Makefile

   1 CC=                     gcc
   2 CFLAGS=         -g -Wall -O2
   3 #LDFLAGS=               -Wl,-rpath,\$$ORIGIN/../lib
   4 DFLAGS=         -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
   5 KNETFILE_O=     knetfile.o
   6 LOBJS=          bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
   7                         bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
   8                         $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
   9 AOBJS=          bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
  10                         bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
  11                         bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
  12                         cut_target.o phase.o bam2depth.o padding.o bedcov.o bamshuf.o \
  13                         bam_tview_curses.o bam_tview_html.o
  14 PROG=           samtools
  15 INCLUDES=       -I.
  16 SUBDIRS=        . bcftools misc
  17 LIBPATH=
  18 LIBCURSES=      -lcurses # -lXCurses
  19
  20 .SUFFIXES:.c .o
  21 .PHONY: all lib
  22
  23 .c.o:
  24                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
  25
  26 all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur:
  27                 @target=`echo $@ | sed s/-recur//`; \
  28                 wdir=`pwd`; \
  29                 list='$(SUBDIRS)'; for subdir in $$list; do \
  30                         cd $$subdir; \
  31                         $(MAKE) CC="$(CC)" DFLAGS="$(DFLAGS)" CFLAGS="$(CFLAGS)" \
  32                                 INCLUDES="$(INCLUDES)" LIBPATH="$(LIBPATH)" $$target || exit 1; \
  33                         cd $$wdir; \
  34                 done;
  35
  36 all:$(PROG)
  37
  38 .PHONY:all lib clean cleanlocal
  39 .PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
  40
  41 lib:libbam.a
  42
  43 libbam.a:$(LOBJS)
  44                 $(AR) -csru $@ $(LOBJS)
  45
  46 samtools:lib-recur $(AOBJS)
  47                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LDFLAGS) libbam.a -Lbcftools -lbcf $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lm -lz -lpthread
  48
  49 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
  50                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz
  51
  52 bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
  53                 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $^ -lz -lpthread
  54
  55 bgzf.o:bgzf.c bgzf.h
  56                 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) -DBGZF_CACHE $(INCLUDES) bgzf.c -o $@
  57
  58 razip.o:razf.h
  59 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
  60 sam.o:sam.h bam.h
  61 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
  62 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
  63 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
  64 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
  65 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
  66 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
  67 bam_tview_curses.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
  68 bam_tview_html.o:bam.h faidx.h bam_tview.h
  69 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
  70 bam_md.o:bam.h faidx.h
  71 sam_header.o:sam_header.h khash.h
  72 bcf.o:bcftools/bcf.h
  73 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
  74 bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
  75 errmod.o:errmod.h
  76 phase.o:bam.h khash.h ksort.h
  77 bamtk.o:bam.h
  78
  79 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
  80 faidx_main.o:faidx.h razf.h
  81
  82
  83 libbam.1.dylib-local:$(LOBJS)
  84                 libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz
  85
  86 libbam.so.1-local:$(LOBJS)
  87                 $(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz
  88
  89 dylib:
  90                 @$(MAKE) cleanlocal; \
  91                 case `uname` in \
  92                         Linux) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.so.1-local;; \
  93                         Darwin) $(MAKE) CFLAGS="$(CFLAGS) -fPIC" libbam.1.dylib-local;; \
  94                         *) echo 'Unknown OS';; \
  95                 esac
  96
  97
  98 cleanlocal:
  99                 rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a *.so.* *.so *.dylib
 100
 101 clean:cleanlocal-recur