.emacs

   1 (custom-set-variables
   2  ;; custom-set-variables was added by Custom.
   3  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
   4  ;; Your init file should contain only one such instance.
   5  ;; If there is more than one, they won't work right.
   6  '(bibtex-user-optional-fields (quote (("annote" "Personal annotation (ignored)") ("abstract" "") ("pmid" "") ("doi" ""))))
   7  '(calendar-latitude [33 57 north])
   8  '(calendar-longitude [117 24 west])
   9  '(case-fold-search t)
  10  '(confirm-kill-emacs (quote y-or-n-p))
  11  '(cperl-lazy-help-time nil)
  12  '(debian-changelog-mailing-address "don@debian.org" t)
  13  '(display-time t)
  14  '(display-time-24hr-format t)
  15  '(display-time-day-and-date t)
  16  '(display-time-mode t)
  17  '(font-latex-fontify-script nil)
  18  '(font-latex-fontify-sectioning (quote color))
  19  '(font-latex-script-display (quote (nil)))
  20  '(global-auto-revert-mode t)
  21  '(global-font-lock-mode t nil (font-lock))
  22  '(global-set-key "\347" t)
  23  '(iswitchb-mode t)
  24  '(iswitchb-prompt-newbuffer nil)
  25  '(log-edit-keep-buffer t)
  26  '(mail-user-agent (quote sendmail-user-agent))
  27  '(markdown-enable-math t)
  28  '(markdown-follow-wiki-link-on-enter nil)
  29  '(mutt-alias-file-list (quote ("~/.mutt/aliases" "~/.mail_aliases")))
  30  '(post-email-address "don@donarmstrong.com")
  31  '(post-kill-quoted-sig nil)
  32  '(post-mail-message "mutt\\(ng\\|\\)-[a-z0-9]+-[0-9]+-.*")
  33  '(post-uses-fill-mode nil)
  34  '(ps-footer-font-size (quote (8 . 10)))
  35  '(ps-header-font-size (quote (8 . 10)))
  36  '(ps-header-title-font-size (quote (10 . 10)))
  37  '(ps-line-number-color "blue")
  38  '(ps-print-footer t)
  39  '(ps-print-footer-frame nil)
  40  '(ps-print-only-one-header t)
  41  '(safe-local-variable-values (quote ((auto-save-default) (make-backup-files))))
  42  '(sentence-end "[.?!][]\"')]*\\($\\|   \\| \\)[
  43 ]*")
  44  '(sentence-end-double-space nil)
  45  '(show-paren-mode t)
  46  '(tool-bar-mode nil nil (tool-bar))
  47  '(user-mail-address "don@donarmstrong.com")
  48  '(vc-delete-logbuf-window nil)
  49  '(vc-follow-symlinks t))
  50
  51 ;; use git before SVN; use CVS earlier, because I have CVS
  52 ;; repositories inside of git directories
  53 (setq vc-handled-backends (quote (CVS Git RCS SVN SCCS Bzr Hg Mtn Arch)))
  54
  55 ;; switch back to the old primary selection method
  56 (setq x-select-enable-clipboard nil)
  57 (setq x-select-enable-primary t)
  58 ; (setq mouse-drag-copy-region t)
  59
  60 (fset 'perl-mode 'cperl-mode)
  61 ;;(load-file "cperl-mode.el")
  62 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/")
  63 ;; this is the tiny-tools module from https://github.com/jaalto/project--emacs-tiny-tools.git
  64 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/tiny")
  65 (add-to-list 'load-path '"~/lib/emacs_el/tiny-tools/lisp/other")
  66 ;;(add-to-list 'Tex-style-path '"~/lib/emacs_el/auctex/")
  67
  68 (setq tinyprocmail--procmail-version "v3.22")
  69 (add-hook 'tinyprocmail--load-hook 'tinyprocmail-install)
  70 (require 'tinyprocmail)
  71
  72 (require 'vcl-mode)
  73
  74 (require 'tex-site)
  75 ;;(require 'psvn)
  76 (require 'cperl-mode)
  77 ;;(require 'ecasound)
  78 ;;(require 'emacs-wiki)
  79 (require 'bibtex)
  80 (require 'post)
  81 ;;(require 'fixme)
  82 (require 'google-weather)
  83 (require 'org-google-weather)
  84 (setq-default org-google-weather-format "%i %c, [%l,%h] %s %C")
  85
  86 ; http://julien.danjou.info/projects/emacs-packages#rainbow-mode
  87 ; this colorizes color strings
  88 (require 'rainbow-mode)
  89 ; add ess to the x major mode
  90 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[S])
  91 (add-to-list 'rainbow-x-colors-major-mode-list 'ESS[R])
  92
  93 ; org mode agenda files
  94 (setq org-agenda-files
  95       (quote ("~/projects/debbugs/debbugs.org"
  96               "~/projects/notes/notes.org"
  97               "~/projects/origins_of_life/ool.org"
  98               "~/projects/sysadmin/sndservers/sndservers.org"
  99               "~/projects/chaim/chaim.org"
 100               "~/projects/chaim/papers/gwas_paper_2012/gwas_paper.org"
 101           "~/projects/reviews/reviews.org"
 102               "~/projects/fh/fh.org")))
 103
 104 (setq org-global-properties '(("Effort_ALL 0 0:10 0:30 1:00 2:00 3:00 4:00 5:00 6:00 7:00")))
 105 (setq org-columns-default-format "%40ITEM(Task) %TAGS %PRIORITY %TODO %13SCHEDULED %13DEADLINE %6Effort{:}  %CLOCKSUM")
 106
 107 (setq org-default-notes-file "~/projects/notes/notes.org")
 108 (setq org-capture-templates  ;; mail-specific note template, identified by "m"
