Fixed: handling BamAlignments with limited char data

Fixed : improper exit code from FilterTool

Fixed: core mode setting for BamMultiReader::Open() in FilterTool

  * Was opening with coreMode=true, which caused errors filtering the
first alignment's char data

Added new RevertTool to the toolkit

  * "$ bamtools revert ... " will clear the IsDuplicate flag on
BamAlignments and replace the Qualities with the contents of the OQ tag.
  * Suggested by and draft implementation contributed by Al Ward.

Fixed: bug in the BamReader::Jump() codepath, specifically the
BRP::AdjustRegion() logic

Moved private implementation API files to internal directory for clearer separation. These should not be included by client code

Added proper import of bamtools version info from CMake

Fixed BamRegion bug: previously only checked if refID was -1, needed to make sure all negative values were invalid

Continued breaking up of monolithic classes: extracted BamStandardIndex & BamToolsIndex into their own source files.

Extracted BamReaderPrivate & BamWriterPrivate from inner classes.
First step in breaking up the API's monolithic classes. Should allow easier maintenance, testing, and adding features as we go forward.

Added UTILS_EXPORT macro to classes in BamTools utility library

Added API_EXPORT macro to classes in BamTools API

Removed commented (library export) definitions from utils & jsoncpp CMakeLists files

Migrated to CMake build system.
* Please see README: Installation for help in building BamTools toolkit & API and integrating the new shared library into your application

Changed GetNextAlignmentCore() calls to GetNextAlignment() in FilterTool

Minor formatting cleanup

Removed more non-standard STL calls from BamIndex.cpp

Merge branch 'master' of git://github.com/ekg/bamtools

Removed non-standard stl::map method calls

Merge branch 'master' of http://github.com/pezmaster31/bamtools

clarified no-index behavior in bam multi reader

Updated BamTools version information.

 * Also automated version information propagation forfuture updates.
   Only need to set version in top-level Makefile.

Updated README

Merge branch 'master' of git://github.com/ekg/bamtools

Updating README... still a work in progress

add index caching mode setter to BamMultiReader

Fixed NoIndexCaching behavior

 * Previous commit lacked the post-jump dump of index data when this
mode is selected.

Merge branch 'master' of git://github.com/pezmaster31/bamtools

Implemented index cache mode for both BAI & BTI formats

 * Client code can now decide between 3 index cache modes:
   Full : save entire index data in memory
   Limited (default) : save only index data for current reference
   None : save no index data - only load data necessary for a single-

 * Required a major overhaul to BamIndex interface and derived classes.
   Lots of refactoring to move common code up to BamIndex.
   Derived classes now share much of the same method names &
organization.  Only implementation details differ, as needed.

 * Miscellaneous: moved BAMTOOLS_LFS definitions into BamAux.h & cleaned
up BGZF.h

Implemented index cache mode for both BAI & BTI formats

 * Client code can now decide between 3 index cache modes:
   Full : save entire index data in memory
   Limited (default) : save only index data for current reference
   None : save no index data - only load data  necessary for a single-

 * Required a major overhaul to BamIndex interface and derived classes.
   Lots of refactoring to move common code up to BamIndex.
   Derived classes now share much of the same method names &
organization.  Only implementation details differ, as needed.

 * Miscellaneous: moved BAMTOOLS_LFS definitions into BamAux.h & cleaned
up BGZF.h

modified/clarified some help & usage messages

 * (also a test run for different git commit system on my end)

Changed BamAlignment::SupportData from private to public.

This should remove the access-control errors that occur when building BamTools with older, less-conforming compilers

Fixed: bug(s) related to empty references and regions.

* NOTE - This fix does introduce a slight modification to the *.bti index format.
  So any existing BTI index files will need to be rebuilt to support the bug fix (apologies).

Minor formatting, commenting cleanup

Added tag support in filter tool.

Reviewed BAM to YAML conversion contribution (thank you Chase Miller).  Reorganized to fit BT code style & structure.

convert: cleanup of prior fix, report if no index file found

prior commit caused bug with convert

Fix: attempt to open indexes when we are not reading from stdin.

exposes cigar string data to bamtools filter

added reader.Open checks to a number of tools

Added Yaml for outputing BamAlignments.

Merge branch 'master' of http://github.com/pezmaster31/bamtools

Fixed lack of reverse complemented output in BAM -> FASTA/Q conversion.

 * Also appended '/1' or '/2' to paired-end FASTQ entries to indicate which mate it represents.

Merge branch 'master' of http://github.com/pezmaster31/bamtools

Implemented 'compound rule' logic in the FilterTool's script support.

 * Previously the script was limited to doing 'OR' comparisons on various
property sets (what I call here filters). Now, by providing each filter
with an id, you can use these id's to define a compound rule.

 * Documentation is severely lacking on this end at the moment, but I hope
to have a good explanation up soon.  I think this interface could provide
a powerful flexibility in querying BAM files for very specific cases for
further analyses.

