examples/codon.nex

   1 #NEXUS\r
   2 \r
   3 [ Example command file, which reads in a data file and sets up different codon models.\r
   4   Use one of the blocks to set up the model you are interested in. ]\r
   5 \r
   6 begin mrbayes;\r
   7         [The following line is useful for automatic execution with no\r
   8          warnings issued before files are overwritten and automatic\r
   9          termination of chains after the prespecified number of generations.]\r
  10         set autoclose=yes nowarn=yes;\r
  11            \r
  12     [Read in a data file with protein-coding sequences]\r
  13     execute replicase.nex;\r
  14 \r
  15     [Use ONE of the blocks below depending one what model you like]\r
  16 \r
  17     [One omega value for the gene\r
  18      The estimated single omega value, valid for\r
  19      the entire gene or gene fragment, is printed\r
  20      to the .p file(s)]\r
  21     lset nucmodel=codon;\r
  22 \r
  23     [Omega variation across sites with three classes,\r
  24      omega_1 < 1, omega_2 = 1, omega_3 > 1.\r
  25      The estimated omega_1 and omega_3 are printed to\r
  26      the .p file(s) as omega(-) and omega(+).\r
  27      If you set report possel=yes, you\r
  28      will also get the probability of each site being in\r
  29      the positively selected omega class.\r
  30      If you set report siteomega=yes, you\r
  31      will also get the omega value for each site.]\r
  32     lset nucmodel=codon omegavar=ny98;\r
  33     report possel=yes;\r
  34     report siteomega=yes;\r
  35     \r
  36     [Omega variation across sites with three classes,\r
  37      omega_1 < omega_2 < omega_3. Otherwise very similar\r
  38      to the Nielsen and Yang model.]\r
  39     lset nucmodel=codon omegavar=m3;\r
  40     report possel=yes;\r
  41     \r
  42     [These models are slow, so print to screen more frequently]\r
  43     mcmcp printfreq = 10;\r
  44 \r
  45     [Only the mcmc command is missing now to run the analysis]\r
  46 end;\r
  47 \r