 109       '(("m" "Mail" entry (file+headline "~/projects/notes/refile.org" "Mail")
 110          "* %?\n\n  Source: %u, %c\n  %i")
 111         ("t" "todo" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 112          "* TODO %?\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 113         ("r" "respond" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 114          "* NEXT Respond to %:from on %:subject\nSCHEDULED: %t\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t :immediate-finish t)
 115         ("n" "note" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 116          "* %? :NOTE:\n%U\n%a\n" :clock-in t :clock-resume t)
 117         ("j" "Journal" entry (file+datetree "~/projects/notes/diary.org")
 118          "* %?\n%U\n" :clock-in t :clock-resume t)
 119         ("w" "org-protocol" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 120          "* TODO Review %c\n%U\n" :immediate-finish t)
 121         ("p" "Phone call" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 122          "* PHONE %? :PHONE:\n%U" :clock-in t :clock-resume t)
 123         ("h" "Habit" entry (file "~/projects/notes/refile.org")
 124          "* NEXT %?\n%U\n%a\nSCHEDULED: %(format-time-string \"<%Y-%m-%d %a .+1d/3d>\")\n:PROPERTIES:\n:STYLE: habit\n:REPEAT_TO_STATE: NEXT\n:END:\n")
 125         )
 126       )
 127
 128 ;; Remove empty LOGBOOK drawers on clock out
 129 (defun bh/remove-empty-drawer-on-clock-out ()
 130   (interactive)
 131   (save-excursion
 132     (beginning-of-line 0)
 133     (org-remove-empty-drawer-at "LOGBOOK" (point))))
 134
 135 (add-hook 'org-clock-out-hook 'bh/remove-empty-drawer-on-clock-out 'append)
 136
 137
 138 ; resolve clocks after 10 minutes of idle; use xprintidle
 139 (setq org-clock-idle-time 10)
 140 (setq org-clock-x11idle-program-name "xprintidle")
 141
 142 ; this is from http://doc.norang.ca/org-mode.html#Capture
 143 ; use C-M-r for org mode capture
 144 (global-set-key (kbd "C-M-r") 'org-capture)
 145
 146 ; Targets include this file and any file contributing to the agenda - up to 9 levels deep
 147 (setq org-refile-targets (quote ((nil :maxlevel . 9)
 148                                  (org-agenda-files :maxlevel . 9))))
 149
 150 ; Use full outline paths for refile targets - we file directly with IDO
 151 (setq org-refile-use-outline-path t)
 152
 153 ; Targets complete directly with IDO
 154 (setq org-outline-path-complete-in-steps nil)
 155
 156 ; Allow refile to create parent tasks with confirmation
 157 (setq org-refile-allow-creating-parent-nodes (quote confirm))
 158
 159 ; Use IDO for both buffer and file completion and ido-everywhere to t
 160 (setq org-completion-use-ido t)
 161 (setq ido-everywhere t)
 162 (setq ido-max-directory-size 100000)
 163 (ido-mode (quote both))
 164
 165 ;;;; Refile settings
 166 ; Exclude DONE state tasks from refile targets
 167 (defun bh/verify-refile-target ()
 168   "Exclude todo keywords with a done state from refile targets"
 169   (not (member (nth 2 (org-heading-components)) org-done-keywords)))
 170
 171 (setq org-refile-target-verify-function 'bh/verify-refile-target)
 172
 173 ;; ensure that emacsclient will show just the note to be edited when invoked
 174 ;; from Mutt, and that it will shut down emacsclient once finished;
 175 ;; fallback to legacy behavior when not invoked via org-protocol.
 176 (require 'org-protocol)
 177 (add-hook 'org-capture-mode-hook 'delete-other-windows)
 178 (setq my-org-protocol-flag nil)
 179 (defadvice org-capture-finalize (after delete-frame-at-end activate)
 180   "Delete frame at remember finalization"
 181   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 182          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 183 (defadvice org-capture-refile (around delete-frame-after-refile activate)
 184   "Delete frame at remember refile"
 185   (if my-org-protocol-flag
 186       (progn
 187         (setq my-org-protocol-flag nil)
 188         ad-do-it
 189         (delete-frame))
 190     ad-do-it)
 191   )
 192 (defadvice org-capture-kill (after delete-frame-at-end activate)
 193   "Delete frame at remember abort"
 194   (progn (if my-org-protocol-flag (delete-frame))
 195          (setq my-org-protocol-flag nil)))
 196 (defadvice org-protocol-capture (before set-org-protocol-flag activate)
 197   (setq my-org-protocol-flag t))
 198
 199
 200 ;; org modules
 201 (add-to-list 'org-modules 'org-habit)
 202
 203 ; this comes from http://upsilon.cc/~zack/blog/posts/2010/02/integrating_Mutt_with_Org-mode/
 204 (defun open-mail-in-mutt (message)
 205   "Open a mail message in Mutt, using an external terminal.
