import mrbayes mrbayes/3.2.6
authorDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Thu, 21 Jan 2016 17:31:15 +0000 (11:31 -0600)
committerDon Armstrong <don@donarmstrong.com>
Thu, 21 Jan 2016 17:31:15 +0000 (11:31 -0600)
37 files changed:
documentation/Manual_MrBayes_v3.2.pdf [new file with mode: 0644]
documentation/commref_mb3.2.txt [new file with mode: 0644]
documentation/release_note.txt [new file with mode: 0644]
examples/avian_ovomucoids.nex [new file with mode: 0644]
examples/codon.nex [new file with mode: 0644]
examples/cynmix.nex [new file with mode: 0644]
examples/finch.nex [new file with mode: 0644]
examples/hymfossil.nex [new file with mode: 0644]
examples/primates.nex [new file with mode: 0644]
examples/replicase.nex [new file with mode: 0644]
examples/sceloporus.nex [new file with mode: 0644]
src/CompileInstructions.txt [new file with mode: 0644]
src/Makefile.in [new file with mode: 0644]
src/bayes.c [new file with mode: 0644]
src/bayes.h [new file with mode: 0644]
src/best.c [new file with mode: 0644]
src/best.h [new file with mode: 0644]
src/command.c [new file with mode: 0644]
src/command.h [new file with mode: 0644]
src/config.h.in [new file with mode: 0644]
src/configure.in [new file with mode: 0644]
src/gpl.txt [new file with mode: 0644]
src/install-sh [new file with mode: 0644]
src/likelihood.c [new file with mode: 0644]
src/likelihood.h [new file with mode: 0644]
src/mbbeagle.c [new file with mode: 0644]
src/mbbeagle.h [new file with mode: 0644]
src/mcmc.c [new file with mode: 0644]
src/mcmc.h [new file with mode: 0644]
src/model.c [new file with mode: 0644]
src/model.h [new file with mode: 0644]
src/proposal.c [new file with mode: 0644]
src/proposal.h [new file with mode: 0644]
src/sumpt.c [new file with mode: 0644]
src/sumpt.h [new file with mode: 0644]
src/utils.c [new file with mode: 0644]
src/utils.h [new file with mode: 0644]

diff --git a/documentation/Manual_MrBayes_v3.2.pdf b/documentation/Manual_MrBayes_v3.2.pdf
new file mode 100644 (file)
index 0000000..91a1e62
Binary files /dev/null and b/documentation/Manual_MrBayes_v3.2.pdf differ
diff --git a/documentation/commref_mb3.2.txt b/documentation/commref_mb3.2.txt
new file mode 100644 (file)
index 0000000..481dc3e
--- /dev/null
@@ -0,0 +1,3305 @@
+                                                                                 \r
+                                                                                 \r
+                                                                                 \r
+                                                                                 \r
+                   Command Reference for MrBayes ver. 3.2.6                   \r
+                                                                                 \r
+                   (c) John P. Huelsenbeck, Fredrik Ronquist                     \r
+                               and Maxim Teslenko                                \r
+                                                                                 \r
+                                                                                 \r
+   ***************************************************************************   \r
+   *                                                                         *   \r
+   *  1. Command summary                                                     *   \r
+   *                                                                         *   \r
+   ***************************************************************************   \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Commands that are available from the command                                  \r
+   line or from a MrBayes block include:                                         \r
+                                                                                 \r
+   About            -- Describes the program\r
+   Acknowledgments  -- Shows program acknowledgments\r
+   Calibrate        -- Assigns dates to terminals or interior nodes\r
+   Charset          -- Assigns a group of sites to a set\r
+   Charstat         -- Shows status of characters\r
+   Citations        -- Citation of program, models, and methods\r
+   Comparetree      -- Compares the trees from two tree files\r
+   Constraint       -- Defines a constraint on tree topology\r
+   Ctype            -- Assigns ordering for the characters\r
+   Databreaks       -- Defines data breaks for autodiscrete gamma model\r
+   Delete           -- Deletes taxa from the analysis\r
+   Disclaimer       -- Describes program disclaimer\r
+   Exclude          -- Excludes sites from the analysis\r
+   Execute          -- Executes a file\r
+   Help             -- Provides detailed description of commands\r
+   Include          -- Includes sites\r
+   Link             -- Links parameters across character partitions\r
+   Log              -- Logs screen output to a file\r
+   Lset             -- Sets the parameters of the likelihood model\r
+   Manual           -- Prints a command reference to a text file\r
+   Mcmc             -- Starts Markov chain Monte Carlo analysis\r
+   Mcmcp            -- Sets parameters of a chain (without starting analysis)\r
+   Outgroup         -- Changes outgroup taxon\r
+   Pairs            -- Defines nucleotide pairs (doublets) for stem models\r
+   Partition        -- Assigns a character partition\r
+   Plot             -- Plots parameters from MCMC analysis\r
+   Prset            -- Sets the priors for the parameters\r
+   Propset          -- Sets proposal probabilities and tuning parameters\r
+   Quit             -- Quits the program\r
+   Report           -- Controls how model parameters are reported\r
+   Restore          -- Restores taxa\r
+   Set              -- Sets run conditions and defines active data partition\r
+   Showbeagle       -- Show available BEAGLE resources\r
+   Showmatrix       -- Shows current character matrix\r
+   Showmcmctrees    -- Shows trees used in mcmc analysis\r
+   Showmodel        -- Shows model settings\r
+   Showmoves        -- Shows moves for current model\r
+   Showparams       -- Shows parameters in current model\r
+   Showusertrees    -- Shows user-defined trees\r
+   Speciespartition -- Defines a partition of tips into species\r
+   Ss               -- Starts stepping-stone sampling\r
+   Ssp              -- Sets parameters of stepping-stone analysis (without starting)\r
+   Startvals        -- Sets starting values of parameters\r
+   Sump             -- Summarizes parameters from MCMC analysis\r
+   Sumss            -- Summarizes parameters from stepping-stone analysis\r
+   Sumt             -- Summarizes trees from MCMC analysis\r
+   Taxastat         -- Shows status of taxa\r
+   Taxset           -- Assigns a group of taxa to a set\r
+   Unlink           -- Unlinks parameters across character partitions\r
+   Version          -- Shows program version\r
+                                                                                 \r
+   Commands that should be in a NEXUS file (data                                 \r
+   block, trees block or taxa block) include:                                                \r
+                                                                                 \r
+   Begin            -- Denotes beginning of block in file\r
+   Dimensions       -- Defines size of character matrix\r
+   End              -- Denotes end of a block in file\r
+   Endblock         -- Alternative way of denoting end of a block\r
+   Format           -- Defines character format in data block\r
+   Matrix           -- Defines matrix of characters in data block\r
+   Taxlabels        -- Defines taxon labels\r
+   Translate        -- Defines alternative names for taxa\r
+   Tree             -- Defines a tree\r
+                                                                                 \r
+   Note that this program supports the use of the shortest unambiguous           \r
+   spelling of the above commands (e.g., "exe" instead of "execute").        \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+                                                                                 \r
+   ***************************************************************************   \r
+   *                                                                         *   \r
+   *  2. MrBayes commands                                                    *   \r
+   *                                                                         *   \r
+   ***************************************************************************   \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   About                                                                         \r
+                                                                                 \r
+   This command provides some general information about the program.             \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Acknowledgments                                                               \r
+                                                                                 \r
+   This command shows the authors' acknowledgments.                              \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Calibrate                                                                     \r
+                                                                                 \r
+   This command dates a terminal or interior node in the tree. The format is     \r
+                                                                                 \r
+      calibrate <node_name> = <age_prior>                                        \r
+                                                                                 \r
+   where <node_name> is the name of a defined interior constraint node or the    \r
+   name of a terminal node (tip) and <age_prior> is a prior probability distribu-\r
+   tion on the age of the node. The latter can either be a fixed date or a date  \r
+   drawn from one of the available prior probability distributions. In general,  \r
+   the available prior probability distributions are parameterized in terms of   \r
+   the expected mean age of the distribution to facilitate for users. Some dis-  \r
+   tributions put a positive probability on all ages above 0.0, while others in- \r
+   clude a minimum-age constraint and sometimes a maximum-age constraint. The    \r
+   available distributions and their parameters are:                             \r
+                                                                                 \r
+      calibrate <node_name> = fixed(<age>)                                       \r
+      calibrate <node_name> = uniform(<min_age>,<max_age>)                       \r
+      calibrate <node_name> = offsetexponential(<min_age>,<mean_age>)            \r
+      calibrate <node_name> = truncatednormal(<min_age>,<mean_age>,<stdev>)      \r
+      calibrate <node_name> = lognormal(<mean_age>,<stdev>)                      \r
+      calibrate <node_name> = offsetlognormal(<min_age>,<mean_age>,<stdev>)      \r
+      calibrate <node_name> = gamma(<mean_age>,<stdev>)                          \r
+      calibrate <node_name> = offsetgamma(<min_age>,<mean_age>,<stdev>)          \r
+                                                                                 \r
+   Note that mean_age is always the mean age and stdev the standard deviation of \r
+   the distribution measured in user-defined time units. This way of specifying  \r
+   the distribution parameters is often different from the parameterization used \r
+   elsewhere in the program. For instance, the standard parameters of the gamma  \r
+   distribution used by MrBayes are shape (alpha) and rate (beta). If you want   \r
+   to use the standard parameterization, the conversions are as follows:         \r
+                                                                                 \r
+      exponential distributon: mean    = 1 / rate                                \r
+      gamma distributon:       mean    = alpha / beta                            \r
+                               st.dev. = square_root (alpha / beta^2)            \r
+      lognormal distributon:   mean    = exp (mean_log + st.dev._log^2/2)        \r
+                               st.dev. = square_root ((exp (st.dev._log^2) - 1)  \r
+                                         * (exp (2*mean_log + st.dev._log^2))    \r
+                                                                                 \r
+   The truncated normal distribution is an exception in that the mean_age and    \r
+   stdev parameters are the mean and standard deviation of the underlying non-   \r
+   truncated normal distribution. The truncation will cause the modified distri- \r
+   bution to have a higher mean and lower standard deviation. The magnitude of   \r
+   that effect depends on how much of the tail of the distribution is removed.   \r
+                                                                                 \r
+   Note that previous to version 3.2.2, MrBayes used the standard rate parameter-\r
+   ization of the offset exponential. This should not cause a problem in most    \r
+   cases because the old parameterization will result in an error in more recent \r
+   versions of MrBayes, and the likely source of the error is given in the error \r
+   message.                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   For a practical example, assume that we had three fossil terminals named      \r
+   'FossilA', 'FossilB', and 'FossilC'. Assume further that we want to fix the   \r
+   age of FossilA to 100.0 million years, we think that FossilB is somewhere     \r
+   between 100.0 and 200.0 million years old, and that FossilC is at least 300.0 \r
+   million years old, possibly older but relatively unlikely to be more than     \r
+   400.0 million years old. Then we might use the commands:                      \r
+                                                                                 \r
+      calibrate FossilA = fixed(100) FossilB = uniform(100,200)                  \r
+      calibrate FossilC = offsetexponential(300,400)                             \r
+                                                                                 \r
+   Note that it is possible to give more than one calibration for each           \r
+   'calibrate' statement. Thus, 'calibrate FossilA=<setting> FossilB=<setting>'  \r
+   would be a valid statement.                                                   \r
+                                                                                 \r
+   To actually use the calibrations to obtain dated trees, you also need to set  \r
+   a clock model using relevant 'brlenspr' and 'nodeagepr' options of the 'prset'\r
+   command. You may also want to examine the 'clockvarpr' and 'clockratepr' op-  \r
+   tions. Furthermore, you need to activate the relevant constraint(s) using     \r
+   'topologypr', if you use any dated interior nodes in the tree.                \r
+                                                                                 \r
+   You may wish to remove a calibration from an interior or terminal node, which \r
+   has previously been calibrated. You can do that using                         \r
+                                                                                 \r
+      calibrate <node_name> = unconstrained                                      \r
+                                                                                 \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Charset                                                                       \r
+                                                                                 \r
+   This command defines a character set. The format for the charset command      \r
+   is                                                                            \r
+                                                                                 \r
+      charset <name> = <character numbers>                                       \r
+                                                                                 \r
+   For example, "charset first_pos = 1-720\3" defines a character set         \r
+   called "first_pos" that includes every third site from 1 to 720.            \r
+   The character set name cannot have any spaces in it. The slash (\)           \r
+   is a nifty way of telling the program to assign every third (or               \r
+   second, or fifth, or whatever) character to the character set.                \r
+   This option is best used not from the command line, but rather as a           \r
+   line in the mrbayes block of a file. Note that you can use "." to           \r
+   stand in for the last character (e.g., charset 1-.\3).                       \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Charstat                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   This command shows the status of all the characters. The correct usage        \r
+   is                                                                            \r
+                                                                                 \r
+      charstat                                                                   \r
+                                                                                 \r
+   After typing "charstat", the character number, whether it is excluded       \r
+   or included, and the partition identity are shown. The output is paused       \r
+   every 100 characters. This pause can be turned off by setting autoclose       \r
+   to "yes" (set autoclose=yes).                                               \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Citations                                                                     \r
+                                                                                 \r
+   This command shows a thorough list of citations you may consider using        \r
+   when publishing the results of a MrBayes analysis.                            \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Comparetree                                                                   \r
+                                                                                 \r
+   This command compares the trees in two files, called "filename1" and        \r
+   "filename2". It will output a bivariate plot of the split frequencies       \r
+   as well as plots of the tree distance as a function of the generation. The    \r
+   plots can be used to get a quick indication of whether two runs have con-     \r
+   verged onto the same set of trees. The "Comparetree" command will also      \r
+   produce a ".pairs" file and a ".dists" file (these file endings are added \r
+   to the end of the "Outputname"). The ".pairs" file contains the paired    \r
+   split frequencies from the two tree samples; the ".dists" file contains the \r
+   tree distance values.                                                         \r
+                                                                                 \r
+   Note that the "Sumt" command provides a different set of convergence diag-  \r
+   nostics tools that you may also want to explore. Unlike "Comparetree",      \r
+   "Sumt" can compare more than two tree samples and will calculate consensus  \r
+   trees and split frequencies from the pooled samples.                          \r
+                                                                                 \r
+   Options:                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   Relburnin     -- If this option is set to 'Yes', then a proportion of the     \r
+                    samples will be discarded as burnin when calculating summary \r
+                    statistics. The proportion to be discarded is set with       \r
+                    Burninfrac (see below). When the Relburnin option is set to  \r
+                    'No', then a specific number of samples is discarded instead.\r
+                    This number is set by Burnin (see below). Note that the      \r
+                    burnin setting is shared with the 'mcmc', 'sumt', 'sump' and \r
+                    'plot' commands.                                             \r
+   Burnin        -- Determines the number of samples (not generations) that will \r
+                    be discarded when summary statistics are calculated. The     \r
+                    value of this option is only relevant when Relburnin is set  \r
+                    to 'No'.                                                     \r
+   BurninFrac    -- Determines the fraction of samples that will be discarded    \r
+                    when summary statistics are calculated. The value of this    \r
+                    option is only relevant when Relburnin is set to 'Yes'.      \r
+                    Example: A value for this option of 0.25 means that 25% of  \r
+                    the samples will be discarded.                               \r
+   Minpartfreq   -- The minimum probability of partitions to include in summary  \r
+                    statistics.                                                  \r
+   Filename1     -- The name of the first tree file to compare.                  \r
+   Filename2     -- The name of the second tree file to compare.                 \r
+   Outputname    -- Name of the file to which 'comparetree' results will be      \r
+                    printed.                                                     \r
+                                                                                 \r
+   Current settings:                                                             \r
+                                                                                 \r
+   Parameter       Options                  Current Setting                      \r
+   --------------------------------------------------------                      \r
+   Relburnin       Yes/No                   Yes                                   \r
+   Burnin          <number>                 0                                   \r
+   Burninfrac      <number>                 0.25                               \r
+   Minpartfreq     <number>                 0.00                               \r
+   Filename1       <name>                   temp.t                                   \r
+   Filename2       <name>                   temp.t                                   \r
+   Outputname      <name>                   temp.comp                                   \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Constraint                                                                    \r
+                                                                                 \r
+   This command defines a tree constraint. The format for the constraint         \r
+   command is                                                                    \r
+                                                                                 \r
+      constraint <name> [hard|negative|partial] = <taxon list> [:<taxon list>]   \r
+                                                                                 \r
+   There are three types of constraint implemented in MrBayes. The type of the   \r
+   constraint is specified by using one of the three keywords 'hard', 'negative',\r
+   or 'partial' right after the name of the constraint. If no type is specified, \r
+   then the constraint is assumed to be 'hard'.                                  \r
+                                                                                 \r
+   In a rooted tree, a 'hard' constraint forces the taxa in the list to form a   \r
+   monophyletic group. In an unrooted tree, the taxon split that separates the   \r
+   taxa in the list from other taxa is forced to be present. The interpretation  \r
+   of this depends on whether the tree is rooted on a taxon outside the list or  \r
+   a taxon in the list. If the outgroup is excluded , the taxa in the list are   \r
+   assumed to form a monophyletic group, but if the outgroup is included, the    \r
+   taxa that are not in the list are forced together.                            \r
+                                                                                 \r
+   A 'negative' constraint bans all the trees that have the listed taxa in the   \r
+   same subtree. In other words, it is the opposite of a hard constraint.        \r
+                                                                                 \r
+   A 'partial' or backbone constraint is defined in terms of two sets of taxa    \r
+   separated by a colon character. The constraint forces all taxa in the first   \r
+   list to form a monophyletic group that does not include any taxon in the      \r
+   second list. Taxa that are not included in either list can be placed in any   \r
+   position on the tree, either inside or outside the constrained group. In an   \r
+   unrooted tree, the two taxon lists can be switched with each other with no    \r
+   effect. For a rooted tree, it is the taxa in the first list that have to be   \r
+   monophyletic, that is, these taxa must share a common ancestor not shared with\r
+   any taxon in the second list. The taxa in the second list may or may not fall \r
+   in a monophyletic group depending on the rooting of the tree.                 \r
+                                                                                 \r
+   A list of taxa can be specified using a taxset, taxon names, taxon numbers, or\r
+   any combination of the above, sepatated by spaces. The constraint is treated  \r
+   as an absolute requirement of trees, that is, trees that are not compatible   \r
+   with the constraint have zero prior (and hence zero posterior) probabilty.    \r
+                                                                                 \r
+   If you are interested in inferring ancestral states for a particular node,    \r
+   you need to 'hard' constrain that node first using the 'constraint' command.  \r
+   The same applies if you wish to calibrate an interior node in a dated         \r
+   analysis. For more information on how to infer ancestral states, see the help \r
+   for the 'report' command. For more on dating, see the 'calibrate' command.    \r
+                                                                                 \r
+   It is important to note that simply defining a constraint using this          \r
+   command is not sufficient for the program to actually implement the           \r
+   constraint in an analysis. You must also enforce the constraints using        \r
+   'prset topologypr = constraints (<list of constraints>)'. For more infor-     \r
+   mation on this, see the help on the 'prset' command.                          \r
+                                                                                 \r
+   Examples:                                                                     \r
+                                                                                 \r
+      constraint myclade = Homo Pan Gorilla                                      \r
+                                                                                 \r
+   Defines a hard constraint forcing Homo, Pan, and Gorilla to form a mono-      \r
+   phyletic group or a split that does not include any other taxa.               \r
+                                                                                 \r
+      constraint forbiddenclade negative = Homo Pan Gorilla                      \r
+                                                                                 \r
+   Defines a negative constraint that associates all trees where Homon, Pan, and \r
+   Gorilla form a monophyletic group with zero posterior probability. In other   \r
+   words, such trees will not be sampled during MCMC.                            \r
+                                                                                 \r
+      constraint backbone partial = Homo Gorilla : Mus                           \r
+                                                                                 \r
+   Defines a partial constraint that keeps Mus outside of the clade defined by   \r
+   the most recent common ancestor of Homo and Gorilla. Other taxa are allowed to\r
+   sit anywhere in the tree. Note that this particular constraint is meaningless \r
+   in unrooted trees. MrBayes does not assume anything about the position of the \r
+   outgroup unless it is explicitly included in the partial constraint. Therefore\r
+   a partial constraint must have at least two taxa on each side of the ':' to be\r
+   useful in analyses of unrooted trees. The case is different for rooted trees, \r
+   where it is sufficient for a partial constraint to have more than one taxon   \r
+   before the ':', as in the example given above, to constrain tree space.       \r
+                                                                                 \r
+   To define a more complex constraint tree, simply combine constraints into a   \r
+   list when issuing the 'prset topologypr' command.                             \r
+                                                                                 \r
+                                                                                \r
+   --------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Ctype                                                                         \r
+                                                                                 \r
+   This command sets the character ordering for standard-type data. The          \r
+   correct usage is:                                                             \r
+                                                                                 \r
+      ctype <ordering>:<characters>                                              \r
+                                                                                 \r
+   The available options for the <ordering> specifier are:                       \r
+                                                                                 \r
+     unordered    -- Movement directly from one state to another is              \r
+                     allowed in an instant of time.                              \r
