bam_tview_curses.c

   1 #include <curses.h>
   2 #include "bam_tview.h"
   3
   4 typedef struct CursesTview {
   5         tview_t view;
   6         WINDOW *wgoto, *whelp;
   7         } curses_tview_t;
   8
   9
  10
  11
  12 #define FROM_TV(ptr) ((curses_tview_t*)ptr)
  13
  14 static void curses_destroy(tview_t* base)
  15         {
  16         curses_tview_t* tv=(curses_tview_t*)base;
  17
  18
  19         delwin(tv->wgoto); delwin(tv->whelp);
  20         endwin();
  21
  22         base_tv_destroy(base);
  23
  24         free(tv);
  25         }
  26
  27 /*
  28  void (*my_mvprintw)(struct AbstractTview* ,int,int,const char*,...);
  29     void (*my_)(struct AbstractTview*,int,int,int);
  30     void (*my_attron)(struct AbstractTview*,int);
  31     void (*my_attroff)(struct AbstractTview*,int);
  32     void (*my_clear)(struct AbstractTview*);
  33     int (*my_colorpair)(struct AbstractTview*,int);
  34 */
  35
  36 static void curses_mvprintw(struct AbstractTview* tv,int y ,int x,const char* fmt,...)
  37         {
  38         unsigned int size=tv->mcol+2;
  39         char* str=malloc(size);
  40         if(str==0) exit(EXIT_FAILURE);
  41         va_list argptr;
  42         va_start(argptr, fmt);
  43         vsnprintf(str,size, fmt, argptr);
  44         va_end(argptr);
  45         mvprintw(y,x,str);
  46         free(str);
  47         }
  48
  49 static void curses_mvaddch(struct AbstractTview* tv,int y,int x,int ch)
  50         {
  51         mvaddch(y,x,ch);
  52         }
  53
  54 static void curses_attron(struct AbstractTview* tv,int flag)
  55     {
  56     attron(flag);
  57     }
  58 static void curses_attroff(struct AbstractTview* tv,int flag)
  59     {
  60     attroff(flag);
  61     }
  62 static void curses_clear(struct AbstractTview* tv)
  63     {
  64     clear();
  65     }
  66
  67 static int curses_colorpair(struct AbstractTview* tv,int flag)
  68     {
  69     return COLOR_PAIR(flag);
  70     }
  71
  72 static int curses_drawaln(struct AbstractTview* tv, int tid, int pos)
  73     {
  74     return base_draw_aln(tv,  tid, pos);
  75     }
  76
  77
  78
  79 static void tv_win_goto(curses_tview_t *tv, int *tid, int *pos)
  80         {
  81         char str[256], *p;
  82         int i, l = 0;
  83         tview_t *base=(tview_t*)tv;
  84         wborder(tv->wgoto, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
  85         mvwprintw(tv->wgoto, 1, 2, "Goto: ");
  86         for (;;) {
  87                 int c = wgetch(tv->wgoto);
  88                 wrefresh(tv->wgoto);
  89                 if (c == KEY_BACKSPACE || c == '\010' || c == '\177') {
  90                         if(l > 0) --l;
  91                 } else if (c == KEY_ENTER || c == '\012' || c == '\015') {
  92                         int _tid = -1, _beg, _end;
  93                         if (str[0] == '=') {
  94                                 _beg = strtol(str+1, &p, 10) - 1;
  95                                 if (_beg > 0) {
  96                                         *pos = _beg;
  97                                         return;
  98                                 }
  99                         } else {
 100                                 bam_parse_region(base->header, str, &_tid, &_beg, &_end);
 101                                 if (_tid >= 0) {
 102                                         *tid = _tid; *pos = _beg;
 103                                         return;
 104                                 }
 105                         }
 106                 } else if (isgraph(c)) {
 107                         if (l < TV_MAX_GOTO) str[l++] = c;
 108                 } else if (c == '\027') l = 0;
 109                 else if (c == '\033') return;
 110                 str[l] = '\0';
 111                 for (i = 0; i < TV_MAX_GOTO; ++i) mvwaddch(tv->wgoto, 1, 8 + i, ' ');
 112                 mvwprintw(tv->wgoto, 1, 8, "%s", str);
 113         }
 114 }
 115
 116
 117
 118
 119 static void tv_win_help(curses_tview_t *tv) {
 120         int r = 1;
 121         tview_t* base=(tview_t*)base;
 122         WINDOW *win = tv->whelp;
 123         wborder(win, '|', '|', '-', '-', '+', '+', '+', '+');
 124         mvwprintw(win, r++, 2, "        -=-    Help    -=- ");
 125         r++;
 126         mvwprintw(win, r++, 2, "?          This window");
 127         mvwprintw(win, r++, 2, "Arrows     Small scroll movement");
 128         mvwprintw(win, r++, 2, "h,j,k,l    Small scroll movement");
 129         mvwprintw(win, r++, 2, "H,J,K,L    Large scroll movement");
 130         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-H     Scroll 1k left");
 131         mvwprintw(win, r++, 2, "ctrl-L     Scroll 1k right");
 132         mvwprintw(win, r++, 2, "space      Scroll one screen");
 133         mvwprintw(win, r++, 2, "backspace  Scroll back one screen");
 134         mvwprintw(win, r++, 2, "g          Go to specific location");
 135         mvwprintw(win, r++, 2, "m          Color for mapping qual");
 136         mvwprintw(win, r++, 2, "n          Color for nucleotide");
 137         mvwprintw(win, r++, 2, "b          Color for base quality");
 138         mvwprintw(win, r++, 2, "c          Color for cs color");
 139         mvwprintw(win, r++, 2, "z          Color for cs qual");
 140         mvwprintw(win, r++, 2, ".          Toggle on/off dot view");