 206
 207 Message can be specified either by a path pointing inside a
 208 Maildir, or by Message-ID."
 209   (interactive "MPath or Message-ID: ")
 210   (shell-command
 211    (format "xterm -e \"%s %s\""
 212        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/mutt_open") message)))
 213
 214 ;; add support for "mutt:ID" links
 215 (org-add-link-type "mutt" 'open-mail-in-mutt)
 216
 217
 218 (global-set-key "\C-xp" 'server-edit)
 219
 220 (setq-default auto-mode-alist (cons '("\.wml$" .
 221                               (lambda () (html-mode) (auto-fill-mode)))
 222                             auto-mode-alist))
 223
 224 ;; Use c-mode for perl .xs files
 225 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.xs\\'" . c-mode))
 226 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.\\([pP][Llm]\\|al\\)\\'" . cperl-mode))
 227 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl" . cperl-mode))
 228 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("perl5" . cperl-mode))
 229 (add-to-list 'interpreter-mode-alist '("miniperl" . cperl-mode))
 230
 231 ; use markdown mode for mdwn files
 232 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.mdwn$" . markdown-mode))
 233
 234
 235
 236
 237 ; mail configuration
 238 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttng-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 239 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttngrc" . muttrc-mode))
 240
 241 (add-to-list 'auto-mode-alist '("mutt-[a-z0-9]+-[0-9]+-" . message-mode))
 242 (add-to-list 'auto-mode-alist '("muttrc" . muttrc-mode))
 243 (defun my-message-mode-settings ()
 244   (font-lock-add-keywords nil
 245                           '(("^[ \t]*>[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 246                              (0 'message-multiply-quoted-text-face))
 247                             ("^[ \t]*>[ \t]*>.*$"
 248                              (0 'message-double-quoted-text-face))))
 249   (local-set-key (kbd "C-c C-a") 'my-post-attach-file)
 250   )
 251 (add-hook 'message-mode-hook 'my-message-mode-settings)
 252
 253 (defun my-post-attach-file ()
 254   "Prompt for an attachment."
 255   (interactive)
 256   (let ((file (read-file-name "Attach file: " nil nil t nil))
 257         (description (string-read "Description: ")))
 258     (my-header-attach-file file description)))
 259
 260 (symbol-function 'my-post-attach-file)
 261
 262 (defun my-header-attach-file (file description)
 263   "Attach a FILE to the current message (works with Mutt).
 264 Argument DESCRIPTION MIME description."
 265   (interactive "fAttach file: \nsDescription: ")
 266   (when (> (length file) 0)
 267     (save-excursion
 268       (save-match-data
 269         (save-restriction
 270           (widen)
 271           (goto-char (point-min))
 272           (search-forward-regexp "^$")
 273           (insert (concat "Attach: " (replace-regexp-in-string "\\([[:space:]\\]\\)" "\\\\\\1" (file-truename file)) " "
 274                           description "\n"))
 275           (message (concat "Attached '" file "'."))
 276           (setq post-has-attachment t))))))
 277
 278
 279
 280 (setq mail-yank-prefix "> ")
 281
 282 (global-unset-key "\M-g")
 283 (global-set-key "\M-g" 'goto-line)
 284
 285 ;;(autoload 'perl-mode "cperl-mode"
 286 ;;  "alternate mode for editing Perl programs" t)
 287
 288 ;; self-insert-command hack.
 289 ;;   Without this, "if<SP>" expands to
 290 ;;   if ( -!-) {
 291 ;;   }
 292 ;;   which really should be,
 293 ;;   if (-!-) {
 294 ;;   }
 295 (setq cperl-hairy t
 296       cperl-indent-level 4
 297       cperl-auto-newline nil
 298       cperl-auto-newline-after-colon nil
 299       cperl-continued-statement-offset 4
 300       cperl-brace-offset -1
 301       cperl-continued-brace-offset 0
 302       cperl-label-offset -4
 303       cperl-highlight-variables-indiscriminately t
 304       cperl-electric-lbrace-space nil
 305       cperl-indent-parens-as-block nil
 306       cperl-close-paren-offset -1
 307       cperl-tab-always-indent t)
 308 ;(add-hook 'cperl-mode-hook (lambda () (cperl-set-style "PerlStyle")))
 309
 310
 311
 312 ;(load-library "php-mode")
 313
 314 (setq-default c-indent-level 4)
 315 (setq-default c-brace-imaginary-offset 0)
 316 (setq-default c-brace-offset -4)
 317 (setq-default c-argdecl-indent 4)
 318 (setq-default c-label-offset -4)
 319 (setq-default c-continued-statement-offset 4)
 320 ; tabs are annoying
 321 (setq-default indent-tabs-mode nil)
 322 (setq-default tab-width 4)
 323
 324
 325 ;; (autoload 'php-mode "php-mode" "PHP editing mode" t)
 326 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php3?\\'" . php-mode))
 327 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.phtml?\\'" . php-mode))
 328 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php?\\'" . php-mode))
 329 ;; (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.php4?\\'" . php-mode))
 330
 331 ;; REFTEX (much enhanced management of cross-ref, labels, etc)
