rsem-form-counts-matrix

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 use strict;
   4
   5 if (scalar(@ARGV) == 0) {
   6     print "Usage: rsem-form-counts-matrix sampleA.[genes/isoforms].results sampleB.[genes/isoforms].results ... > output_name.counts.matrix\n";
   7     print "Results files should be either all .genes.results or all .isoforms.results.\n";
   8     exit(-1);
   9 }
  10
  11 my $line;
  12 my $n = scalar(@ARGV);
  13 my $M = -1;
  14 my @matrix = ();
  15
  16 for (my $i = 0; $i < $n; $i++) {
  17     my @sample = ();
  18     open(INPUT, $ARGV[$i]);
  19     while ($line = <INPUT>) {
  20         chomp($line);
  21         my @fields = split(/\t/, $line);
  22         push(@sample, $fields[1]);
  23     }
  24     close(INPUT);
  25     if (scalar(@sample) == 0) {
  26         print STDERR "No transcript is detected! Please check if $ARGV[$i] exists.\n";
  27         exit(-1);
  28     }
  29     if ($M < 0) { $M = scalar(@sample); }
  30     elsif ($M != scalar(@sample)) {
  31         print STDERR "Number of transcripts among samples are not equal!\n";
  32         exit(-1);
  33     }
  34     push(@matrix, \@sample);
  35 }
  36
  37 for (my $i = 0; $i < $M; $i++) {
  38     for (my $j = 0; $j < $n - 1; $j++) { print "$matrix[$j][$i]\t"; }
  39     print "$matrix[$n - 1][$i]\n";
  40 }