bam_plcmd.c

   1 #include <math.h>
   2 #include <stdio.h>
   3 #include <unistd.h>
   4 #include <ctype.h>
   5 #include <string.h>
   6 #include <errno.h>
   7 #include "sam.h"
   8 #include "faidx.h"
   9 #include "kstring.h"
  10
  11 static inline int printw(int c, FILE *fp)
  12 {
  13         char buf[16];
  14         int l, x;
  15         if (c == 0) return fputc('0', fp);
  16         for (l = 0, x = c < 0? -c : c; x > 0; x /= 10) buf[l++] = x%10 + '0';
  17         if (c < 0) buf[l++] = '-';
  18         buf[l] = 0;
  19         for (x = 0; x < l/2; ++x) {
  20                 int y = buf[x]; buf[x] = buf[l-1-x]; buf[l-1-x] = y;
  21         }
  22         fputs(buf, fp);
  23         return 0;
  24 }
  25
  26 static inline void pileup_seq(const bam_pileup1_t *p, int pos, int ref_len, const char *ref)
  27 {
  28         int j;
  29         if (p->is_head) {
  30                 putchar('^');
  31                 putchar(p->b->core.qual > 93? 126 : p->b->core.qual + 33);
  32         }
  33         if (!p->is_del) {
  34                 int c = bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(p->b), p->qpos)];
  35                 if (ref) {
  36                         int rb = pos < ref_len? ref[pos] : 'N';
  37                         if (c == '=' || bam_nt16_table[c] == bam_nt16_table[rb]) c = bam1_strand(p->b)? ',' : '.';
  38                         else c = bam1_strand(p->b)? tolower(c) : toupper(c);
  39                 } else {
  40                         if (c == '=') c = bam1_strand(p->b)? ',' : '.';
  41                         else c = bam1_strand(p->b)? tolower(c) : toupper(c);
  42                 }
  43                 putchar(c);
  44         } else putchar(p->is_refskip? (bam1_strand(p->b)? '<' : '>') : '*');
  45         if (p->indel > 0) {
  46                 putchar('+'); printw(p->indel, stdout);
  47                 for (j = 1; j <= p->indel; ++j) {
  48                         int c = bam_nt16_rev_table[bam1_seqi(bam1_seq(p->b), p->qpos + j)];
  49                         putchar(bam1_strand(p->b)? tolower(c) : toupper(c));
  50                 }
  51         } else if (p->indel < 0) {
  52                 printw(p->indel, stdout);
  53                 for (j = 1; j <= -p->indel; ++j) {
  54                         int c = (ref && (int)pos+j < ref_len)? ref[pos+j] : 'N';
  55                         putchar(bam1_strand(p->b)? tolower(c) : toupper(c));
  56                 }
  57         }
  58         if (p->is_tail) putchar('$');
  59 }
  60
  61 #include <assert.h>
  62 #include "bam2bcf.h"
  63 #include "sample.h"
  64
  65 #define MPLP_GLF   0x10
  66 #define MPLP_NO_COMP 0x20
  67 #define MPLP_NO_ORPHAN 0x40
  68 #define MPLP_REALN   0x80
  69 #define MPLP_NO_INDEL 0x400
  70 #define MPLP_REDO_BAQ 0x800
  71 #define MPLP_ILLUMINA13 0x1000
  72 #define MPLP_IGNORE_RG 0x2000
  73 #define MPLP_PRINT_POS 0x4000
  74 #define MPLP_PRINT_MAPQ 0x8000
  75 #define MPLP_PER_SAMPLE 0x10000
  76
  77 void *bed_read(const char *fn);
  78 void bed_destroy(void *_h);
  79 int bed_overlap(const void *_h, const char *chr, int beg, int end);
  80
  81 typedef struct {
  82         int max_mq, min_mq, flag, min_baseQ, capQ_thres, max_depth, max_indel_depth, fmt_flag;
  83         int openQ, extQ, tandemQ, min_support; // for indels
  84         double min_frac; // for indels
  85         char *reg, *pl_list;
  86         faidx_t *fai;
  87         void *bed, *rghash;
  88 } mplp_conf_t;
  89
  90 typedef struct {
  91         bamFile fp;
  92         bam_iter_t iter;
  93         bam_header_t *h;
  94         int ref_id;
  95         char *ref;
  96         const mplp_conf_t *conf;
  97 } mplp_aux_t;
  98
  99 typedef struct {
 100         int n;
 101         int *n_plp, *m_plp;
 102         bam_pileup1_t **plp;
 103 } mplp_pileup_t;
 104
 105 static int mplp_func(void *data, bam1_t *b)
 106 {
