MultiReader (&MultiMerger) now using Algorithms::Sort objects

Initial test run of new BamAlgorithms

Fix: unmapped reads now pushed to end of coordinate-sorted BAM

Fixed typo in error messages

Merge pull request #16 from gabeiscoding/patch-2

Fixed: Crash in BamStandardIndex::GetOffset for small BAM files

In standard indexed BAM files with with sparce coverage (our test case was a roughly 1M read RNAseq BAM file), queries made to intervals may not have any of the candidate offesets present in the index as the BAM index only contains bins that have reads.

Without this bail out, we would get a crash. Returning false silently is the preferred behavior in our view as it allows our read logic to go to the next query and does not add noise to stderr.

Merge branches 'master' and 'iodevice' into iodevice

Minor cleanup
 * Removed SourceForge URL from README
 * Removed phrase "All rights reserved." from all files

Removed unnecessary peek-and-rewind behavior in BamMultiReader
 * Fixes some piping issues

Removed 'core mode' concept from BamMultiReader internals
 * Now char data is only generated if needed by multi-merger
implementation or on-demand by client call to
BamMultiReader::GetNextAlignment()

Refactored shared pipe/file behavior into ILocalIODevice

Merge branches 'master' and 'iodevice' into iodevice

Basic internal implementation of BamFile & BamPipe
 * BgzfStream now working on IBamIODevice instead of FILE*
 * BamReaderPrivate now queries stream's IsOpen() method instead of
touching member variable directly
 * Empty implementations of BamHttp & BamFtp
 * Added global BT_ASSERT_X macro for convenience

Merge pull request #15 from gabeiscoding/patch-1

Bug discovered. The chunkStop was not being read from the correct offset

Bug discovered. The chunkStop was not being read from the correct offset (rather always being read as the first chunkStart value for the # alignment chunks in that bin of the index.

The result of this is that chunkStop will never be >= minOffset (or maybe rarely, since it always equals the first chunkStart for the first chunk) and thus the linear index doesn't really help in reducing the number of seeks performed.

Added empty IBamIODevice.h

Added support for "-" as indicator for stdin/stdout
* Thanks to Aaron Quinlan for suggestion

Added "isSingleton" property to filter tool

Implemented binary search through bins in BAI

Added a -minMQ (minimum map quality) option to ResolveTool

Merge pull request #13 from alecchap/master

Fixes for Visual Studio

Added unique-alignment checks for ResolveTool
 * Unique-ness determined by comparing MapQuality to 0
 * Only pairs with both mates unique are used for the 'makeStats' median
fragment size calculation.

Fix Visual Studio compiler errors.

Don't use dynamic stack allocation (variable length arrays).
Rename bamtools target to bamtools_cmd to not conflict with BamTools target (they differ only in case).
bamtools_cmd only compiles if I remove bamtools_filter.cpp, which I haven't committed.
I also had to manually configure the include directory for zlib,
but that's probably due to having multiple copies floating around my machine.

Fixed -fPIC issue for CentOS users.

 * Forced compiler flag that was not being automatically set by CMake on
that OS. Had previously set this on API library. Got feedback that it
worked there, so I added the flag to Utils & JsonCPP libs as well.

Removed pessimistic warnings when jumping to regions with no data, using
the standard index format (not actually an error case, so no need to
alarm users with scary messages)

Added re-calculation of BamAlignment's BinID during
BamWriter::SaveAlignment() in all cases

 * Previously, the bin IDs of purely "core-only" alignments were simply
written directly out to output BAM. However, in cases where alignment
Position is changed (re-alignment), the original bin ID may no longer be
correct.

Implemented better coupling of unmapped reads with mates during sorting
(assuming assigned same coordinates)
 * Used std::stable_sort instead of std::sort, to preserve order
 * Add checks at buffer boundary to keep mates from being split into
different temp files. This makes the buffer boundary "softer", but in
practice, shouldn't differ much if at all.