 332 ;; http://www.strw.leidenuniv.nl/~dominik/Tools/reftex/
 333 (autoload 'reftex-mode     "reftex" "RefTeX Minor Mode" t)
 334 (autoload 'turn-on-reftex  "reftex" "RefTeX Minor Mode" nil)
 335 (autoload 'reftex-citation "reftex-cite" "Make citation" nil)
 336 (autoload 'reftex-index-phrase-mode "reftex-index" "Phrase mode" t)
 337 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 338 (add-hook 'latex-mode-hook 'turn-on-reftex)   ; with Emacs latex mode
 339 (add-hook 'LaTeX-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with AUCTeX LaTeX mode
 340 (add-hook 'latex-mode-hook 'outline-minor-mode)   ; with Emacs latex mode
 341
 342 ; use smart quotes by default instead of `` and ''
 343 ; taken from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 344 (setq TeX-open-quote "“")
 345 (setq TeX-close-quote "”")
 346
 347 ;; (TeX-add-style-hook
 348 ;;  "latex"
 349 ;;  (lambda ()
 350 ;;    (TeX-add-symbols
 351 ;;     '("DLA" 1))))
 352 ;; (custom-set-variables
 353 ;;  '(font-latex-user-keyword-classes
 354 ;;    '(("fixme"
 355 ;;       ("DLA" "RZ")
 356 ;;       font-lock-function-name-face 2 (command 1 t))))
 357 ;; )
 358
 359 (require 'font-latex)
 360 (setq font-latex-match-reference-keywords
 361       '(
 362         ("fref" "{")
 363         ("Fref" "{")
 364         ("citep" "{")
 365         ("citet" "{")
 366         ("acs" "{")
 367         ("acsp" "{")
 368         ("ac" "{")
 369         ("acp" "{")
 370         ("acl" "{")
 371         ("aclp" "{")
 372         ("acsu" "{")
 373         ("aclu" "{")
 374         ("acused" "{")
 375 ;         ))
 376 ; (setq font-latex-match-warning-keywords
 377 ;       '(
 378         ("DLA" "{")
 379         ("RZ" "{")
 380         ("OM" "{")
 381         ("DL" "{")
 382         ("fixme" "{")))
 383
 384 (setq-default TeX-parse-self t)
 385 (setq-default TeX-auto-save t)
 386 (setq-default TeX-master nil)
 387
 388 ;; this doesn't seem to work; not currently sure why
 389 ; (setq font-latex-user-keyword-classes
 390 ;       '(("my-warning-commands"
 391 ;          (("DLA" "{")
 392 ;           ("RZ" "{")
 393 ;           ("OM" "{")
 394 ;           ("DL" "{")
 395 ;           ("fixme" "{")
 396 ;           )
 397 ;          (:foreground "red" :weight bold :underline (:color foreground-color :style line)))
 398 ;         ))
 399
 400
 401 (defun insert-date ()
 402   "Insert date at point."
 403   (interactive)
 404   (insert (format-time-string "%A, %B %e, %Y %k:%M:%S %Z")))
 405 (global-set-key "\C-[d" 'insert-date)
 406
 407 (defun unfill-paragraph (arg)
 408   "Pull this whole paragraph up onto one line."
 409   (interactive "*p")
 410   (let ((fill-column 10000))
 411     (fill-paragraph arg))
 412   )
 413
 414 ;(iswitchb-default-keybindings)
 415
 416 (column-number-mode t)
 417 (setq-default reftex-plug-into-AUCTeX t)
 418
 419 (server-start)
 420
 421 (require 'mode-compile)
 422
 423 (setq-default reftex-default-bibliography
 424       '("references.bib"))
 425
 426 (defadvice server-process-filter (after post-mode-message first activate)
 427   "If the buffer is in post mode, overwrite the server-edit
 428     message with a post-save-current-buffer-and-exit message."
 429   (if (eq major-mode 'post-mode)
 430       (message
 431        (substitute-command-keys "Type \\[describe-mode] for help composing; \\[post-save-current-buffer-and-exit] when done."))))
 432                                         ; This is also needed to see the magic message.  Set to a higher
 433                                         ; number if you have a faster computer or read slower than me.
 434 '(font-lock-verbose 1000)
 435 ;(setq-default server-temp-file-regexp "mutt\(-\|ng-\)")
 436 ; (add-hook 'server-switch-hook
 437 ;         (function (lambda()
 438 ;                     (cond ((string-match "Post" mode-name)
 439 ;                            (post-goto-body)))
 440 ;                     set-buffer-file-coding-system 'utf-8
 441 ;                     )))
 442 ;
 443
 444 (add-hook 'post-mode-hook
 445           (auto-fill-mode nil)
 446           )
 447 ; abbrev mode settings
 448 ; load abbreviations from
 449 (setq abbrev-file-name
 450       "~/.emacs_abbrev_def")
 451
 452 ; read the abbrev file if it exists
 453 (if (file-exists-p abbrev-file-name)
 454     (quietly-read-abbrev-file))
 455
 456 ; for now, use abbrev mode everywhere
 457 (setq default-abbrev-mode t)
 458
 459
 460 (defun insert-function-documentation ()
 461   "Insert function documentation"
 462   (interactive)
 463   (insert-file-contents "/home/don/lib/templates/perl_function_documentation" nil))
 464 (global-set-key "\M-f" 'insert-function-documentation)
 465
 466 (eval-after-load "lilypond-mode"
 467   '(progn
 468      (load-library "lyqi-mode")
 469      (define-key LilyPond-mode-map "\C-cq" 'lyqi-mode)))
 470
 471 (autoload 'spamassassin-mode "spamassassin-mode" nil t)
 472
 473 (desktop-load-default)
 474 (desktop-read)
 475 '(iswitchb-mode on)
 476 (custom-set-faces
 477  ;; custom-set-faces was added by Custom.
