpp
  58
  59
  60 rsem-build-read-index : utils.h buildReadIndex.cpp
  61         $(CC) -O3 buildReadIndex.cpp -o rsem-build-read-index
  62
  63
  64 simul.h : boost/random.hpp
  65
  66 ReadReader.h : SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h ReadIndex.h
  67
  68 SingleModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h Profile.h NoiseProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleRead.h SingleHit.h ReadReader.h simul.h
  69
  70 SingleQModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleReadQ.h SingleHit.h ReadReader.h simul.h
  71
  72 PairedEndModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h Profile.h NoiseProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleRead.h PairedEndRead.h PairedEndHit.h ReadReader.h simul.h
  73
  74 PairedEndQModel.h : utils.h my_assert.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h Refs.h SingleReadQ.h PairedEndReadQ.h PairedEndHit.h ReadReader.h simul.h
  75
  76 HitWrapper.h : HitContainer.h
  77
  78 sam_rsem_aux.h : sam/bam.h
  79
  80 sam_rsem_cvt.h : sam/bam.h Transcript.h Transcripts.h
  81
  82 BamWriter.h : sam/sam.h sam/bam.h sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h SingleHit.h PairedEndHit.h HitWrapper.h Transcript.h Transcripts.h
  83
  84 sampling.h : boost/random.hpp
  85
  86 rsem-run-em : EM.o sam/libbam.a
  87         $(CC) -o rsem-run-em EM.o sam/libbam.a -lz -lpthread
  88
  89 EM.o : utils.h my_assert.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h SingleHit.h PairedEndHit.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h Refs.h GroupInfo.h HitContainer.h ReadIndex.h ReadReader.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h ModelParams.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Profile.h NoiseProfile.h Transcript.h Transcripts.h HitWrapper.h BamWriter.h sam/bam.h sam/sam.h simul.h sam_rsem_aux.h sampling.h boost/random.hpp EM.cpp
  90         $(CC) $(COFLAGS) EM.cpp
  91
  92 bc_aux.h : sam/bam.h
  93
  94 BamConverter.h : utils.h my_assert.h sam/sam.h sam/bam.h sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h bc_aux.h Transcript.h Transcripts.h
  95
  96 rsem-tbam2gbam : utils.h Transcripts.h Transcript.h bc_aux.h BamConverter.h sam/sam.h sam/bam.h sam/libbam.a sam_rsem_aux.h sam_rsem_cvt.h tbam2gbam.cpp sam/libbam.a
  97         $(CC) -O3 -Wall tbam2gbam.cpp sam/libbam.a -lz -o $@
  98
  99 rsem-bam2wig : utils.h my_assert.h wiggle.h wiggle.o sam/libbam.a bam2wig.cpp
 100         $(CC) -O3 -Wall bam2wig.cpp wiggle.o sam/libbam.a -lz -o $@
 101
 102 rsem-bam2readdepth : utils.h my_assert.h wiggle.h wiggle.o sam/libbam.a bam2readdepth.cpp
 103         $(CC) -O3 -Wall bam2readdepth.cpp wiggle.o sam/libbam.a -lz -o $@
 104
 105 wiggle.o: sam/bam.h sam/sam.h wiggle.cpp wiggle.h
 106         $(CC) $(COFLAGS) wiggle.cpp
 107
 108 rsem-simulate-reads : simulation.o
 109         $(CC) -o rsem-simulate-reads simulation.o
 110
 111 simulation.o : utils.h Read.h SingleRead.h SingleReadQ.h PairedEndRead.h PairedEndReadQ.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h Refs.h RefSeq.h GroupInfo.h Transcript.h Transcripts.h Orientation.h LenDist.h RSPD.h QualDist.h QProfile.h NoiseQProfile.h Profile.h NoiseProfile.h simul.h boost/random.hpp simulation.cpp
 112         $(CC) $(COFLAGS) simulation.cpp
 113
 114 rsem-run-gibbs : Gibbs.o
 115         $(CC) -o rsem-run-gibbs Gibbs.o -lpthread
 116
 117 #some header files are omitted
 118 Gibbs.o : utils.h my_assert.h boost/random.hpp sampling.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Refs.h GroupInfo.h Gibbs.cpp
 119         $(CC) $(COFLAGS) Gibbs.cpp
 120
 121 Buffer.h : my_assert.h
 122
 123 rsem-calculate-credibility-intervals : calcCI.o
 124         $(CC) -o rsem-calculate-credibility-intervals calcCI.o -lpthread
 125
 126 #some header files are omitted
 127 calcCI.o : utils.h my_assert.h boost/random.hpp sampling.h Model.h SingleModel.h SingleQModel.h PairedEndModel.h PairedEndQModel.h RefSeq.h RefSeqPolicy.h PolyARules.h Refs.h GroupInfo.h Buffer.h calcCI.cpp
 128         $(CC) $(COFLAGS) calcCI.cpp
 129
 130 rsem-get-unique : sam/bam.h sam/sam.h getUnique.cpp sam/libbam.a
 131         $(CC) -O3 -Wall getUnique.cpp sam/libbam.a -lz -o $@
 132
 133 rsem-sam-validator : sam/bam.h sam/sam.h my_assert.h samValidator.cpp sam/libbam.a
 134         $(CC) -O3 -Wall samValidator.cpp sam/libbam.a -lz -o $@
 135
 136 rsem-scan-for-paired-end-reads : sam/bam.h sam/sam.h my_assert.h scanForPairedEndReads.cpp sam/libbam.a
 137         $(CC) -O3 -Wall scanForPairedEndReads.cpp sam/libbam.a -lz -o $@
 138
 139 rsem-for-ebseq-calculate-clustering-info : calcClusteringInfo.cpp
 140         $(CC) -O3 -Wall calcClusteringInfo.cpp -o $@
 141
 142 clean:
 143         rm -f *.o *~ $(PROGRAMS)
 144         cd sam ; ${MAKE} clean
 145