$imdName = "$temp_dir/$sampleToken";
-if (!$is_sam && !$is_bam && $phred33 + $phred64 + $solexa == 0) { $phred33 = 1; }
+if (!$is_sam && !$is_bam && !$no_qual && ($phred33 + $phred64 + $solexa == 0)) { $phred33 = 1; }
my ($mate_minL, $mate_maxL) = (1, $maxL);
if (!$is_sam && !$is_bam) {
$command = $bowtie_path."bowtie";
- if ($read_type == 0 || $read_type == 2) { $command .= " -f"; }
+ if ($no_qual) { $command .= " -f"; }
else { $command .= " -q"; }
if ($phred33) { $command .= " --phred33-quals"; }
elsif ($phred64) { $command .= " --phred64-quals"; }
elsif ($solexa) { $command .= " --solexa-quals"; }
- else { print "Oh, no!!!"; exit(2); }
$command .= " -n $C -e $E -l $L";
if ($read_type == 2 || $read_type == 3) { $command .= " -I $minL -X $maxL"; }