 478  ;; If you edit it by hand, you could mess it up, so be careful.
 479  ;; Your init file should contain only one such instance.
 480  ;; If there is more than one, they won't work right.
 481  '(menu ((((type x-toolkit)) (:background "black" :foreground "grey90")))))
 482
 483 (defun ess-change-directory (path)
 484   "Set the current working directory to PATH for both *R* and Emacs."
 485   (interactive "DDirectory to change to: ")
 486
 487   (when (file-exists-p path)
 488     (ess-command (concat "setwd(\"" path "\")\n"))
 489     ;; use file-name-as-directory to ensure it has trailing /
 490     (setq default-directory (file-name-as-directory path))))
 491
 492 (put 'upcase-region 'disabled nil)
 493 (put 'downcase-region 'disabled nil)
 494 (put 'narrow-to-region 'disabled nil)
 495
 496 ;; The following lines are always needed. Choose your own keys.
 497 (add-to-list 'auto-mode-alist '("\\.org\\'" . org-mode))
 498 (add-hook 'org-mode-hook 'turn-on-font-lock) ; not needed when global-font-lock-mode is on
 499 (global-set-key "\C-cl" 'org-store-link)
 500 (global-set-key "\C-ca" 'org-agenda)
 501 (global-set-key "\C-cb" 'org-iswitchb)
 502 (setq-default org-log-done 'time)
 503 (setq-default org-agenda-ndays 5)
 504
 505
 506 (autoload 'flyspell-mode "flyspell" "On-the-fly spelling checker." t)
 507 (add-hook 'message-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 508 (add-hook 'text-mode-hook 'turn-on-flyspell)
 509 (add-hook 'c-mode-common-hook 'flyspell-prog-mode)
 510 (add-hook 'cperl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 511 (add-hook 'tcl-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 512 (add-hook 'ess-mode-hook 'flyspell-prog-mode)
 513 (defun turn-on-flyspell ()
 514    "Force flyspell-mode on using a positive arg.  For use in hooks."
 515    (interactive)
 516    (flyspell-mode 1))
 517
 518 ;;; outlining support for ess modes
 519 (add-hook 'ess-mode-hook
 520       '(lambda ()
 521          (outline-minor-mode)
 522          (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,5\\} \\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function\\)")
 523          (defun outline-level ()
 524            (cond ((looking-at "^##### ") 1)
 525              ((looking-at "^#### ") 2)
 526              ((looking-at "^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{") 3)
 527              (t 1000)))
 528          ))
 529
 530  ; Outline-minor-mode key map
 531  (define-prefix-command 'cm-map nil "Outline-")
 532  ; HIDE
 533  (define-key cm-map "q" 'hide-sublevels)    ; Hide everything but the top-level headings
 534  (define-key cm-map "t" 'hide-body)         ; Hide everything but headings (all body lines)
 535  (define-key cm-map "o" 'hide-other)        ; Hide other branches
 536  (define-key cm-map "c" 'hide-entry)        ; Hide this entry's body
 537  (define-key cm-map "l" 'hide-leaves)       ; Hide body lines in this entry and sub-entries
 538  (define-key cm-map "d" 'hide-subtree)      ; Hide everything in this entry and sub-entries
 539  ; SHOW
 540  (define-key cm-map "a" 'show-all)          ; Show (expand) everything
 541  (define-key cm-map "e" 'show-entry)        ; Show this heading's body
 542  (define-key cm-map "i" 'show-children)     ; Show this heading's immediate child sub-headings
 543  (define-key cm-map "k" 'show-branches)     ; Show all sub-headings under this heading
 544  (define-key cm-map "s" 'show-subtree)      ; Show (expand) everything in this heading & below
 545  ; MOVE
 546  (define-key cm-map "u" 'outline-up-heading)                ; Up
 547  (define-key cm-map "n" 'outline-next-visible-heading)      ; Next
 548  (define-key cm-map "p" 'outline-previous-visible-heading)  ; Previous
 549  (define-key cm-map "f" 'outline-forward-same-level)        ; Forward - same level
 550  (define-key cm-map "b" 'outline-backward-same-level)       ; Backward - same level
 551  (global-set-key "\M-o" cm-map)
 552
 553 (defun my-org-mode-setup ()
 554   (load-library "reftex")
 555   (and (buffer-file-name)
 556        (file-exists-p (buffer-file-name))
 557        (progn
 558          (reftex-parse-all)
 559          (reftex-set-cite-format
 560           '((?b . "[[bib::%l][%l-bib]]")
 561             (?n . "[[note::%l][%l-notes]]")
 562             (?c . "\\cite{%l}")
 563             (?h . "*** %t\n:PROPERTIES:\n:Custom_ID: %l\n:END:\n[[papers:%l][%l paper]]")))
 564          ))
 565   (define-key org-mode-map (kbd "C-c )") 'reftex-citation)
 566   (define-key org-mode-map (kbd "C-c [") 'reftex-citation)
 567   (define-key org-mode-map (kbd "C-c (") 'org-mode-reftex-search)
 568   (define-key org-mode-map (kbd "C-c 0") 'reftex-view-crossref)
 569   )
 570 (add-hook 'org-mode-hook 'my-org-mode-setup)
 571
