sabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sabund.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights resesaved.
   7  *
   8  */
   9 using namespace std;
  10
  11 #include "sabundvector.hpp"
  12 #include "datavector.hpp"
  13 #include "utilities.hpp"
  14 #include <exception>
  15
  16 /***********************************************************************/
  17
  18 SAbundVector::SAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){};
  19
  20 /***********************************************************************/
  21
  22 SAbundVector::SAbundVector(int size) :  DataVector(), data(size, 0), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  23
  24 /***********************************************************************/
  25
  26 SAbundVector::SAbundVector(string id, vector<int> sav) : DataVector(id), data(sav) {
  27         try {
  28
  29                 for(int i=0;i<sav.size();i++){
  30                         if(data[i] != 0){       maxRank = i;    }
  31                         numSeqs += i*data[i];
  32                         numBins += data[i];
  33                 }
  34         }
  35         catch(exception& e) {
  36                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  37                 exit(1);
  38         }
  39         catch(...) {
  40                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  41                 exit(1);
  42         }
  43 }
  44
  45 /***********************************************************************/
  46
  47 SAbundVector::SAbundVector(ifstream& f): DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  48         try {
  49                 int hold;
  50                 f >> label >> hold;
  51
  52                 data.assign(hold+1, 0);
  53                 int inputData;
  54
  55                 for(int i=1;i<=hold;i++){
  56                         f >> inputData;
  57                         set(i, inputData);
  58                 }
  59         }
  60         catch(exception& e) {
  61                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  62                 exit(1);
  63         }
  64         catch(...) {
  65                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function SAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  66                 exit(1);
  67         }
  68 }
  69
  70 /***********************************************************************/
  71
  72 void SAbundVector::set(int sabund, int abundance){
  73         try {
  74
  75                 int initSize = data[sabund];
  76                 data[sabund] = abundance;
  77
  78                 if(sabund != 0){
  79                         numBins += (abundance - initSize);
  80                 }
  81
  82                 numSeqs += sabund * (abundance - initSize);
  83
  84                 if(sabund > maxRank)    {       maxRank = sabund;               }
  85         }
  86         catch(exception& e) {
  87                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  88                 exit(1);
  89         }
  90         catch(...) {
  91                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  92                 exit(1);
  93         }
  94 }
  95
  96 /***********************************************************************/
  97
  98 int SAbundVector::get(int index){
  99         return data[index];
 100 }
 101
 102 /***********************************************************************/
 103
 104 void SAbundVector::push_back(int abundance){
 105         try {
 106                 data.push_back(abundance);
 107
 108                 maxRank++;
 109
 110                 numBins += abundance;
 111
 112                 numSeqs += (maxRank * abundance);
 113         }
 114         catch(exception& e) {
 115                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 116                 exit(1);
 117         }
 118         catch(...) {
 119                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 120                 exit(1);
 121         }
 122 }
 123
 124 /***********************************************************************/
 125
 126 void SAbundVector::resize(int size){
 127         data.resize(size);
 128 }
 129
 130 /***********************************************************************/
 131
 132 int SAbundVector::size(){
 133         return data.size();
 134 }
 135
 136 /***********************************************************************/
 137 void SAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 138
 139         output << prefix << '\t' << maxRank << '\t';
 140
 141         for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 142                 output << data[i] << '\t';
 143         }
 144         output << endl;
 145 }
 146
 147 /***********************************************************************/
 148 void SAbundVector::print(ostream& output){
 149         try {
 150                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 151
 152                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 153                         output << data[i] << '\t';
 154                 }
 155                 output << endl;
 156         }
 157         catch(exception& e) {
 158                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 159                 exit(1);
 160         }
 161         catch(...) {
 162                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 163                 exit(1);
 164         }
 165 }
 166
 167 /**********************************************************************/
 168 int SAbundVector::getNumBins(){
 169 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 170         return numBins;
 171 }
 172
 173 /***********************************************************************/
 174
 175 int SAbundVector::getNumSeqs(){
 176 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 177         return numSeqs;
 178 }
 179
 180 /***********************************************************************/
 181
 182 int SAbundVector::getMaxRank(){
 183 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 184         return maxRank;
 185 }
 186 /***********************************************************************/
 187 RAbundVector SAbundVector::getRAbundVector(){
 188         try {
 189                 RAbundVector rav;
 190
 191                 for(int i=1;i<=data.size();i++){
 192                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 193                                 rav.push_back(i);
 194                         }
 195                 }
 196                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 197
 198                 rav.setLabel(label);
 199                 return rav;
 200         }
 201         catch(exception& e) {
 202                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 203                 exit(1);
 204         }
 205         catch(...) {
 206                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 207                 exit(1);
 208         }
 209 }
 210
 211 /***********************************************************************/
 212
 213 SAbundVector SAbundVector::getSAbundVector(){
 214         return *this;
 215 }
 216
 217 /***********************************************************************/
 218
 219 OrderVector SAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 220         try {
 221                 OrderVector ov;
 222
 223                 int binIndex = 0;
 224
 225                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 226                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 227                                 for(int k=0;k<i;k++){
 228                                         ov.push_back(binIndex);
 229                                 }
 230                                 binIndex++;
 231                         }
 232                 }
 233
 234                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 235
 236                 ov.setLabel(label);
 237                 ov.getNumBins();
 238                 return ov;
 239         }
 240         catch(exception& e) {
 241                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 242                 exit(1);
 243         }
 244         catch(...) {
 245                 cout << "An unknown error has occurred in the SAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 246                 exit(1);
 247         }
 248 }
 249
 250 /***********************************************************************/