+     ordered      -- Movement is only allowed between adjacent characters.       \r
+                     For example, perhaps only between 0 <-> 1 and 1 <-> 2       \r
+                     for a three state character ordered as 0 - 1 - 2.           \r
+     irreversible -- Rates of change for losses are 0.                           \r
+                                                                                 \r
+   The characters to which the ordering is applied is specified in manner        \r
+   that is identical to commands such as "include" or "exclude". For         \r
+   example,                                                                      \r
+                                                                                 \r
+      ctype ordered: 10 23 45                                                    \r
+                                                                                 \r
+   defines charactes 10, 23, and 45 to be of type ordered. Similarly,            \r
+                                                                                 \r
+      ctype irreversible: 54 - 67  71-92                                         \r
+                                                                                 \r
+   defines characters 54 to 67 and characters 71 to 92 to be of type             \r
+   irreversible. You can use the "." to denote the last character, and         \r
+   "all" to denote all of the characters. Finally, you can use the             \r
+   specifier "\" to apply the ordering to every n-th character or             \r
+   you can use predefined charsets to specify the character.                     \r
+                                                                                 \r
+   Only one ordering can be used on any specific application of ctype.           \r
+   If you want to apply different orderings to different characters, then        \r
+   you need to use ctype multiple times. For example,                            \r
+                                                                                 \r
+      ctype ordered: 1-50                                                        \r
+      ctype irreversible: 51-100                                                 \r
+                                                                                 \r
+   sets characters 1 to 50 to be ordered and characters 51 to 100 to be          \r
+   irreversible.                                                                 \r
+                                                                                 \r
+   The ctype command is only sensible with morphological (here called            \r
+   "standard") characters. The program ignores attempts to apply char-         \r
+   acter orderings to other types of characters, such as DNA characters.         \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Databreaks                                                                    \r
+                                                                                 \r
+   This command is used to specify breaks in your input data matrix. Your        \r
+   data may be a mixture of genes or a mixture of different types of data.       \r
+   Some of the models implemented by MrBayes account for nonindependence at      \r
+   adjacent characters. The autocorrelated gamma model, for example, allows      \r
+   rates at adjacent sites to be correlated. However, there is no way for        \r
+   such a model to tell whether two sites, adjacent in the matrix, are           \r
+   actually separated by many kilobases or megabases in the genome. The          \r
+   databreaks command allows you to specify such breaks. The correct             \r
+   usage is:                                                                     \r
+                                                                                 \r
+      databreaks <break 1> <break 2> <break 3> ...                               \r
+                                                                                 \r
+   For example, say you have a data matrix of 3204 characters that include       \r
+   nucleotide data from three genes. The first gene covers characters 1 to       \r
+   970, the second gene covers characters 971 to 2567, and the third gene        \r
+   covers characters 2568 to 3204. Also, let's assume that the genes are         \r
+   not directly adjacent to one another in the genome, as might be likely        \r
+   if you have mitochondrial sequences. In this case, you can specify            \r
+   breaks between the genes using:                                               \r
+                                                                                 \r
+      databreaks 970 2567;                                                       \r
+                                                                                 \r
+   The first break, between genes one and two, is after character 970 and        \r
+   the second break, between genes two and three, is after character 2567.       \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Delete                                                                        \r
+                                                                                 \r
+   This command deletes taxa from the analysis. The correct usage is:            \r
+                                                                                 \r
+      delete <name and/or number and/or taxset> ...                              \r
+                                                                                 \r
+   A list of the taxon names or taxon numbers (labelled 1 to ntax in the order   \r
+   in the matrix) or taxset(s) can be used.  For example, the following:         \r
+                                                                                 \r
+      delete 1 2 Homo_sapiens                                                    \r
+                                                                                 \r
+   deletes taxa 1, 2, and the taxon labelled Homo_sapiens from the analysis.     \r
+   You can also use "all" to delete all of the taxa. For example,              \r
+                                                                                 \r
+      delete all                                                                 \r
+                                                                                 \r
+   deletes all of the taxa from the analysis. Of course, a phylogenetic anal-    \r
+   ysis that does not include any taxa is fairly uninteresting.                  \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Disclaimer                                                                    \r
+                                                                                 \r
+   This command shows the disclaimer for the program. In short, the disclaimer   \r
+   states that the authors are not responsible for any silly things you may do   \r
+   to your computer or any unforseen but possibly nasty things the computer      \r
+   program may inadvertently do to you.                                          \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Exclude                                                                       \r
+                                                                                 \r
+   This command excludes characters from the analysis. The correct usage is      \r
+                                                                                 \r
+      exclude <number> <number> <number>                                         \r
+                                                                                 \r
+   or                                                                            \r
+                                                                                 \r
+      exclude <number> - <number>                                                \r
+                                                                                 \r
+   or                                                                            \r
+                                                                                 \r
+      exclude <charset>                                                          \r
+                                                                                 \r
+   or some combination thereof. Moreover, you can use the specifier "\" to    \r
+   exclude every nth character. For example, the following                       \r
+                                                                                 \r
+      exclude 1-100\3                                                           \r
+                                                                                 \r
+   would exclude every third character. As a specific example,                   \r
+                                                                                 \r
+      exclude 2 3 10-14 22                                                       \r
+                                                                                 \r
+   excludes sites 2, 3, 10, 11, 12, 13, 14, and 22 from the analysis. Also,      \r
+                                                                                 \r
+      exclude all                                                                \r
+                                                                                 \r
+   excludes all of the characters from the analysis. Excluding all characters    \r
+   does not leave you much information for inferring phylogeny.                  \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Execute                                                                       \r
+                                                                                 \r
+   This command executes a file called <file name>. The correct usage is:        \r
+                                                                                 \r
+      execute <file name>                                                        \r
+                                                                                 \r
+   For example,                                                                  \r
+                                                                                 \r
+      execute replicase.nex                                                      \r
+                                                                                 \r
+   would execute the file named "replicase.nex". This file must be in the      \r
+   same directory as the executable.                                             \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Help                                                                          \r
+                                                                                 \r
+   This command provides useful information on the use of this program. The      \r
+   correct usage is                                                              \r
+                                                                                 \r
+      help                                                                       \r
+                                                                                 \r
+   which gives a list of all available commands with a brief description of      \r
+   each or                                                                       \r
+                                                                                 \r
+      help <command>                                                             \r
+                                                                                 \r
+   which gives detailed information on the use of <command>.                     \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Include                                                                       \r
+                                                                                 \r
+   This command includes characters that were previously excluded from the       \r
+   analysis. The correct usage is                                                \r
+                                                                                 \r
+      include <number> <number> <number>                                         \r
+                                                                                 \r
+   or                                                                            \r
+                                                                                 \r
+      include <number> - <number>                                                \r
+                                                                                 \r
+   or                                                                            \r
+                                                                                 \r
+      include <charset>                                                          \r
+                                                                                 \r
+   or some combination thereof. Moreover, you can use the specifier "\" to    \r
+   include every nth character. For example, the following                       \r
+                                                                                 \r
+      include 1-100\3                                                           \r
+                                                                                 \r
+   would include every third character. As a specific example,                   \r
+                                                                                 \r
+      include 2 3 10-14 22                                                       \r
+                                                                                 \r
+   includes sites 2, 3, 10, 11, 12, 13, 14, and 22 from the analysis. Also,      \r
+                                                                                 \r
+      include all                                                                \r
+                                                                                 \r
+   includes all of the characters in the analysis. Including all of the          \r
+   characters (even if many of them are bad) is a very total-evidence-like       \r
+   thing to do. Doing this will make a certain group of people very happy.       \r
+   On the other hand, simply using this program would make those same people     \r
+   unhappy.                                                                      \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Link                                                                          \r
+                                                                                 \r
+   This command links model parameters across partitions of the data. The        \r
+   correct usage is:                                                             \r
+                                                                                 \r
+      link <parameter name> = (<all> or <partition list>)                        \r
+                                                                                 \r
+   The list of parameters that can be linked includes:                           \r
+                                                                                 \r
+      Tratio          -- Transition/transversion rate ratio                      \r
+      Revmat          -- Substitution rates of GTR model                         \r
+      Omega           -- Nonsynonymous/synonymous rate ratio                     \r
+      Statefreq       -- Character state frequencies                             \r
+      Shape           -- Gamma/LNorm shape parameter                             \r
+      Pinvar          -- Proportion of invariable sites                          \r
+      Correlation     -- Correlation parameter of autodiscrete gamma             \r
+      Ratemultiplier  -- Rate multiplier for partitions                          \r
+      Switchrates     -- Switching rates for covarion model                      \r
+      Topology        -- Topology of tree                                        \r
+      Brlens          -- Branch lengths of tree                                  \r
+      Speciationrate  -- Speciation rates for birth-death process                \r
+      Extinctionrate  -- Extinction rates for birth-death process                \r
+      Popsize         -- Population size for coalescence process                 \r
+      Growthrate      -- Growth rate of coalescence process                      \r
+      Aamodel         -- Aminoacid rate matrix                                   \r
+      Cpprate         -- Rate of Compound Poisson Process (CPP)                  \r
+      Cppmultdev      -- Standard dev. of CPP rate multipliers (log scale)       \r
+      Cppevents       -- CPP events                                              \r
+      TK02var         -- Variance increase in TK02 relaxed clock model           \r
+      Igrvar          -- Variance increase in IGR relaxed clock model            \r
+      Mixedvar        -- Variance increase in Mixed relaxed clock model          \r
+                                                                                 \r
+   For example,                                                                  \r
+                                                                                 \r
+      link shape=(all)                                                           \r
+                                                                                 \r
+   links the gamma/lnorm shape parameter across all partitions of the data.      \r
+   You can use "showmodel" to see the current linking status of the            \r
+   characters. For more information on this command, see the help menu           \r
+   for link's converse, unlink ("help unlink");                                \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Log                                                                           \r
+                                                                                 \r
+   This command allows output to the screen to also be output to a file.         \r
+   The useage is:                                                                \r
+                                                                                 \r
+      log start/stop filename=<name> append/replace                              \r
+                                                                                 \r
+   The options are:                                                              \r
+                                                                                 \r
+   Start/Stop     -- Starts or stops logging of output to file.                  \r
+   Append/Replace -- Either append to or replace existing file.                  \r
+   Filename       -- Name of log file (currently, the name of the log            \r
+                     file is "log.out").\r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Lset                                                                          \r
+                                                                                 \r
+   This command sets the parameters of the likelihood model. The likelihood      \r
+   function is the probability of observing the data conditional on the phylo-   \r
+   genetic model. In order to calculate the likelihood, you must assume a        \r
+   model of character change. This command lets you tailor the biological        \r
+   assumptions made in the phylogenetic model. The correct usage is              \r
+                                                                                 \r
+      lset <parameter>=<option> ... <parameter>=<option>                         \r
+                                                                                 \r
+   For example, "lset nst=6 rates=gamma" would set the model to a general      \r
+   model of DNA substition (the GTR) with gamma-distributed rate variation       \r
+   across sites.                                                                 \r
+                                                                                 \r
+   Options:                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   Applyto   -- This option allows you to apply the lset commands to specific    \r
+                partitions. This command should be the first in the list of      \r
+                commands specified in lset. Moreover, it only makes sense to     \r
+                be using this command if the data have been partitioned. A       \r
+                default partition is set on execution of a matrix. If the data   \r
+                are homogeneous (i.e., all of the same data type), then this     \r
+                partition will not subdivide the characters. Up to 30 other      \r
+                partitions can be defined, and you can switch among them using   \r
+                "set partition=<partition name>". Now, you may want to         \r
+                specify different models to different partitions of the data.    \r
+                Applyto allows you to do this. For example, say you have         \r
+                partitioned the data by codon position, and you want to apply    \r
+                a nst=2 model to the first two partitions and nst=6 to the       \r
+                last. This could be implemented in two uses of lset:             \r
+                                                                                 \r
+                   lset applyto=(1,2) nst=2                                      \r
+                                                                                 \r
+                   lset applyto=(3) nst=6                                        \r
+                                                                                 \r
+                The first applies the parameters after "applyto" to the        \r
+                first and second partitions. The second lset applies nst=6       \r
+                to the third partition. You can also use applyto=(all), which    \r
+                attempts to apply the parameter settings to all of the data      \r
+                partitions. Importantly, if the option is not consistent with    \r
+                the data in the partition, the program will not apply the        \r
+                lset option to that partition.                                   \r
+   Nucmodel  -- This specifies the general form of the nucleotide substitution   \r
+                model. The options are "4by4" [the standard model of DNA       \r
+                substitution in which there are only four states (A,C,G,T/U)],   \r
+                "doublet" (a model appropriate for modelling the stem regions  \r
+                of ribosomal genes where the state space is the 16 doublets of   \r
+                nucleotides), "codon" (the substitution model is expanded      \r
+                around triplets of nucleotides--a codon), and "Protein"        \r
+                (triplets of nucleotides are translated to amino acids, which    \r
+                form the basis of the substitution model).                       \r
+   Nst       -- Sets the number of substitution types: "1" constrains all of   \r
+                the rates to be the same (e.g., a JC69 or F81 model); "2" all- \r
+                ows transitions and transversions to have potentially different  \r
+                rates (e.g., a K80 or HKY85 model); "6" allows all rates to    \r
+                be different, subject to the constraint of time-reversibility    \r
+                (e.g., a GTR model). Finally, 'nst' can be set to 'mixed', which \r
+                results in the Markov chain sampling over the space of all poss- \r
+                ible reversible substitution models, including the GTR model and \r
+                all models that can be derived from it model by grouping the six \r
+                rates in various combinations. This includes all the named models\r
+                above and a large number of others, with or without name.        \r
+   Code      -- Enforces the use of a particular genetic code. The default       \r
+                is the universal code. Other options include "vertmt" for      \r
+                vertebrate mitocondrial, "invermt", "mycoplasma", "yeast", \r
+                "ciliate", "echinoderm", "euplotid", and "metmt" (for    \r
+                metazoan mitochondrial except vertebrates).                      \r
+   Ploidy    -- Specifies the ploidy of the organism. Options are "Haploid",   \r
+                "Diploid" or "Zlinked". This option is used when a coalescent\r
+                prior is used on trees.                                          \r
+   Rates     -- Sets the model for among-site rate variation. In general, the    \r
+                rate at a site is considered to be an unknown random variable.   \r
+                The valid options are:                                           \r
+                * equal    -- No rate variation across sites.                    \r
+                * gamma    -- Gamma-distributed rates across sites. The rate     \r
+                              at a site is drawn from a gamma distribution.      \r
+                              The gamma distribution has a single parameter      \r
+                              that describes how much rates vary.                \r
+                * lnorm    -- Log Normal-distributed rates across sites. The     \r
+                              rate at a site is drawn from a lognormal           \r
+                              distribution. the lognormal distribiton has a      \r
+                              single parameter, sigma (SD) that describes how    \r
+                              much rates vary (mean fixed to log(1.0) == 0.0.    \r
+                * adgamma  -- Autocorrelated rates across sites. The marg-       \r
+                              inal rate distribution is gamma, but adjacent      \r
+                              sites have correlated rates.                       \r
+                * propinv  -- A proportion of the sites are invariable.          \r
+                * invgamma -- A proportion of the sites are invariable while     \r
+                              the rate for the remaining sites are drawn from    \r
+                              a gamma distribution.                              \r
+                Note that MrBayes versions 2.0 and earlier supported options     \r
+                that allowed site specific rates (e.g., ssgamma). In versions    \r
+                3.0 and later, site specific rates are allowed, but set using    \r
+                the 'prset ratepr' command for each partition.                   \r
+   Ngammacat -- Sets the number of rate categories for the gamma distribution.   \r
+                The gamma distribution is continuous. However, it is virtually   \r
+                impossible to calculate likelihoods under the continuous gamma   \r
+                distribution. Hence, an approximation to the continuous gamma    \r
+                is used; the gamma distribution is broken into ncat categories   \r
+                of equal weight (1/ncat). The mean rate for each category rep-   \r
+                resents the rate for the entire cateogry. This option allows     \r
+                you to specify how many rate categories to use when approx-      \r
+                imating the gamma. The approximation is better as ncat is inc-   \r
+                reased. In practice, "ncat=4" does a reasonable job of         \r
+                approximating the continuous gamma.                              \r
+                It is also used to set the number of rate categories for the     \r
+                lognormal distribution to avoid changing too much of the code,   \r
+                although the name is bad (should add Nlnormcat in future).       \r
+   Nbetacat  -- Sets the number of rate categories for the beta distribution.    \r
+                A symmetric beta distribution is used to model the stationary    \r
+                frequencies when morphological data are used. This option        \r
+                specifies how well the beta distribution will be approximated.   \r
+   Omegavar  -- Allows the nonsynonymous/synonymous rate ratio (omega) to vary   \r
+                across codons. Ny98 assumes that there are three classes, with   \r
+                potentially different omega values (omega1, omega2, omega3):     \r
+                omega2 = 1; 0 < omega1 < 1; and omega3 > 1. Like the Ny98 model, \r
+                the M3 model has three omega classes. However, their values are  \r
+                less constrained, with omega1 < omega2 < omega3. The default     \r
+                (omegavar = equal) has no variation on omega across sites.       \r
+   Covarion  -- This forces the use of a covarion-like model of substitution     \r
+                for nucleotide or amino acid data. The valid options are "yes" \r
+                and "no". The covarion model allows the rate at a site to      \r
+                change over its evolutionary history. Specifically, the site     \r
+                is either on or off. When it is off, no substitutions are poss-  \r
+                ible. When the process is on, substitutions occur according to   \r
+                a specified substitution model (specified using the other        \r
+                lset options).                                                   \r
+   Coding    -- This specifies how characters were sampled. If all site patterns \r
+                had the possibility of being sampled, then "All" should be     \r
+                specified (the default). Otherwise "Variable" (only variable   \r
+                characters had the possibility of being sampled), "Informative"\r
+                (only parsimony informative characters has the possibility of    \r