 572 (defun org-mode-reftex-search ()
 573   (interactive)
 574   (org-open-link-from-string (format "[[notes:%s]]" (reftex-citation t))))
 575
 576 (defun open-research-paper (bibtexkey)
 577   "Open a paper by bibtex key"
 578   (interactive "bibtex key: ")
 579   (shell-command
 580    (format "%s %s"
 581        (substitute-in-file-name "$HOME/bin/bibtex_to_paper") bibtexkey)))
 582 (org-add-link-type "papers" 'open-research-paper)
 583
 584
 585 ;; stolen from
 586 ;; http://www-public.it-sudparis.eu/~berger_o/weblog/2012/03/23/how-to-manage-and-export-bibliographic-notesrefs-in-org-mode/
 587 (defun my-rtcite-export-handler (path desc format)
 588   (message "my-rtcite-export-handler is called : path = %s, desc = %s, format = %s" path desc format)
 589   (let* ((search (when (string-match "::#?\\(.+\\)\\'" path)
 590                    (match-string 1 path)))
 591          (path (substring path 0 (match-beginning 0))))
 592     (cond ((eq format 'latex)
 593            (if (or (not desc)
 594                    (equal 0 (search "rtcite:" desc)))
 595                (format "\\cite{%s}" search)
 596              (format "\\cite[%s]{%s}" desc search))))))
 597
 598 (org-add-link-type "rtcite"
 599                    'org-bibtex-open
 600                    'my-rtcite-export-handler)
 601
 602
 603 (setq-default org-mobile-directory "/rzlab.ucr.edu:/sites/dav.donarmstrong.com/root/org/")
 604 (setq-default org-directory "/home/don/org-mode/")
 605 (setq-default org-mobile-inbox-for-pull "/home/don/org-mode/from-mobile.org")
 606
 607 ;; org mode ical export
 608 (setq org-icalendar-timezone "America/Los_Angeles")
 609 (setq org-icalendar-use-scheduled '(todo-start event-if-todo))
 610 (setq org-icalendar-store-UID t)
 611
 612 ;; org babel support
 613 (org-babel-do-load-languages
 614  'org-babel-load-languages
 615  '((emacs-lisp . t )
 616    (R . t)
 617    (latex . t)))
 618 ;; org-babel-by-backend
 619 (defmacro org-babel-by-backend (&rest body)
 620    `(case (if (boundp 'backend)
 621               (org-export-backend-name backend)
 622             nil) ,@body))
 623
 624
 625
 626 ;; org latex
 627 ;; stolen from http://kieranhealy.org/esk/kjhealy.html
 628 (require 'org-latex)
 629 ;; Choose either listings or minted for exporting source code blocks.
 630 ;; Using minted (as here) requires pygments be installed. To use the
 631 ;; default listings package instead, use
 632 ;; (setq org-latex-listings t)
 633 ;; and change references to "minted" below to "listings"
 634 ; (setq org-latex-listings 'minted)
 635
 636 ;; default settings for minted code blocks
 637 (setq org-latex-minted-options
 638       '(;("frame" "single")
 639         ("bgcolor" "bg") ; bg will need to be defined in the preamble of your document. It's defined in org-preamble-pdflatex.sty and org-preamble-xelatex.sty below.
 640         ("fontsize" "\\small")
 641         ))
 642 ;; turn off the default toc behavior; deal with it properly in headers to files.
 643 (defun org-latex-no-toc (depth)
 644   (when depth
 645     (format "%% Org-mode is exporting headings to %s levels.\n"
 646             depth)))
 647 (setq org-latex-format-toc-function 'org-latex-no-toc)
 648
 649 (require 'ox-latex)
 650 (add-to-list 'org-latex-classes
 651              '("memarticle"
 652                "\\documentclass[11pt,oneside,article]{memoir}\n"
 653                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 654                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 655                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
 656                ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
 657                ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
 658
 659 (add-to-list 'org-latex-classes
 660              '("membook"
 661                "\\documentclass[11pt,oneside]{memoir}\n"
 662                ("\\chapter{%s}" . "\\chapter*{%s}")
 663                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 664                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 665                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")))
 666
 667 (add-to-list 'org-latex-classes
 668              '("letter"
 669                "\\documentclass[11pt]{letter}"
 670                ("\\section{%s}" . "\\section*{%s}")
 671                ("\\subsection{%s}" . "\\subsection*{%s}")
 672                ("\\subsubsection{%s}" . "\\subsubsection*{%s}")
 673                ("\\paragraph{%s}" . "\\paragraph*{%s}")
 674                ("\\subparagraph{%s}" . "\\subparagraph*{%s}")))
 675
 676 ;; Originally taken from Bruno Tavernier: http://thread.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/31150/focus=31432
 677 ;; but adapted to use latexmk 4.22 or higher.