 141         mvwprintw(win, r++, 2, "s          Toggle on/off ref skip");
 142         mvwprintw(win, r++, 2, "r          Toggle on/off rd name");
 143         mvwprintw(win, r++, 2, "N          Turn on nt view");
 144         mvwprintw(win, r++, 2, "C          Turn on cs view");
 145         mvwprintw(win, r++, 2, "i          Toggle on/off ins");
 146         mvwprintw(win, r++, 2, "q          Exit");
 147         r++;
 148         mvwprintw(win, r++, 2, "Underline:      Secondary or orphan");
 149         mvwprintw(win, r++, 2, "Blue:    0-9    Green: 10-19");
 150         mvwprintw(win, r++, 2, "Yellow: 20-29   White: >=30");
 151         wrefresh(win);
 152         wgetch(win);
 153 }
 154
 155 static int curses_underline(tview_t* tv)
 156         {
 157         return A_UNDERLINE;
 158         }
 159
 160 static int curses_loop(tview_t* tv)
 161         {
 162         int tid, pos;
 163         curses_tview_t *CTV=(curses_tview_t *)tv;
 164         tid = tv->curr_tid; pos = tv->left_pos;
 165         while (1) {
 166                 int c = getch();
 167                 switch (c) {
 168                         case '?': tv_win_help(CTV); break;
 169                         case '\033':
 170                         case 'q': goto end_loop;
 171                         case '/':
 172                         case 'g': tv_win_goto(CTV, &tid, &pos); break;
 173                         case 'm': tv->color_for = TV_COLOR_MAPQ; break;
 174                         case 'b': tv->color_for = TV_COLOR_BASEQ; break;
 175                         case 'n': tv->color_for = TV_COLOR_NUCL; break;
 176                         case 'c': tv->color_for = TV_COLOR_COL; break;
 177                         case 'z': tv->color_for = TV_COLOR_COLQ; break;
 178                         case 's': tv->no_skip = !tv->no_skip; break;
 179                         case 'r': tv->show_name = !tv->show_name; break;
 180                         case KEY_LEFT:
 181                         case 'h': --pos; break;
 182                         case KEY_RIGHT:
 183                         case 'l': ++pos; break;
 184                         case KEY_SLEFT:
 185                         case 'H': pos -= 20; break;
 186                         case KEY_SRIGHT:
 187                         case 'L': pos += 20; break;
 188                         case '.': tv->is_dot = !tv->is_dot; break;
 189                         case 'N': tv->base_for = TV_BASE_NUCL; break;
 190                         case 'C': tv->base_for = TV_BASE_COLOR_SPACE; break;
 191                         case 'i': tv->ins = !tv->ins; break;
 192                         case '\010': pos -= 1000; break;
 193                         case '\014': pos += 1000; break;
 194                         case ' ': pos += tv->mcol; break;
 195                         case KEY_UP:
 196                         case 'j': --tv->row_shift; break;
 197                         case KEY_DOWN:
 198                         case 'k': ++tv->row_shift; break;
 199                         case KEY_BACKSPACE:
 200                         case '\177': pos -= tv->mcol; break;
 201                         case KEY_RESIZE: getmaxyx(stdscr, tv->mrow, tv->mcol); break;
 202                         default: continue;
 203                 }
 204                 if (pos < 0) pos = 0;
 205                 if (tv->row_shift < 0) tv->row_shift = 0;
 206                 tv->my_drawaln(tv, tid, pos);
 207         }
 208 end_loop:
 209         return 0;
 210 }
 211
 212
 213
 214
 215 tview_t* curses_tv_init(const char *fn, const char *fn_fa, const char *samples)
 216         {
 217         curses_tview_t *tv = (curses_tview_t*)calloc(1, sizeof(curses_tview_t));
 218         tview_t* base=(tview_t*)tv;
 219         if(tv==0)
 220                 {
 221                 fprintf(stderr,"Calloc failed\n");
 222                 return 0;
 223                 }
 224
 225         base_tv_init(base,fn,fn_fa,samples);
 226         /* initialize callbacks */
 227 #define SET_CALLBACK(fun) base->my_##fun=curses_##fun;
 228         SET_CALLBACK(destroy);
 229         SET_CALLBACK(mvprintw);
 230         SET_CALLBACK(mvaddch);
 231         SET_CALLBACK(attron);
 232         SET_CALLBACK(attroff);
 233         SET_CALLBACK(clear);
 234         SET_CALLBACK(colorpair);
 235         SET_CALLBACK(drawaln);
 236         SET_CALLBACK(loop);
 237         SET_CALLBACK(underline);
 238 #undef SET_CALLBACK
 239
 240         initscr();
 241         keypad(stdscr, TRUE);
 242         clear();
 243         noecho();
 244         cbreak();
 245
 246         getmaxyx(stdscr, base->mrow, base->mcol);
 247         tv->wgoto = newwin(3, TV_MAX_GOTO + 10, 10, 5);
 248         tv->whelp = newwin(29, 40, 5, 5);
 249
 250         start_color();
 251         init_pair(1, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
 252         init_pair(2, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
 253         init_pair(3, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
 254         init_pair(4, COLOR_WHITE, COLOR_BLACK);
 255         init_pair(5, COLOR_GREEN, COLOR_BLACK);
 256         init_pair(6, COLOR_CYAN, COLOR_BLACK);
 257         init_pair(7, COLOR_YELLOW, COLOR_BLACK);
 258         init_pair(8, COLOR_RED, COLOR_BLACK);
 259         init_pair(9, COLOR_BLUE, COLOR_BLACK);
 260         return base;
 261         }
 262
 263
 264
 265