moved mothur's source into a folder to make grabbing just the source easier on github

removing chime source files from mother project.

another test

test2

test commit

commit test

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

bug in dist.shared and tree.shared with new subsampling code when groups were eliminated the numgroups and lines were not updated.

fixed sim9 and trial_swap

changes while testing

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

fixed bug in rarefaction.single creating the groups file. working on cooccurrence command

fixed sim4

added else if (matrix == "sim2") { }

changed sim2 to random_shuffle

added a matrix "burn in" for sim9 so that the matrix is suitably different from the initial matrix.

fixed rowtotal and columntotal

removed initmatrix and replaced it with co_matrix. With the re-written command there shouldn't be a need to keep the initial matrix, it's just taking up memory.

changes while testing

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

changes while testing

re-wrote co-occurrence command

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

changes while testing.

commented out the update_row_col_totals command. Should fix sim7.

bugs found while testing

added check for positive values in pairwise.seqs gap extend, gap open and mismatch. fixed segfault in concurrence command.

added uchime_src folder. added biom parameter to make.shared. added biom as a current file type.

added make.biom command

added subsample and consensus parameters to unifrac.unweighted command

fixing out labels to match those in shared file.  If shared file does not have column headers create them.

added tree reader class to handle reading trees.  Reworked the tree map to tree class relationship to make less dependant.

fixed bug with windows version of trim.seqs when run with 1 processor. fixed file output redirect for shhh.slows command.  modified mothur so that you can set input and output directories using the parameters in the command.

added subsample and consensus parameters to unifrac.weighted command

adding uchime source

deleted consensus command

added subsample, tiers and processors to tree.shared command. removed bootstrap.shared command. converted consensus command to a class. fixed a few small things related to binLabels.

fixed bug in corr.axes so that it now uses the shared files bin numbers. finished adding subsample and tiers parameters to dist.shared.

working on adding subsampling to dist.shared. fixed bug in phylotype command related to "unknown" addition.

added create.database command. fixed help in get.sharedseqs. added new constructor to sequence class to get comment strings after sequence name.  fixed filenames in sffinfo when sff file did not end in .sff. removed debugging c out statement from trim.flows.

mods to pcr.seqs

added keep dots to pcr.seqs. fixed pre.cluster name file name when group option is used.

minor changes to pcr.seqs.  Added filterToPos and filterFromPos to sequence class. started work on create.database command.

initialized numLinkers and numSpacers in trim.seqs and trim.flows

added pcr.seqs command. fixed bug in rarefacftion.single that caused parsing error if group names contained '_' in shared file.  metastats - modified to more closely follow results from metastats website. trim.flows and trim.seqs allow for characters other than ATGC in reverse primers. removed name file warning when mother calls command internally.

fixed makefile

bug fix in linear algebra that caused an infinite loop

added unix to ifdefs. minor changes while testing 1.24.0.

fixed pvalues for otu.association and corr.axes, fixed bug with pre.cluster added when we checked to make sure files are aligned.

changed sffinfo flow default to true. fixed bug in trim.seqs and filter.seqs related to windows paralellization mods, added help and description to concurrence command

fixed classify.seq error message when flip accnos file was blank. Fixed bug with phylotype command related to the addition of "unknown" classification in phylotree.

added cooccurence command

paralellized metastats for windows

paralellized dist.shared for windows

fixed bug in windows summary.seqs and summary.qual paralellization. paralellized summary.shared for windows.

paralellized screen.seqs for windows.

added linker and spacer to trim.flows

paralellized trim.seqs for windows.  fixed bug in trim.flows that stopped fasta data from being trimmed.

trim.seqs linker and spacer mods

paralellized pairwise.seqs for windows

paralellized filter.seqs for windows

removed unused copy constructors and comments within comments that where causing nonsense warnings.  Added minimum sequence length of 3 bases to correct set fault error to chimera.perseus. Fixed == bug in chop.seqs that left 'N' bases in sequence.  added classify.tree command. worked on cluster.split and shhh.flows paralellization for windows, not complete. optimized shhh.flows paralellzation for mac and linux.  added linker and spacer options to oligos file of trim.seqs. added ldiffs and sdiffs to allow for differences in linker and spacers in trim.seqs. added keepforward to trim.seqs to allow for keeping the forward primer.

added flow file to sort.seqs. added setName and setScores functions to Quality Scores, similar to sequence class. modified trim.flows so that it outputs the fullpathname to the .flow.files file.  changed nods command so that if (maxdim < mindim) { maxdim = mindim; }, removing warning and abort.

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

added sort.seqs command.  puts sequences from a fasta, name, group, quality or taxonomy file in the same order. may provide a accnos file it you wish to specify order used. large parameter can be set to true if the fasta or qfile is too large to fit in memory.

upped the optimization code for debugging from -O0 to -O3 and fixed the sigma problem in shhh.seqs

testing public / private push error

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

testing public repo change

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

test of commit push pull

test on main machine

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

Removing .DS_Store

trying to push, still figuring out the new Xcode

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

added significance scores to core.axes. added design file to get.groups and remove.groups

pat testing git hub commit

test on laptop setup

test ignore

test

test

test

added test comment

added sequence name to error string in fastq.info. Changed np_shannon to npshannon.

added otu.association command. added calcSpearman, calcKendall and calcPearson functions to linear algebra classes to allow for passing single dimension vectors.

fixed bug with shhh.flow from file path name in write functions, added "smart" feature with namefile, added fasta and qfile parameters to fastq.info, added checking for reverse sequences in classifier.

1.23.0

1.23.0

1.23.0

changed rarefaction.single output

*** empty log message ***

added qvalues to metastats. fixed bug with chimera.uchime location. fixed windows bug with tellg() in trim.seqs.

metastats in progress

metastats in progress

fixed label option in sens.spec and added smart distancing.

Added summary.qual command.  Added fontsize parameter to heatmap.sim and venn commands

added fontsize to heatmap.sim, paralellized chimera.slayer byGroup for all os's, fixed mpi code in screen.seqs optimize function, fixed bellerophon mpi version, fixed set.dir command for mpi version.

finished shhh.seqs command, fixed bug with remove.groups and get.groups that caused file mismatch if column 1 of the names file was not chosen, added warning to sequence class about protein sequences.

fixed bug with trim.flows that was adding flow files names to the .flow.files file more than once. working on shhh.seqs command, finished chimera.perseus command.  Fixed bug with chimera.uchime relating to uchime executable location. added column headings to chimera.uchime output.