+                being sampled), "Nosingletons" (characters which are constant  \r
+                in all but one taxon were not sampled), "Noabsencesites" (char-\r
+                acters for which all taxa were coded as absent were not sampled),\r
+                "Nopresencesites" (characters for which all taxa were coded as \r
+                present were not sampled). "All" works for all data types.     \r
+                However, the others only work for morphological (All/Variable/   \r
+                Informative/Nosingletons) or restriction site (All/Variable/     \r
+                Informative/Nosingletons/Noabsencesites/Nopresencesites/         \r
+                Nosingletonpresence/Nosingletonabsence) data.                    \r
+   Parsmodel -- This forces calculation under the so-called parsimony model      \r
+                described by Tuffley and Steel (1998). The options are "yes"   \r
+                or "no". Note that the biological assumptions of this model    \r
+                are anything but parsimonious. In fact, this model assumes many  \r
+                more parameters than the next most complicated model implemented \r
+                in this program. If you really believe that the parsimony model  \r
+                makes the biological assumptions described by Tuffley and Steel, \r
+                then the parsimony method is miss-named.                         \r
+                                                                                 \r
+   Default model settings:                                                       \r
+                                                                                 \r
+   Parameter    Options                               Current Setting            \r
+   ------------------------------------------------------------------            \r
+   Nucmodel     4by4/Doublet/Codon/Protein              4by4                       \r
+   Nst          1/2/6/Mixed                             1                       \r
+   Code         Universal/Vertmt/Invermt/Yeast/Mycoplasma/                       \r
+                Ciliate/Echinoderm/Euplotid/Metmt       Universal                       \r
+   Ploidy       Haploid/Diploid/Zlinked                 Diploid                       \r
+   Rates        Equal/Gamma/LNorm/Propinv/                                       \r
+                Invgamma/Adgamma                        Equal                       \r
+   Ngammacat    <number>                                4                       \r
+   Nbetacat     <number>                                5                       \r
+   Omegavar     Equal/Ny98/M3                           Equal                       \r
+   Covarion     No/Yes                                  No                       \r
+   Coding       All/Variable/Informative/Nosingletons                            \r
+                Noabsencesites/Nopresencesites/                                  \r
+                Nosingletonabsence/Nosingletonpresence  All                       \r
+   Parsmodel    No/Yes                                  No                       \r
+   ------------------------------------------------------------------            \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Manual                                                                        \r
+                                                                                 \r
+   This command allows you to generate a text file containing help information   \r
+   on all the available commands. This text file can be used as an up-to-date    \r
+   command reference. You can set the name of the text file using the            \r
+   "filename" option; the default is "commref_mb<version>.txt".              \r
+                                                                                 \r
+   Parameter       Options                  Current Setting                      \r
+   --------------------------------------------------------                      \r
+   Filename        <name>                   commref_mb3.2.7-svn.txt                                   \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Mcmc                                                                          \r
+                                                                                 \r
+   This command starts the Markov chain Monte Carlo (MCMC) analysis. The         \r
+   posterior probability of phylogenetic trees (and other parameters of the      \r
+   substitution model) cannot be determined analytically. Instead, MCMC is       \r
+   used to approximate the posterior probabilities of trees by drawing           \r
+   (dependent) samples from the posterior distribution. This program can         \r
+   implement a variant of MCMC called "Metropolis-coupled Markov chain Monte    \r
+   Carlo", or MCMCMC for short. Basically, "Nchains" are run, with            \r
+   Nchains - 1 of them heated. The chains are labelled 1, 2, ..., Nchains.       \r
+   The heat that is applied to the i-th chain is B = 1 / (1 + temp X i). B       \r
+   is the power to which the posterior probability is raised. When B = 0, all    \r
+   trees have equal probability and the chain freely visits trees. B = 1 is      \r
+   the "cold" chain (or the distribution of interest). MCMCMC can mix          \r
+   better than ordinary MCMC; after all of the chains have gone through          \r
+   one cycle, two chains are chosen at random and an attempt is made to          \r
+   swap the states (with the probability of a swap being determined by the       \r
+   Metropolis et al. equation). This allows the chain to potentially jump        \r
+   a valley in a single bound. The correct usage is                              \r
+                                                                                 \r
+      mcmc <parameter> = <value> ... <parameter> = <value>                       \r
+                                                                                 \r
+   For example,                                                                  \r
+                                                                                 \r
+      mcmc ngen=100000 nchains=4 temp=0.5                                        \r
+                                                                                 \r
+   performs a MCMCMC analysis with four chains with the temperature set to       \r
+   0.5. The chains would be run for 100,000 cycles.                              \r
+                                                                                 \r
+   Options:                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   Ngen         -- This option sets the number of cycles for the MCMC alg-       \r
+                   orithm. This should be a big number as you want the chain     \r
+                   to first reach stationarity, and then remain there for        \r
+                   enough time to take lots of samples.                          \r
+   Nruns        -- How many independent analyses are started simultaneously.     \r
+   Nchains      -- How many chains are run for each analysis for the MCMCMC      \r
+                   variant. The default is 4: 1 cold chain and 3 heated chains.  \r
+                   If Nchains is set to 1, MrBayes will use regular MCMC sam-    \r
+                   pling, without heating.                                       \r
+   Temp         -- The temperature parameter for heating the chains. The higher  \r
+                   the temperature, the more likely the heated chains are to     \r
+                   move between isolated peaks in the posterior distribution.    \r
+                   However, excessive heating may lead to very low acceptance    \r
+                   rates for swaps between different chains. Before changing the \r
+                   default setting, however, note that the acceptance rates of   \r
+                   swaps tend to fluctuate during the burn-in phase of the run.  \r
+   Reweight     -- Here, you specify three numbers, that respectively represent  \r
+                   the percentage of characters to decrease in weight, the       \r
+                   percentage of characters to increase in weight, and the       \r
+                   increment. An increase/decrease in weight is acheived by      \r
+                   replicating/removing a character in the matrix. This is       \r
+                   only done to non-cold chains. The format for this parameter   \r
+                   is "reweight=(<number>,<number>)" or "reweight=(<number>,  \r
+                   <number>,<number>)".                                         \r
+   Swapfreq     -- This specifies how often swaps of states between chains are   \r
+                   attempted. You must be running at least two chains for this   \r
+                   option to be relevant. The default is Swapfreq=1, resulting   \r
+                   in Nswaps (see below) swaps being tried each generation of    \r
+                   the run. If Swapfreq is set to 10, then Nswaps swaps will be  \r
+                   tried every tenth generation of the run.                      \r
+   Nswaps       -- The number of swaps tried for each swapping generation of the \r
+                   chain (see also Swapfreq).                                    \r
+   Samplefreq   -- This specifies how often the Markov chain is sampled. You     \r
+                   can sample the chain every cycle, but this results in very    \r
+                   large output files. Thinning the chain is a way of making     \r
+                   these files smaller and making the samples more independent.  \r
+   Printfreq    -- This specifies how often information about the chain is       \r
+                   printed to the screen.                                        \r
+   Printall     -- If set to NO, only cold chains in a MCMC analysis are printed \r
+                   to screen. If set to YES, both cold and heated chains will be \r
+                   output. This setting only affects the printing to screen, it  \r
+                   does not change the way values are written to file.           \r
+   Printmax     -- The maximum number of chains to print to screen.              \r
+   Mcmcdiagn    -- Determines whether acceptance ratios of moves and swaps will  \r
+                   be printed to file. The file will be named similarly to the   \r
+                   '.p' and '.t' files, but will have the ending '.mcmc'. If     \r
+                   more than one independent analysis is run simultaneously (see \r
+                   Nruns below), convergence diagnostics for tree topology will  \r
+                   also be printed to this file. The convergence diagnostic used \r
+                   is the average standard deviation in partition frequency      \r
+                   values across independent analyses. The Burnin setting (see   \r
+                   below) determines how many samples will be discarded as burnin\r
+                   before calculating the partition frequencies. The Minpartfreq \r
+                   setting (see below) determines the minimum partition frequency\r
+                   required for a partition to be included in the calculation. As\r
+                   the independent analyses approach stationarity (converge), the\r
+                   value of the diagnostic is expected to approach zero.         \r
+   Diagnfreq    -- The number of generations between the calculation of MCMC     \r
+                   diagnostics (see Mcmcdiagn above).                            \r
+   Diagnstat    -- The statistic to use for run-time convergence diagnostics.    \r
+                   Choices are 'Avgstddev' for average standard deviation of     \r
+                   split frequencies and 'Maxstddev' for maximum standard devia- \r
+                   tion of split frequencies.                                    \r
+   Savetrees    -- If you are using a relative burnin for run-time convergence   \r
+                   diagnostics, tree samples need to be deleted from split       \r
+                   frequency counters as the cut-off point for the burnin moves  \r
+                   during the run. If 'Savetrees' is set to 'No', tree samples   \r
+                   to be discarded are read back in from file. If 'Savetrees' is \r
+                   set to 'Yes', the tree samples to be removed will be stored   \r
+                   in the internal memory instead. This can use up a lot of      \r
+                   memory in large analyses.                                     \r
+   Minpartfreq  -- The minimum frequency required for a partition to be included \r
+                   in the calculation of the topology convergence diagnostic. The\r
+                   partition is included if the minimum frequency is reached in  \r
+                   at least one of the independent tree samples that are com-    \r
+                   pared.                                                        \r
+   Allchains    -- If this option is set to YES, acceptance ratios for moves are \r
+                   recorded for all chains, cold or heated. By default, only the \r
+                   acceptance ratios for the cold chain are recorded.            \r
+   Allcomps     -- If this option is set to YES, topological convergence diag-   \r
+                   nostics are calculated over all pairwise comparisons of runs. \r
+                   If it is set to NO, only the overall value is reported.       \r
+   Relburnin    -- If this option is set to YES, then a proportion of the sampled\r
+                   values will be discarded as burnin when calculating the con-  \r
+                   vergence diagnostic. The proportion to be discarded is set    \r
+                   with Burninfrac (see below). When the Relburnin option is set \r
+                   to NO, then a specific number of samples will be discarded    \r
+                   instead. This number is set by Burnin (see below).            \r
+   Burnin       -- Determines the number of samples (not generations) that will  \r
+                   be discarded when convergence diagnostics are calculated.     \r
+                   The value of this option is only relevant when Relburnin is   \r
+                   set to NO.                                                    \r
+   BurninFrac   -- Determines the fraction of samples that will be discarded     \r
+                   when convergence diagnostics are calculated. The value of     \r
+                   this option is only relevant when Relburnin is set to YES.    \r
+                   Example: A value for this option of 0.25 means that 25% of   \r
+                   the samples will be discarded.                                \r
+   Stoprule     -- If this option is set to NO, then the chain is run the number \r
+                   of generations determined by Ngen. If it is set to YES, and   \r
+                   topological convergence diagnostics are calculated (Mcmcdiagn \r
+                   is set to YES), then the chain will be stopped before the pre-\r
+                   determined number of generations if the convergence diagnostic\r
+                   falls below the stop value.                                   \r
+   Stopval      -- The critical value for the topological convergence diagnostic.\r
+                   Only used when Stoprule and Mcmcdiagn are set to yes, and     \r
+                   more than one analysis is run simultaneously (Nruns > 1).     \r
+   Checkpoint   -- If this parameter is set to 'Yes', all the current parameter  \r
+                   values of all chains will be printed to a check-pointing file \r
+                   every 'Checkfreq' generation of the analysis. The file will be\r
+                   named <Filename>.ckp and allows you to restart the analysis   \r
+                   from the last check point. This can be handy if you are       \r
+                   running a long analysis and want to extend it, or if there is \r
+                   a risk that a long analysis will be inadvertently interupted  \r
+                   by hardware failure or other factors that are out of your     \r
+                   control.                                                      \r
+   Checkfreq    -- The number of generations between check-pointing. See the     \r
+                   'Checkpoint' parameter above for more information.            \r
+   Filename     -- The name of the files that will be generated. Two files       \r
+                   are generated: "<Filename>.t" and "<Filename>.p".         \r
+                   The .t file contains the trees whereas the .p file con-       \r
+                   tains the sampled values of the parameters.                   \r
+   Startparams  -- The starting values for the model parameters are set to       \r
+                   arbitrary or random values when the parameters are created.   \r
+                   These starting values can be altered using the 'Startvals'    \r
+                   command. The 'Startparams=reset' option allows you to reset   \r
+                   the starting values to the default at the start of the ana-   \r
+                   lysis, overriding any previous user-defined starting values.  \r
+                   Under the default option, 'current', the chains will use the  \r
+                   current starting values.                                      \r
+   Starttree    -- The starting tree(s) for the chain can either be randomly     \r
+                   selected or user-defined. It might be a good idea to          \r
+                   start from randomly chosen trees; convergence seems           \r
+                   likely if independently run chains, each of which             \r
+                   started from different random trees, converge to the same     \r
+                   answer. If you want the chain to start from user-defined      \r
+                   trees instead, you first need to read in your tree(s) from a  \r
+                   Nexus file with a 'trees' block, and then you need to set the \r
+                   starting tree(s) using the 'Startvals' command. Finally, you  \r
+                   need to make sure that 'Starttree' is set to 'current'. If    \r
+                   you do not set the starting tree(s), the chains will start    \r
+                   with random trees. Setting 'Starttree' to 'random' causes     \r
+                   new starting trees to be drawn randomly at the start of the   \r
+                   run, overwriting any previous user-defined starting trees.    \r
+   Nperts       -- This is the number of random perturbations to apply to the    \r
+                   user starting tree. This allows you to have something         \r
+                   between completely random and user-defined trees start        \r
+                   the chain.                                                    \r
+   Data         -- When Data is set to NO, the chain is run without data. This   \r
+                   should be used only for examining induced priors. DO NOT SET  \r
+                   'DATA' TO 'NO' UNLESS YOU KNOW WHAT YOU ARE DOING!            \r
+   Ordertaxa    -- Determines whether taxa should be ordered before trees are    \r
+                   printed to file. If set to 'Yes', terminals in the sampled    \r
+                   trees will be reordered to match the order of the taxa in the \r
+                   data matrix as closely as possible. By default, trees will be \r
+                   printed without reordering of taxa.                           \r
+   Append       -- Set this to 'Yes' to append the results of the current run to \r
+                   a previous run. MrBayes will first read in the results of the \r
+                   previous run (number of generations and sampled splits) and   \r
+                   will then continue that run where you left it off. Make sure  \r
+                   that the output file names used in the previous run are the   \r
+                   same as those in the current run.                             \r
+   Autotune     -- Set this to 'Yes' to autotune the proposals that change       \r
+                   substitution model parameters. When set to 'No', the tuning   \r
+                   parameters are fixed to their starting values. Note that the  \r
+                   autotuning occurs independently for each chain. The target    \r
+                   acceptance rate for each move can be changed using the        \r
+                   'Propset' command.                                            \r
+   Tunefreq     -- When a proposal has been tried 'Tunefreq' times, its tuning   \r
+                   parameter is adjusted to reach the target acceptance rate     \r
+                   if 'Autotune' is set to 'Yes'.                                \r
+                                                                                 \r
+   Parameter       Options               Current Setting                         \r
+   -----------------------------------------------------                         \r
+   Ngen            <number>              1000000                                      \r
+   Nruns           <number>              2                                      \r
+   Nchains         <number>              4                                      \r
+   Temp            <number>              0.100000                                     \r
+   Reweight        <number>,<number>     0.00 v 0.00 ^                       \r
+   Swapfreq        <number>              1                                      \r
+   Nswaps          <number>              1                                      \r
+   Samplefreq      <number>              500                                      \r
+   Printfreq       <number>              1000                                      \r
+   Printall        Yes/No                Yes                                      \r
+   Printmax        <number>              8                                      \r
+   Mcmcdiagn       Yes/No                Yes                                      \r
+   Diagnfreq       <number>              5000                                      \r
+   Diagnstat       Avgstddev/Maxstddev   Avgstddev                                     \r
+   Minpartfreq     <number>              0.10                                 \r
+   Allchains       Yes/No                No                                     \r
+   Allcomps        Yes/No                No                                     \r
+   Relburnin       Yes/No                Yes                                     \r
+   Burnin          <number>              0                                     \r
+   Burninfrac      <number>              0.25                                 \r
+   Stoprule        Yes/No                No                                     \r
+   Stopval         <number>              0.05                                 \r
+   Savetrees       Yes/No                No                                     \r
+   Checkpoint      Yes/No                Yes                                     \r
+   Checkfreq       <number>              2000                                     \r
+   Filename        <name>                temp.<p/t>\r
+   Startparams     Current/Reset         Current                                     \r
+   Starttree       Current/Random/       Current                                     \r
+                   Parsimony                                                    \r
+   Nperts          <number>              0                                     \r
+   Data            Yes/No                Yes                                     \r
+   Ordertaxa       Yes/No                No                                     \r
+   Append          Yes/No                No                                     \r
+   Autotune        Yes/No                Yes                                     \r
+   Tunefreq        <number>              100                                     \r
+                                                                                \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Mcmcp                                                                         \r
+                                                                                 \r
+   This command sets the parameters of the Markov chain Monte Carlo (MCMC)       \r
+   analysis without actually starting the chain. This command is identical       \r
+   in all respects to Mcmc, except that the analysis will not start after        \r
+   this command is issued. For more details on the options, check the help       \r
+   menu for Mcmc.\r
+                                                                                 \r
+   Parameter       Options               Current Setting                         \r
+   -----------------------------------------------------                         \r
+   Ngen            <number>              1000000                                      \r
+   Nruns           <number>              2                                      \r
+   Nchains         <number>              4                                      \r
+   Temp            <number>              0.100000                                     \r
+   Reweight        <number>,<number>     0.00 v 0.00 ^                       \r
+   Swapfreq        <number>              1                                      \r
+   Nswaps          <number>              1                                      \r
+   Samplefreq      <number>              500                                      \r
+   Printfreq       <number>              1000                                      \r
+   Printall        Yes/No                Yes                                      \r
+   Printmax        <number>              8                                      \r
+   Mcmcdiagn       Yes/No                Yes                                      \r
+   Diagnfreq       <number>              5000                                      \r
+   Diagnstat       Avgstddev/Maxstddev   Avgstddev                                     \r
+   Minpartfreq     <number>              0.10                                 \r
+   Allchains       Yes/No                No                                     \r
+   Allcomps        Yes/No                No                                     \r
+   Relburnin       Yes/No                Yes                                     \r
+   Burnin          <number>              0                                     \r
+   Burninfrac      <number>              0.25                                 \r
+   Stoprule        Yes/No                No                                     \r
+   Stopval         <number>              0.05                                 \r
+   Savetrees       Yes/No                No                                     \r
+   Checkpoint      Yes/No                Yes                                     \r
+   Checkfreq       <number>              2000                                     \r
+   Filename        <name>                temp.<p/t>\r
+   Startparams     Current/Reset         Current                                     \r
+   Starttree       Current/Random/       Current                                     \r
+                   Parsimony                                                    \r
+   Nperts          <number>              0                                     \r
+   Data            Yes/No                Yes                                     \r
+   Ordertaxa       Yes/No                No                                     \r
+   Append          Yes/No                No                                     \r
+   Autotune        Yes/No                Yes                                     \r
+   Tunefreq        <number>              100                                     \r
+                                                                                \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Outgroup                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   This command assigns a taxon to the outgroup. The correct usage is:           \r
+                                                                                 \r
+      outgroup <number>/<taxon name>                                             \r
+                                                                                 \r
+   For example, "outgroup 3" assigns the third taxon in the matrix to be       \r
+   the outgroup. Similarly, "outgroup Homo_sapiens" assings the taxon          \r
+   "Homo_sapiens" to be the outgroup (assuming that there is a taxon named     \r
+   "Homo_sapiens" in the matrix). Only a single taxon can be assigned to       \r
+   be the outgroup.                                                              \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Pairs                                                                         \r
+                                                                                 \r
+   This command is used to specify pairs of nucleotides. For example, your       \r
+   data may be RNA sequences with a known secondary structure of stems and       \r
+   loops. Substitutions in nucleotides involved in a Watson-Crick pairing        \r
+   in stems are not strictly independent; a change in one changes the prob-      \r
+   ability of a change in the partner. A solution to this problem is to          \r
+   expand the model around the pair of nucleotides in the stem. This             \r
+   command allows you to do this. The correct usage is:                          \r
+                                                                                 \r
+      pairs <NUC1>:<NUC2>, <NUC1>:<NUC2>,..., <NUC1>:<NUC2>;                     \r
+                                                                                 \r
+   For example,                                                                  \r
+                                                                                 \r
+      pairs 30:56, 31:55, 32:54, 33:53, 34:52, 35:51, 36:50;                     \r
