- Added poly(A) tails to 'reference_name.transcripts.fa' so that the RSEM generated transcript unsorted BAM file can be fed into RSEM as an input file. However, users need to rebuild their references if they want to visualize the transcript level wiggle files and BAM files using IGV
- Modified 'rsem-tbam2gbam' to convert users' alignments from transcript BAM files into genome BAM files, provided users use 'reference_name.idx.fa' to build indices for their aligners
- Updated EBSeq from v1.1.3 to v1.1.4
- Corrected several typos in warning messages

Updated EBSeq to v1.1.4

Added --version option for rsem-calculate-expression

use if/elsif to replace switch in rsem-calculate-expression

Fixed a bug to make RSEM generated BAM file valid input for RSEM

If a gene is not expressed, its length/effective length is defined as the unweighted mean of its isoforms'

README.md is changed

Added a script, 'rsem-find-DE', to run EBSeq automatically

changed output format to contain FPKM etc. ; fixed a bug for paired-end reads

Added a user-friendly error message for rsem-sam-validator

Fixed a bug for calling pthread_join

Fixed a bug in perl scripts for printing error messages

Fix a bug on convert-sam-for-rsem for the case that a paired-end read can align to the same position with different directions

rsem v1.1.21

Tested the codes

Made the BAM output of RSEM have all information contained in the input alignments file

Included EBSeq for downstream differential expression analysis

Added some instructions on how to visualize transcript coordinate BAM/WIG files using IGV

Fixed a bug related to intermediate output displaying in wiggle.cpp

Fixed a bug related to intermediate output displaying in EM.cpp

Allowed > 2^31 hits

Modified makefile to work for gcc version 4.5.3 or higher

Modified 'convert-sam-for-rsem' so that this program will convert users' SAM/BAM files into acceptable BAM files for RSEM

Add a validator for input SAM/BAM file

Improved warning messages in rsem-gen-transcript-plots

Add warning messages for detected invalid alignments

Added .gitignore to ignore build products

Modified build rules for sam/libbam.a to enable parallel build

Thanks to Tomoaki Nishiyama for the suggestion.

[Change] Do not add --phred33-qual option if --no-qualities is enabled

The order of @SQ tags in SAM/BAM files can be arbitrary now

add --no-bam-output option to not generate output bam files

roll back to original version plus fixed a small bug in calcCI.cpp

rewrote parallelization of calcCI.cpp

rsem v1.1.16

rsem v1.1.15

rsem v1.1.14

relax the requirement about GTF attribute format

modify one error message and add --bowtie-chunkmbs option by merging earonesty's change

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

another change

Merge pull request #1 from earonesty/master

added --bowtie-chunkmbs

--bowtie-chunkmbs

updated some description

new update

convert-sam-for-rsem is updated

add a script to convert sam file for non-bowtie aligner

rsem-v1.1.14b3

rsem-1.1.14 with transcript wiggle plot generation

add new files

tested version for tbam2gbam

Refactored wiggle code and added rsem-bam2readdepth program

some displaying issue in rsem-calculate-expression is fixed

add optional field XS for cufflinks

rsem v1.1.14, add --sampling-for-bam option, modify rsem-bam2wig to handle BAM files which are not produced by RSEM

rsem v1.1.13, speed up EM by only updating model parameters for first 10 iterations, skip reads with its (or at least one of its mates', for paired-end reads) length < 25bp

rsem v1.1.12 extract-transcript-to-gene-map-from-trinity changed

rsem v1.1.12, add a script to extract transcript-to-gene-map info from Trinity output

rsem v1.1.11, allow spaces appear in field seqname and attributes gene_id, transcript_id in GTF files

rsem v1.1.11

fix one bug will lead using not the last theta value estimates

rsem v1.2.0

MAPQ changed

rsem v1.1.9

rsem-plot-model updated

Style edits to rsem-plot-model

Added check in rsem-plot-model for .stat output directory

fixed a bug in rsem-plot-model

add feature that jump lines with # in gtf

 back to single threaded Gibbs

back to single thread Gibbs

Version with Gibbs parallelized

 a bug in simulation.cpp is fixed.

a bug in *?Model.h was fixed.

some changes

RSEM v1.1.8

RSEM v1.1.8

lots of changes

fixed a bug for transcript set as reference

fix a bug in partition reads for parallel

README.md is updated to include C++, Perl and R as prerequisites

a bug in rsem-plot-model is fixed

v1.1.5.b

Fixed bugs in the Gibbs sampler. Fixed a bug which will set probF to 0 if the protocol is not forward strand specific.

rsem-plot-model was changed again

rsem-plot-model was modified

rename plotModel.R to rsem-plot-model

README.md changed

Enable RSEM to visualize the model learned from data

Fixed a bug related to output format. Grant read permession to all files and execution permession to all directories.

README.md modified

README.md

README.md modified to display correctly in github

README.md changed

change README.txt to README.md

change README.txt to README.md

v1.1.2

Normalized Read Fraction(nrf) are eliminated from outputs and posterior mean counts are added. A bug related to RSPD estimating is fixed

Normalized Read Fraction(nrf) are eliminated from outputs and posterior mean counts are added. A bug related to RSPD estimating is fixed

Bugs in SingleModel.h are fixed.

RSEM Source Codes