Further fixes for ISIZE-handling in ResolveTool

Fixed some signed/unsigned InsertSize bugs in ResolveTool

ConvertTool fix: removed extra space in (BAM->FASTA) header lines

Created 3 modes for ResolveTool: makeStats, markPairs, & twoPass
 * "TwoPass" mode (the initial implementation of the tool) effectively
eliminates piped BAMs as an input option, since you can't exactly rewind
stdin and start reading from the beginning.
 * To get around this, I separated the two passes into separate "modes"
(-makeStats & -markPairs), that communicate via a simple, human-readable
stats summary file. Data can then be merged, filtered, etc and piped
into each mode if you don't mind the runtime of preprocessing twice but
don't want to physically store the unresolved intermediate BAM file.

Cleaned up help formatting & added some string utilities

Added new ResolveTool - for paired-end resolution. Similar to functionality provided inthe deprecated (or soon to be) MosaikSort tool

Minor cleanup to toolkit code formatting.

Fixed minimum offset error in BAI jumping

Merge pull request #9 from bookest/patch-1

'make install' should install bin/bamtools

'make install' should install bin/bamtools

Removed debug statements that snuck into last commit

Fixed regression bug in index formats. Wasn't properly handling empty references

Additional attempt to force -fPIC on CentOS

Modified BamAlignment in attempt to resolve symbol issues on 64-bit systems.

Brought API up to compliance with recent SAM Format Spec (v1.4-r962)

 * Added support for new "binary array" tag type
 * Added support for '=' and 'X' CIGAR ops
 * Added support for multiple PG entries in header
 * Added support for new RG fields

Rolled back the BGZF buffer size to the original 64K. 256K was causing
crashes on some systems.

Major performance boost to startup & random-access - especially for the
use cases involving multiple (hundreds) of BAMs with BAI index files.

 * This did require some changes to the BamIndex interface. I doubt man
y people are writing custom index format classes, but if you are one of
them and have any problems, feel free to contact me with questions.

Updated Doxyfile, attempt to fix online file access

Major update to BamTools version 1.0

Attempt to fix SamHeaderVersion compile bug

Bug fix in SamHeaderVersion::SetVersion()

Missed bug fix in BamMultiMerger in early commit. Fixed now.

Added ExportHeader command for BamConstants.h

Removed SamHeaderValidatorPrivate pimpl. No real need for it since not exposed to API, and harder to test

Added UNSORTED to BamMultiReader::SortOrder types. Unsorted BAMs are 'merged' through a simple reader queue.

Minor formatting cleanup

Minor update to API version 0.9.3 - addition of SamHeader::SetHeaderText().

Added BamConstants.h

Removed explicit keyword from SamHeader-related object copy ctors

Update to BamTools API 0.9.2 with exposure of SamHeader object from BamReader and to BamWriter

Added explicit copy ctors to SamHeader data structures

Added SAM header-handling classes for read/write/validate.

  * Not fully connected to the BamReader/Writer API yet, but will be
phased in soon.
  * Will enable clients to query, modify & validate a BAM file's SAM
header data using the BamTools API, instead of having to use hand-rolled
string-parsing code on the result of BamReader::GetHeaderText().

Updated to 0.9.1

 * With changes to BamMultiReader interface.

Implemented proper -byname sorting (finally).

  * BamMultiReader used to merge the "next" alignment based on (refID,
position). Extracted this and generalized to support merging on either
position OR alignment name.

Added static library to build step.

 * Suggested & contributed by Rob Bradley.

Moved BuildCharData() from BamReader to BamAlignment

  * This will enable even "lazier" population of the alignment character
data later in analysis, outside the context of reading it from the BAM
file

Fixed: Improper sorting -byname

Added creation of include/ folder in bamtools root directory at build time.
 * API-related headers are copied here to provide an explicit target for client code.

