ReadReader.h

   1 #ifndef READREADER_H_
   2 #define READREADER_H_
   3
   4 #include<cstdio>
   5 #include<cstring>
   6 #include<cstdlib>
   7 #include<iostream>
   8 #include<cassert>
   9 #include<fstream>
  10
  11 #include "utils.h"
  12 #include "SingleRead.h"
  13 #include "SingleReadQ.h"
  14 #include "PairedEndRead.h"
  15 #include "PairedEndReadQ.h"
  16 #include "ReadIndex.h"
  17
  18
  19 template<class ReadType>
  20 class ReadReader {
  21 public:
  22         ReadReader() { s = 0; indices = NULL; arr = NULL; hasPolyA = false; seedLen = -1; }
  23         ReadReader(int s, char readFs[][STRLEN], bool hasPolyA = false, int seedLen = -1);
  24         ~ReadReader();
  25
  26         void setIndices(ReadIndex** indices) {
  27                 this->indices = indices;
  28         }
  29
  30         bool locate(READ_INT_TYPE); // You should guarantee that indices exist and rid is valid, otherwise return false; If it fails, you should reset it manually!
  31         void reset();
  32
  33         bool next(ReadType& read, int flags = 7) {
  34                 bool success = read.read(s, (std::istream**)arr, flags);
  35                 if (success && seedLen > 0) { read.calc_lq(hasPolyA, seedLen); }
  36                 return success;
  37         }
  38
  39 private:
  40         int s; // number of files
  41         ReadIndex **indices;
  42         std::ifstream** arr;
  43         std::streampos *locations;
  44
  45         bool hasPolyA;
  46         int seedLen;
  47 };
  48
  49 template<class ReadType>
  50 ReadReader<ReadType>::ReadReader(int s, char readFs[][STRLEN], bool hasPolyA, int seedLen) {
  51         assert(s > 0);
  52         this->s = s;
  53         arr = new std::ifstream*[s];
  54         locations = new std::streampos[s];
  55         indices = NULL;
  56         for (int i = 0; i < s; i++) {
  57                 arr[i] = new std::ifstream(readFs[i]);
  58                 if (!arr[i]->is_open()) { fprintf(stderr, "Cannot open %s! It may not exist.\n", readFs[i]); exit(-1); }
  59                 locations[i] = arr[i]->tellg();
  60         }
  61         this->hasPolyA = hasPolyA;
  62         this->seedLen = seedLen;
  63 }
  64
  65 template<class ReadType>
  66 ReadReader<ReadType>::~ReadReader() {
  67         indices = NULL;
  68         if (arr != NULL) {
  69                 for (int i = 0; i < s; i++) {
  70                         arr[i]->close();
  71                         delete arr[i];
  72                 }
  73                 delete[] arr;
  74         }
  75         if (locations != NULL) {
  76                 delete[] locations;
  77         }
  78 }
  79
  80 template<class ReadType>
  81 bool ReadReader<ReadType>::locate(READ_INT_TYPE rid) {
  82         READ_INT_TYPE crid = -1;
  83         ReadType read;
  84
  85         if (indices == NULL) return false;
  86
  87         //We should make sure that crid returned by each indices is the same
  88         for (int i = 0; i < s; i++) {
  89                 READ_INT_TYPE val = indices[i]->locate(rid, *arr[i]);
  90                 if (i == 0) { crid = val; } else { assert(crid == val); }
  91         }
  92         assert(crid <= rid);
  93         while (crid < rid && read.read(s, (std::istream**)arr, 0)) ++crid;
  94
  95         if (crid < rid) return false;
  96
  97         std::streampos tmp[s];
  98         for (int i = 0; i < s; i++) { tmp[i] = arr[i]->tellg(); }
  99
 100         if (!read.read(s, (std::istream**)arr, 0)) return false;
 101
 102         for (int i = 0; i < s; i++) {
 103                 locations[i] = tmp[i];
 104                 arr[i]->seekg(locations[i]);
 105         }
 106
 107         return true;
 108 }
 109
 110 template<class ReadType>
 111 void ReadReader<ReadType>::reset() {
 112         for (int i = 0; i < s; i++) {
 113                 arr[i]->seekg(locations[i]);
 114         }
 115 }
 116
 117 #endif /* READREADER_H_ */