src/mcmc.h

   1 #ifndef __MCMC_H__
   2 #define __MCMC_H__
   3
   4 int     AddToPrintString (char *tempStr);
   5 void    AutotuneDirichlet (MrBFlt acceptanceRate, MrBFlt targetRate, int batch, MrBFlt *alphaPi, MrBFlt minTuning, MrBFlt maxTuning);
   6 void    AutotuneMultiplier (MrBFlt acceptanceRate, MrBFlt targetRate, int batch, MrBFlt *lambda, MrBFlt minTuning, MrBFlt maxTuning);
   7 void    AutotuneSlider (MrBFlt acceptanceRate, MrBFlt targetRate, int batch, MrBFlt *width, MrBFlt minTuning, MrBFlt maxTuning);
   8 int     DoMcmc (void);
   9 int     DoMcmcp (void);
  10 int     DoMcmcParm (char *parmName, char *tkn);
  11 int     DoSs (void);
  12 int     DoSsp (void);
  13 int     DoSsParm (char *parmName, char *tkn);
  14 int     ExhaustiveParsimonySearch (Tree *t, int chain, TreeInfo *tInfo);
  15 MrBFlt  GetParsDP (Tree *t, TreeNode *p, int chain);
  16 void    GetParsFP (Tree *t, TreeNode *p, int chain);
  17 int     GetParsimonyBrlens (Tree *t, int chain, MrBFlt *brlens);
  18 MrBFlt  GetParsimonyLength (Tree *t, int chain);
  19 void    GetParsimonySubtreeRootstate (Tree *t, TreeNode *root, int chain);
  20 MrBFlt  GetRate (int division, int chain);
  21 int     LnBirthDeathPriorPr (Tree *t, MrBFlt clockRate, MrBFlt *prob, MrBFlt sR, MrBFlt eR, char *sS, MrBFlt sF);
  22 int     LnCoalescencePriorPr (Tree *t, MrBFlt *prob, MrBFlt theta, MrBFlt growth);
  23 MrBFlt  LnUniformPriorPr (Tree *t, MrBFlt clockRate);
  24 int     LnFossilizationPriorPr (Tree *t, MrBFlt clockRate, MrBFlt *prob, MrBFlt *sR, MrBFlt *eR, MrBFlt sF, MrBFlt *fR, char *sS);
  25 int     LogClockTreePriorRatio (Param *param, int chain, MrBFlt *lnPriorRatio);
  26 MrBFlt  LogDirPrior (Tree *t, ModelParams *mp, int PV);
  27 MrBFlt  LogOmegaPrior (MrBFlt w1, MrBFlt w2, MrBFlt w3);
  28 FILE    *OpenNewMBPrintFile (char *fileName);
  29 int     ResetScalersPartition (int *isScalerNode, Tree* t, unsigned rescaleFreq);
  30 int     SafeSprintf (char **target, int *targetLen, char *fmt, ...);
  31 int     SetFilePositions (int samplePos);
  32 MrBFlt  TreeLength (Param *param, int chain);
  33
  34 #endif  /* __MCMC_H__ */