Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

test

test

test

Changes to seq.error so that an alignment is not necessary

added ignore option to oligos files for make.contigs, trim.seqs, trim.flows

trim.seqs filename

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

working on make.contigs. fixed trim.seqs filename issue

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

Working on seq.error changes

added sharedotu parameter to venn command. working of make.contigs.

fixed issue in tree.shared when shared file was not sorted

added warning to readBlast to warn about duplicate names in the blast file.

added kruskwalliscommand to Xcode project and fixed parameter issues.

fixed outputName creator, added debugging to readblast

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

fixed bug in phylo.diversity rooting. added filename patterns and create filename methods to all commands.

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

edits to cooccurrence command

added files for regularized random forest

fixed rf memory issue in constructure

changed added group output to indicator command. a few changes to work with the guy

fix to summary.tax for 1.28.0

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

classify.seqs allows sequences to be in taxonomy file that are not in template.  it ignores them. fixed windows bug in clearcut char* declarations. get.lineage and remove.lineage can now handle taxons with (). list vector sorts list file outs by abundance. bugs while testing

restructuring random forest implementation

changed random forest's inheritance

added new class forest

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

added sets to amova and homova commands.  added oligos to make.contigs. added metadata to make.biom. fixed bug in get.oturep caused by adding the count file. changed vector declaration in cooccurrence to fixed windows issue. classify.seqs can now ignore seqs in taxonomy file not in template file.

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

PDS: update citation fields

changed dups parameter to dereplicate in chimera.uchime.

added dups parameter to chimera.uchime. working on make.contigs command.

added zap method to classify.seqs and changed bayesian method name to wang.

added classify.shared command and random forest files. added count file to pcr.seqs, remove.rare, screen.seqs, sort.seqs, split.abund, and subsample commands

added count file to get.oturep, pre.cluster, screen.seqs, tree.shared. made remove.lineage and get.lineage more flexible to remove or get taxons wrapped in quotes if not given in taxon parameter.

added count file to trim.seqs, get.groups, get.lineage, get.seqs, heatmap.sim, list.seqs, remove.groups, remove.lineage, remove.seqs, align.check, summary.seqs, summary.qual.

optimizing classify.seqs calculating of template probabilities.

added count file to get.groups and remove.groups. added shortcut parameter to classify.seqs.

major change to the tree class to use the count table class instead of tree map.  This change involved changes to subsample class for trees, changes to the tree reader and readTree class.  This change fixed bug with parsimony random tree generation that was leaving out the name file info. added count file to unifrac.unweighted, unifrac.weighted, parsimony, bin.seqs, classify.otu, classify.seqs, classify.tree, cluster.fragments, consensus.seqs, unique.seqs, phylo.diversity, summary.tax.

added sff.multiple command.  fixed issue with windows paralellization in chimera.uchime with count file.

added oligos, pdiffs, bdiffs, ldiffs, sdiffs, tiffs parameters to sffinfo to allow for spitting the sff file by barcode. working on sff.multiple command.

added code to format fast files for uchime.  started work on sff.multiple command

added count file to chimera.uchime. found issue with uchime program that indicated order mattered.  added sort to mothur.h and reported to edgar.

added count parameter to chimera.slayer command

added SequenceCountParser class to parse the count table by group. added count parameter to chimera.perseus.

changes while testing 1.27

paralellized chop.seqs

added count file to cluster.classic and cluster.split. modified splitting classes to use the count file.

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

fixed subsample name file name issue.  added count parameter to cluster command. added read to readColumn and readMatrix that uses a count table. added functions to countTable class to work with clusters reads.

added sparseDistanceMatrix class.  Modified cluster commands to use the new sparse distance matrix class.  cut cluster time by 55% and reduced memory usage by 50%.

working on adding count file to mgcluster

working on mgcluster count file change

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

added debug statements to trim.seqs

merged mgcluster. kw files added, but not working in this commit!

changes while testing 1.26

fixed pointers in mgcluster

fixed kw parameter types

updated mgcluster to take count file

updated parameters for kw

Merge branch 'master' of https://github.com/mothur/mothur.git into development

changes while testing 1.26

updated getgroupnames

fixed io

cleaned up code2

cleaned up code

removed comments

updated kruskalwallis struct

updated kruskalwallis struct

added countable class to read and store count file. added count parameter to make.shared command and modified sharedlistvector to use it. fixed formatting issue related to make.shared with a biom file.

updated kruskalwallis command

added kruskalwallis command

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

made make.table alias to count.seqs command.  added large parameter to count.seqs to allow for creating the table without storing files in ram. added subsampling to rarefaction.shared. added countable current type.

removed print statements from testing

added large parameter to mgcluster along with new rabund support

removed comments

edited createRabund function

edited createRabund function

added createRabund function to mgcluster

added ifelse for rabund

testing new devel branch

added phylip as output file type for commands that output distance matrices.  added shared parameter to create.database command.

added load.logfile command. changed summary.single output for subsample=t.

changed reading of name file to use buffered reads. note the splitAtWhiteSpace function is sensitive to the gobble function. do not use the two together while reading or the read can get off track. modified trim.seqs group counts to include the redundant sees if a names file is provided.  changed group maps read of a group file to be buffered.  modified appendFiles functions to be buffered.

fixed bug with dist.shared subsampling.   added mode parameter to dist.shared so you can select average or median for the results. added some debug code as I sorted out some bug reports to mothur.bugs.

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

dunno

added forward and reverse barcodes to trim.seqs to process illumina seqs

fixed classify.seqs output file name - had issue if reference taxonomy file did not have 3 parts to the name.  modified rarefaction.shared to output a group.rarefaction file when design file is used.

added check to make sure shhh.flows child processes finish properly. added subsampling to summary.shared and summary.single. modified dist.shared to run original dataset as well as subsamples when subsample=t

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

change to .gitignore

added code to check path for uchime and catchall executables

forced rarefaction.single to output ending line for all groups.  added subsample and iters parameters to summary.shared command.

fixed bug in sffinfo when ~ was used in the sff filename.  fixed issue in shhh.flows, it was producing an output file called *.flow.fasta instead of *.fasta. Also when using outputdir with the file option, it put the shhh.fasta and shhh.names files in the wrong folder.  changed format of rarefaction.single output with groups to look more like the phylo.diversity command.