 107         extern int bam_realn(bam1_t *b, const char *ref);
 108         extern int bam_prob_realn_core(bam1_t *b, const char *ref, int);
 109         extern int bam_cap_mapQ(bam1_t *b, char *ref, int thres);
 110         mplp_aux_t *ma = (mplp_aux_t*)data;
 111         int ret, skip = 0;
 112         do {
 113                 int has_ref;
 114                 ret = ma->iter? bam_iter_read(ma->fp, ma->iter, b) : bam_read1(ma->fp, b);
 115                 if (ret < 0) break;
 116                 if (b->core.tid < 0 || (b->core.flag&BAM_FUNMAP)) { // exclude unmapped reads
 117                         skip = 1;
 118                         continue;
 119                 }
 120                 if (ma->conf->bed) { // test overlap
 121                         skip = !bed_overlap(ma->conf->bed, ma->h->target_name[b->core.tid], b->core.pos, bam_calend(&b->core, bam1_cigar(b)));
 122                         if (skip) continue;
 123                 }
 124                 if (ma->conf->rghash) { // exclude read groups
 125                         uint8_t *rg = bam_aux_get(b, "RG");
 126                         skip = (rg && bcf_str2id(ma->conf->rghash, (const char*)(rg+1)) >= 0);
 127                         if (skip) continue;
 128                 }
 129                 if (ma->conf->flag & MPLP_ILLUMINA13) {
 130                         int i;
 131                         uint8_t *qual = bam1_qual(b);
 132                         for (i = 0; i < b->core.l_qseq; ++i)
 133                                 qual[i] = qual[i] > 31? qual[i] - 31 : 0;
 134                 }
 135                 has_ref = (ma->ref && ma->ref_id == b->core.tid)? 1 : 0;
 136                 skip = 0;
 137                 if (has_ref && (ma->conf->flag&MPLP_REALN)) bam_prob_realn_core(b, ma->ref, (ma->conf->flag & MPLP_REDO_BAQ)? 7 : 3);
 138                 if (has_ref && ma->conf->capQ_thres > 10) {
 139                         int q = bam_cap_mapQ(b, ma->ref, ma->conf->capQ_thres);
 140                         if (q < 0) skip = 1;
 141                         else if (b->core.qual > q) b->core.qual = q;
 142                 }
 143                 else if (b->core.qual < ma->conf->min_mq) skip = 1;
 144                 else if ((ma->conf->flag&MPLP_NO_ORPHAN) && (b->core.flag&1) && !(b->core.flag&2)) skip = 1;
 145         } while (skip);
 146         return ret;
 147 }
 148
 149 static void group_smpl(mplp_pileup_t *m, bam_sample_t *sm, kstring_t *buf,
 150                                            int n, char *const*fn, int *n_plp, const bam_pileup1_t **plp, int ignore_rg)
 151 {
 152         int i, j;
 153         memset(m->n_plp, 0, m->n * sizeof(int));
 154         for (i = 0; i < n; ++i) {
 155                 for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
 156                         const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j;
 157                         uint8_t *q;
 158                         int id = -1;
 159                         q = ignore_rg? 0 : bam_aux_get(p->b, "RG");
 160                         if (q) id = bam_smpl_rg2smid(sm, fn[i], (char*)q+1, buf);
 161                         if (id < 0) id = bam_smpl_rg2smid(sm, fn[i], 0, buf);
 162                         if (id < 0 || id >= m->n) {
 163                                 assert(q); // otherwise a bug
 164                                 fprintf(stderr, "[%s] Read group %s used in file %s but absent from the header or an alignment missing read group.\n", __func__, (char*)q+1, fn[i]);
 165                                 exit(1);
 166                         }
 167                         if (m->n_plp[id] == m->m_plp[id]) {
 168                                 m->m_plp[id] = m->m_plp[id]? m->m_plp[id]<<1 : 8;
 169                                 m->plp[id] = realloc(m->plp[id], sizeof(bam_pileup1_t) * m->m_plp[id]);
 170                         }
 171                         m->plp[id][m->n_plp[id]++] = *p;
