sabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sabund.cpp
   3  *
   4  *
   5  *  Created by Pat Schloss on 8/8/08.
   6  *  Copyright 2008 Patrick D. Schloss. All rights resesaved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sabundvector.hpp"
  11 #include "calculator.h"
  12
  13 /***********************************************************************/
  14
  15 SAbundVector::SAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0){}
  16
  17 /***********************************************************************/
  18
  19 SAbundVector::SAbundVector(int size) :  DataVector(), data(size, 0), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {}
  20
  21 /***********************************************************************/
  22
  23 SAbundVector::SAbundVector(string id, vector<int> sav) : DataVector(id), data(sav) {
  24         try {
  25                 for(int i=0;i<sav.size();i++){
  26                         if(data[i] != 0){       maxRank = i;    }
  27                         numSeqs += i*data[i];
  28                         numBins += data[i];
  29                 }
  30         }
  31         catch(exception& e) {
  32                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "SAbundVector");
  33                 exit(1);
  34         }
  35 }
  36
  37 /***********************************************************************/
  38
  39 SAbundVector::SAbundVector(vector <int> dataVec, int mr, int nb, int ns) {
  40         try {
  41                 data = dataVec;
  42                 maxRank = mr;
  43                 numBins = nb;
  44                 numSeqs = ns;
  45         }
  46         catch(exception& e) {
  47                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "SAbundVector");
  48                 exit(1);
  49         }
  50 }
  51 /***********************************************************************/
  52
  53 SAbundVector::SAbundVector(ifstream& f): DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  54         try {
  55                 int hold;
  56                 f >> label >> hold;
  57
  58                 data.assign(hold+1, 0);
  59                 int inputData;
  60
  61                 for(int i=1;i<=hold;i++){
  62                         f >> inputData;
  63                         set(i, inputData);
  64                 }
  65
  66         }
  67         catch(exception& e) {
  68                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "SAbundVector");
  69                 exit(1);
  70         }
  71 }
  72
  73
  74 /***********************************************************************/
  75
  76 void SAbundVector::set(int sabund, int abundance){
  77         try {
  78
  79                 int initSize = data[sabund];
  80                 data[sabund] = abundance;
  81
  82                 if(sabund != 0){
  83                         numBins += (abundance - initSize);
  84                 }
  85
  86                 numSeqs += sabund * (abundance - initSize);
  87
  88                 if(sabund > maxRank)    {       maxRank = sabund;               }
  89         }
  90         catch(exception& e) {
  91                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "set");
  92                 exit(1);
  93         }
  94 }
  95
  96
  97 /***********************************************************************/
  98
  99 int SAbundVector::get(int index){
 100         return data[index];
 101 }
 102
 103 /***********************************************************************/
 104
 105 void SAbundVector::push_back(int abundance){
 106         try {
 107                 data.push_back(abundance);
 108
 109                 maxRank++;
 110
 111                 numBins += abundance;
 112
 113                 numSeqs += (maxRank * abundance);
 114         }
 115         catch(exception& e) {
 116                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "push_back");
 117                 exit(1);
 118         }
 119 }
 120 /***********************************************************************/
 121
 122 void SAbundVector::quicksort(){
 123         sort(data.rbegin(), data.rend());
 124 }
 125
 126 /***********************************************************************/
 127
 128 int SAbundVector::sum(){
 129         VecCalc vecCalc;
 130         return vecCalc.sumElements(data);
 131 }
 132
 133 /***********************************************************************/
 134
 135 void SAbundVector::resize(int size){
 136         data.resize(size);
 137 }
 138
 139 /***********************************************************************/
 140
 141 int SAbundVector::size(){
 142         return data.size();
 143 }
 144
 145 /***********************************************************************/
 146 void SAbundVector::print(string prefix, ostream& output){
 147
 148         output << prefix << '\t' << maxRank << '\t';
 149
 150         for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 151                 output << data[i] << '\t';
 152         }
 153         output << endl;
 154 }
 155 /***********************************************************************/
 156 void SAbundVector::clear(){
 157         numBins = 0;
 158         maxRank = 0;
 159         numSeqs = 0;
 160         data.clear();
 161 }
 162 /***********************************************************************/
 163 void SAbundVector::print(ostream& output){
 164         try {
 165                 output << label << '\t' << maxRank << '\t';
 166
 167                 for(int i=1;i<=maxRank;i++){
 168                         output << data[i] << '\t';
 169                 }
 170                 output << endl;
 171         }
 172         catch(exception& e) {
 173                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "print");
 174                 exit(1);
 175         }
 176 }
 177
 178 /**********************************************************************/
 179 int SAbundVector::getNumBins(){
 180 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 181         return numBins;
 182 }
 183
 184 /***********************************************************************/
 185
 186 int SAbundVector::getNumSeqs(){
 187 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 188         return numSeqs;
 189 }
 190
 191 /***********************************************************************/
 192
 193 int SAbundVector::getMaxRank(){
 194 //      if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
 195         return maxRank;
 196 }
 197 /***********************************************************************/
 198 RAbundVector SAbundVector::getRAbundVector(){
 199         try {
 200                 RAbundVector rav;
 201
 202                 for(int i=1;i < data.size();i++){
 203                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 204                                 rav.push_back(i);
 205                         }
 206                 }
 207                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 208
 209                 rav.setLabel(label);
 210                 return rav;
 211         }
 212         catch(exception& e) {
 213                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "getRAbundVector");
 214                 exit(1);
 215         }
 216 }
 217
 218 /***********************************************************************/
 219
 220 SAbundVector SAbundVector::getSAbundVector(){
 221         return *this;
 222 }
 223
 224 /***********************************************************************/
 225
 226 OrderVector SAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* hold = NULL){
 227         try {
 228                 OrderVector ov;
 229
 230                 int binIndex = 0;
 231
 232                 for(int i=1;i<data.size();i++){
 233                         for(int j=0;j<data[i];j++){
 234                                 for(int k=0;k<i;k++){
 235                                         ov.push_back(binIndex);
 236                                 }
 237                                 binIndex++;
 238                         }
 239                 }
 240
 241                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 242
 243                 ov.setLabel(label);
 244                 ov.getNumBins();
 245                 return ov;
 246         }
 247         catch(exception& e) {
 248                 m->errorOut(e, "SAbundVector", "getOrderVector");
 249                 exit(1);
 250         }
 251 }
 252
 253 /***********************************************************************/