+                                                                                 \r
+   specifies pairings between nucleotides 30 and 56, 31 and 55, etc. Only        \r
+   nucleotide data (DNA or RNA) may be paired using this command. Note that      \r
+   in order for the program to actually implement a "doublet" model            \r
+   involving a 16 X 16 rate matrix, you must specify that the structure of       \r
+   the model is 16 X 16 using "lset nucmodel=doublet".                         \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Partition                                                                     \r
+                                                                                 \r
+   This command allows you to specify a character partition. The format for      \r
+   this command is                                                               \r
+                                                                                 \r
+      partition <name> = <num parts>:<chars in first>, ...,<chars in last>       \r
+                                                                                 \r
+   For example, "partition by_codon = 3:1st_pos,2nd_pos,3rd_pos" specifies     \r
+   a partition called "by_codon" which consists of three parts (first,         \r
+   second, and third codon positions). Here, we are assuming that the sites      \r
+   in each partition were defined using the charset command. You can specify     \r
+   a partition without using charset as follows:                                 \r
+                                                                                 \r
+      partition by_codon = 3:1 4 6 9 12,2 5 7 10 13,3 6 8 11 14                  \r
+                                                                                 \r
+   However, we recommend that you use the charsets to define a set of char-      \r
+   acters and then use these predefined sets when defining the partition.        \r
+   Also, it makes more sense to define a partition as a line in the mrbayes      \r
+   block than to issue the command from the command line (then again, you        \r
+   may be a masochist, and want to do extra work).                               \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Plot                                                                          \r
+                                                                                 \r
+   This command plots specified parameters in the .p file or one of the .p files \r
+   created during an MCMC analysis. An x-y graph of the parameter over the course\r
+   of the chain is created. The command can be useful for visually diagnosing    \r
+   convergence for many of the parameters of the phylogenetic model. The para-   \r
+   meter to be plotted is specified by the "parameter" option. Several para-   \r
+   meters can be plotted at once by using the "match" option, which has a      \r
+   default value of "perfect". For example, if you were to set "parameter = pi"\r
+   and "match = consistentwith", then all of the state frequency parameters    \r
+   would be plotted. You can also set "match=all", in which case all of the    \r
+   parameters are plotted.                                                       \r
+                                                                                 \r
+   Note that the "Sump" command provides a different set of convergence diag-  \r
+   nostics tools that you may also want to explore. Unlike "Plot", "Sump" can\r
+   compare two or more parameter samples and will calculate convergence diagnos- \r
+   tics as wel as parameter summaries for the pooled sample.                     \r
+                                                                                 \r
+   Options:                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   Relburnin     -- If this option is set to 'Yes', then a proportion of the     \r
+                    samples will be discarded as burnin when creating the plot.  \r
+                    The proportion to be discarded is set with Burninfrac (see   \r
+                    Burninfrac below). When the Relburnin option is set to 'No', \r
+                    then a specific number of samples is discarded instead. This \r
+                    number is set by Burnin (see below). Note that the burnin    \r
+                    setting is shared across the 'comparetree', 'sump' and 'sumt'\r
+                    commands.                                                    \r
+   Burnin        -- Determines the number of samples (not generations) that will \r
+                    be discarded when summary statistics are calculated. The     \r
+                    value of this option is only relevant when Relburnin is set  \r
+                    to 'No'.                                                     \r
+   Burninfrac    -- Determines the fraction of samples that will be discarded    \r
+                    when creating a plot. The value of this parameter is only    \r
+                    relevant when Relburnin is set to 'Yes'. Example: A value of \r
+                    this option of 0.25 means that 25% of the samples will be   \r
+                    discarded.                                                   \r
+   Filename      -- The name of the file to plot.                                \r
+   Parameter     -- Specification of parameters to be plotted. See above for     \r
+                    details.                                                     \r
+   Match         -- Specifies how to match parameter names to the Parameter      \r
+                    specification. See above for details.                        \r
+                                                                                 \r
+   Current settings:                                                             \r
+                                                                                 \r
+   Parameter       Options                      Current Setting                  \r
+   ------------------------------------------------------------                  \r
+   Relburnin       Yes/No                       Yes                               \r
+   Burnin          <number>                     0                               \r
+   Burninfrac      <number>                     0.25                           \r
+   Filename        <name>                       temp.p                               \r
+   Parameter       <name>                       lnL                               \r
+   Match           Perfect/Consistentwith/All   Perfect                               \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Prset                                                                         \r
+                                                                                 \r
+   This command sets the priors for the phylogenetic model. Remember that        \r
+   in a Bayesian analysis, you must specify a prior probability distribution     \r
+   for the parameters of the likelihood model. The prior distribution rep-       \r
+   resents your prior beliefs about the parameter before observation of the      \r
+   data. This command allows you to tailor your prior assumptions to a large     \r
+   extent.                                                                       \r
+                                                                                 \r
+   Options:                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   Applyto       -- This option allows you to apply the prset commands to        \r
+                    specific partitions. This command should be the first        \r
+                    in the list of commands specified in prset. Moreover, it     \r
+                    only makes sense to be using this command if the data        \r
+                    have been partitioned. A default partition is set on         \r
+                    execution of a matrix. If the data are homogeneous           \r
+                    (i.e., all of the same data type), then this partition       \r
+                    will not subdivide the characters. Up to 30 other part-      \r
+                    itions can be defined, and you can switch among them using   \r
+                    "set partition=<partition name>". Now, you may want to     \r
+                    specify different priors to different partitions of the      \r
+                    data. Applyto allows you to do this. For example, say        \r
+                    you have partitioned the data by codon position, and         \r
+                    you want to fix the statefreqs to equal for the first two    \r
+                    partitions but apply a flat Dirichlet prior to the state-    \r
+                    freqs of the last. This could be implemented in two uses of  \r
+                    prset:                                                       \r
+                                                                                 \r
+                       prset applyto=(1,2) statefreqs=fixed(equal)               \r
+                                                                                 \r
+                       prset applyto=(3) statefreqs=dirichlet(1,1,1,1)           \r
+                                                                                 \r
+                    The first applies the parameters after "applyto"           \r
+                    to the first and second partitions. The second prset         \r
+                    applies a flat Dirichlet to the third partition. You can     \r
+                    also use applyto=(all), which attempts to apply the para-    \r
+                    meter settings to all of the data partitions. Importantly,   \r
+                    if the option is not consistent with the data in the part-   \r
+                    ition, the program will not apply the prset option to        \r
+                    that partition.                                              \r
+   Tratiopr      -- This parameter sets the prior for the transition/trans-      \r
+                    version rate ratio (tratio). The options are:                \r
+                                                                                 \r
+                       prset tratiopr = beta(<number>, <number>)                 \r
+                       prset tratiopr = fixed(<number>)                          \r
+                                                                                 \r
+                    The program assumes that the transition and transversion     \r
+                    rates are independent gamma-distributed random variables     \r
+                    with the same scale parameter when beta is selected. If you  \r
+                    want a diffuse prior that puts equal emphasis on transition/ \r
+                    transversion rate ratios above 1.0 and below 1.0, then use a \r
+                    flat Beta, beta(1,1), which is the default. If you wish to   \r
+                    concentrate this distribution more in the equal-rates region,\r
+                    then use a prior of the type beta(x,x), where the magnitude  \r
+                    of x determines how much the prior is concentrated in the    \r
+                    equal rates region. For instance, a beta(20,20) puts more    \r
+                    probability on rate ratios close to 1.0 than a beta(1,1). If \r
+                    you think it is likely that the transition/transversion rate \r
+                    ratio is 2.0, you can use a prior of the type beta(2x,x),    \r
+                    where x determines how strongly the prior is concentrated on \r
+                    tratio values near 2.0. For instance, a beta(2,1) is much    \r
+                    more diffuse than a beta(80,40) but both have the expected   \r
+                    tratio 2.0 in the absence of data. The parameters of the     \r
+                    Beta can be interpreted as counts: if you have observed x    \r
+                    transitions and y transversions, then a beta(x+1,y+1) is a   \r
+                    good representation of this information. The fixed option    \r
+                    allows you to fix the tratio to a particular value.          \r
+   Revmatpr      -- This parameter sets the prior for the substitution rates     \r
+                    of the GTR model for nucleotide data. The options are:       \r
+                                                                                 \r
+                       prset revmatpr = dirichlet(<number>,<number>,...,<number>)\r
+                       prset revmatpr = fixed(<number>,<number>,...,<number>)    \r
+                                                                                 \r
+                    The program assumes that the six substitution rates          \r
+                    are independent gamma-distributed random variables with the  \r
+                    same scale parameter when dirichlet is selected. The six     \r
+                    numbers in brackets each corresponds to a particular substi- \r
+                    tution type. Together, they determine the shape of the prior.\r
+                    The six rates are in the order A<->C, A<->G, A<->T, C<->G,   \r
+                    C<->T, and G<->T. If you want an uninformative prior you can \r
+                    use dirichlet(1,1,1,1,1,1), also referred to as a 'flat'     \r
+                    Dirichlet. This is the default setting. If you wish a prior  \r
+                    where the C<->T rate is 5 times and the A<->G rate 2 times   \r
+                    higher, on average, than the transversion rates, which are   \r
+                    all the same, then you should use a prior of the form        \r
+                    dirichlet(x,2x,x,x,5x,x), where x determines how much the    \r
+                    prior is focused on these particular rates. For more info,   \r
+                    see tratiopr. The fixed option allows you to fix the substi- \r
+                    tution rates to particular values.                           \r
+   Revratepr     -- This parameter sets the prior for each substitution rate of  \r
+                    the GTR model subspace when 'nst' is set to 'mixed' (see the \r
+                    'lset' command). The only option is                          \r
+                                                                                 \r
+                       prset revratepr = symdir(<number>)                        \r
+                                                                                 \r
+                    which will associate each independent rate in the rate matrix\r
+                    with a modified symmetric Dirichlet prior, where a singleton \r
+                    rate has the specified alpha parameter, while a rate that    \r
+                    applies to n pairwise substitution types has an alpha that is\r
+                    n times the specified number. The higher the specified num-  \r
+                    ber, the more focused the prior will be on equal rates. The  \r
+                    default value is 1, which gives an effect similar to a flat  \r
+                    Dirichlet.                                                   \r
+   Aamodelpr     -- This parameter sets the rate matrix for amino acid data.     \r
+                    You can either fix the model by specifying aamodelpr=fixed   \r
+                    (<model name>), where <model name> is 'poisson' (a glorified \r
+                    Jukes-Cantor model), 'jones', 'dayhoff', 'mtrev', 'mtmam',   \r
+                    'wag', 'rtrev', 'cprev', 'vt', 'blosum', 'lg', 'equalin'     \r
+                    (a glorified Felsenstein 1981 model), or 'gtr'. You can also \r
+                    average over the first ten models by specifying aamodelpr=   \r
+                    mixed. If you do so, the Markov chain will sample each model \r
+                    according to its probability. The sampled model is reported  \r
+                    as an index: poisson(0), jones(1), dayhoff(2), mtrev(3),     \r
+                    mtmam(4), wag(5), rtrev(6), cprev(7), vt(8), or blosum(9).   \r
+                    The 'Sump' command summarizes the MCMC samples and calculates\r
+                    the posterior probability estimate for each of these models. \r
+   Aarevmatpr    -- This parameter sets the prior for the substitution rates     \r
+                    of the GTR model for amino acid data. The options are:       \r
+                                                                                 \r
+                       prset aarevmatpr = dirichlet(<number>,<number>,...,<number>)\r
+                       prset aarevmatpr = fixed(<number>,<number>,...,<number>)  \r
+                                                                                 \r
+                    The options are the same as those for 'Revmatpr' except that \r
+                    they are defined over the 190 rates of the time-reversible   \r
+                    GTR model for amino acids instead of over the 6 rates of the \r
+                    GTR model for nucleotides. The rates are in the order A<->R, \r
+                    A<->N, etc to Y<->V. In other words, amino acids are listed  \r
+                    in alphabetic order based on their full name. The first amino\r
+                    acid (Alanine) is then combined in turn with all amino acids \r
+                    following it in the list, starting with amino acid 2 (Argi-  \r
+                    nine) and finishing with amino acid 20 (Valine). The second  \r
+                    amino acid (Arginine) is then combined in turn with all amino\r
+                    acids following it, starting with amino acid 3 (Asparagine)  \r
+                    and finishing with amino acid 20 (Valine), and so on.        \r
+   Omegapr       -- This parameter specifies the prior on the nonsynonymous/     \r
+                    synonymous rate ratio. The options are:                      \r
+                                                                                 \r
+                       prset omegapr = dirichlet(<number>,<number>)              \r
+                       prset omegapr = fixed(<number>)                           \r
+                                                                                 \r
+                    This parameter is only in effect if the nucleotide sub-      \r
+                    stitution model is set to codon using the lset command       \r
+                    (lset nucmodel=codon). Moreover, it only applies to the      \r
+                    case when there is no variation in omega across sites (i.e., \r
+                    "lset omegavar=equal").                                    \r
+   Ny98omega1pr  -- This parameter specifies the prior on the nonsynonymous/     \r
+                    synonymous rate ratio for sites under purifying selection.   \r
+                    The options are:                                             \r
+                                                                                 \r
+                       prset Ny98omega1pr = beta(<number>,<number>)              \r
+                       prset Ny98omega1pr = fixed(<number>)                      \r
+                                                                                 \r
+                    This parameter is only in effect if the nucleotide sub-      \r
+                    stitution model is set to codon using the lset command       \r
+                    (lset nucmodel=codon). Moreover, it only applies to the      \r
+                    case where omega varies across sites using the model of      \r
+                    Nielsen and Yang (1998) (i.e., "lset omegavar=ny98"). If   \r
+                    fixing the parameter, you must specify a number between      \r
+                    0 and 1.                                                     \r
+   Ny98omega3pr  -- This parameter specifies the prior on the nonsynonymous/     \r
+                    synonymous rate ratio for positively selected sites. The     \r
+                    options are:                                                 \r
+                                                                                 \r
+                       prset Ny98omega3pr = uniform(<number>,<number>)           \r
+                       prset Ny98omega3pr = exponential(<number>)                \r
+                       prset Ny98omega3pr = fixed(<number>)                      \r
+                                                                                 \r
+                    This parameter is only in effect if the nucleotide sub-      \r
+                    stitution model is set to codon using the lset command       \r
+                    (lset nucmodel=codon). Moreover, it only applies to the      \r
+                    case where omega varies across sites according to the        \r
+                    NY98 model. Note that if the NY98 model is specified         \r
+                    that this parameter must be greater than 1, so you should    \r
+                    not specify a uniform(0,10) prior, for example.              \r
+   M3omegapr     -- This parameter specifies the prior on the nonsynonymous/     \r
+                    synonymous rate ratios for all three classes of sites for    \r
+                    the M3 model. The options are:                               \r
+                                                                                 \r
+                       prset M3omegapr = exponential                             \r
+                       prset M3omegapr = fixed(<number>,<number>,<number>)       \r
+                                                                                 \r
+                    This parameter is only in effect if the nucleotide sub-      \r
+                    stitution model is set to codon using the lset command       \r
+                    (lset nucmodel=codon). Moreover, it only applies to the      \r
+                    case where omega varies across sites using the M3 model of   \r
+                    Yang et al. (2000) (i.e., "lset omegavar=M3"). Under the   \r
+                    exponential prior, the four rates (dN1, dN2, dN3, and dS)    \r
+                    are all considered to be independent draws from the same     \r
+                    exponential distribution (the parameter of the exponential   \r
+                    does not matter, and so you don't need to specify it). The   \r
+                    rates dN1, dN2, and dN3 are taken to be the order statistics \r
+                    with dN1 < dN2 < dN3. These three rates are all scaled to    \r
+                    the same synonymous rate, dS. The other option is to simply  \r
+                    fix the three rate ratios to some values.                    \r
+   Codoncatfreqs -- This parameter specifies the prior on frequencies of sites   \r
+                    under purifying, neutral, and positive selection. The        \r
+                    options are:                                                 \r
+                                                                                 \r
+                       prset codoncatfreqs = dirichlet(<num>,<num>,<num>)        \r
+                       prset codoncatfreqs = fixed(<number>,<number>,<number>)   \r
+                                                                                 \r
+                    This parameter is only in effect if the nucleotide sub-      \r
+                    stitution model is set to codon using the lset command       \r
+                    (lset nucmodel=codon). Moreover, it only applies to the      \r
+                    case where omega varies across sites using the models of     \r
+                    Nielsen and Yang (1998) (i.e., "lset omegavar=ny98")       \r
+                    or Yang et al. (2000) (i.e., "lset omegavar=M3")           \r
+                    Note that the sum of the three frequencies must be 1.        \r
+   Statefreqpr   -- This parameter specifies the prior on the state freq-        \r
+                    uencies. The options are:                                    \r
+                                                                                 \r
+                       prset statefreqpr = dirichlet(<number>)                   \r
+                       prset statefreqpr = dirichlet(<number>,...,<number>)      \r
+                       prset statefreqpr = fixed(equal)                          \r
+                       prset statefreqpr = fixed(empirical)                      \r
+                       prset statefreqpr = fixed(<number>,...,<number>)          \r
+                                                                                 \r
+                    For the dirichlet, you can specify either a single number    \r
+                    or as many numbers as there are states. If you specify a     \r
+                    single number, then the prior has all states equally         \r
+                    probable with a variance related to the single parameter     \r
+                    passed in.                                                   \r
+   Shapepr       -- This parameter specifies the prior for the gamma/lnorm shape \r
+                    parameter for among-site rate variation. The options are:    \r
+                                                                                 \r
+                       prset shapepr = uniform(<number>,<number>)                \r
+                       prset shapepr = exponential(<number>)                     \r
+                       prset shapepr = fixed(<number>)                           \r
+                                                                                 \r
+   Pinvarpr      -- This parameter specifies the prior for the proportion of     \r
+                    invariable sites. The options are:                           \r
+                                                                                 \r
+                       prset pinvarpr = uniform(<number>,<number>)               \r
+                       prset pinvarpr = fixed(<number>)                          \r
+                                                                                 \r
+                    Note that the valid range for the parameter is between 0     \r
+                    and 1. Hence, "prset pinvarpr=uniform(0,0.8)" is valid     \r
+                    while "prset pinvarpr=uniform(0,10)" is not. The def-      \r
+                    ault setting is "prset pinvarpr=uniform(0,1)".             \r
+   Ratecorrpr    -- This parameter specifies the prior for the autocorrelation   \r
+                    parameter of the autocorrelated gamma distribution for       \r
+                    among-site rate variation. The options are:                  \r
+                                                                                 \r
+                       prset ratecorrpr = uniform(<number>,<number>)             \r
+                       prset ratecorrpr = fixed(<number>)                        \r
+                                                                                 \r
+                    Note that the valid range for the parameter is between -1    \r
+                    and 1. Hence, "prset ratecorrpr=uniform(-1,1)" is valid    \r
+                    while "prset ratecorrpr=uniform(-11,10)" is not. The       \r
+                    default setting is "prset ratecorrpr=uniform(-1,1)".       \r
+   Covswitchpr   -- This option sets the prior for the covarion switching        \r
+                    rates. The options are:                                      \r
+                                                                                 \r
+                       prset covswitchpr = uniform(<number>,<number>)            \r
+                       prset covswitchpr = exponential(<number>)                 \r
+                       prset covswitchpr = fixed(<number>,<number>)              \r
+                                                                                 \r
+                    The covarion model has two rates: a rate from on to off      \r
+                    and a rate from off to on. The rates are assumed to have     \r
+                    independent priors that individually are either uniformly    \r
+                    or exponentially distributed. The other option is to         \r
+                    fix the switching rates, in which case you must specify      \r
+                    both rates. (The first number is off->on and the second      \r
+                    is on->off).                                                 \r
+   Symdirihyperpr - This option sets the prior for the stationary frequencies    \r
+                    of the states for morphological (standard) data. There can   \r
+                    be as many as 10 states for standard data. However, the      \r
+                    labelling of the states is somewhat arbitrary. For example,  \r
+                    the state "1" for different characters does not have the   \r
+                    same meaning. This is not true for DNA characters, for ex-   \r
+                    ample, where a "G" has the same meaning across characters. \r
+                    The fact that the labelling of morphological characters is   \r
+                    arbitrary makes it difficult to allow unequal character-     \r
+                    state frequencies. MrBayes gets around this problem by       \r
+                    assuming that the states have a symmetric Dirichlet prior    \r
+                    (i.e. all Dirichlet parameters are equal). The variation in  \r
+                    the Dirichlet can be controlled by this parameter.           \r
+                    Symdirihyperpr specifies the distribution on the parameter   \r
+                    of the symmetric Dirichlet. The valid options are:           \r
+                                                                                 \r
+                       prset Symdirihyperpr = uniform(<number>,<number>)         \r