 172                 }
 173         }
 174 }
 175
 176 static int mpileup(mplp_conf_t *conf, int n, char **fn)
 177 {
 178         extern void *bcf_call_add_rg(void *rghash, const char *hdtext, const char *list);
 179         extern void bcf_call_del_rghash(void *rghash);
 180         mplp_aux_t **data;
 181         int i, tid, pos, *n_plp, tid0 = -1, beg0 = 0, end0 = 1u<<29, ref_len, ref_tid = -1, max_depth, max_indel_depth;
 182         const bam_pileup1_t **plp;
 183         bam_mplp_t iter;
 184         bam_header_t *h = 0;
 185         char *ref;
 186         void *rghash = 0;
 187
 188         bcf_callaux_t *bca = 0;
 189         bcf_callret1_t *bcr = 0;
 190         bcf_call_t bc;
 191         bcf_t *bp = 0;
 192         bcf_hdr_t *bh = 0;
 193
 194         bam_sample_t *sm = 0;
 195         kstring_t buf;
 196         mplp_pileup_t gplp;
 197
 198         memset(&gplp, 0, sizeof(mplp_pileup_t));
 199         memset(&buf, 0, sizeof(kstring_t));
 200         memset(&bc, 0, sizeof(bcf_call_t));
 201         data = calloc(n, sizeof(void*));
 202         plp = calloc(n, sizeof(void*));
 203         n_plp = calloc(n, sizeof(int*));
 204         sm = bam_smpl_init();
 205
 206         // read the header and initialize data
 207         for (i = 0; i < n; ++i) {
 208                 bam_header_t *h_tmp;
 209                 data[i] = calloc(1, sizeof(mplp_aux_t));
 210                 data[i]->fp = strcmp(fn[i], "-") == 0? bam_dopen(fileno(stdin), "r") : bam_open(fn[i], "r");
 211         if ( !data[i]->fp )
 212         {
 213             fprintf(stderr, "[%s] failed to open %d-th input.\n", __func__, i+1);
 214             exit(1);
 215         }
 216                 data[i]->conf = conf;
 217                 h_tmp = bam_header_read(data[i]->fp);
 218                 data[i]->h = i? h : h_tmp; // for i==0, "h" has not been set yet
 219                 bam_smpl_add(sm, fn[i], (conf->flag&MPLP_IGNORE_RG)? 0 : h_tmp->text);
 220                 rghash = bcf_call_add_rg(rghash, h_tmp->text, conf->pl_list);
 221                 if (conf->reg) {
 222                         int beg, end;
 223                         bam_index_t *idx;
 224                         idx = bam_index_load(fn[i]);
 225                         if (idx == 0) {
 226                                 fprintf(stderr, "[%s] fail to load index for %d-th input.\n", __func__, i+1);
 227                                 exit(1);
 228                         }
 229                         if (bam_parse_region(h_tmp, conf->reg, &tid, &beg, &end) < 0) {
 230                                 fprintf(stderr, "[%s] malformatted region or wrong seqname for %d-th input.\n", __func__, i+1);
 231                                 exit(1);
 232                         }
 233                         if (i == 0) tid0 = tid, beg0 = beg, end0 = end;
 234                         data[i]->iter = bam_iter_query(idx, tid, beg, end);
 235                         bam_index_destroy(idx);
 236                 }
 237                 if (i == 0) h = h_tmp;
 238                 else {
 239                         // FIXME: to check consistency
 240                         bam_header_destroy(h_tmp);
 241                 }
 242         }
 243         gplp.n = sm->n;
 244         gplp.n_plp = calloc(sm->n, sizeof(int));
 245         gplp.m_plp = calloc(sm->n, sizeof(int));
 246         gplp.plp = calloc(sm->n, sizeof(void*));
 247
 248         fprintf(stderr, "[%s] %d samples in %d input files\n", __func__, sm->n, n);
 249         // write the VCF header
 250         if (conf->flag & MPLP_GLF) {
 251                 kstring_t s;
 252                 bh = calloc(1, sizeof(bcf_hdr_t));
 253                 s.l = s.m = 0; s.s = 0;
 254                 bp = bcf_open("-", (conf->flag&MPLP_NO_COMP)? "wu" : "w");
 255                 for (i = 0; i < h->n_targets; ++i) {
 256                         kputs(h->target_name[i], &s);