 678 (setq org-latex-pdf-process '("latexmk -pdflatex=xelatex -bibtex -use-make -pdf %f"))
 679
 680 ;; Default packages included in /every/ tex file, latex, pdflatex or xelatex
 681 (setq org-latex-default-packages-alist
 682       '(("" "fontspec" t)
 683         ("" "xunicode" t)
 684         ))
 685 (setq org-latex-packages-alist
 686       '(("" "graphicx" t)
 687         ("" "fontspec" t)
 688         ("" "xunicode" t)
 689         ("" "hyperref" t)
 690         ("" "url" t)
 691         ("" "rotating" t)
 692         ("" "longtable" nil)
 693         ("" "float" )))
 694
 695 ; support ignoring headers in org mode export to latex
 696 ; from http://article.gmane.org/gmane.emacs.orgmode/67692
 697 (defadvice org-latex-headline (around my-latex-skip-headlines
 698                                       (headline contents info) activate)
 699   (if (member "ignoreheading" (org-element-property :tags headline))
 700       (setq ad-return-value contents)
 701     ad-do-it))
 702
 703 ; debian stuff
 704 (setq-default debian-changelog-mailing-address "don@debian.org")
 705 (setq-default debian-changelog-full-name "Don Armstrong")
 706
 707 ; ediff configuration
 708 ; don't use the multi-window configuration
 709 (setq ediff-window-setup-function 'ediff-setup-windows-plain)
 710
 711 ; use iedit
 712 (require 'iedit)
 713 (define-key global-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 714 (global-set-key  (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 715
 716 ; fix up css mode to not be silly
 717 ; from http://www.stokebloke.com/wordpress/2008/03/21/css-mode-indent-buffer-fix/
 718 (setq cssm-indent-level 4)
 719 (setq cssm-newline-before-closing-bracket t)
 720 (setq cssm-indent-function #'cssm-c-style-indenter)
 721 (setq cssm-mirror-mode nil)
 722
 723 (require 'multi-web-mode)
 724 (setq mweb-default-major-mode 'html-mode)
 725 (setq mweb-tags '((php-mode "<\\?php\\|<\\? \\|<\\?=" "\\?>")
 726                   (js-mode "<script +\\(type=\"text/javascript\"\\|language=\"javascript\"\\)[^>]*>" "</script>")
 727                   (css-mode "<style +type=\"text/css\"[^>]*>" "</style>")))
 728 (setq mweb-filename-extensions '("php" "htm" "html" "ctp" "phtml" "php4" "php5"))
 729 (multi-web-global-mode 1)
 730
 731 ; clean-mode-line from http://www.masteringemacs.org/articles/2012/09/10/hiding-replacing-modeline-strings/
 732 (defvar mode-line-cleaner-alist
 733   `((auto-complete-mode . " α")
 734     (yas/minor-mode . " υ")
 735     (paredit-mode . " π")
 736     (eldoc-mode . "")
 737     (abbrev-mode . "")
 738     (my-keys-minor-mode . "")
 739     ;; Major modes
 740     (lisp-interaction-mode . "λ")
 741     (hi-lock-mode . "")
 742     (python-mode . "Py")
 743     (cperl-mode . "ρ")
 744     (auctex-mode . "Lχ")
 745     (org-agenda-mode . "øα")
 746     (org-mode . "ø")
 747     (emacs-lisp-mode . "EL")
 748     (nxhtml-mode . "nx"))
 749   "Alist for `clean-mode-line'.
 750
 751 When you add a new element to the alist, keep in mind that you
 752 must pass the correct minor/major mode symbol and a string you
 753 want to use in the modeline *in lieu of* the original.")
 754
 755
 756 (defun clean-mode-line ()
 757   (interactive)
 758   (loop for cleaner in mode-line-cleaner-alist
 759         do (let* ((mode (car cleaner))
 760                  (mode-str (cdr cleaner))
 761                  (old-mode-str (cdr (assq mode minor-mode-alist))))
 762              (when old-mode-str
 763                  (setcar old-mode-str mode-str))
 764                ;; major mode
 765              (when (eq mode major-mode)
 766                (setq mode-name mode-str)))))
 767
 768
 769 (add-hook 'after-change-major-mode-hook 'clean-mode-line)
 770
 771 ;;; alias the new `flymake-report-status-slim' to
 772 ;;; `flymake-report-status'
 773 (defalias 'flymake-report-status 'flymake-report-status-slim)
 774 (defun flymake-report-status-slim (e-w &optional status)
 775   "Show \"slim\" flymake status in mode line."
