src/likelihood.h

   1 #ifndef __LIKELIHOOD_H__
   2 #define __LIKELIHOOD_H__
   3
   4 //#define TIMING_ANALIZ
   5 #if defined (TIMING_ANALIZ)
   6     static clock_t         CPUCondLikeDown;
   7     static clock_t         CPUScalers;
   8     static clock_t         CPUScalersRemove;
   9     static clock_t         CPUCondLikeRoot;
  10     static clock_t         CPULilklihood;
  11
  12     #define TIME(X1,CPUtime)\
  13         {CPUTimeStart = clock();\
  14         X1;\
  15         CPUtime += (clock()-CPUTimeStart);}
  16 #else
  17     #define TIME(X1,CPUtime)\
  18         X1;
  19 #endif
  20
  21 #define A                           0
  22 #define C                           1
  23 #define G                           2
  24 #define T                           3
  25 #define AA                          0
  26 #define AC                          1
  27 #define AG                          2
  28 #define AT                          3
  29 #define CA                          4
  30 #define CC                          5
  31 #define CG                          6
  32 #define CT                          7
  33 #define GA                          8
  34 #define GC                          9
  35 #define GG                          10
  36 #define GT                          11
  37 #define TA                          12
  38 #define TC                          13
  39 #define TG                          14
  40 #define TT                          15
  41
  42 CLFlt     *preLikeL;                  /* precalculated cond likes for left descendant */
  43 CLFlt     *preLikeR;                  /* precalculated cond likes for right descendant*/
  44 CLFlt     *preLikeA;                  /* precalculated cond likes for ancestor        */
  45
  46 int       CondLikeDown_Bin (TreeNode *p, int division, int chain);
  47 #if defined (SSE_ENABLED)
  48 int       CondLikeDown_Bin_SSE (TreeNode *p, int division, int chain);
  49 #endif
  50 int       CondLikeDown_Gen (TreeNode *p, int division, int chain);
  51 #if defined (SSE_ENABLED)
  52 int       CondLikeDown_Gen_SSE (TreeNode *p, int division, int chain);
  53 #endif
  54 int       CondLikeDown_Gen_GibbsGamma (TreeNode *p, int division, int chain);
  55 int       CondLikeDown_NUC4 (TreeNode *p, int division, int chain);
  56 #if defined (SSE_ENABLED)
  57 int       CondLikeDown_NUC4_SSE (TreeNode *p, int division, int chain);
  58 #endif
  59 int       CondLikeDown_NUC4_GibbsGamma (TreeNode *p, int division, int chain);
  60 int       CondLikeDown_NY98 (TreeNode *p, int division, int chain);
  61 #if defined (SSE_ENABLED)
  62 int       CondLikeDown_NY98_SSE (TreeNode *p, int division, int chain);
  63 #endif
  64 int       CondLikeDown_Std (TreeNode *p, int division, int chain);
  65 int       CondLikeRoot_Bin (TreeNode *p, int division, int chain);
  66 #if defined (SSE_ENABLED)
  67 int       CondLikeRoot_Bin_SSE (TreeNode *p, int division, int chain);
  68 #endif
  69 int       CondLikeRoot_Gen (TreeNode *p, int division, int chain);
  70 #if defined (SSE_ENABLED)
  71 int       CondLikeRoot_Gen_SSE (TreeNode *p, int division, int chain);
  72 #endif
  73 int       CondLikeRoot_Gen_GibbsGamma (TreeNode *p, int division, int chain);
  74 int       CondLikeRoot_NUC4 (TreeNode *p, int division, int chain);
  75 #if defined (SSE_ENABLED)
  76 int       CondLikeRoot_NUC4_SSE (TreeNode *p, int division, int chain);
  77 #endif
  78 int       CondLikeRoot_NUC4_GibbsGamma (TreeNode *p, int division, int chain);
  79 int       CondLikeRoot_NY98 (TreeNode *p, int division, int chain);
  80 #if defined (SSE_ENABLED)
  81 int       CondLikeRoot_NY98_SSE (TreeNode *p, int division, int chain);
  82 #endif
  83 int       CondLikeRoot_Std (TreeNode *p, int division, int chain);
  84 int       CondLikeScaler_Gen (TreeNode *p, int division, int chain);
  85 #if defined (SSE_ENABLED)
  86 int       CondLikeScaler_Gen_SSE (TreeNode *p, int division, int chain);
  87 #endif
  88 int       CondLikeScaler_Gen_GibbsGamma (TreeNode *p, int division, int chain);
  89 int       CondLikeScaler_NUC4 (TreeNode *p, int division, int chain);
  90 #if defined (SSE_ENABLED)
  91 int       CondLikeScaler_NUC4_SSE (TreeNode *p, int division, int chain);
  92 #endif
  93 int       CondLikeScaler_NUC4_GibbsGamma (TreeNode *p, int division, int chain);
  94 int       CondLikeScaler_NY98 (TreeNode *p, int division, int chain);
  95 #if defined (SSE_ENABLED)
  96 int       CondLikeScaler_NY98_SSE (TreeNode *p, int division, int chain);
  97 #endif
  98 int       CondLikeScaler_Std (TreeNode *p, int division, int chain);
  99 int       CondLikeUp_Bin (TreeNode *p, int division, int chain);
 100 int       CondLikeUp_Gen (TreeNode *p, int division, int chain);
 101 int       CondLikeUp_NUC4 (TreeNode *p, int division, int chain);
 102 int       CondLikeUp_Std (TreeNode *p, int division, int chain);
 103 void      LaunchLogLikeForDivision (int chain, int d, MrBFlt* lnL);
 104 int       Likelihood_Adgamma (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 105 int       Likelihood_Gen (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 106 #if defined (SSE_ENABLED)
 107 int       Likelihood_Gen_SSE (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 108 #endif
 109 int       Likelihood_Gen_GibbsGamma (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 110 int       Likelihood_NUC4 (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 111 #if defined (SSE_ENABLED)
 112 int       Likelihood_NUC4_SSE (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 113 #endif
 114 int       Likelihood_NUC4_GibbsGamma (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 115 int       Likelihood_NY98 (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 116 #if defined (SSE_ENABLED)
 117 int       Likelihood_NY98_SSE (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 118 #endif
 119 int       Likelihood_Pars (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 120 int       Likelihood_ParsStd (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 121 int       Likelihood_Res (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 122 #if defined (SSE_ENABLED)
 123 int       Likelihood_Res_SSE (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 124 #endif
 125 int       Likelihood_Std (TreeNode *p, int division, int chain, MrBFlt *lnL, int whichSitePats);
 126 int       TiProbs_Fels (TreeNode *p, int division, int chain);
 127 int       TiProbs_Gen (TreeNode *p, int division, int chain);
 128 int       TiProbs_GenCov (TreeNode *p, int division, int chain);
 129 int       TiProbs_Hky (TreeNode *p, int division, int chain);
 130 int       TiProbs_JukesCantor (TreeNode *p, int division, int chain);
 131 int       TiProbs_Std (TreeNode *p, int division, int chain);
 132 int       TiProbs_Res (TreeNode *p, int division, int chain);
 133
 134 #endif  /* __LIKELIHOOD_H__ */