Minor formatting cleanup

Made BamAlignment flag queries symmetrical

 * For example: there is now a SetIsMapped() setter to match the
IsMapped() getter.  Before you had to reverse your logic on a few of the
flags (in this case, using SetIsUnmapped()).  Not impossible to use, but
not immediately obvious and intuitive, and hard to remember when to use
the opposite setter.  These older methods will remain available, but
should be considered deprecated.

Fixed: handling BamAlignments with limited char data

Fixed : improper exit code from FilterTool

Fixed: core mode setting for BamMultiReader::Open() in FilterTool

  * Was opening with coreMode=true, which caused errors filtering the
first alignment's char data

Added new RevertTool to the toolkit

  * "$ bamtools revert ... " will clear the IsDuplicate flag on
BamAlignments and replace the Qualities with the contents of the OQ tag.
  * Suggested by and draft implementation contributed by Al Ward.

Fixed: bug in the BamReader::Jump() codepath, specifically the
BRP::AdjustRegion() logic

Moved private implementation API files to internal directory for clearer separation. These should not be included by client code

Added proper import of bamtools version info from CMake

Fixed BamRegion bug: previously only checked if refID was -1, needed to make sure all negative values were invalid

Continued breaking up of monolithic classes: extracted BamStandardIndex & BamToolsIndex into their own source files.

Extracted BamReaderPrivate & BamWriterPrivate from inner classes.
First step in breaking up the API's monolithic classes. Should allow easier maintenance, testing, and adding features as we go forward.

Added UTILS_EXPORT macro to classes in BamTools utility library

Added API_EXPORT macro to classes in BamTools API

Removed commented (library export) definitions from utils & jsoncpp CMakeLists files

Migrated to CMake build system.
* Please see README: Installation for help in building BamTools toolkit & API and integrating the new shared library into your application

Changed GetNextAlignmentCore() calls to GetNextAlignment() in FilterTool

Minor formatting cleanup

Removed more non-standard STL calls from BamIndex.cpp

Merge branch 'master' of git://github.com/ekg/bamtools

Removed non-standard stl::map method calls

Merge branch 'master' of http://github.com/pezmaster31/bamtools

clarified no-index behavior in bam multi reader

Updated BamTools version information.

 * Also automated version information propagation forfuture updates.
   Only need to set version in top-level Makefile.

Updated README

Merge branch 'master' of git://github.com/ekg/bamtools

Updating README... still a work in progress

add index caching mode setter to BamMultiReader

Fixed NoIndexCaching behavior

 * Previous commit lacked the post-jump dump of index data when this
mode is selected.

Merge branch 'master' of git://github.com/pezmaster31/bamtools

Implemented index cache mode for both BAI & BTI formats

 * Client code can now decide between 3 index cache modes:
   Full : save entire index data in memory
   Limited (default) : save only index data for current reference
   None : save no index data - only load data necessary for a single-

 * Required a major overhaul to BamIndex interface and derived classes.
   Lots of refactoring to move common code up to BamIndex.
   Derived classes now share much of the same method names &
organization.  Only implementation details differ, as needed.

 * Miscellaneous: moved BAMTOOLS_LFS definitions into BamAux.h & cleaned
up BGZF.h

Implemented index cache mode for both BAI & BTI formats

 * Client code can now decide between 3 index cache modes:
   Full : save entire index data in memory
   Limited (default) : save only index data for current reference
   None : save no index data - only load data  necessary for a single-

 * Required a major overhaul to BamIndex interface and derived classes.
   Lots of refactoring to move common code up to BamIndex.
   Derived classes now share much of the same method names &
organization.  Only implementation details differ, as needed.

 * Miscellaneous: moved BAMTOOLS_LFS definitions into BamAux.h & cleaned
up BGZF.h

modified/clarified some help & usage messages

 * (also a test run for different git commit system on my end)

Changed BamAlignment::SupportData from private to public.

This should remove the access-control errors that occur when building BamTools with older, less-conforming compilers

Fixed: bug(s) related to empty references and regions.

* NOTE - This fix does introduce a slight modification to the *.bti index format.
  So any existing BTI index files will need to be rebuilt to support the bug fix (apologies).