+                       prset Symdirihyperpr = exponential(<number>)              \r
+                       prset Symdirihyperpr = fixed(<number>)                    \r
+                       prset Symdirihyperpr = fixed(infinity)                    \r
+                                                                                 \r
+                    If "fixed(infinity)" is chosen, the Dirichlet prior is     \r
+                    fixed such that all character states have equal frequency.   \r
+   Topologypr    -- This parameter specifies the prior probabilities of          \r
+                    phylogenies. The options are:                                \r
+                                                                                 \r
+                       prset topologypr = uniform                                \r
+                       prset topologypr = speciestree                            \r
+                       prset topologypr = constraints(<list>)                    \r
+                       prset topologypr = fixed(<treename>)                      \r
+                                                                                 \r
+                    If the prior is selected to be "uniform", the default,     \r
+                    then all possible trees are considered a priori equally      \r
+                    probable. The 'speciestree' option is used when the topology \r
+                    is constrained to fold inside a species tree together with   \r
+                    other (gene) trees. The constraints option allows you to     \r
+                    specify complicated prior probabilities on trees (constraints\r
+                    are discussed more fully in "help constraint"). Note that  \r
+                    you must specify a list of constraints that you wish to be   \r
+                    obeyed. The list can be either the constraints' name or      \r
+                    number. Finally, you can fix the topology to that of a user  \r
+                    tree defined in a trees block. Branch lengths will still be  \r
+                    sampled as usual on the fixed topology.                      \r
+   Brlenspr      -- This parameter specifies the prior probability dist-         \r
+                    ribution on branch lengths. The options are specified using: \r
+                                                                                 \r
+                       prset brlenspr = <setting>                                \r
+                                                                                 \r
+                    where <setting> is one of                                    \r
+                                                                                 \r
+                       unconstrained:uniform(<num>,<num>)                        \r
+                       unconstrained:exponential(<number>)                       \r
+                       unconstrained:twoexp(<num>,<num>)                         \r
+                       unconstrained:gammadir(<num>,<num>,<num>,<num>)           \r
+                       unconstrained:invgamdir(<num>,<num>,<num>,<num>)          \r
+                       clock:uniform                                             \r
+                       clock:birthdeath                                          \r
+                       clock:coalescence                                         \r
+                       clock:fossilization                                       \r
+                       clock:speciestree                                         \r
+                       fixed(<treename>)                                         \r
+                                                                                 \r
+                    Trees with unconstrained branch lengths are unrooted         \r
+                    whereas clock-constrained trees are rooted. The option       \r
+                    after the colon specifies the details of the probability     \r
+                    density of branch lengths. If you choose a birth-death       \r
+                    or coalescence prior, you may want to modify the details     \r
+                    of the parameters of those processes (speciation rate,       \r
+                    extinction rate and sample probability for the birth-death   \r
+                    prior; population size and clock rate parameter for the      \r
+                    coalescence prior). When gene trees are constrained to fold  \r
+                    inside species trees, the appropriate branch length prior is \r
+                    'clock:speciestree'. Under this model, it is possible to     \r
+                    control whether the population size is constant or variable  \r
+                    across the species tree using the 'popvarpr' setting.        \r
+                    Branch lengths can also be fixed but only if the topology is \r
+                    fixed.                                                       \r
+                                                                                 \r
+                    For unconstrained branch lengths, MrBayes offers five alter- \r
+                    native prior distributions. The first two are the simple     \r
+                    'uniform' and 'exponential' priors. The 'uniform' prior takes\r
+                    two parameters, the lower and upper bound of the uniform dis-\r
+                    tribution, respectively. The 'exponential' prior takes a sin-\r
+                    gle parameter, the rate of the exponential distribution. The \r
+                    mean of the exponential distribution is the inverse of the   \r
+                    rate. For instance, an 'exp(10)' distribution has an expected\r
+                    mean of 0.1.                                                 \r
+                    MrBayes also offers three more complex prior distributions   \r
+                    on unconstrained branch lengths. The two-exponential prior   \r
+                    (Yang and Rannala 2005; Yang 2007) uses two different expo-  \r
+                    nential distributions, one for internal and one for external \r
+                    branch lengths. The two-exponential prior is invoked using   \r
+                    'twoexp(<r_I>,<r_E>)', where '<r_I>' is a number specifying  \r
+                    the rate of the exponential distribution on internal branch  \r
+                    lengths, while '<r_E>' is the rate for external branch       \r
+                    lengths. The prior mean for internal branch lengths is then  \r
+                    1/r_I, and for external ones is 1/r_E. For instance, to set  \r
+                    prior mean of internal branch lengths to 0.01, and external  \r
+                    ones to 0.1, use 'twoexp(100,10)'.                           \r
+                    The setting 'twoexp(10,10)' is equivalent to 'exp(10)'.      \r
+                    The compound Dirichlet priors 'gammadir(<a_T>,<b_T>,<a>,<c>)'\r
+                    and 'invgamdir(<a_T>,<b_T>,<a>,<c>)' specify a fairly diffuse\r
+                    prior on tree length 'T', and then partition the tree length \r
+                    into branch lengths according to a Dirichlet distribution    \r
+                    (Rannala et al. 2012). If 'T' is considered drawn from a     \r
+                    gamma distribution with parameters a_T and b_T, and with mean\r
+                    a_T/b_T, we recommend setting a_T = 1; if it is instead con- \r
+                    sidered drawn from an inverse gamma (invgamma) distribution  \r
+                    with parameters a_T and b_T, and with mean b_T/(a_T -1), then\r
+                    we reccommend setting a_T = 3. In the latter case, b_T should\r
+                    be chosen so that the prior mean of T is reasonable for the  \r
+                    data. In the former case, setting b_T = 0.1 (corresponding to\r
+                    a mean tree length of 10) should be appropriate for a wide   \r
+                    range of tree lengths (at least in the interval 1 to 100).   \r
+                    The concentration parameter a of the Dirichlet distribution  \r
+                    is inversely related to the variance of the branch lengths,  \r
+                    while c is the ratio of the prior means for the internal and \r
+                    external branch lengths. The default setting, a = c = 1,     \r
+                    specifies a uniform Dirichlet distribution of branch lengths \r
+                    given the tree length. For instance, 'gammadir(1,0.1,1,1)'   \r
+                    specifies a compound Dirichlet prior on branch lengths, where\r
+                    tree length is associated with a gamma distribution with mean\r
+                    10, and branch length proportions are associated with a uni- \r
+                    form Dirichlet distribution (default).                       \r
+                                                                                 \r
+                    For clock trees with calibrated external nodes (fossils),    \r
+                    MrBayes also offers the fossilized birth-death prior:        \r
+                    'clock:fossilization'.                                       \r
+                    If 'SampleStrat' is set to 'fossiltip', it assumes that upon \r
+                    sampling the lineage is dead and won't produce descendants,  \r
+                    meaning each fossil sample is a tip. If 'SampleStrat' is set \r
+                    to 'random' (default), fossils are sampled serially along the\r
+                    birth-death tree (Stadler 2010), so they can be tips or an-  \r
+                    cestors. See 'Speciationpr', 'Extinctionpr', 'SampleStrat',  \r
+                    'Fossilizationpr' for more information.                      \r
+                                                                                 \r
+   Treeagepr     -- This parameter specifies the prior probability distribution  \r
+                    on the tree age when a uniform or fossilization prior is used\r
+                    on the branch lengths of a clock tree.                       \r
+                                                                                 \r
+                    The options are:                                             \r
+                                                                                 \r
+                       prset treeagepr = <setting>                               \r
+                                                                                 \r
+                    where <setting> is one of                                    \r
+                                                                                 \r
+                       fixed(<age>)                                              \r
+                       uniform(<min_age>,<max_age>)                              \r
+                       offsetexponential(<min_age>,<mean_age>)                   \r
+                       truncatednormal(<min_age>,<mean_age>,<st.dev.>)           \r
+                       lognormal(<mean_age>,<st.dev.>)                           \r
+                       offsetlognormal(<min_age>,<mean_age>,<st.dev.>)           \r
+                       gamma(<mean_age>,<st.dev.>)                               \r
+                       offsetgamma(<min_age>,<mean_age>,<st.dev.>)               \r
+                                                                                 \r
+                    These are the same options used for the 'Calibrate' command. \r
+                    Note that, unlike elsewhere in MrMayes, we always use the    \r
+                    mean and standard deviation of the resulting age distribution\r
+                    rather than the standard parameterization, if different. This\r
+                    is to facilitate for the users who want to focus on the in-  \r
+                    formation conveyed about the age. For those who wish to use  \r
+                    the standard parameterization, there are simple conversions  \r
+                    between the two. See the 'Calibrate' command for more infor- \r
+                    mation.                                                      \r
+                                                                                 \r
+                    The tree age is simply the age of the most recent common     \r
+                    ancestor of the tree. If the clock rate is fixed to 1.0,     \r
+                    which is the default, the tree age is equivalent to the      \r
+                    expected number of substitutions from the root to the tip of \r
+                    the tree, that is, tree height. The tree age prior ensures   \r
+                    that the joint probability for the uniform prior (or fossil- \r
+                    ization prior) model of branch lengths on a clock tree is    \r
+                    proper. The default setting is 'gamma(1,1)'. If the root node\r
+                    in the tree is calibrated, the root calibration replaces the \r
+                    tree age prior.                                              \r
+   Speciationpr  -- This parameter sets the prior on the net speciation rate (net\r
+                    diversification), that is, (lambda - mu) in the birth-death  \r
+                    model and the general case of fossilized birth-death model.  \r
+                    Or, (lambda - mu - psi) in the special case of f-b-d model   \r
+                    (fossiltip). Values of this parameter are > 0. Prior options:\r
+                                                                                 \r
+                       prset speciationpr = uniform(<number>,<number>)           \r
+                       prset speciationpr = exponential(<number>)                \r
+                       prset speciationpr = fixed(<number>)                      \r
+                                                                                 \r
+                    This parameter is only relevant if the (fossil) birth-death  \r
+                    process is selected as the prior on branch lengths.          \r
+   Extinctionpr  -- This parameter sets the prior on the relative extinction rate\r
+                    (turnover), that is, (mu / lambda) in the birth-death model  \r
+                    and the general case of fossilized birth-death model.        \r
+                    Or, (mu + psi) / lambda in the special case of f-b-d model   \r
+                    (fossiltip). Values of this parameter are in range (0,1).    \r
+                                                                                 \r
+                       prset extinctionpr = beta(<number>,<number>)              \r
+                       prset extinctionpr = fixed(<number>)                      \r
+                                                                                 \r
+                    This parameter is only relevant if the (fossil) birth-death  \r
+                    process is selected as the prior on branch lengths.          \r
+ Fossilizationpr -- This parameter sets the prior on the relative fossilization  \r
+                    rate (sampling proportion), psi/(mu+psi), in the fossilized  \r
+                    b-d model. Values of this parameter are in range (0,1).      \r
+                    If SampleStrat is used to divide up time intervals, it sets  \r
+                    the prior for the fossilization parameter in each interval.  \r
+                                                                                 \r
+                       prset fossilizationpr = beta(<number>,<number>)           \r
+                       prset fossilizationpr = fixed(<number>)                   \r
+                                                                                 \r
+                    This parameter is only relevant if the fossilized birth-death\r
+                    process is selected as the prior on branch lengths.          \r
+   SampleStrat   -- This parameter sets the strategy under which species were    \r
+                    sampled in the analysis. For the birth-death prior, 'birth-  \r
+                    death' (Hohna et al. 2011), three strategies: 'random',      \r
+                    'diversity' and 'cluster' sampling can be used for extant    \r
+                    taxa. No extinct sample (fossil) is allowed in this prior.   \r
+                    For data with extant and extinct samples, use 'prset brlenspr\r
+                    =clock:fossilization'. (Stadler 2010; Zhang et al. 2015)     \r
+                    For the fossilized birth-death prior, 'fossiltip' assumes    \r
+                    extant taxa are sampled randomly, and extinct taxa (fossils) \r
+                    are sampled with constant rate and upon sampling the lineage \r
+                    is dead and won't produce any descendant. So fossils are all \r
+                    at tips. Except 'fossiltip', the following strategies allow  \r
+                    fossils also being ancestors of other samples.               \r
+                    'random' (default) assumes extant taxa are sampled randomly  \r
+                    with prob rho, while fossils are sampled on the birth-death  \r
+                    tree with piecewise constant rates, psi_i (i = 1,...,s+1).   \r
+                    'diversity' assumes extant taxa are sampled to maximize      \r
+                    diversity, while fossils are sampled randomly.               \r
+                    Time is divided by <s> slice samping events in the past, each\r
+                    at time <t_i> with probability <rho_i> (s >= 0). If rho_i = 0\r
+                    the slice is only used to divide up time intervals not for   \r
+                    sampling of fossils.  Extant taxa are sampled with prob.     \r
+                    (proportion) rho (set in sampleprob).                        \r
+                                                                                 \r
+                       prset samplestrat = random                                \r
+                       prset samplestrat = diversity                             \r
+                       prset samplestrat = cluster                               \r
+                       prset samplestrat = fossiltip                             \r
+                       prset samplestrat = random    <s>:...,<t_i> <rho_i>,...   \r
+                       prset samplestrat = diversity <s>:...,<t_i> <rho_i>,...   \r
+                                                                                 \r
+   Sampleprob    -- This parameter sets the fraction of extant species that are  \r
+                    sampled in the analysis. This is used with the birth-death   \r
+                    prior on trees (Yang and Rannala 1997; Stadler 2009; Hohna   \r
+                    et al. 2011), and the fossilized birth-death prior (Stadler  \r
+                    2010, Zhang et al. 2015).                                    \r
+                                                                                 \r
+                       prset sampleprob = <number>                               \r
+                                                                                 \r
+   Popsizepr     -- This parameter sets the prior on the population size compo-  \r
+                    nent of the coalescent parameter. The options are:           \r
+                                                                                 \r
+                       prset popsizepr = uniform(<number>,<number>)              \r
+                       prset popsizepr = lognormal(<number>,<number>)            \r
+                       prset popsizepr = normal(<number>,<number>)               \r
+                       prset popsizepr = gamma(<number>,<number>)                \r
+                       prset popsizepr = fixed(<number>)                         \r
+                                                                                 \r
+                    This parameter is only relevant if the coalescence process is\r
+                    selected as the prior on branch lengths. Note that the set-  \r
+                    ting of 'ploidy' in 'lset' is important for how this para-   \r
+                    meter is interpreted.                                        \r
+   Popvarpr      -- In a gene tree - species tree model, this parameter deter-   \r
+                    mines whether the population size is the same for the entire \r
+                    species tree ('popvarpr = equal', the default), or varies    \r
+                    across branches of the species tree ('popvarpr=variable').   \r
+   Nodeagepr     -- This parameter specifies the assumptions concerning the age  \r
+                    of the terminal and interior nodes in the tree. The default  \r
+                    model ('nodeagepr = unconstrained') assumes that all terminal\r
+                    nodes are of the same age while the age of interior nodes is \r
+                    unconstrained. The alternative ('nodeagepr = calibrated')    \r
+                    option derives a prior probability distribution on terminal  \r
+                    and interior node ages from the calibration settings (see    \r
+                    the 'calibrate' command). The 'nodeagepr' parameter is only  \r
+                    relevant for clock trees.                                    \r
+   Clockratepr   -- This parameter specifies the prior assumptions concerning the\r
+                    base substitution rate of the tree, measured in expected num-\r
+                    ber of substitutions per site per time unit. The default set-\r
+                    ting is 'Fixed(1.0)', which effectively means that the time  \r
+                    unit is the number of expected substitutions per site.       \r
+                    If you do not have any age calibrations in the tree, you can \r
+                    still calibrate the tree using 'Clockratepr'. For instance,  \r
+                    if you know that your sequence data evolve at a rate of 0.20 \r
+                    substitutions per million years, you might calibrate the tree\r
+                    by fixing the substitution rate to 0.20 using                \r
+                                                                                 \r
+                       prset clockratepr = fixed(0.20)                           \r
+                                                                                 \r
+                    after which the tree will be calibrated using millions of    \r
+                    years as the unit.                                           \r
+                                                                                 \r
+                    You can also assign a prior probability distribution to the  \r
+                    substitution rate, accommodating the uncertainty of it.      \r
+                    When you calibrate the nodes, you should properly set this   \r
+                    prior to match the time unit of the calibrations.            \r
+                    You can choose among normal, lognormal, exponential and gamma\r
+                    distributions for this purpose. For instance, to assign a    \r
+                    normal distribution truncated at 0, so that only positive    \r
+                    values are allowed, and with mean 0.20 and standard deviation\r
+                    of 0.02, you would use                                       \r
+                                                                                 \r
+                       prset clockratepr = normal(0.20,0.02)                     \r
+                                                                                 \r
+                    The lognormal distribution is parameterized in terms of the  \r
+                    mean and standard deviation on the log scale (natural logs). \r
+                    For instance,                                                \r
+                                                                                 \r
+                       prset clockratepr = lognormal(-1.61,0.10)                 \r
+                                                                                 \r
+                    specifies a lognormal distribution with a mean of log values \r
+                    of -1.61 and a standard deviation of log values of 0.10. In  \r
+                    such a case, the mean value of the lognormal distribution is \r
+                    equal to e^(-1.61 + 0.10^2/2) = 0.20.                        \r
+                                                                                 \r
+                    Note that the 'Clockratepr' parameter has no effect on non-  \r
+                    clock trees.                                                 \r
+   Clockvarpr    -- This parameter allows you to specify the type of clock you   \r
+                    are assuming. The default is 'strict', which corresponds to  \r
+                    the standard clock model where the evolutionary rate is      \r
+                    constant throughout the tree. For relaxed clock models, you  \r
+                    can use 'cpp', 'tk02', 'igr'. ('mixed' is not working)       \r
+                    'cpp' invokes a relaxed clock model where the rate evolves   \r
+                    according to a Compound Poisson Process (CPP) (Huelsenbeck   \r
+                    et al., 2000).                                               \r
+                    'tk02' invokes the Brownian Motion model described by Thorne \r
+                    and Kishino (2002). [autocorrelated lognormal distributions] \r
+                    'igr' invokes the Independent Gamma Rate (IGR) model where   \r
+                    each branch has an independent rate drawn from a gamma       \r
+                    distribution (LePage et al., 2007).                          \r
+                    Each of the relaxed clock models has additional parameters   \r
+                    with priors. For the CPP model, it is 'cppratepr' and        \r
+                    'cppmultdevpr'; for the TK02 model, it is 'tk02varpr'; for   \r
+                    the IGR  model, it is 'igrvarpr'.                            \r
+                    The 'clockvarpr' parameter is only relevant for clock trees. \r
+                                                                                 \r
+                    For backward compatibility, 'bm' is allowed as a synonym of  \r
+                    'tk02', and 'ibr' as a synonym of 'igr'.                     \r
+   Cppratepr     -- This parameter allows you to specify a prior probability     \r
+                    distribution on the rate of the Poisson process generating   \r
+                    changes in the evolutionary rate in the CPP relaxed clock    \r
+                    model. You can either fix the rate or associate it with an   \r
+                    exponential prior using                                      \r
+                                                                                 \r
+                       prset cppratepr = fixed(<number>)                         \r
+                       prset cppratepr = exponential(<number>)                   \r
+                                                                                 \r
+                    For instance, if you fix the rate to 2, then on a branch     \r
+                    with the length equual to one expresed in terms of average   \r
+                    expected number of substitution per site, you expect to see, \r
+                    on average, two rate-modifying events.                       \r
+                    If you put an exponential(0.1) on the rate, you will be      \r
+                    estimating the rate against a prior probability distribution \r
+                    where the expected rate is 10 (= 1/0.1).                     \r
+   Cppmultdevpr  -- This parameter allows you to specify the standard deviation  \r
+                    of the log-normal distribution from which the rate multi-    \r
+                    pliers of the CPP relaxed clock model are drawn. The standard\r
+                    deviation is given on the log scale. The default value of 1.0\r
+                    thus corresponds to rate multipliers varying from 0.37 (1/e) \r
+                    to 2.7 (e) when they are +/- one standard deviation from the \r
+                    expected mean. The expected mean of the logarithm of the mul-\r
+                    pliers is fixed to 0, ensuring that the expected mean rate is\r
+                    1.0. You can change the default value by using               \r
+                                                                                 \r
+                       prset cppmultdevpr = fixed(<number>)                      \r
+                                                                                 \r
+                    where <number> is the standard deviation on the log scale.   \r
+   TK02varpr     -- This parameter allows you to specify the prior probability   \r
+                    distribution for the variance of the rate multiplier in the  \r
+                    Thorne-Kishino ('Brownian motion') relaxed clock model.      \r
+                    Specifically, the parameter specifies the rate at which the  \r
+                    variance increases with respect to the base rate of the      \r
+                    clock. If you have a branch of a length corresponding to 0.4 \r
+                    expected changes per site according to the base rate of the  \r
+                    clock, and the tk02var parameter has a value of 2.0, then the\r
+                    rate multiplier at the end of the branch will be drawn from a\r
+                    lognormal distribution with a variance of 0.4*2.0 (on the    \r
+                    linear, not the logarithm scale). The mean is the same as the\r
+                    rate multiplier at the start of the branch (again on the     \r
