bam_reheader.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <stdlib.h>
   3 #include "knetfile.h"
   4 #include "bgzf.h"
   5 #include "bam.h"
   6
   7 #define BUF_SIZE 0x10000
   8
   9 int bam_reheader(BGZF *in, const bam_header_t *h, int fd)
  10 {
  11         BGZF *fp;
  12         bam_header_t *old;
  13         int len;
  14         uint8_t *buf;
  15         if (in->is_write) return -1;
  16         buf = malloc(BUF_SIZE);
  17         old = bam_header_read(in);
  18         fp = bgzf_fdopen(fd, "w");
  19         bam_header_write(fp, h);
  20         if (in->block_offset < in->block_length) {
  21                 bgzf_write(fp, in->uncompressed_block + in->block_offset, in->block_length - in->block_offset);
  22                 bgzf_flush(fp);
  23         }
  24 #ifdef _USE_KNETFILE
  25         while ((len = knet_read(in->fp, buf, BUF_SIZE)) > 0)
  26                 fwrite(buf, 1, len, fp->fp);
  27 #else
  28         while (!feof(in->file) && (len = fread(buf, 1, BUF_SIZE, in->file)) > 0)
  29                 fwrite(buf, 1, len, fp->file);
  30 #endif
  31         free(buf);
  32         fp->block_offset = in->block_offset = 0;
  33         bgzf_close(fp);
  34         return 0;
  35 }
  36
  37 int main_reheader(int argc, char *argv[])
  38 {
  39         bam_header_t *h;
  40         BGZF *in;
  41         if (argc != 3) {
  42                 fprintf(stderr, "Usage: samtools reheader <in.header.sam> <in.bam>\n");
  43                 return 1;
  44         }
  45         { // read the header
  46                 tamFile fph = sam_open(argv[1]);
  47                 if (fph == 0) {
  48                         fprintf(stderr, "[%s] fail to read the header from %s.\n", __func__, argv[1]);
  49                         return 1;
  50                 }
  51                 h = sam_header_read(fph);
  52                 sam_close(fph);
  53         }
  54         in = strcmp(argv[2], "-")? bam_open(argv[2], "r") : bam_dopen(fileno(stdin), "r");
  55         if (in == 0) {
  56                 fprintf(stderr, "[%s] fail to open file %s.\n", __func__, argv[2]);
  57                 return 1;
  58         }
  59         bam_reheader(in, h, fileno(stdout));
  60         bgzf_close(in);
  61         return 0;
  62 }