 257                         kputc('\0', &s);
 258                 }
 259                 bh->l_nm = s.l;
 260                 bh->name = malloc(s.l);
 261                 memcpy(bh->name, s.s, s.l);
 262                 s.l = 0;
 263                 for (i = 0; i < sm->n; ++i) {
 264                         kputs(sm->smpl[i], &s); kputc('\0', &s);
 265                 }
 266                 bh->l_smpl = s.l;
 267                 bh->sname = malloc(s.l);
 268                 memcpy(bh->sname, s.s, s.l);
 269                 bh->txt = malloc(strlen(BAM_VERSION) + 64);
 270                 bh->l_txt = 1 + sprintf(bh->txt, "##samtoolsVersion=%s\n", BAM_VERSION);
 271                 free(s.s);
 272                 bcf_hdr_sync(bh);
 273                 bcf_hdr_write(bp, bh);
 274                 bca = bcf_call_init(-1., conf->min_baseQ);
 275                 bcr = calloc(sm->n, sizeof(bcf_callret1_t));
 276                 bca->rghash = rghash;
 277                 bca->openQ = conf->openQ, bca->extQ = conf->extQ, bca->tandemQ = conf->tandemQ;
 278                 bca->min_frac = conf->min_frac;
 279                 bca->min_support = conf->min_support;
 280         bca->per_sample_flt = conf->flag & MPLP_PER_SAMPLE;
 281         }
 282         if (tid0 >= 0 && conf->fai) { // region is set
 283                 ref = faidx_fetch_seq(conf->fai, h->target_name[tid0], 0, 0x7fffffff, &ref_len);
 284                 ref_tid = tid0;
 285                 for (i = 0; i < n; ++i) data[i]->ref = ref, data[i]->ref_id = tid0;
 286         } else ref_tid = -1, ref = 0;
 287         iter = bam_mplp_init(n, mplp_func, (void**)data);
 288         max_depth = conf->max_depth;
 289         if (max_depth * sm->n > 1<<20)
 290                 fprintf(stderr, "(%s) Max depth is above 1M. Potential memory hog!\n", __func__);
 291         if (max_depth * sm->n < 8000) {
 292                 max_depth = 8000 / sm->n;
 293                 fprintf(stderr, "<%s> Set max per-file depth to %d\n", __func__, max_depth);
 294         }
 295         max_indel_depth = conf->max_indel_depth * sm->n;
 296         bam_mplp_set_maxcnt(iter, max_depth);
 297         while (bam_mplp_auto(iter, &tid, &pos, n_plp, plp) > 0) {
 298                 if (conf->reg && (pos < beg0 || pos >= end0)) continue; // out of the region requested
 299                 if (conf->bed && tid >= 0 && !bed_overlap(conf->bed, h->target_name[tid], pos, pos+1)) continue;
 300                 if (tid != ref_tid) {
 301                         free(ref); ref = 0;
 302                         if (conf->fai) ref = faidx_fetch_seq(conf->fai, h->target_name[tid], 0, 0x7fffffff, &ref_len);
 303                         for (i = 0; i < n; ++i) data[i]->ref = ref, data[i]->ref_id = tid;
 304                         ref_tid = tid;
 305                 }
 306                 if (conf->flag & MPLP_GLF) {
 307                         int total_depth, _ref0, ref16;
 308                         bcf1_t *b = calloc(1, sizeof(bcf1_t));
 309                         for (i = total_depth = 0; i < n; ++i) total_depth += n_plp[i];
 310                         group_smpl(&gplp, sm, &buf, n, fn, n_plp, plp, conf->flag & MPLP_IGNORE_RG);
 311                         _ref0 = (ref && pos < ref_len)? ref[pos] : 'N';
 312                         ref16 = bam_nt16_table[_ref0];
 313                         for (i = 0; i < gplp.n; ++i)
 314                                 bcf_call_glfgen(gplp.n_plp[i], gplp.plp[i], ref16, bca, bcr + i);
 315                         bcf_call_combine(gplp.n, bcr, ref16, &bc);
 316                         bcf_call2bcf(tid, pos, &bc, b, bcr, conf->fmt_flag, 0, 0);
 317                         bcf_write(bp, bh, b);
 318                         bcf_destroy(b);
 319                         // call indels