+                    linear scale).                                               \r
+                                                                                 \r
+                    You can set the parameter to a fixed value, or specify that  \r
+                    it is drawn from an exponential or uniform distribution:     \r
+                                                                                 \r
+                       prset tk02varpr = fixed(<number>)                         \r
+                       prset tk02varpr = exponential(<number>)                   \r
+                       prset tk02varpr = uniform(<number>,<number>)              \r
+                                                                                 \r
+                    For backward compatibility, 'bmvarpr' is allowed as a synonym\r
+                    of 'tko2varpr'.                                              \r
+   Igrvarpr      -- This parameter allows you to specify a prior on the variance \r
+                    of the gamma distribution from which the branch lengths are  \r
+                    drawn in the independent branch rate (IGR) relaxed clock     \r
+                    model. Specifically, the parameter specifies the rate at     \r
+                    which the variance increases with respect to the base rate of\r
+                    the clock. If you have a branch of a length corresponding to \r
+                    0.4 expected changes per site according to the base rate of  \r
+                    the clock, and the igrvar parameter has a value of 2.0, then \r
+                    the effective branch length will be drawn from a distribution\r
+                    with a variance of 0.4*2.0.                                  \r
+                                                                                 \r
+                    You can set the parameter to a fixed value, or specify that  \r
+                    it is drawn from an exponential or uniform distribution:     \r
+                                                                                 \r
+                       prset igrvarpr = fixed(<number>)                          \r
+                       prset igrvarpr = exponential(<number>)                    \r
+                       prset igrvarpr = uniform(<number>,<number>)               \r
+                                                                                 \r
+                    For backward compatibility, 'ibrvarpr' is allowed as a syn-  \r
+                    onym of 'igrvarpr'.                                          \r
+   Ratepr        -- This parameter allows you to specify the site specific rates \r
+                    model or any other model that allows different partitions to \r
+                    evolve at different rates. First, you must have defined a    \r
+                    partition of the characters. For example, you may define a   \r
+                    partition that divides the characters by codon position, if  \r
+                    you have DNA data. You can also divide your data using a     \r
+                    partition that separates different genes from each other.    \r
+                    The next step is to make the desired partition the active one\r
+                    using the set command. For example, if your partition is     \r
+                    called "by_codon", then you make that the active partition \r
+                    using "set partition=by_codon". Now that you have defined  \r
+                    and activated a partition, you can specify the rate multi-   \r
+                    pliers for the various partitions. The options are:          \r
+                                                                                 \r
+                       prset ratepr = fixed                                      \r
+                       prset ratepr = variable                                   \r
+                       prset ratepr = dirichlet(<number>,<number>,...,<number>)  \r
+                                                                                 \r
+                    If you specify "fixed", then the rate multiplier for       \r
+                    that partition is set to 1 (i.e., the rate is fixed to       \r
+                    the average rate across partitions). On the other hand,      \r
+                    if you specify "variable", then the rate is allowed to     \r
+                    vary across partitions subject to the constraint that the    \r
+                    average rate of substitution across the partitions is 1.     \r
+                    You must specify a variable rate prior for at least two      \r
+                    partitions, otherwise the option is not activated when       \r
+                    calculating likelihoods. The variable option automatically   \r
+                    associates the partition rates with a dirichlet(1,...,1)     \r
+                    prior. The dirichlet option is an alternative way of setting \r
+                    a partition rate to be variable, and also gives accurate     \r
+                    control of the shape of the prior. The parameters of the     \r
+                    Dirichlet are listed in the order of the partitions that the \r
+                    ratepr is applied to. For instance, "prset applyto=(1,3,4)  \r
+                    ratepr = dirichlet(10,40,15)" would set the Dirichlet para- \r
+                    meter 10 to partition 1, 40 to partition 3, and 15 to parti- \r
+                    tion 4. The Dirichlet distribution is applied to the weighted\r
+                    rates; that is, it weights the partition rates according to  \r
+                    the number of included characters in each partition.         \r
+   Generatepr    -- This parameter is similar to 'Ratepr' but applies to gene    \r
+                    trees in the multispecies coalescent, whereas 'Ratepr' app-  \r
+                    lies to partitions within genes.                             \r
+                                                                                 \r
+   Default model settings:                                                       \r
+                                                                                 \r
+   Parameter        Options                      Current Setting                 \r
+   ------------------------------------------------------------------            \r
+   Tratiopr         Beta/Fixed                   Beta(1.0,1.0)\r
+   Revmatpr         Dirichlet/Fixed              Dirichlet(1.0,1.0,1.0,1.0,1.0,1.0)\r
+   Aamodelpr        Fixed/Mixed                  Fixed(Poisson)\r
+   Aarevmatpr       Dirichlet/Fixed              Dirichlet(1.0,1.0,...)\r
+   Omegapr          Dirichlet/Fixed              Dirichlet(1.0,1.0)\r
+   Ny98omega1pr     Beta/Fixed                   Beta(1.0,1.0)\r
+   Ny98omega3pr     Uniform/Exponential/Fixed    Exponential(1.0)\r
+   M3omegapr        Exponential/Fixed            Exponential\r
+   Codoncatfreqs    Dirichlet/Fixed              Dirichlet(1.0,1.0,1.0)\r
+   Statefreqpr      Dirichlet/Fixed              Dirichlet(1.0,1.0,1.0,1.0)\r
+   Shapepr          Uniform/Exponential/Fixed    Exponential(1.0)\r
+   Ratecorrpr       Uniform/Fixed                Uniform(-1.0,1.0)\r
+   Pinvarpr         Uniform/Fixed                Uniform(0.0,1.0)\r
+   Covswitchpr      Uniform/Exponential/Fixed    Uniform(0.0,100.0)\r
+   Symdirihyperpr   Uniform/Exponential/Fixed    Fixed(Infinity)\r
+   Topologypr       Uniform/Constraints/Fixed/   Uniform\r
+                    Speciestree                  \r
+   Brlenspr         Unconstrained/Clock/Fixed    Unconstrained:GammaDir(1.0,0.100,1.0,1.0)\r
+   Treeagepr        Gamma/Uniform/Fixed/         Gamma(1.00,1.00)\r
+                    Truncatednormal/Lognormal/   \r
+                    Offsetlognormal/Offsetgamma/ \r
+                    Offsetexponential            \r
+   Speciationpr     Uniform/Exponential/Fixed    Exponential(10.0)\r
+   Extinctionpr     Beta/Fixed                   Beta(1.0,1.0)\r
+   Fossilizationpr  Beta/Fixed                   Beta(1.0,1.0)\r
+   SampleStrat      Random/Diversity/Cluster/    Random\r
+                    FossilTip                    \r
+   Sampleprob       <number>                     1.00000000\r
+   Popsizepr        Lognormal/Gamma/Uniform/     Gamma(1.0,10.0)\r
+                    Normal/Fixed                 \r
+   Popvarpr         Equal/Variable               Equal\r
+   Nodeagepr        Unconstrained/Calibrated     Unconstrained\r
+   Clockratepr      Fixed/Normal/Lognormal/      Fixed(1.00)\r
+                    Exponential/Gamma            \r
+   Clockvarpr       Strict/Cpp/TK02/Igr/Mixed    Strict\r
+   Cppratepr        Fixed/Exponential            Exponential(0.10)\r
+   Cppmultdevpr     Fixed                        Fixed(0.40)\r
+   TK02varpr        Fixed/Exponential/Uniform    Exponential(1.00)\r
+   Igrvarpr         Fixed/Exponential/Uniform    Exponential(10.00)\r
+   Ratepr           Fixed/Variable=Dirichlet     Fixed\r
+   Generatepr       Fixed/Variable=Dirichlet     Fixed\r
+   ------------------------------------------------------------------            \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Propset                                                                       \r
+                                                                                 \r
+   This command allows the user to change the details of the MCMC samplers       \r
+   (moves) that update the state of the chain. The useage is:                    \r
+                                                                                 \r
+      propset  <move_name>$<tuning-parameter>=<value>                            \r
+                                                                                 \r
+   Assume we have a topology parameter called 'Tau{all}', which is sampled by    \r
+   the move 'ExtTBR(Tau{all})' (note that the parameter name is included in the  \r
+   move name). This move has three tuning parameters: (1) 'prob', the relative   \r
+   proposal probability (a weight defining its probability relative to other     \r
+   moves); (2) 'p_ext', the extension probability; and (3) 'lambda', the tuning  \r
+   parameter of the branch length multiplier. A list of the tuning parameters is \r
+   available by using 'Showmoves' (see below). To change the relative proposal   \r
+   probability to 20 and the extension probability to 0.7, use:                  \r
+                                                                                 \r
+      propset etbr(tau{all})$prob=20 etbr(tau{all})$p_ext=0.7                    \r
+                                                                                 \r
+   This change would apply to all chains in all runs. It is also possible to set \r
+   the tuning parameters of individual runs and chains using the format:         \r
+                                                                                 \r
+      propset  <move_name>$<tuning-parameter>(<run>,<chain>)=<value>             \r
+                                                                                 \r
+   where <run> and <chain> are the index numbers of the run and chain for which  \r
+   you want to change the value. If you leave out the index of the run, the      \r
+   change will apply to all runs; if you leave out the index of the chain, the   \r
+   change will similarly apply to all chains. To switch off the exttbr(tau{all}) \r
+   move in chain 2 of all runs, use:                                             \r
+                                                                                 \r
+      propset  etbr(tau{all})$prob(,2)=0                                         \r
+                                                                                 \r
+   It is important to note that all moves are not available until the model has  \r
+   been completely defined. Any change to the model will cause all proposal      \r
+   tuning parameters to return to their default values. To see a list of all the \r
+   moves that are currently switched on for the model, use 'showmoves'. You can  \r
+   also see other available moves by using 'showmoves allavailable=yes'. A list  \r
+   of the moves for each parameter in the model is available by using the command\r
+   'Showparams'. If you change proposal probabilities, make sure that all        \r
+   parameters that are not fixed in your model have at least one move switched   \r
+   on.                                                                           \r
+                                                                                 \r
+   One word of warning: You should be extremely careful when modifying any       \r
+   of the chain parameters using 'propset'. It is quite possible to completely   \r
+   wreck any hope of achieving convergence by inappropriately setting the        \r
+   tuning parameters. In general, you want to set move tuning parameters such    \r
+   that the acceptance rate of the move is intermediate (we suggest targeting    \r
+   the range 10% to 70% acceptance, if possible). If the acceptance rate is    \r
+   outside of this range, the MCMC chain will probably not sample that parameter \r
+   very efficiently. The acceptance rates for all moves in the cold chain(s) are \r
+   summarized at the end of each run in the screen output. The acceptance rates  \r
+   (potentially for all chains, cold and heated) are also printed to the .mcmc   \r
+   file if Mcmc convergence diagnostics are turned on (using 'Mcmc' or 'Mcmcp'). \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Quit                                                                          \r
+                                                                                 \r
+   This command quits the program. The correct usage is:                         \r
+                                                                                 \r
+      quit                                                                       \r
+                                                                                 \r
+   It is a very easy command to use properly.                                    \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Report                                                                        \r
+                                                                                 \r
+   This command allows you to control how the posterior distribution is          \r
+   reported. For rate parameters, it allows you to choose among several popular  \r
+   parameterizations. The report command also allows you to request printing of  \r
+   some model aspects that are usually not reported. For instance, if a node is  \r
+   constrained in the analysis, MrBayes can print the probabilities of the       \r
+   ancestral states at that node. Similarly, if there is rate variation in the   \r
+   model, MrBayes can print the inferred site rates, and if there is omega varia-\r
+   tion, MrBayes can print the inferred omega (positive selection) values for    \r
+   each codon. In a complex model with several partitions, each partition is     \r
+   controlled separately using the same 'Applyto' mechanism as in the 'Lset' and \r
+   'Prset' commands.                                                             \r
+                                                                                 \r
+   Options:                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   Applyto   -- This option allows you to apply the report commands to specific  \r
+                partitions. This command should be the first in the list of      \r
+                commands specified in 'report'.                                  \r
+                For example,                                                     \r
+                                                                                 \r
+                   report applyto=(1,2) tratio=ratio                             \r
+                                                                                 \r
+                   report applyto=(3) tratio=dirichlet                           \r
+                                                                                 \r
+                would result in the transition and transversion rates of the     \r
+                first and second partitions in the model being reported as a     \r
+                ratio and the transition and transversion rates of the third     \r
+                partition being reported as proportions of the rate sum (the     \r
+                Dirichlet parameterization).                                     \r
+   Tratio    -- This specifies the report format for the transition and trans-   \r
+                version rates of a nucleotide substituion model with nst=2.      \r
+                If 'ratio' is selected, the rates will be reported as a ratio    \r
+                (transition rate/transversion rate). If 'dirichlet' is selected, \r
+                the transition and transversion rates will instead be reported   \r
+                as proportions of the rate sum. For example, if the transition   \r
+                rate is three times the transversion rate and 'ratio' is selec-  \r
+                ted, this will reported as a single value, '3.0'. If 'dirichlet' \r
+                is selected instead, the same rates will be reported using two   \r
+                values, '0.75 0.25'. The sum of the Dirichlet values is always 1.\r
+                Although the Dirichlet format may be unfamiliar to some users,   \r
+                it is more convenient for specifying priors than the ratio       \r
+                format.                                                          \r
+   Revmat    -- This specifies the report format for the substitution rates of   \r
+                a GTR substitution model for nucleotide or amino acid data. If   \r
+                'ratio' is selected, the rates will be reported scaled to the    \r
+                G-T rate (for nucleotides) or the Y-V rate (for amino acids). If \r
+                'dirichlet' is specified instead, the rates are reported as pro- \r
+                portions of the rate sum. For instance, assume that the C-T rate \r
+                is twice the A-G rate and four times the transversion rates,     \r
+                which are equal. If the report format is set to 'ratio', this    \r
+                would be reported as '1.0 2.0 1.0 1.0 4.0 1.0' since the rates   \r
+                are reported in the order rAC, rAG, rAT, rCG, rCT, rGT and scaled\r
+                relative to the last rate, the G-T rate. If 'dirichlet' is selec-\r
+                ted instead, the same rates would have been reported as '0.1 0.2 \r
+                0.1 0.1 0.4 0.1' since the rates are now scaled so that they sum \r
+                to 1.0. The Dirichlet format is the parameterization used for    \r
+                formulating priors on the rates.                                 \r
+   Ratemult  -- This specifies the report format used for the rate multiplier of \r
+                different model partitions. Three formats are available. If      \r
+                'scaled' is selected, then rates are scaled such that the mean   \r
+                rate per site across partitions is 1.0. If 'ratio' is chosen,    \r
+                the rates are scaled relative to the rate of the first parti-    \r
+                tion. Finally, if 'dirichlet' is chosen, the rates are given as  \r
+                proportions of the rate sum. The latter is the format used       \r
+                when formulating priors on the rate multiplier.                  \r
+   Tree      -- This specifies the report format used for the tree(s). Two op-   \r
+                tions are available. 'Topology' results in only the topology     \r
+                being printed to file, whereas 'brlens' causes branch lengths to \r
+                to be printed as well.                                           \r
+   Ancstates -- If this option is set to 'yes', MrBayes will print the pro-      \r
+                bability of the ancestral states at all constrained nodes. Typ-  \r
+                ically, you are interested in the ancestral states of only a few \r
+                characters and only at one node in the tree. To perform such     \r
+                an analysis, first define and enforce a topology constraint      \r
+                using 'constraint' and 'prset topologypr = constraints (...)'.   \r
+                Then put the character(s) of interest in a separate partition and\r
+                set MrBayes to report the ancestral states for that partition.   \r
+                For instance, if the characters of interest are in partition 2,  \r
+                use 'report applyto=(2) ancstates=yes' to force MrBayes to print \r
+                the probability of the ancestral states of those characters at   \r
+                the constrained node to the '.p' file.                           \r
+   Siterates -- If this option is set to 'yes' and the relevant model has rate   \r
+                variation across sites, then the site rates, weighted over rate  \r
+                categories, will be reported to the '.p' file.                   \r
+   Possel    -- If this option is set to 'yes' and the relevant model has omega  \r
+                variation across sites, the probability that each model site     \r
+                (codon in this case) is positively selected will be written to   \r
+                file.                                                            \r
+   Siteomega -- If this option is set to 'yes' and the relevant model has omega  \r
+                variation across sites, the weighted omega value (over omega     \r
+                categories) for each model site will be reported to file.        \r
+                                                                                 \r
+   Default report settings:                                                       \r
+                                                                                 \r
+   Parameter       Options                  Current Setting                      \r
+   --------------------------------------------------------                      \r
+   Tratio          Ratio/Dirichlet          Ratio                                   \r
+   Revmat          Ratio/Dirichlet          Dirichlet                                   \r
+   Ratemult        Scaled/Ratio/Dirichlet   Scaled                                   \r
+   Tree            Brlens/Topology          Brlens                                   \r
+   Ancstates       Yes/No                   No                                   \r
+   Siterates       Yes/No                   No                                   \r
+   Possel          Yes/No                   No                                   \r
+   Siteomega       Yes/No                   No                                   \r
+                                                                                 \r
+   ------------------------------------------------------------------            \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Restore                                                                       \r
+                                                                                 \r
+   This command restores taxa to the analysis. The correct usage is:             \r
+                                                                                 \r
+      restore <name and/or number and/or taxset> ...                             \r
+                                                                                 \r
+   A list of the taxon names or taxon numbers (labelled 1 to ntax in the order   \r
+   in the matrix) or taxset(s) can be used.  For example, the following:         \r
+                                                                                 \r
+      restore 1 2 Homo_sapiens                                                   \r
+                                                                                 \r
+   restores taxa 1, 2, and the taxon labelled Homo_sapiens to the analysis.      \r
+   You can also use "all" to restore all of the taxa. For example,             \r
+                                                                                 \r
+      restore all                                                                \r
+                                                                                 \r
+   restores all of the taxa to the analysis.                                     \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Set                                                                           \r
+                                                                                 \r
+   This command is used to set some general features of the model or program     \r
+   behavior. The correct usage is                                                \r
+                                                                                 \r
+      set <parameter>=<value> ... <parameter>=<value>                            \r
+                                                                                 \r
+   Available options:                                                            \r
+                                                                                 \r
+   Seed         -- Sets the seed number for the random number generator. The     \r
+                   random number seed is initialized haphazardly at the beg-     \r
+                   inning of each MrBayes session. This option allows you to     \r
+                   set the seed to some specific value, thereby allowing you     \r
+                   to exactly repeat an analysis. If the analysis uses swapping  \r
+                   between cold and heated chains, you must also set the swap    \r
+                   seed (see below) to exactly repeat the analysis.              \r
+   Swapseed     -- Sets the seed used for generating the swapping sequence       \r
+                   when Metropolis-coupled heated chains are used. This seed     \r
+                   is initialized haphazardly at the beginning of each MrBayes   \r
+                   session. This option allows you to set the seed to some       \r
+                   specific value, thereby allowing you to exactly repeat a      \r
+                   swap sequence. See also the 'Seed' option.                    \r
+   Dir          -- The working directory. Specifies the absolute or relative path\r
+                   to the working directory. If left empty, the working directory\r
+                   is the current directory.                                     \r
+   Partition    -- Set this option to a valid partition id, either the number or \r
+                   name of a defined partition, to enforce a specific partition- \r
+                   ing of the data. When a data matrix is read in, a partition   \r
+                   called "Default" is automatically created. It divides the   \r
+                   data into one part for each data type. If you only have one   \r
+                   data type, DNA for instance, the default partition will not   \r
+                   divide up the data at all. The default partition is always    \r
+                   the first partition, so 'set partition=1' is the same as      \r
+                   'set partition=default'.                                      \r
+   Speciespartition -- Set this option to a valid speciespartition id, either the\r
+                   number or name of a defined speciespartition, to enforce a    \r
+                   specific partitioning of taxa to species. When a data matrix  \r
+                   is read in, a speciespartition called "Default" is auto-    \r
+                   matically created. It assigns one taxon for each species. The \r
+                   default speciespartition is always the first speciespartition,\r
+                   so 'set speciespartition=1' is the same as                    \r
+                   'set speciespartition=default'.                               \r
+   Autoclose    -- If autoclose is set to 'yes', then the program will not prompt\r
+                   you during the course of executing a file. This is particular-\r
+                   ly useful when you run MrBayes in batch mode.                 \r
+   Nowarnings   -- If nowarnings is set to yes, then the program will not prompt \r
+                   you when overwriting or appending an ouput file that is al-   \r
+                   ready present. If 'nowarnings=no' (the default setting), then \r
+                   the program propts the user before overwriting output files.  \r
+   Autoreplace  -- When nowarnings is set to yes, then MrBayes will by default   \r
+                   overwrite output files that already exists. This may cause    \r
+                   irrecoverable loss of previous results if you have not removed\r
+                   or renamed the files from previous runs. To override this be- \r
+                   havior, set autoreplace to no, in which case new output will  \r
+                   be appended to existing files instead.                        \r
+   Quitonerror  -- If quitonerror is set to yes, then the program will quit when \r
+                   an error is encountered, after printing an error message. If  \r
+                   quitonerror is set to no (the default setting), then the      \r
+                   program will wait for additional commands from the command    \r
+                   line after the error message is printed.                      \r
+   Scientific   -- Set this option to 'Yes' to write sampled values to file in   \r
+                   scientific format and to 'No' to write them in fixed format.  \r
+                   Fixed format is easier for humans to read but you risk losing \r
+                   precision for small numbers. For instance, sampled values that\r
+                   are less than 1E-6 will print to file as '0.000000' if fixed  \r
