bam2bcf.h

   1 #ifndef BAM2BCF_H
   2 #define BAM2BCF_H
   3
   4 #include <stdint.h>
   5 #include "errmod.h"
   6 #include "bcftools/bcf.h"
   7
   8 #define B2B_INDEL_NULL 10000
   9
  10 #define B2B_FMT_DP 0x1
  11 #define B2B_FMT_SP 0x2
  12 #define B2B_FMT_DV 0x4
  13
  14 typedef struct __bcf_callaux_t {
  15         int capQ, min_baseQ;
  16         int openQ, extQ, tandemQ; // for indels
  17         int min_support, max_support; // for collecting indel candidates
  18         double min_frac, max_frac; // for collecting indel candidates
  19     int per_sample_flt; // indel filtering strategy
  20         // for internal uses
  21         int max_bases;
  22         int indel_types[4];
  23         int maxins, indelreg;
  24         char *inscns;
  25         uint16_t *bases;
  26         errmod_t *e;
  27         void *rghash;
  28 } bcf_callaux_t;
  29
  30 typedef struct {
  31         int depth, n_supp, ori_depth, qsum[4];
  32         int anno[16];
  33         float p[25];
  34     int mvd[3]; // mean variant distance, number of variant reads, average read length
  35 } bcf_callret1_t;
  36
  37 typedef struct {
  38         int a[5]; // alleles: ref, alt, alt2, alt3
  39     float qsum[4];
  40         int n, n_alleles, shift, ori_ref, unseen;
  41         int n_supp; // number of supporting non-reference reads
  42         int anno[16], depth, ori_depth;
  43         uint8_t *PL;
  44     float vdb; // variant distance bias
  45 } bcf_call_t;
  46
  47 #ifdef __cplusplus
  48 extern "C" {
  49 #endif
  50
  51         bcf_callaux_t *bcf_call_init(double theta, int min_baseQ);
  52         void bcf_call_destroy(bcf_callaux_t *bca);
  53         int bcf_call_glfgen(int _n, const bam_pileup1_t *pl, int ref_base, bcf_callaux_t *bca, bcf_callret1_t *r);
  54         int bcf_call_combine(int n, const bcf_callret1_t *calls, int ref_base /*4-bit*/, bcf_call_t *call);
  55         int bcf_call2bcf(int tid, int pos, bcf_call_t *bc, bcf1_t *b, bcf_callret1_t *bcr, int fmt_flag,
  56                                          const bcf_callaux_t *bca, const char *ref);
  57         int bcf_call_gap_prep(int n, int *n_plp, bam_pileup1_t **plp, int pos, bcf_callaux_t *bca, const char *ref,
  58                                                   const void *rghash);
  59
  60 #ifdef __cplusplus
  61 }
  62 #endif
  63
  64 #endif