works
-rw-r--r-- 22 .gitignore
-rw-r--r-- 916 AUTHORS
-rw-r--r-- 1085 COPYING
-rw-r--r-- 116368 ChangeLog.old
-rw-r--r-- 1200 INSTALL
-rw-r--r-- 3015 Makefile
-rw-r--r-- 2092 Makefile.mingw
-rw-r--r-- 27413 NEWS
-rw-r--r-- 15981 bam.c
-rw-r--r-- 25782 bam.h
-rw-r--r-- 11455 bam2bcf.c
-rw-r--r-- 1793 bam2bcf.h
-rw-r--r-- 18106 bam2bcf_indel.c
-rw-r--r-- 4887 bam2depth.c
-rw-r--r-- 5001 bam_aux.c
-rw-r--r-- 5803 bam_cat.c
-rw-r--r-- 3333 bam_color.c
-rw-r--r-- 1064 bam_endian.h
-rw-r--r-- 16461 bam_import.c
-rw-r--r-- 21438 bam_index.c
-rw-r--r-- 4976 bam_lpileup.c
-rw-r--r-- 4553 bam_mate.c
-rw-r--r-- 12942 bam_md.c
-rw-r--r-- 12954 bam_pileup.c
-rw-r--r-- 20138 bam_plcmd.c
-rw-r--r-- 1506 bam_reheader.c
-rw-r--r-- 5631 bam_rmdup.c
-rw-r--r-- 4127 bam_rmdupse.c
-rw-r--r-- 18357 bam_sort.c
-rw-r--r-- 3202 bam_stat.c
-rw-r--r-- 11380 bam_tview.c
-rw-r--r-- 1880 bam_tview.h
-rw-r--r-- 7144 bam_tview_curses.c
-rw-r--r-- 8406 bam_tview_html.c
-rw-r--r-- 3603 bamshuf.c
-rw-r--r-- 5403 bamtk.c
drwxr-xr-x - bcftools
-rw-r--r-- 3143 bedcov.c
-rw-r--r-- 3882 bedidx.c
-rw-r--r-- 21127 bgzf.c
-rw-r--r-- 6326 bgzf.h
-rw-r--r-- 5903 bgzip.c
-rw-r--r-- 5667 cut_target.c
-rw-r--r-- 3485 errmod.c
-rw-r--r-- 442 errmod.h
drwxr-xr-x - examples
-rw-r--r-- 10934 faidx.c
-rw-r--r-- 3188 faidx.h
-rw-r--r-- 15230 kaln.c
-rw-r--r-- 2072 kaln.h
-rw-r--r-- 17815 khash.h
-rw-r--r-- 3472 klist.h
-rw-r--r-- 18332 knetfile.c
-rw-r--r-- 1611 knetfile.h
-rw-r--r-- 10675 kprobaln.c
-rw-r--r-- 1568 kprobaln.h
-rw-r--r-- 8811 kseq.h
-rw-r--r-- 10027 ksort.h
-rw-r--r-- 5388 kstring.c
-rw-r--r-- 4459 kstring.h
drwxr-xr-x - misc
-rw-r--r-- 17140 padding.c
-rw-r--r-- 20819 phase.c
-rw-r--r-- 24343 razf.c
-rw-r--r-- 4137 razf.h
-rw-r--r-- 4110 razip.c
-rw-r--r-- 6051 sam.c
-rw-r--r-- 2688 sam.h
-rw-r--r-- 20347 sam_header.c
-rw-r--r-- 1027 sam_header.h
-rw-r--r-- 14936 sam_view.c
-rw-r--r-- 2984 sample.c
-rw-r--r-- 396 sample.h
-rw-r--r-- 26495 samtools.1
drwxr-xr-x - win32