 320                         if (!(conf->flag&MPLP_NO_INDEL) && total_depth < max_indel_depth && bcf_call_gap_prep(gplp.n, gplp.n_plp, gplp.plp, pos, bca, ref, rghash) >= 0) {
 321                                 for (i = 0; i < gplp.n; ++i)
 322                                         bcf_call_glfgen(gplp.n_plp[i], gplp.plp[i], -1, bca, bcr + i);
 323                                 if (bcf_call_combine(gplp.n, bcr, -1, &bc) >= 0) {
 324                                         b = calloc(1, sizeof(bcf1_t));
 325                                         bcf_call2bcf(tid, pos, &bc, b, bcr, conf->fmt_flag, bca, ref);
 326                                         bcf_write(bp, bh, b);
 327                                         bcf_destroy(b);
 328                                 }
 329                         }
 330                 } else {
 331                         printf("%s\t%d\t%c", h->target_name[tid], pos + 1, (ref && pos < ref_len)? ref[pos] : 'N');
 332                         for (i = 0; i < n; ++i) {
 333                                 int j, cnt;
 334                                 for (j = cnt = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
 335                                         const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j;
 336                                         if (bam1_qual(p->b)[p->qpos] >= conf->min_baseQ) ++cnt;
 337                                 }
 338                                 printf("\t%d\t", cnt);
 339                                 if (n_plp[i] == 0) {
 340                                         printf("*\t*"); // FIXME: printf() is very slow...
 341                                         if (conf->flag & MPLP_PRINT_POS) printf("\t*");
 342                                 } else {
 343                                         for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
 344                                                 const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j;
 345                                                 if (bam1_qual(p->b)[p->qpos] >= conf->min_baseQ)
 346                                                         pileup_seq(plp[i] + j, pos, ref_len, ref);
 347                                         }
 348                                         putchar('\t');
 349                                         for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
 350                                                 const bam_pileup1_t *p = plp[i] + j;
 351                                                 int c = bam1_qual(p->b)[p->qpos];
 352                                                 if (c >= conf->min_baseQ) {
 353                                                         c = c + 33 < 126? c + 33 : 126;
 354                                                         putchar(c);
 355                                                 }
 356                                         }
 357                                         if (conf->flag & MPLP_PRINT_MAPQ) {
 358                                                 putchar('\t');
 359                                                 for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
 360                                                         int c = plp[i][j].b->core.qual + 33;
 361                                                         if (c > 126) c = 126;
 362                                                         putchar(c);
 363                                                 }
 364                                         }
 365                                         if (conf->flag & MPLP_PRINT_POS) {
 366                                                 putchar('\t');
 367                                                 for (j = 0; j < n_plp[i]; ++j) {
 368                                                         if (j > 0) putchar(',');
 369                                                         printf("%d", plp[i][j].qpos + 1); // FIXME: printf() is very slow...