 776   (when e-w
 777     (setq flymake-mode-line-e-w e-w))
 778   (when status
 779     (setq flymake-mode-line-status status))
 780   (let* ((mode-line " Φ"))
 781     (when (> (length flymake-mode-line-e-w) 0)
 782       (setq mode-line (concat mode-line ":" flymake-mode-line-e-w)))
 783     (setq mode-line (concat mode-line flymake-mode-line-status))
 784     (setq flymake-mode-line mode-line)
 785     (force-mode-line-update)))
 786
 787 ; load sql-indent when sql is loaded
 788 (eval-after-load "sql"
 789   '(load-library "sql-indent"))
 790
 791 ; fix up tmux xterm keys
 792 ; stolen from http://unix.stackexchange.com/questions/24414/shift-arrow-not-working-in-emacs-within-tmux
 793 (if (getenv "TMUX")
 794     (progn
 795       (let ((x 2) (tkey ""))
 796         (while (<= x 8)
 797           ;; shift
 798           (if (= x 2)
 799               (setq tkey "S-"))
 800           ;; alt
 801           (if (= x 3)
 802               (setq tkey "M-"))
 803           ;; alt + shift
 804           (if (= x 4)
 805               (setq tkey "M-S-"))
 806           ;; ctrl
 807           (if (= x 5)
 808               (setq tkey "C-"))
 809           ;; ctrl + shift
 810           (if (= x 6)
 811               (setq tkey "C-S-"))
 812           ;; ctrl + alt
 813           (if (= x 7)
 814               (setq tkey "C-M-"))
 815           ;; ctrl + alt + shift
 816           (if (= x 8)
 817               (setq tkey "C-M-S-"))
 818
 819           ;; arrows
 820           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d A" x)) (kbd (format "%s<up>" tkey)))
 821           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d B" x)) (kbd (format "%s<down>" tkey)))
 822           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d C" x)) (kbd (format "%s<right>" tkey)))
 823           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d D" x)) (kbd (format "%s<left>" tkey)))
 824           ;; home
 825           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d H" x)) (kbd (format "%s<home>" tkey)))
 826           ;; end
 827           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d F" x)) (kbd (format "%s<end>" tkey)))
 828           ;; page up
 829           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 5 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<prior>" tkey)))
 830           ;; page down
 831           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 6 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<next>" tkey)))
 832           ;; insert
 833           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 2 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 834           ;; delete
 835           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 3 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<delete>" tkey)))
 836           ;; f1
 837           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d P" x)) (kbd (format "%s<f1>" tkey)))
 838           ;; f2
 839           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d Q" x)) (kbd (format "%s<f2>" tkey)))
 840           ;; f3
 841           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d R" x)) (kbd (format "%s<f3>" tkey)))
 842           ;; f4
 843           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 1 ; %d S" x)) (kbd (format "%s<f4>" tkey)))
 844           ;; f5
 845           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 15 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f5>" tkey)))
 846           ;; f6
 847           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 17 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f6>" tkey)))
 848           ;; f7
 849           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 18 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f7>" tkey)))
 850           ;; f8
 851           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 19 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f8>" tkey)))
 852           ;; f9
 853           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 20 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f9>" tkey)))
 854           ;; f10
 855           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 21 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f10>" tkey)))
 856           ;; f11
 857           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 23 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f11>" tkey)))
 858           ;; f12
 859           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 24 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f12>" tkey)))
 860           ;; f13
 861           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 25 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f13>" tkey)))
 862           ;; f14
 863           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 26 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f14>" tkey)))
 864           ;; f15
 865           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 28 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f15>" tkey)))
 866           ;; f16
 867           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 29 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f16>" tkey)))
 868           ;; f17
 869           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 31 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f17>" tkey)))
 870           ;; f18
 871           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 32 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f18>" tkey)))
 872           ;; f19
 873           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 33 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f19>" tkey)))
 874           ;; f20
 875           (define-key key-translation-map (kbd (format "M-[ 34 ; %d ~" x)) (kbd (format "%s<f20>" tkey)))
 876
 877           (setq x (+ x 1))
 878           ))
 879       )
 880   )
 881
 882 ; apparently things like to step on C-;, so we'll use a hack from
 883 ; http://stackoverflow.com/questions/683425/globally-override-key-binding-in-emacs/5340797#5340797 to fix this
 884
 885 (defvar my-keys-minor-mode-map (make-keymap) "my-keys-minor-mode keymap.")
 886
 887 ; use iedit everywhere
 888 (define-key my-keys-minor-mode-map (kbd "C-;") 'iedit-mode)
 889
 890 (define-minor-mode my-keys-minor-mode
 891   "A minor mode so that my key settings override annoying major modes."
 892   t " my-keys" 'my-keys-minor-mode-map)
 893
 894 (my-keys-minor-mode 1)
 895 (defun my-minibuffer-setup-hook ()
 896   (my-keys-minor-mode 0))
 897
 898 (add-hook 'minibuffer-setup-hook 'my-minibuffer-setup-hook)
 899 (defadvice load (after give-my-keybindings-priority)
 900   "Try to ensure that my keybindings always have priority."
 901   (if (not (eq (car (car minor-mode-map-alist)) 'my-keys-minor-mode))
 902       (let ((mykeys (assq 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)))
 903         (assq-delete-all 'my-keys-minor-mode minor-mode-map-alist)
 904         (add-to-list 'minor-mode-map-alist mykeys))))
 905 (ad-activate 'load)