+                   format is used and 'precision' is set to 6.                   \r
+   Precision    -- Precision allows you to set the number of decimals to be prin-\r
+                   ted when sampled values are written to file. Precision must be\r
+                   in the range 3 to 15.                                         \r
+   Usebeagle    -- Set this option to 'Yes' to attempt to use the BEAGLE library \r
+                   to compute the phylogenetic likelihood on a variety of high-  \r
+                   performance hardware including multicore CPUs and GPUs. Some  \r
+                   models in MrBayes are not yet supported by BEAGLE.            \r
+   Beagleresource -- Set this option to the number of a specific resource you    \r
+                   wish to use with BEAGLE (use 'Showbeagle' to see the list of  \r
+                   available resources). Set to '99' for auto-resource selection.\r
+   Beagledevice -- Set this option to 'GPU' or 'CPU' to select processor.        \r
+   Beagleprecision -- Selection 'Single' or 'Double' precision computation.      \r
+   Beaglescaling -- 'Always' rescales partial likelihoods at each evaluation.    \r
+                    'Dynamic' rescales less frequently and should run faster.    \r
+   Beaglesse    -- Use SSE instructions on Intel CPU processors.                 \r
+   Beagleopenmp -- Use OpenMP to parallelize across multi-core CPU processors.   \r
+                                                                                 \r
+   Current settings:                                                             \r
+                                                                                 \r
+   Parameter          Options               Current Setting                      \r
+   --------------------------------------------------------                      \r
+   Seed               <number>              1448443295                                  \r
+   Swapseed           <number>              1448443295                                  \r
+   Dir                <name>                ""\r
+   Partition          <name>                ""\r
+   Speciespartition   <name>                ""\r
+   Autoclose          Yes/No                No                                   \r
+   Nowarnings         Yes/No                No                                   \r
+   Autoreplace        Yes/No                Yes                                   \r
+   Quitonerror        Yes/No                No                                   \r
+   Scientific         Yes/No                Yes                                   \r
+   Precision          <number>              6                                   \r
+   Usebeagle          Yes/No                No                                   \r
+   Beagleresource     <number>              99                                   \r
+   Beagledevice       CPU/GPU               CPU                                   \r
+   Beagleprecision    Single/Double         Double                                   \r
+   Beaglescaling      Always/Dynamic        Always                                   \r
+   Beaglesse          Yes/No                No                                   \r
+   Beagleopenmp       Yes/No                No                                   \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Showbeagle                                                                    \r
+                                                                                 \r
+   This command shows available BEAGLE resources.                                \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Showmatrix                                                                    \r
+                                                                                 \r
+   This command shows the character matrix currently in memory.                  \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Showmcmctrees                                                                 \r
+                                                                                 \r
+   This command shows the current trees used by the Markov chains.               \r
+   is "showmcmctrees".                                                         \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Showmodel                                                                     \r
+                                                                                 \r
+   This command shows the current model settings. The correct usage is           \r
+                                                                                 \r
+      showmodel                                                                  \r
+                                                                                 \r
+   After typing "showmodel", the modelling assumptions are shown on a          \r
+   partition-by-partition basis.                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Showmoves                                                                     \r
+                                                                                 \r
+   This command shows the MCMC samplers (moves) that are switched on for the     \r
+   parameters in the current model. The basic usage is                           \r
+                                                                                 \r
+      showmoves                                                                  \r
+                                                                                 \r
+   If you want to see all available moves, use                                   \r
+                                                                                 \r
+      showmoves allavailable=yes                                                 \r
+                                                                                 \r
+   If you want to change any of the tuning parameters for the moves, use the     \r
+   'propset' command.                                                            \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Showparams                                                                    \r
+                                                                                 \r
+   This command shows all of the parameters in the current model. The basic      \r
+   usage is                                                                      \r
+                                                                                 \r
+      showparams                                                                 \r
+                                                                                 \r
+   The parameters are listed together with their priors, the available moves,    \r
+   and the current value(s), which will be used as the starting values in the    \r
+   next mcmc analysis.                                                           \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Showusertrees                                                                 \r
+                                                                                 \r
+   This command shows the currently defined user trees. The correct usage        \r
+   is "showusertrees".                                                         \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Speciespartition                                                              \r
+                                                                                 \r
+   Defines a partition of tips into species. The format for the speciespartition \r
+   command is                                                                    \r
+                                                                                 \r
+      Speciespartition <name> = <species name>:<taxon list> ,...,<sp nm>:<tx lst>\r
+                                                                                 \r
+   The command enumerates comma separated list of pairs consisting of 'species   \r
+   name' and 'taxon list'. The 'taxon list' is a standard taxon list, as used by \r
+   the 'Taxset' command. This means that you can use either the index or the name\r
+   of a sequence ('taxon'). Ranges are specified using a dash, and a period can  \r
+   be used as a synonym of the last sequence in the matrix.                      \r
+                                                                                 \r
+   For exammple: speciespartition species = SpeciesA: 1, SpeciesB: 2-.           \r
+   Here, we name two species. SpeciesA is represented by a single sequence while \r
+   SpeciesB is represented by all remaining sequences in the matrix.             \r
+   Each sequence is specified by its row index in the data matrix.               \r
+                                                                                 \r
+   As with ordinary partitioning you may define multiple species partitioning    \r
+   scheme. You have to use command 'set speciespartition' to enable use of one of\r
+   them.                                                                         \r
+                                                                                 \r
+   Currently defined Speciespartitions:                                          \r
+                                                                                 \r
+   Number  Speciespartition name        Number of species                        \r
+   --------------------------------------------------------------------------    \r
+                                                                                \r
+   --------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Ss                                                                            \r
+                                                                                 \r
+   This command is used to start stepping-stone sampling, which is an efficient  \r
+   and accurate method for estimating the marginal likelihood of the currently   \r
+   specified model. It is considerably more accurate than the harmonic mean of   \r
+   the likelihoods from a standard MCMC run on the model (calculated by the      \r
+   'Sump' command) but it requires a separate MCMC-like run. To be more specific,\r
+   stepping-stone sampling uses importance sampling to estimate each ratio in a  \r
+   series of discrete steps bridging the posterior and prior distributions.      \r
+   The importance distributions that are used are called power posterior distri- \r
+   butions, and are defined as prior*(likelihood^beta). By varying beta from 1 to\r
+   0, we get a series of distributions that connect the posterior (beta = 1) to  \r
+   the prior (beta = 0).                                                         \r
+                                                                                 \r
+   The power posterior distributions are sampled using MCMC. First, we start a   \r
+   standard MCMC chain on the posterior distribution, and let it run until we    \r
+   have reached the criterion specified by the 'Burninss' option. After this, we \r
+   step through the power posterior distributions until we reach the prior dis-  \r
+   tribution. In each of the 'Nsteps' steps, we sample from a new power poster-  \r
+   ior distribution with a distinct beta value. The beta values correspond to    \r
+   'Nsteps' evenly spaced quantiles in a Beta distribution with the parameters   \r
+   'Alpha' and 1.0. For the first sampling step, the beta value is equal to the  \r
+   last quantile, i.e., it is close to 1.0. For each successive step, the beta   \r
+   value takes on the value of the next quantile, in decreasing order, until it  \r
+   reaches the value of 0.0. If you change value of 'FromPrior' from default 'No'\r
+   to 'Yes' then the direction of power posterior change during SS analizes is   \r
+   opposite to the one described above, i.e. we start from sampling prior and    \r
+   finish close to posterior.                                                    \r
+                                                                                 \r
+   The 'Ss' procedure uses the same machinery as the standard 'Mcmc' algorithm,  \r
+   and shares most of its parameters with the 'Mcmc' and 'Mcmcp' commands. All   \r
+   'Mcmc' parameters, except those related to burnin, have the same meaning and  \r
+   usage in the 'Ss' command as they have in the 'Mcmc' command. The 'Mcmc'      \r
+   burnin parameters are used to set up burnin within each step. The 'Ss' command\r
+   also uses its own burnin parameter, 'Burninss' (see below for details). The   \r
+   'Ss' command also has its own parameters for specifying the number of steps   \r
+   and the shape of the Beta distribution from which the beta values are computed\r
+   (see below).                                                                  \r
+                                                                                 \r
+   Note that the 'Ngen' parameter of 'Mcmc' is used to set the maximum number of \r
+   generations processed, including both the burnin and the following steps in   \r
+   the stepping-stone sampling phase. For instance, assume that 'Burninss' is set\r
+   to '-1', 'Nsteps' to '49', 'Ngen' to '1000000' and 'Samplefreq' to '1000'.    \r
+   We will then get 1,000 samples in total (1,000,000 / 1,000). These will fall  \r
+   into 50 bins, one of which represents the burnin and is discarded. Each step  \r
+   in the algorithm will thus be represented by 20 samples.                      \r
+                                                                                 \r
+   More information on 'Mcmc' parameters is available in the help for the 'Mcmc' \r
+   and 'Mcmcp' commands. Only the exclusive 'Ss' parameters are listed below.    \r
+   These can only be set up using the 'Ss' command, while the parameters shared  \r
+   with 'Mcmc' and 'Mcmcp' can also be set up using those commands.              \r
+                                                                                 \r
+   The correct usage is                                                          \r
+                                                                                 \r
+      ss <parameter>=<value> ... <parameter>=<value>                             \r
+                                                                                 \r
+   Note that a command:                                                          \r
+                                                                                 \r
+      ss <setting parameters shared with mcmc> <setting exclusive ss parameters> \r
+                                                                                 \r
+   would be equivalent to executing two commands:                                \r
+                                                                                 \r
+     mcmcp <setting parameters shared with mcmc>;                                \r
+     ss <setting exclusive ss parameters>;                                       \r
+                                                                                 \r
+   For more information on the stepping-stone algorithm, see:                    \r
+                                                                                 \r
+   Xie, W., P. O. Lewis, Y. Fan, L. Kuo, and M.-H. Chen. 2011. Improving marginal\r
+      likelihood estimation for Bayesian phylogenetic model selection. Systematic\r
+      Biology 60:150-160.                                                        \r
+                                                                                 \r
+   Available options:                                                            \r
+   (NB: Only exclusive ss parameters listed here. For additional parameters, see \r
+        help on 'mcmc' or 'mcmcp'.                                               \r
+                                                                                 \r
+   Alpha        -- The beta values used in the stepping-stone sampling procedure \r
+                   correspond to evenly spaced quantiles from a Beta('Alpha',1.0)\r
+                   distribution. The parameter 'Alpha' determines the skewness of\r
+                   the beta values. If 'Alpha' is set to '1.0', the beta values  \r
+                   would be spaced uniformly on the interval (0.0,1.0). However, \r
+                   better results are obtained if the beta values are skewed.    \r
+                   Empirically, it was observed that 'Alpha' values in the range \r
+                   of 0.3 to 0.5 produce the most accurate results.              \r
+   Burninss     -- Fixed number of samples discarded before sampling of the first\r
+                   step starts. 'Burninss' can be specified using either a pos-  \r
+                   itive or a negative number. If the number is positive, it is  \r
+                   interpreted as the number of samples to discard as burnin. If \r
+                   the number is negative, its absolute value is interpreted as  \r
+                   the length of the burnin in terms of the length of each of the\r
+                   following steps in the stepping-stone algorithm. For instance,\r
+                   a value of '-1' means that the length of the burnin is the    \r
+                   same as the length of each of the subsequent steps.           \r
+   Nsteps       -- Number of steps in the stepping-stone algorithm. Typically, a \r
+                   number above 30 is sufficient for accurate results.           \r
+   FromPrior    -- If it is set to 'Yes', it indicates that in the first step we \r
+                   sample from the prior, with each consequtive step we sample   \r
+                   closer to the posterior. 'No' indicates the opposite direction\r
+                   of power posterior change, i.e. in the first step we sample   \r
+                   close to the posterior, and with each consequtive step we     \r
+                   sample closer to the prior.                                   \r
+                                                                                 \r
+   Current settings:                                                             \r
+                                                                                 \r
+   Parameter          Options               Current Setting                      \r
+   --------------------------------------------------------                      \r
+   Alpha              <number>              0.40\r
+   BurninSS           <number>              -1\r
+   Nsteps             <number>              50\r
+   FromPrior           Yes/No               No                                   \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Ssp                                                                           \r
+                                                                                 \r
+   This command sets the parameters of the stepping-stone sampling               \r
+   analysis without actually starting the chain. This command is identical       \r
+   in all respects to Ss, except that the analysis will not start after          \r
+   this command is issued. For more details on the options, check the help       \r
+   menu for Ss.\r
+                                                                                 \r
+   Current settings:                                                             \r
+                                                                                 \r
+   Parameter          Options               Current Setting                      \r
+   --------------------------------------------------------                      \r
+   Alpha              <number>              0.40\r
+   BurninSS           <number>              -1\r
+   Nsteps             <number>              50\r
+   FromPrior           Yes/No               No                                   \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Startvals                                                                     \r
+                                                                                 \r
+   Use this command to change the current values for parameters in your model.   \r
+   These values will be used as the starting values in the next mcmc analysis.   \r
+   The basic format is:                                                          \r
+                                                                                 \r
+      startvals <param>=(<value_1>,<value_2>,...,<value_n>)                      \r
+                                                                                 \r
+   for all substitution model parameters. The format is slightly different for   \r
+   parameters that are written to a tree file:                                   \r
+                                                                                 \r
+      startvals <param>=<tree_name>                                              \r
+                                                                                 \r
+   This version of the command will look for a tree with the specified name      \r
+   among the trees read in previously when parsing a tree block. The information \r
+   stored in that tree will be used to set the starting value of the parameter.  \r
+   The parameters that are set using this mechanism include topology and branch  \r
+   length parameters, as well as relaxed clock branch rates, cpp events and      \r
+   cpp branch rate multipliers.                                                  \r
+                                                                                 \r
+   The above versions of the command will set the value for all runs and chains. \r
+   You can also set the value for an individual run and chain by using the format\r
+                                                                                 \r
+      startvals <param>(<run>,<chain>)=(<value_1>,...)                           \r
+                                                                                 \r
+   where <run> is the index of the run and <chain> the index of the chain. If    \r
+   the run index is omitted, the values will be changed for all runs. Similarly, \r
+   if the chain index is omitted, all chains will be set to the specified value. \r
+   For example, if we wanted to set the values of the stationary frequency       \r
+   parameter pi{1} to (0.1,0.1,0.4,0.4) for all chains in run 1, and to          \r
+   (0.3,0.3,0.2,0.2) for chain 3 of run 2, we would use                          \r
+                                                                                 \r
+      startvals pi{1}(1,)=(0.1,0.1,0.4,0.4) pi{1}(2,3)=(0.3,0.3,0.2,0.2)         \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Sump                                                                          \r
+                                                                                 \r
+   During an MCMC analysis, MrBayes prints the sampled parameter values to one or\r
+   more tab-delimited text files, one for each independent run in your analysis. \r
+   The command 'Sump' summarizes the information in this parameter file or these \r
+   parameter files. By default, the root of the parameter file name(s) is assumed\r
+   to be the name of the last matrix-containing nexus file. MrBayes also remem-  \r
+   bers the number of independent runs in the last analysis that you set up, re- \r
+   gardless of whether you actually ran it. For instance, if there were two in-  \r
+   dependent runs, which is the initial setting when you read in a new matrix,   \r
+   MrBayes will assume that there are two parameter files with the endings       \r
+   '.run1.p' and '.run2.p'. You can change the root of the file names and the    \r
+   number of runs using the 'Filename' and 'Nruns' settings.                     \r
+                                                                                 \r
+   When you invoke the 'Sump' command, three items are output: (1) a generation  \r
+   plot of the likelihood values; (2) estimates of the marginal likelihood of    \r
+   the model; and (3) a table with the mean, variance, and 95 percent credible   \r
+   interval for the sampled parameters. All three items are output to screen.    \r
+   The table of marginal likelihoods is also printed to a file with the ending   \r
+   '.lstat' and the parameter table to a file with the ending '.pstat'. For some \r
+   model parameters, there may also be a '.mstat' file.                          \r
+                                                                                 \r
+   When running 'Sump' you typically want to discard a specified number or       \r
+   fraction of samples from the beginning of the chain as the burn in. This is   \r
+   done using the same mechanism used by the 'mcmc' command. That is, if you     \r
+   run an mcmc analysis with a relative burn in of 25 % of samples for con-     \r
+   vergence diagnostics, then the same burn in will be used for a subsequent     \r
+   sump command, unless a different burn in is specified. That is, issuing       \r
+                                                                                 \r
+   sump                                                                          \r
+                                                                                 \r
+   immediately after 'mcmc', will result in using the same burn in settings as   \r
+   for the 'mcmc' command. All burnin settings are reset to default values every \r
+   time a new matrix is read in, namely relative burnin ('relburnin=yes') with   \r
+   25 % of samples discarded ('burninfrac = 0.25').                             \r
+                                                                                 \r
+   Options:                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   Relburnin    -- If this option is set to 'Yes', then a proportion of the      \r
+                   samples will be discarded as burnin when calculating summary  \r
+                   statistics. The proportion to be discarded is set with        \r
+                   'Burninfrac' (see below). When the 'Relburnin' option is set  \r
+                   to 'No', then a specific number of samples is discarded       \r
+                   instead. This number is set by 'Burnin' (see below). Note that\r
+                   the burnin setting is shared across the 'sumt', 'sump', and   \r
+                   'mcmc' commands.                                              \r
+   Burnin       -- Determines the number of samples (not generations) that will  \r
+                   be discarded when summary statistics are calculated. The      \r
+                   value of this option is only applicable when 'Relburnin' is   \r
+                   set to 'No'.                                                  \r
+   Burninfrac   -- Determines the fraction of samples that will be discarded when\r
+                   summary statistics are calculated. The setting only takes     \r
+                   effect if 'Relburnin' is set to 'Yes'.                        \r
+   Nruns        -- Determines how many '.p' files from independent analyses that \r
+                   will be summarized. If Nruns > 1 then the names of the files  \r
+                   are derived from 'Filename' by adding '.run1.p', '.run2.p',   \r
+                   etc. If Nruns=1, then the single file name is obtained by     \r
+                   adding '.p' to 'Filename'.                                    \r
+   Filename     -- The name of the file to be summarized. This is the base of the\r
+                   file name to which endings are added according to the current \r
+                   setting of the 'Nruns' parameter. If 'Nruns' is 1, then only  \r
+                   '.p' is added to the file name. Otherwise, the endings will   \r
+                   be '.run1.p', '.run2.p', etc.                                 \r
+   Outputname   -- Base name of the file(s) to which 'Sump' results will be      \r
+                   printed.                                                      \r
+   Hpd          -- Determines whether credibility intervals will be given as the \r
+                   region of Highest Posterior Density ('Yes') or as the interval\r
+                   containing the median 95 % of sampled values ('No').         \r
+   Minprob      -- Determines the minimum probability of submodels to be included\r
+                   in summary statistics. Only applicable to models that explore \r
+                   submodel spaces, like 'nst=mixed' and 'aamodelpr=mixed'.      \r
+                                                                                 \r
+   Current settings:                                                             \r
+                                                                                 \r
+   Parameter       Options                  Current Setting                      \r
+   --------------------------------------------------------                      \r
+   Relburnin       Yes/No                   Yes                                   \r
+   Burnin          <number>                 0                                   \r
+   Burninfrac      <number>                 0.25                               \r
+   Nruns           <number>                 2                                   \r
+   Filename        <name>                   temp<.run<i>.p>\r
+   Outputname      <name>                   temp<.pstat etc>\r
+   Hpd             Yes/No                   Yes                                   \r
+   Minprob         <number>                 0.050                               \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Sumss                                                                         \r
+                                                                                 \r
+   This command summarizes results of stepping stone analyses. It is a tool to   \r
+   investigate the obtained results, and to help find the proper step burn-in.   \r