 370                                                 }
 371                                         }
 372                                 }
 373                         }
 374                         putchar('\n');
 375                 }
 376         }
 377
 378         bcf_close(bp);
 379         bam_smpl_destroy(sm); free(buf.s);
 380         for (i = 0; i < gplp.n; ++i) free(gplp.plp[i]);
 381         free(gplp.plp); free(gplp.n_plp); free(gplp.m_plp);
 382         bcf_call_del_rghash(rghash);
 383         bcf_hdr_destroy(bh); bcf_call_destroy(bca); free(bc.PL); free(bcr);
 384         bam_mplp_destroy(iter);
 385         bam_header_destroy(h);
 386         for (i = 0; i < n; ++i) {
 387                 bam_close(data[i]->fp);
 388                 if (data[i]->iter) bam_iter_destroy(data[i]->iter);
 389                 free(data[i]);
 390         }
 391         free(data); free(plp); free(ref); free(n_plp);
 392         return 0;
 393 }
 394
 395 #define MAX_PATH_LEN 1024
 396 static int read_file_list(const char *file_list,int *n,char **argv[])
 397 {
 398     char buf[MAX_PATH_LEN];
 399     int len, nfiles;
 400     char **files;
 401
 402     FILE *fh = fopen(file_list,"r");
 403     if ( !fh )
 404     {
 405         fprintf(stderr,"%s: %s\n", file_list,strerror(errno));
 406         return 1;
 407     }
 408
 409     // Speed is not an issue here, determine the number of files by reading the file twice
 410     nfiles = 0;
 411     while ( fgets(buf,MAX_PATH_LEN,fh) ) nfiles++;
 412
 413     if ( fseek(fh, 0L, SEEK_SET) )
 414     {
 415         fprintf(stderr,"%s: %s\n", file_list,strerror(errno));
 416         return 1;
 417     }
 418
 419     files = calloc(nfiles,sizeof(char*));
 420     nfiles = 0;
 421     while ( fgets(buf,MAX_PATH_LEN,fh) )
 422     {
 423         len = strlen(buf);
 424         while ( len>0 && isspace(buf[len-1]) ) len--;
 425         if ( !len ) continue;
 426
 427         files[nfiles] = malloc(sizeof(char)*(len+1));
 428         strncpy(files[nfiles],buf,len);
 429         files[nfiles][len] = 0;
 430         nfiles++;
 431     }
 432     fclose(fh);
 433     if ( !nfiles )
 434     {
 435         fprintf(stderr,"No files read from %s\n", file_list);
 436         return 1;
 437     }
 438     *argv = files;
 439     *n    = nfiles;
 440     return 0;
 441 }
 442 #undef MAX_PATH_LEN
 443
 444 int bam_mpileup(int argc, char *argv[])
 445 {
 446         int c;
 447     const char *file_list = NULL;
 448     char **fn = NULL;
 449     int nfiles = 0, use_orphan = 0;
 450         mplp_conf_t mplp;
 451         memset(&mplp, 0, sizeof(mplp_conf_t));
 452         mplp.max_mq = 60;
 453         mplp.min_baseQ = 13;
 454         mplp.capQ_thres = 0;
 455         mplp.max_depth = 250; mplp.max_indel_depth = 250;
 456         mplp.openQ = 40; mplp.extQ = 20; mplp.tandemQ = 100;
 457         mplp.min_frac = 0.002; mplp.min_support = 1;
