Merge pull request #2 from peterjc/depad

Improvments to 'samtools depad' command

Compile cleanly from top-level Makefile. Check for out of bounds tids.

Compile cleanly from top-level Makefile. Check for out of bounds tids.

Added rule for bamcheck creation

Added rule for bamcheck creation

Initial release of bamcheck and plot-bamcheck

Initial release of bamcheck and plot-bamcheck

Check reference length in BAM header against embedded reference in 'samtools depad'

Cope with trailing CIGAR H (or S and H) in 'samtools depad'

Cope with leading CIGAR H (or H and S) in 'samtools depad'

Tolerate CIGAR H operators in 'samtools depad'

Include leading CIGAR P operators in 'samtools depad'

Record actual sequence in unpad_seq (fixes apparently harmless bug)

filter on query sequence length (not aln len)

move seqtk to a separate project

Correct my error message; assed some comments

Add TODO note about reference lengths

Cope with CIGAR D or P to mark gaps in an embedded padded reference

Check current reference sequence matches RNAME in samtools depad

Support CIGAR X/= in depad

Helpful error message on bad CIGAR in unpad_seq

change SO

a little more accurate mem estimate

control compression level at command line

optionally surpress /[12] in bam2fq

Merge branch 'master' into mt

bugfix: downsampling not always working

name sorting checkes READ1 and READ2

sorting also considers strand

Previously, merging considers strand but sorting not. This is a bug and breaks
stability. Now it seems that sorting is stable and it gives the same output no
matter what parameters in use.

change the default block size in sorting

multi-threaded sorting

added .gitignore

added mt comression to merge

updated the alphanum comparison function

avoid wasting CPU time by the master thread

use conditional variable

bugfix in caching

multi-threading working on toy examples

preliminary implementation; not tested

updated with the latest bgzf library

On behalf of Petr: multi-allelic GT

Removed SVN ChangeLog; merged my private github Log to ChangeLog.old

doc for downsampling

another example, used by g1k for QA

Two auxilary Lua scripts

Incoporated changes from Nils Homer.

 * Better error checking in bam_sort.c
 * Parse "K", "M" and "G" in the sort command
 * Better color-space handling
 * Bugfix of wrong integer conversion

New commands are not added.

bugfix: wrong SP; missing DV in the VCF header

changes from git

unpadded output

added the ace2sam converter

converted padded SAM to unpadded SAM

 * Updated samtools to the latest
 * Added seqtk.c
 * Updated wgsim.c
 * release samtools-0.1.18

 * bugfix in index: large memory when a read pos is 1
 * bugfix in BAQ: incorrect probability (rare)
 * compute variant distance bias (commited by Petr)
 * bugfix for computing LRT2: LRT2=nan

allow to set seed in view-subsampling

subsampling read pairs

support trio indels

for WIN32 compatibility

fixed a bug in bam_plcmd.c

Release samtools-0.1.17

fixed a bug caused by a recent patch

 * 0.1.16-dev (r969:252)
 * faidx/view: smarter way to parse a region string
 * index: more rigorously check the sorting order
 * Makefile: added -s to ar
 * bcftools: compute 2-degree P-value by default
 * bcftools: compute the ML estimate of the allele count

Removed the pileup command

Release samtools-0.1.16 (r963:234)

fixed a bug in merge

Added the support for the new SAM/BAM type "B"

 * fixed a bug in bedidx: input BED not sorted
 * make bcftools a little bit more robust given wrong inputs
 * perform posterior-chi^2 by default

 * Added Brent's method for frequency estimate
 * Added likelihood ratio test for HWE and association

Release samtools-0.1.15 (r949:203)

 * added bam_verbose global variable
 * fixed a bug when grouping reads in mpileup (due to recent changes)
 * do not validate SAM header
 * estimate genotype frequency
 * added HWE test back, but with a different method

added quality filtering

fixed a few typos in comments

Added an example of using mpileup

 * synchronize bgzf in tabix and in samtools
 * fixed a severe bug in bedidx.c

 * added BED support to samtools view and mpileup and bcftools view
 * ML estimate of allele frequency in two groups
 * better error message given inconsisten RG labels
 * compute all-pair r^2

Release samtools-0.1.14 (r933:170)

forget to add this file

 * allow to change the compression level in BAM output
 * use compress level 1 in sorting
 * association test
 * concatenate BAMs
 * allow to threshold on max depth in INDEL calling

export2sam.pl-2.3.1, provided by Chris Saunders from Illumina Inc.

added the haploid mode

Release samtools-0.1.13 (r926:134)

 * optionally drop phase ambiguous reads
 * write vcf format 4.1 instead of 4.0

minor changes to a heuristic rule

 * 0.1.12-r924:126
 * fixed a bug in phase (due to recent changes)
 * fixed a bug in vcf2fq

 * put version number in bam.h
 * write version to BCF
 * in phase, change the default -q to 37
 * output a little more information during phasing

 * change the order of PL/GL according to the latest VCF spec
 * change the type of SP to int32_t

update the BCF spec

added the phase command

added "const" to bcf_p1_cal()

more meaningful BAM truncation message

 * automatically fix errors in GL
 * output unrecognized FORMAT as "."

finished VCF->BCF conversion

Prevent division by zero

fixed a typo in the VCF header

 * fixed an out-of-boundary bug
 * improved sorting order checking in index

 * avoid a segfault when network connect fails
 * update INSTALL
 * fixed a bug in tview on big-endian by Nathan Weeks

 * fixed a rare memory issue in bam_md.c
 * fixed a bug in indel calling related to unmapped and refskip reads

fixed two minor bugs in Fisher's exact test

Skip sites with unknown ref

move bam_nt16_nt4_table[] from bam_maqcns.c to bam_md.c

 * samtools-0.1.12-10 (r896)
 * allow to exclude read groups in mpileup