rsem-for-ebseq-generate-ngvector-from-clustering-info

   1 #!/usr/bin/env Rscript
   2
   3 argv <- commandArgs(TRUE)
   4 if (length(argv) != 2) {
   5   cat("Usage: rsem-for-ebseq-generate-ngvector-from-clustering-info input_file output_file\n")
   6   q(status = 1)
   7 }
   8
   9 data <- read.table(file = argv[1], stringsAsFactors = F)
  10 idx <- data[,2] >= 0
  11 kmr <- kmeans(data[idx, 2], 3)
  12 order <- order(kmr$centers)
  13
  14 ngvec <- rep(0, length(idx))
  15 ngvec[idx] <- order[kmr$cluster]
  16 ngvec[!idx] <- 3
  17
  18 write.table(ngvec, file = argv[2], row.names = F, col.names = F)