 458         mplp.flag = MPLP_NO_ORPHAN | MPLP_REALN;
 459         while ((c = getopt(argc, argv, "Agf:r:l:M:q:Q:uaRC:BDSd:L:b:P:po:e:h:Im:F:EG:6OsV")) >= 0) {
 460                 switch (c) {
 461                 case 'f':
 462                         mplp.fai = fai_load(optarg);
 463                         if (mplp.fai == 0) return 1;
 464                         break;
 465                 case 'd': mplp.max_depth = atoi(optarg); break;
 466                 case 'r': mplp.reg = strdup(optarg); break;
 467                 case 'l': mplp.bed = bed_read(optarg); break;
 468                 case 'P': mplp.pl_list = strdup(optarg); break;
 469                 case 'p': mplp.flag |= MPLP_PER_SAMPLE; break;
 470                 case 'g': mplp.flag |= MPLP_GLF; break;
 471                 case 'u': mplp.flag |= MPLP_NO_COMP | MPLP_GLF; break;
 472                 case 'a': mplp.flag |= MPLP_NO_ORPHAN | MPLP_REALN; break;
 473                 case 'B': mplp.flag &= ~MPLP_REALN; break;
 474                 case 'D': mplp.fmt_flag |= B2B_FMT_DP; break;
 475                 case 'S': mplp.fmt_flag |= B2B_FMT_SP; break;
 476                 case 'V': mplp.fmt_flag |= B2B_FMT_DV; break;
 477                 case 'I': mplp.flag |= MPLP_NO_INDEL; break;
 478                 case 'E': mplp.flag |= MPLP_REDO_BAQ; break;
 479                 case '6': mplp.flag |= MPLP_ILLUMINA13; break;
 480                 case 'R': mplp.flag |= MPLP_IGNORE_RG; break;
 481                 case 's': mplp.flag |= MPLP_PRINT_MAPQ; break;
 482                 case 'O': mplp.flag |= MPLP_PRINT_POS; break;
 483                 case 'C': mplp.capQ_thres = atoi(optarg); break;
 484                 case 'M': mplp.max_mq = atoi(optarg); break;
 485                 case 'q': mplp.min_mq = atoi(optarg); break;
 486                 case 'Q': mplp.min_baseQ = atoi(optarg); break;
 487         case 'b': file_list = optarg; break;
 488                 case 'o': mplp.openQ = atoi(optarg); break;
 489                 case 'e': mplp.extQ = atoi(optarg); break;
 490                 case 'h': mplp.tandemQ = atoi(optarg); break;
 491                 case 'A': use_orphan = 1; break;
 492                 case 'F': mplp.min_frac = atof(optarg); break;
 493                 case 'm': mplp.min_support = atoi(optarg); break;
 494                 case 'L': mplp.max_indel_depth = atoi(optarg); break;
 495                 case 'G': {
 496                                 FILE *fp_rg;
 497                                 char buf[1024];
 498                                 mplp.rghash = bcf_str2id_init();
 499                                 if ((fp_rg = fopen(optarg, "r")) == 0)
 500                                         fprintf(stderr, "(%s) Fail to open file %s. Continue anyway.\n", __func__, optarg);
 501                                 while (!feof(fp_rg) && fscanf(fp_rg, "%s", buf) > 0) // this is not a good style, but forgive me...
