src/command.h

   1 #ifndef __COMMAND_H__
   2 #define __COMMAND_H__
   3
   4 int         AddString (char ***list, int len, char *token);
   5 BitsLong    Expecting (int y);
   6 int         CheckString (char **list, int len, char *token, int *matchIndex);
   7 int         CheckStringValidity (char *s);
   8 int         DoExecute (void);
   9 int         FreeMatrix (void);
  10 int         GetToken (char *token, int *tokenType, char **sourceH);
  11 int         FindValidCommand (char *tk, int *numMatches);
  12 int         IsArgValid (char *s, char *validArg);
  13 int         IsIn (char ch, char *s);
  14 int         IsSame (char *s1, char *s2);
  15 int         IsWhite (char c);
  16 int         ParseCommand (char *s);
  17 void        ResetCharacterFlags (void);
  18 void        ResetTaxaFlags (void);
  19 int         RootUserTree (TreeNode *p);
  20 void        SetUpParms (void);
  21 void        ShowNodes (TreeNode *p, int indent, int isThisTreeRooted);
  22 int         ShowTree (Tree *t);
  23 void        State_CODON (char *state, int code, int division);
  24 void        State_DOUBLET (char *state, int code);
  25 int         StateCode_AA (int n);
  26 int         StateCode_NUC4 (int n);
  27 int         StateCode_Std (int n);
  28 char        WhichAA (int x);
  29 char        WhichNuc (int x);
  30 char        WhichRes (int x);
  31 char        WhichStand (int x);
  32
  33 #endif  /* __COMMAND_H__ */