+   To get more help information on stepping-stone analyses, use 'help ss'.       \r
+                                                                                 \r
+   During stepping-stone analysis, MrBayes collects the sampled likelihoods in   \r
+   order to estimate the marginal likelihood at the end. It also prints the sam- \r
+   pled parameter values to one or more tab-delimited text files, one for each   \r
+   independent run in your analysis. The command 'Sumss' summarizes likelihood   \r
+   values stored in these parameter files and calculates marginal likelihood es- \r
+   timates. The names of the files that are summarized are exactly the same as   \r
+   the names of the files used for the 'sump' command. In fact, the 'filename'   \r
+   setting is a shared setting for the 'sump' and 'sumss' commands. That is, if  \r
+   you change the setting in one of the commands, it would change the setting in \r
+   the other command as well.                                                    \r
+                                                                                 \r
+   When you invoke the 'Sumss' command, three items are output: (1) 'Step contri-\r
+   bution table' - summarizes the contribution of each step to the overall esti- \r
+   mate; (2) 'Step plot' - plot of the likelihood values for the initial burn-in \r
+   phase or a chosen step in the stepping-stone algorithm; (3) 'Joined plot' -   \r
+   summarizes sampling across all steps in the algorithm.                        \r
+                                                                                 \r
+   Step contribution table                                                       \r
+   The printed table is similar to the one output to the .ss file. The main pur- \r
+   pose of the table is to summarize marginal likelihood for different values of \r
+   the step burn-in after the stepping stone  analysis has finished. The burn-in \r
+   is controlled by the 'Relburnin', 'Burnin' and 'Burninfrac' settings.         \r
+   Note that during stepping-stone analyses, step contributions to marginal      \r
+   likelihood are calculated based on all generations excluding burn-in. 'Sumss' \r
+   on the other hand makes estimates based only on the sampled generations. This \r
+   may lead to slight difference in results compared to the one printed to the   \r
+   .ss file.                                                                     \r
+                                                                                 \r
+   Step plot                                                                     \r
+   The main objective of the plot is to provide a close look at a given step in  \r
+   the analysis. Which step is printed here is defined by the 'Steptoplot' set-  \r
+   ting. The plot could be used to inspect if the chosen step burn-in is appro-  \r
+   priate for the given step. It could also be used to check if the initial burn-\r
+   in phase has converged. Note that the amount of discarded samples is controled\r
+   by the 'Discardfrac' setting, and not by the ordinary burn-in settings.       \r
+                                                                                 \r
+   Joined plot                                                                   \r
+   Different steps sample from different power posterior distributions. When we  \r
+   switch from one distribution to another, it takes some number of generations  \r
+   before the chain settles at the correct stationary distribution. This lag is  \r
+   called a 'temperature lag' and if the corresponding samples are not removed,  \r
+   it will result in a biased estimate. It is difficult to determine the lag be- \r
+   forehand, but MrBayes allows you to explore different step burn-in settings   \r
+   after you have finished the stepping-stone algorithm, without having to rerun \r
+   the whole analysis. The 'Joined plot' helps to facilitate the choice of the   \r
+   right step burn-in. The plot summarizes samples across all steps and gives you\r
+   a quick overview of the whole analysis.                                       \r
+                                                                                 \r
+   Specifically, the following procedure is used to obtain the joined plot. Each \r
+   step has the same number N of samples taken. We number each sample 1 to N     \r
+   within steps according to the order in which the samples are taken. The first \r
+   sample in each step is numbered 1, and the last sample is N. For each number i\r
+   in [1,..., N], we sum up log likelihoods for all samples numbered i across all\r
+   steps. The joined plot is a graph of the step number versus the normalized    \r
+   sums we get in the procedure describe above. This directly visualizes the tem-\r
+   perature lag and allows you to select the appropriate step burn-in.           \r
+                                                                                 \r
+   Ideally, after you discard the appropriate step burn-in, the graph should     \r
+   appear as white noise around the estimated value. If you see an increasing or \r
+   decreasing tendency in the beginning of the graph, you should increase the    \r
+   step burn-in. If you see an increasing or decreasing tendency across the whole\r
+   graph, then the initial burn-in phase was not long enough. In this case, you  \r
+   need to rerun the analysis with a longer initial burn-in.                     \r
+                                                                                 \r
+   To make it easier to observe tendencies in the plotted graph you can choose   \r
+   different levels of curve smoothing. If 'Smoothing' is set to k, it means that\r
+   for each step i we take an average over step i and k neighboring samples in   \r
+   both directions, i.e., the k-smoothed estimate for step i is an average over  \r
+   values for steps [i-k,...,i+k].                                               \r
+                                                                                 \r
+                                                                                 \r
+   Options:                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   Allruns      -- If set to 'Yes', it forces all runs to be printed on the same \r
+                   graph when drawing joined and step plots. If set to 'No', each\r
+                   run is printed on a separat plot.                             \r
+   Askmore      -- Long analyses may produce huge .p files. Reading in them may  \r
+                   take several minutes. If you want to investigate different    \r
+                   aspects of your analyses, it could be very inconvenient to    \r
+                   wait for several minutes each time you want to get a new sum- \r
+                   mary for different settings. If you set 'Askmore' to 'YES',   \r
+                   sumss will read .p files only once. After responding to the   \r
+                   original query, it will interactivaly ask you if you wish to  \r
+                   produce more tables and plots for different settings of       \r
+                   'Burnin' or 'Smoothing' (see below).                          \r
+   Relburnin    -- If this option is set to 'Yes', then a proportion of the      \r
+                   samples from each step will be discarded as burnin when calcu-\r
+                   lsting summary statistics. The proportion to be discarded is  \r
+                   set with 'Burninfrac' (see below). When the 'Relburnin' option\r
+                   is set to 'No', then a specific number of samples is discarded\r
+                   instead. This number is set by 'Burnin'. Note that the burnin \r
+                   settings --- 'Relburnin', 'Burnin', and 'Burninfrac' --- are  \r
+                   shared across the 'sumt', 'sump', 'sumss' and 'mcmc' commands.\r
+   Burnin       -- Determines the number of samples (not generations) that will  \r
+                   be discarded from each step when summary statistics are calcu-\r
+                   lated. The value of this option is only applicable when       \r
+                   'Relburnin' is set to 'No'.                                   \r
+   Burninfrac   -- Determines the fraction of samples that will be discarded from\r
+                   each step when summary statistics are calculated. The setting \r
+                   only takes effect if 'Relburnin' is set to 'Yes'.             \r
+   Discardfrac  -- Determines the fraction of samples that will be discarded when\r
+                   a step plot is printed. It is similar to the 'Burninfrac' set-\r
+                   ting, but unlike 'Burninfrac' it is used only for better vis- \r
+                   ualization of the step plot. It has no effect on the number of\r
+                   samples discarded during marginal likelihood computation.     \r
+   Filename     -- The name of the file to be summarized. This is the base of the\r
+                   file name to which endings are added according to the current \r
+                   setting of the 'Nruns' parameter. If 'Nruns' is 1, then only  \r
+                   '.p' is added to the file name. Otherwise, the endings will   \r
+                   be '.run1.p', '.run2.p', etc. Note that the 'Filename' setting\r
+                   is shared with 'sump' command.                                \r
+   Nruns        -- Determines how many '.p' files from independent analyses that \r
+                   will be summarized. If Nruns > 1 then the names of the files  \r
+                   are derived from 'Filename' by adding '.run1.p', '.run2.p',   \r
+                   etc. If Nruns=1, then the single file name is obtained by     \r
+                   adding '.p' to 'Filename'.                                    \r
+   Steptoplot   -- Defines which step will be printed in the step plot.If the    \r
+                   value is set to 0, then the initial sample from the posterior \r
+                   will be used.                                                 \r
+   Smoothing    -- Determines smoothing of the joined plot (see above). A value  \r
+                   equal to 0 results in no smoothing.                           \r
+                                                                                 \r
+   Current settings:                                                             \r
+                                                                                 \r
+   Parameter       Options                  Current Setting                      \r
+   --------------------------------------------------------                      \r
+   Allruns         Yes/No                   Yes                                   \r
+   Askmore         Yes/No                   Yes                                   \r
+   Relburnin       Yes/No                   Yes                                   \r
+   Burnin          <number>                 0                                   \r
+   Burninfrac      <number>                 0.25                               \r
+   Discardfrac     <number>                 0.80                               \r
+   Filename        <name>                   temp<.run<i>.p>\r
+   Nruns           <number>                 2                                   \r
+   Steptoplot      <number>                 0                                   \r
+   Smoothing       <number>                 0                                   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Sumt                                                                          \r
+                                                                                 \r
+   This command is used to produce summary statistics for trees sampled during   \r
+   a Bayesian MCMC analysis. You can either summarize trees from one individual  \r
+   analysis, or trees coming from several independent analyses. In either case,  \r
+   all the sampled trees are read in and the proportion of the time any single   \r
+   taxon bipartition (split) is found is counted. The proportion of the time that\r
+   the bipartition is found is an approximation of the posterior probability of  \r
+   the bipartition. (Remember that a taxon bipartition is defined by removing a  \r
+   branch on the tree, dividing the tree into those taxa to the left and right   \r
+   of the removed branch. This set is called a taxon bipartition.) The branch    \r
+   length of the bipartition is also recorded, if branch lengths have been saved \r
+   to file. The result is a list of the taxon bipartitions found, the frequency  \r
+   with which they were found, the posterior probability of the bipartition      \r
+   and, the mean and variance of the branch lengths or node depths, and various  \r
+   other statistics.                                                             \r
+                                                                                 \r
+   The key to the partitions is output to a file with the suffix '.parts'. The   \r
+   summary statistics pertaining to bipartition probabilities are output to a    \r
+   file with the suffix '.tstat', and the statistics pertaining to branch or node\r
+   parameters are output to a file with the suffix '.vstat'.                     \r
+                                                                                 \r
+   A consensus tree is also printed to a file with the suffix '.con.tre' and     \r
+   printed to the screen as a cladogram, and as a phylogram if branch lengths    \r
+   have been saved. The consensus tree is either a 50 percent majority rule tree \r
+   or a majority rule tree showing all compatible partitions. If branch lengths  \r
+   have been recorded during the run, the '.con.tre' file will contain a consen- \r
+   sus tree with branch lengths and interior nodes labelled with support values. \r
+   By default, the consensus tree will also contain other summary information in \r
+   a format understood by the program 'FigTree'. To use a simpler format under-  \r
+   stood by other tree-drawing programs, such as 'TreeView', set 'Conformat' to  \r
+   'Simple'.                                                                     \r
+                                                                                 \r
+   MrBayes alo produces a file with the ending ".trprobs" that contains a list \r
+   of all the trees that were found during the MCMC analysis, sorted by their    \r
+   probabilities. This list of trees can be used to construct a credible set of  \r
+   trees. For example, if you want to construct a 95 percent credible set of     \r
+   trees, you include all of those trees whose cumulative probability is less    \r
+   than or equal to 0.95. You have the option of displaying the trees to the     \r
+   screen using the "Showtreeprobs" option. The default is to not display the  \r
+   trees to the screen; the number of different trees sampled by the chain can   \r
+   be quite large. If you are analyzing a large set of taxa, you may actually    \r
+   want to skip the calculation of tree probabilities entirely by setting        \r
+   'Calctreeprobs' to 'No'.                                                      \r
+                                                                                 \r
+   When calculating summary statistics you probably want to skip those trees that\r
+   were sampled in the initial part of the run, the so-called burn-in period. The\r
+   number of skipped samples is controlled by the 'Relburnin', 'Burnin', and     \r
+   'Burninfrac' settings, just as for the 'Mcmc' command. Since version 3.2.0,   \r
+   the burn-in settings are shared across the 'Sumt', 'Sump' and 'Mcmc' commands.\r
+   That is, changing the burn-in setting for one command will change the settings\r
+   for subsequent calls to any of the other commands.                            \r
+                                                                                 \r
+   If you are summarizing the trees sampled in several independent analyses,     \r
+   such as those resulting from setting the 'Nruns' option of the 'Mcmc' command \r
+   to a value larger than 1, MrBayes will also calculate convergence diagnostics \r
+   for the sampled topologies and branch lengths. These values can help you      \r
+   determine whether it is likely that your chains have converged.               \r
+                                                                                 \r
+   The 'Sumt' command expands the 'Filename' according to the current values of  \r
+   the 'Nruns' and 'Ntrees' options. For instance, if both 'Nruns' and 'Ntrees'  \r
+   are set to 1, 'Sumt' will try to open a file named '<Filename>.t'. If 'Nruns' \r
+   is set to 2 and 'Ntrees' to 1, then 'Sumt' will open two files, the first     \r
+   named '<Filename>.run1.t' and the second '<Filename>.run2.t', etc. By default,\r
+   the 'Filename' option is set such that 'Sumt' automatically summarizes all the\r
+   results from your immediately preceding 'Mcmc' command. You can also use the  \r
+   'Sumt' command to summarize tree samples in older analyses. If you want to do \r
+   that, remember to first read in a matrix so that MrBayes knows what taxon     \r
+   names to expect in the trees. Then set the 'Nruns', 'Ntrees' and 'Filename'   \r
+   options appropriately if they differ from the MrBayes defaults.               \r
+                                                                                 \r
+   Options:                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   Relburnin     -- If this option is set to YES, then a proportion of the       \r
+                    samples will be discarded as burnin when calculating summary \r
+                    statistics. The proportion to be discarded is set with       \r
+                    Burninfrac (see below). When the Relburnin option is set to  \r
+                    NO, then a specific number of samples is discarded instead.  \r
+                    This number is set by Burnin (see below). Note that the      \r
+                    burnin setting is shared across the 'sumt', 'sump', and      \r
+                    'mcmc' commands.                                             \r
+   Burnin        -- Determines the number of samples (not generations) that will \r
+                    be discarded when summary statistics are calculated. The     \r
+                    value of this option is only relevant when Relburnin is set  \r
+                    to NO.                                                       \r
+   BurninFrac    -- Determines the fraction of samples that will be discarded    \r
+                    when summary statistics are calculated. The value of this    \r
+                    option is only relevant when Relburnin is set to YES.        \r
+                    Example: A value for this option of 0.25 means that 25% of  \r
+                    the samples will be discarded.                               \r
+   Nruns         -- Determines how many '.t' files from independent analyses that\r
+                    will be summarized. If Nruns > 1 then the names of the files \r
+                    are derived from 'Filename' by adding '.run1.t', '.run2.t',  \r
+                    etc. If Nruns=1 and Ntrees=1 (see below), then only '.t' is  \r
+                    added to 'Filename'.                                         \r
+   Ntrees        -- Determines how many trees there are in the sampled model. If \r
+                    'Ntrees' > 1 then the names of the files are derived from    \r
+                    'Filename' by adding '.tree1.t', '.tree2.t', etc. If there   \r
+                    are both multiple trees and multiple runs, the filenames will\r
+                    be '<Filename>.tree1.run1.t', '<Filename>.tree1.run2.t', etc.\r
+   Filename      -- The name of the file(s) to be summarized. This is the base of\r
+                    the file name, to which endings are added according to the   \r
+                    current settings of the 'Nruns' and 'Ntrees' options.        \r
+   Minpartfreq   -- The minimum probability of partitions to include in summary  \r
+                    statistics.                                                  \r
+   Contype       -- Type of consensus tree. 'Halfcompat' results in a 50% major-\r
+                    ity rule tree, 'Allcompat' adds all compatible groups to such\r
+                    a tree.                                                      \r
+   Conformat     -- Format of consensus tree. The 'Figtree' setting results in a \r
+                    consensus tree formatted for the program FigTree, with rich  \r
+                    summary statistics. The 'Simple' setting results in a simple \r
+                    consensus tree written in a format read by a variety of pro- \r
+                    grams.                                                       \r
+   Outputname    -- Base name of the file(s) to which 'sumt' results will be     \r
+                    printed. The default is the same as 'Filename'.              \r
+   Calctreeprobs -- Determines whether tree probabilities should be calculated.  \r
+   Showtreeprobs -- Determines whether tree probabilities should be displayed on \r
+                    screen.                                                      \r
+   Hpd           -- Determines whether credibility intervals will be given as the\r
+                    region of Highest Posterior Density ('Yes') or as the inter- \r
+                    val containing the median 95 % of sampled values ('No').    \r
+                                                                                 \r
+   Current settings:                                                             \r
+                                                                                 \r
+   Parameter       Options                  Current Setting                      \r
+   --------------------------------------------------------                      \r
+   Relburnin       Yes/No                   Yes                                   \r
+   Burnin          <number>                 0                                   \r
+   Burninfrac      <number>                 0.25                               \r
+   Nruns           <number>                 2                                   \r
+   Ntrees          <number>                 1                                   \r
+   Filename        <name>                   temp<.run<i>.t>\r
+   Minpartfreq     <number>                 0.10                               \r
+   Contype         Halfcompat/Allcompat     Halfcompat\r
+   Conformat       Figtree/Simple           Figtree                                   \r
+   Outputname      <name>                   temp<.parts etc>\r
+   Calctreeprobs   Yes/No                   Yes                                   \r
+   Showtreeprobs   Yes/No                   No                                   \r
+   Hpd             Yes/No                   Yes                                   \r
+                                                                                 \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Taxastat                                                                      \r
+                                                                                 \r
+   This command shows the status of all the taxa. The correct usage is           \r
+                                                                                 \r
+      taxastat                                                                   \r
+                                                                                 \r
+   After typing "taxastat", the taxon number, name, and whether it is          \r
+   excluded or included are shown.                                               \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Taxset                                                                        \r
+                                                                                 \r
+   This command defines a taxon set. The format for the taxset command           \r
+   is                                                                            \r
+                                                                                 \r
+      taxset <name> = <taxon names or numbers>                                   \r
+                                                                                 \r
+   For example, "taxset apes = Homo Pan Gorilla Orang gibbon" defines a        \r
+   taxon set called "apes" that includes five taxa (namely, apes).             \r
+   You can assign up to 30 taxon sets. This option is best used                  \r
+   not from the command line but rather as a line in the mrbayes block           \r
+   of a file.                                                                    \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Unlink                                                                        \r
+                                                                                 \r
+   This command unlinks model parameters across partitions of the data. The      \r
+   correct usage is:                                                             \r
+                                                                                 \r
+      unlink <parameter name> = (<all> or <partition list>)                      \r
+                                                                                 \r
+   A little background is necessary to understand this command. Upon exe-        \r
+   cution of a file, a default partition is set up. This partition refer-        \r
+   enced either by its name ("default") or number (0). If your data are        \r
+   all of one type, then this default partition does not actually divide up      \r
+   your characters. However, if your datatype is mixed, then the default         \r
+   partition contains as many divisions as there are datatypes in your           \r
+   character matrix. Of course, you can also define other partitions, and        \r
+   switch among them using the set command ("set partition=<name/number>").    \r
+   Importantly, you can also assign model parameters to individual part-         \r
+   itions or to groups of them using the "applyto" option in lset and          \r
+   prset. When the program attempts to perform an analysis, the model is         \r
+   set for individual partitions. If the same parameter applies to differ-       \r
+   partitions and if that parameter has the same prior, then the program         \r
+   will link the parameters: that is, it will use a single value for the         \r
+   parameter. The program's default, then, is to strive for parsimony.           \r
+   However, there are lots of cases where you may want unlink a parameter        \r
+   across partitions. For example, you may want a different transition/          \r
+   transversion rate ratio to apply to different partitions. This command        \r
+   allows you to unlink the parameters, or to make them different across         \r
+   partitions. The converse of this command is "link", which links to-         \r
+   gether parameters that were previously told to be different. The list         \r
+   of parameters that can be unlinked includes:                                  \r
+                                                                                 \r
+      Tratio          -- Transition/transversion rate ratio                      \r
+      Revmat          -- Substitution rates of GTR model                         \r
+      Omega           -- Nonsynonymous/synonymous rate ratio                     \r
+      Statefreq       -- Character state frequencies                             \r
+      Shape           -- Gamma/LNorm shape parameter                             \r
+      Pinvar          -- Proportion of invariable sites                          \r
+      Correlation     -- Correlation parameter of autodiscrete gamma             \r
+      Ratemultiplier  -- Rate multiplier for partitions                          \r
+      Switchrates     -- Switching rates for covarion model                      \r
+      Topology        -- Topology of tree                                        \r
+      Brlens          -- Branch lengths of tree                                  \r
+      Speciationrate  -- Speciation rates for birth-death process                \r
+      Extinctionrate  -- Extinction rates for birth-death process                \r
+      Popsize         -- Population size for coalescence process                 \r
+      Growthrate      -- Growth rate of coalescence process                      \r
+      Aamodel         -- Aminoacid rate matrix                                   \r
+      Cpprate         -- Rate of Compound Poisson Process (CPP)                  \r
+      Cppmultdev      -- Standard dev. of CPP rate multipliers (log scale)       \r
+      Cppevents       -- CPP events                                              \r
+      TK02var         -- Variance increase in TK02 relaxed clock model           \r
+      Igrvar          -- Variance increase in IGR relaxed clock model            \r
+      Mixedvar        -- Variance increase in Mixed relaxed clock model          \r
+                                                                                 \r
+   For example,                                                                  \r
+                                                                                 \r
+      unlink shape=(all)                                                         \r
+                                                                                 \r
+   unlinks the gamma/lnorm shape parameter across all partitions of the data.    \r
+   You can use "showmodel" to see the current linking status of the            \r
+   characters.                                                                   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   ---------------------------------------------------------------------------   \r
+   Version                                                                       \r
+                                                 &nb