 502                                         bcf_str2id_add(mplp.rghash, strdup(buf));
 503                                 fclose(fp_rg);
 504                         }
 505                         break;
 506                 }
 507         }
 508         if (use_orphan) mplp.flag &= ~MPLP_NO_ORPHAN;
 509         if (argc == 1) {
 510                 fprintf(stderr, "\n");
 511                 fprintf(stderr, "Usage: samtools mpileup [options] in1.bam [in2.bam [...]]\n\n");
 512                 fprintf(stderr, "Input options:\n\n");
 513                 fprintf(stderr, "       -6           assume the quality is in the Illumina-1.3+ encoding\n");
 514                 fprintf(stderr, "       -A           count anomalous read pairs\n");
 515                 fprintf(stderr, "       -B           disable BAQ computation\n");
 516                 fprintf(stderr, "       -b FILE      list of input BAM files [null]\n");
 517                 fprintf(stderr, "       -C INT       parameter for adjusting mapQ; 0 to disable [0]\n");
 518                 fprintf(stderr, "       -d INT       max per-BAM depth to avoid excessive memory usage [%d]\n", mplp.max_depth);
 519                 fprintf(stderr, "       -E           recalculate extended BAQ on the fly thus ignoring existing BQs\n");
 520                 fprintf(stderr, "       -f FILE      faidx indexed reference sequence file [null]\n");
 521                 fprintf(stderr, "       -G FILE      exclude read groups listed in FILE [null]\n");
 522                 fprintf(stderr, "       -l FILE      list of positions (chr pos) or regions (BED) [null]\n");
 523                 fprintf(stderr, "       -M INT       cap mapping quality at INT [%d]\n", mplp.max_mq);
 524                 fprintf(stderr, "       -r STR       region in which pileup is generated [null]\n");
 525                 fprintf(stderr, "       -R           ignore RG tags\n");
 526                 fprintf(stderr, "       -q INT       skip alignments with mapQ smaller than INT [%d]\n", mplp.min_mq);
 527                 fprintf(stderr, "       -Q INT       skip bases with baseQ/BAQ smaller than INT [%d]\n", mplp.min_baseQ);
 528                 fprintf(stderr, "\nOutput options:\n\n");
 529                 fprintf(stderr, "       -D           output per-sample DP in BCF (require -g/-u)\n");
 530                 fprintf(stderr, "       -g           generate BCF output (genotype likelihoods)\n");
 531                 fprintf(stderr, "       -O           output base positions on reads (disabled by -g/-u)\n");
 532                 fprintf(stderr, "       -s           output mapping quality (disabled by -g/-u)\n");
 533                 fprintf(stderr, "       -S           output per-sample strand bias P-value in BCF (require -g/-u)\n");
 534                 fprintf(stderr, "       -u           generate uncompress BCF output\n");
 535                 fprintf(stderr, "\nSNP/INDEL genotype likelihoods options (effective with `-g' or `-u'):\n\n");
 536                 fprintf(stderr, "       -e INT       Phred-scaled gap extension seq error probability [%d]\n", mplp.extQ);
 537                 fprintf(stderr, "       -F FLOAT     minimum fraction of gapped reads for candidates [%g]\n", mplp.min_frac);
 538                 fprintf(stderr, "       -h INT       coefficient for homopolymer errors [%d]\n", mplp.tandemQ);
 539                 fprintf(stderr, "       -I           do not perform indel calling\n");
 540                 fprintf(stderr, "       -L INT       max per-sample depth for INDEL calling [%d]\n", mplp.max_indel_depth);
 541                 fprintf(stderr, "       -m INT       minimum gapped reads for indel candidates [%d]\n", mplp.min_support);
 542                 fprintf(stderr, "       -o INT       Phred-scaled gap open sequencing error probability [%d]\n", mplp.openQ);
 543                 fprintf(stderr, "       -p           apply -m and -F per-sample to increase sensitivity\n");
 544                 fprintf(stderr, "       -P STR       comma separated list of platforms for indels [all]\n");
 545                 fprintf(stderr, "\n");
 546                 fprintf(stderr, "Notes: Assuming diploid individuals.\n\n");
 547                 return 1;
 548         }
 549         bam_no_B = 1;
 550     if (file_list) {
 551         if ( read_file_list(file_list,&nfiles,&fn) ) return 1;
 552         mpileup(&mplp,nfiles,fn);
 553         for (c=0; c<nfiles; c++) free(fn[c]);
 554         free(fn);
 555     } else mpileup(&mplp, argc - optind, argv + optind);
 556         if (mplp.rghash) bcf_str2id_thorough_destroy(mplp.rghash);
 557         free(mplp.reg); free(mplp.pl_list);
 558         if (mplp.fai) fai_destroy(mplp.fai);
 559         if (mplp.bed) bed_destroy(mplp.bed);
 560         return 0;
 561 }