Added error detection for cases such as a read's two mates having different names or a read is both alignable and unalignable

Modified WHAT_IS_NEW

Corrected a typo in rsem-generate-data-matrix

Added .gitignore file back

Deleted a ';' at the end of RSEM v1.2.15 updates

Updated WHAT_IS_NEW

Allowed for a subset of reference sequences to be declared in an input SAM/BAM file; For any transcript not declared in the SAM/BAM file, its PME estimates and credibility intervals are set to zero.

Added advanced options for customizing Gibbs sampler and credibility interval calculation behaviors; Splitted options in 'rsem-calculate-expression' into basic and advanced options; stopped tracking of .gitignore file

Added .gitignore to ignore built files

Removed Mac ._* files from repo

Updated README.md and WHAT_IS_NEW

For genome BAM, modified MD tag accordingly

Renamed makefile as Makefile

Modified the use of uniform_01

Updated boost to v1.55.0

Added posterior standard deviation of counts as output if either '--calc-pme' or '--calc-ci' is set

Added --seed option to set random number generator seeds in 'rsem-calculate-expression'

Modified RSEM perl scripts so that RSEM directory will be added in the beginning of PATH variable

Removed '--no-bowtie' and '--no-ntog' options in 'rsem-prepare-reference' and put only raw extracted sequences in 'reference_name.transcripts.fa'

Generated two index multi-Fasta files instead, one without 'N' converted to 'G' and one with 'N' converted to 'G'.

WHAT_IS_NEW is updated

Changed the behavior of parsing GTF file. Now if a GTF line's feature is not exon and it does not contain a gene_id or transcript_id attribute, only a warning message will be produced (instead of failing the RSEM)

Use PATH env to instead the  variable

Modified the acknowledgement section of README.md

 Modified the transcript extraction behavior of 'rsem-prepare-reference'. For transcripts that cannot be extracted, instead of failing the whole script, warning information is produced. Those transcripts are ignored

Added '--seed' option for 'rsem-simulate-reads'

Modified the shebang line for perl scripts

Added support for allele-specific expression estimation

Fixed a typo in rsem-calculate-expression's document; Added multi-thread and memory options to samtools sort thanks to Dr. Samuel Arvidsson

Added Bowtie 2 support

Fixed a bug which will lead to out-of-memory error when RSEM computes ngvector for EBSeq

Removed unnecessary spaces in POD doc of rsem-calculate-expression'

Added update samtools to WHAT_IS_NEW

Modified WHAT_IS_NEW for RSEM v1.2.9

Fixed a problem that will lead compilation errors for Mac OS

README.md is updated

Updated samtools to 0.1.19

Added a file describing the format of sample_name.stat/sample_name.model

Provided a more detailed description for how to simulate RNA-Seq data using 'rsem-simulate-reads'; Provided more user-friendly error message if RSEM fails to extract transcript sequences due to the failure of reading certain chromosome sequences

Added a line in WHAT_IS_NEW for renaming of quality score related options in 'rsem-calculate-expression'

Fixed a displaying problem for rsem-run-ebseq's Pod document

Fixed loading library problem for EBSeq/install

Fixed a bug for adding EBSeq's local library path

Changed WHAT_IS_NEW

'rsem-run-ebseq': Added 'output_file.condmeans' for tests with more than 2 conditions

Added support for DE analysis on multiple conditions via running EBSeq

Renamed --phred33-quals, --phred64-quals, and --solexa-quals to --bowtie-phred33-quals, --bowtie-phred64-quals, and --bowtie-solex-quals to avoid confusion

Fixed a minor bug which only affects paired-end reads for reporting how many alignments are processed when RSEM generates BAM outputs

Install the latest version of EBSeq from Bioconductor and if fails, try to install EBSeq v1.1.5 locally. Fixed a bug in 'rsem-gen-transcript-plots', which makes 'rsem-plot-transcript-wiggles' fail

Fixed a bug in rsem-find-DE, which will crash the script if only one DE gene/isoform is found

Updated EBSeq from v1.1.5 to v1.1.6 and fixed a bug in 'rsem-generate-data-matrix', which can cause 'rsem-find-DE' to crash

Modifed README.md and WHAT_IS_NEW

Modified wiggle.cpp & wiggle.h for more accurate floating point number arithmetics. Modified rsem-gen-transcript-plots to output warning messages instead of exit the script when positions where multiread track has less coverage than uniq track are detected. Thanks Han Lin for pointing out the problem and suggesting possible fixes

Modified my_assert.h to postpone error message string generation

Removed a too stringent sanity check in rsem-gen-transcript-plots

remove .gitignore from the staging area

Added some user-friendly error messages for BamConverter.h

Modified rsem-tbam2gbam so that the original alignment quality MAPQ will be preserved if the input bam is not from RSEM

Fixed a bug that will lead perl scripts fail to find the perl module they use

Added user-friendly error messages if users forget to compile the source codes

Fixed a bug in 'EBSeq/rsem-for-ebseq-generate-ngvector-from-clustering-info' which may crash the script

Modified rsem-find-DE

Updated EBSeq to v1.1.5

- Added poly(A) tails to 'reference_name.transcripts.fa' so that the RSEM generated transcript unsorted BAM file can be fed into RSEM as an input file. However, users need to rebuild their references if they want to visualize the transcript level wiggle files and BAM files using IGV
- Modified 'rsem-tbam2gbam' to convert users' alignments from transcript BAM files into genome BAM files, provided users use 'reference_name.idx.fa' to build indices for their aligners
- Updated EBSeq from v1.1.3 to v1.1.4
- Corrected several typos in warning messages

Updated EBSeq to v1.1.4

Added --version option for rsem-calculate-expression

use if/elsif to replace switch in rsem-calculate-expression

Fixed a bug to make RSEM generated BAM file valid input for RSEM

If a gene is not expressed, its length/effective length is defined as the unweighted mean of its isoforms'

README.md is changed

Added a script, 'rsem-find-DE', to run EBSeq automatically

changed output format to contain FPKM etc. ; fixed a bug for paired-end reads

Added a user-friendly error message for rsem-sam-validator

Fixed a bug for calling pthread_join

Fixed a bug in perl scripts for printing error messages

Fix a bug on convert-sam-for-rsem for the case that a paired-end read can align to the same position with different directions

rsem v1.1.21

Tested the codes

Made the BAM output of RSEM have all information contained in the input alignments file

Included EBSeq for downstream differential expression analysis

Added some instructions on how to visualize transcript coordinate BAM/WIG files using IGV

Fixed a bug related to intermediate output displaying in wiggle.cpp

Fixed a bug related to intermediate output displaying in EM.cpp

Allowed > 2^31 hits

Modified makefile to work for gcc version 4.5.3 or higher

Modified 'convert-sam-for-rsem' so that this program will convert users' SAM/BAM files into acceptable BAM files for RSEM

Add a validator for input SAM/BAM file

Improved warning messages in rsem-gen-transcript-plots

Add warning messages for detected invalid alignments

Added .gitignore to ignore build products

Modified build rules for sam/libbam.a to enable parallel build

Thanks to Tomoaki Nishiyama for the suggestion.

[Change] Do not add --phred33-qual option if --no-qualities is enabled

The order of @SQ tags in SAM/BAM files can be arbitrary now

add --no-bam-output option to not generate output bam files

roll back to original version plus fixed a small bug in calcCI.cpp

rewrote parallelization of calcCI.cpp

rsem v1.1.16

rsem v1.1.15

rsem v1.1.14

relax the requirement about GTF attribute format