committing so I can work on the other machine

fixed bug in nast:removeextragaps

added weightedlinkage.cpp

changes to blastdb to make filenames given to blast unique, changes to split.abund, fixed bugs in chimera.slayer realigner, optimized splitmatrix and modified cluster.split command.

changes to blastdb to make filenames given to blast unique, changes to split.abund, fixed bugs in chimera.slayer realigner, optimized splitmatrix and modified cluster.split command.

sped up splitting of distance file by 2.5 times by buffering the read and writes.

fixed cluster.split command

added sort parameter to get.otulist

added taxonomy file to list of files list.seqs, get.seqs and remove.seqs can process

added classify.otu command

added classify.otu command

changed the daughterLevels in classifiers summary file to reflect the classifications only the classifications in the query file.

latest version

finished cluster.split adding classify method.

changed hard parameter in cluster commands

fixed project

changes to chop.seqs

fixed bugs with trim.seqs and bdiffs

 cluster.split command

fixed phylip convert for cluster.split command

added cluster.split command

added split.abund comand

change to phylo.diversity to make output = total branch length seen so far for each group instead of total branch length seen so far for each group / total branch length for that group

1.10.0

modified freq parameter be a percentage of numSeqs, added catchall command - not working right yet.

added clearcut command

added chop.seqs command

fixed problem with class.fy.seqs where group totals did not add up.  added constructors to sequence class to allow for just setting the unaligned field to save space.

added make.group command

worked on trim.seqs

worked on trim.seqs

pds - modified strip barcode funcrtion in trimseqscommand

changed confidence scores calculation in bayesian

modified trim.seqs to account for primers of different lengths

added diffs to trim.seqs

working on trim.seqs

changed groupfile in classify.seqs to reflect multiple fasta files

filled out reference taxonomy with "unclassified" so that if a cutoff is used the summary file still adds up

enabled ~

fixed bug that caused bayesian cutoff not to work if iters > 100. fixed bug in trim.seqs caused by sequence length for qfile coming from fasta file.

added phylo.diversity command. added hard parameter to cluster, hcluster and read.dist.  modified remove.seqs so it can do multiple files at once.

made get.oturep more memory efficient by breaking the work into 2 pieces.

paralellized trim.seqs

paralellized summary.seqs and added mpi code to it.

paralellized screen.seqs and added mpi code to it.  fixed bug with all mpi commands that was caused by the startindex line coming after the numSeqsPerProcess line, only occurred in files where the number of seqs could not be divide evenly between processes.

added set.logfile command

added name parameter to phylotype command

reworked the classifiers summary file added groupfile option to classify.seqs, added mpi code to classifiers modification

made classifier faster

a few modifications for 1.9

a few modifications for 1.9

1.9

1.9

pat's minor edits to distance calculations

some changes while testing 1.9

added MPI code, broke up chimera.seqs into 5 separated commands, added parse.sff, paralellized filter.seqs and bellerophon.

finished mpi for filter.seqs

testing

modified mpi code to save ram by writing out every 10 seqs.

added MPI to dist.seqs command

testing mpi

mothur with external build

changes to filter.seqs

added checks for ^C to quit command instead of program

adding mothurout.h and .cpp to repo

filter.seqs can now accept multiple fasta files

created mothurOut class to handle logfiles

added parse.list command

finished chimera changes

added warning about merging with something above cutoff to cluster. working on chimeras

added warning about merging with something above cutoff to cluster. working on chimeras

chimeras, fix to sabundvector and sharedsabundvector that caused getRabundVector to step out of bounds

chimeras

chimeracode

working on chimeras

test

pat's ../ bug fix - test

pat's ../ bug fix

added name option to read.tree for use in unifrac and parimony commands

pat's differences before v.1.8

fixed bugs for 1.8

fixed some bugs found while testing 1.8

fixed some bugs found while testing 1.8

added distance search method to classify.seqs

added set.dir command and modified commands to redirect input and output, removed get.line command.

pat's edits from 1/26/2010

added out.hierarchy command

pat's mods to morisitahorn and pre.cluster

added warning about average neighbor merges around cutoff. fixed little bugs.

added formatmatrix, formatcolumn, and formatphylip classes. Used these classes in get.oturep to make it able to process distance matrices too large to fit in RAM. added output of .rep.names file to get.oturep command

worked on hcluster. made .single command run using a sharedfile. and various other small changes

you can now use a distance matrix as input for the heatmap.sim command.
added distance parameter to unifrac.weighted and unifrac.unweighted commands that allows you to output a distance matrix from the command.
added random parameter to unifrac.weighted and unifrac.unweighted commands that allows you to shut off the comparison to random trees.

added pca command

added average and nearest neighbor methods to hcluster

precluster command finished

fixed some bugs and added mgcluster command

added sorted parameter to get.oturep, added error checking to chimera classes in case unaligned sequences are used where aligned are expected and added probs parameter to classify.seqs to shut off bootstrapping with bayesian method

added list parameter to get.seqs and remove.seqs and added readline library for interact engine

modified sequence class to read fasta files with comments. this required modifications to several other files that use sequence.  also added flip and threshold parameter to align.seqs command

a few changes to chimera classes