Cleaned up SplitTool internal implementation. Use of template methods should make maintenance a bit easier.

Merge branch 'master' of http://github.com/pezmaster31/bamtools

Removed a backup text file that snuck into an earlier commit

Added implementation of new SplitTool.  This tool splits a single BAM file into multiple BAMs, based on a user-specified property.  For now, properties supported are mapped/unmapped, paired/unpaired, split by reference, and split based on a given tag.

Added GetTagType() to BamAlignment

Updated to match new BamAlignment.h includes

Missed api/Makefile in last commit.

Moved BamAlignment data structure out to its own .h/.cpp.  BamAux.h was getting over-crowded. *NOTE - This means that if you were using the BamAlignment data structure in code without a reader/writer, you need to include BamAlignment.h instead of BamAux.h.  If your code was using reader/writer, no changes should be necessary on your end.

Merge branch 'master' of http://github.com/pezmaster31/bamtools

Fixed: bug related to accessing data (or regions with no alignments) near the ends of references, when using .bti index files. Required modifying the BamToolsIndex build step.  *NOTE: This update invalidates any existing .bti files, please re-generate any that you have currently.* Versioning system in BTI will not allow users to use the older, buggy version... so no chance of accidental usage.

Merge branch 'master' of http://github.com/pezmaster31/bamtools

Conflicts:
src/api/BamIndex.cpp

On second thought, moved the (non-indexing) constants back to BamAux.h, since they are not technically specific to BamWriter only and clients may be using them in their code

Did some housekeeping in BamAux.h - moved some constants to the files where they are actually used.

Missed an update to BamToolsIndex code in a previous commit

Added new PileupEngine to the toolkit. This is used by CoverageTool as well as ConvertTool for pileup format. Pileup conversion output before was buggy and overall incorrect.  Now should match SAMtools output to the best of my knowledge

Added option for users to specifiy half-open (1-based) return value for BamAlignment::GetEndPosition().  By default, returns 0-based coordinate after recent modification.

Merge branch 'master' of http://github.com/pezmaster31/bamtools

Fixed off-by-one error in BamAlignment::GetEndPosition()

updated debugging output in BamIndex, seek vs. calculate distinction

Added more verbose debugging output to BamMultiReader::SetRegion

Reimplemented BamToolsIndex for bug fix and performance upgrade. *** NOTE *** This commit invalidats any previous BamToolsIndex files (.bti). Please re-run 'bamtools index -bti -in <yourBam>' to generate the new index files.

Removed debug output statement that slipped into last commit.

Reorganizing index/jumping calls. Now all BamReader cares about is sending a Jump() request to a BamIndex with a desired region and receiving a success/fail flag. BamIndex-derived classes will now handle all index-format-specific offset calculation, overlap checking, etc and make sure its associated BGZF stream has seek-ed as close to the desired region as that index scheme allows.

prefer bamtools index in BamMultiReader

Merge branch 'master' of git://github.com/pezmaster31/bamtools

Conflicts:
src/api/BamReader.cpp

Relicensed the source code used in bamtools_options. Most of it derived from Mosaik source, which was originally released under GPL.  Now under MIT License with author's permission. This puts the entire BamTools codebase securely under one unrestrictive license.

Documentation update

Added -region option to bamtools_merge

Previously missed a line in BamReader.cpp with the recent index overhaul.

Large-scale API indexing re-organization:

 * Moved FileExists() to BamAux.h so that all API classes have access to its functionality.
 * Created 2 'factory methods' in BamIndex.h to return a BamIndex subclass, depending on client\'s specified PreferredIndexType & on what files actually exist on disk.
 * Renamed BamDefaultIndex as BamStandardIndex.  Hopefully this name should be a clearer description going forward than BamDefaultIndex, since the standardized index may not always be the 'default' in every situation.

Modified Utilities::FileExists() so it doesnt rely on sys/stat.h.  While this header is de facto provided and supported on *most* systems, it really is not standard C/C++, so cant be trusted to be fully portable.

Cleaned up index file handling throughout toolkit.  Did this by adding a FileExists() methods to BamMultiReader for determining which index file to load.

Added IsIndexLoaded() public method to BamReader. Allows client to make sure index data is available before attempting any random access ops

Modified help description for -bti option

Added uncompressed output as default behavior for Filter-, Merge-, and RandomTools when sending results to stdout. User can override this behavior using the command line option: -forceCompression

Posted implementation of FilterTool.

Minor formatting & commenting update

Updated bamtools_utilities with #defines

Updating bamtools_options

Added bamtools_filter_engine.*

Removed -pg debug flag from Makefile CXXFLAGS, accidentally incorporated into a prior commit

Forgot to add jsoncpp/json.h in a previous commit

Fixed: Calls to GetEndPosition() rely on CIGAR data being parsed. Previously this was not set if BamAlignment was retrieved via GetNextAlignmentCore().  Moved CIGAR parsing back to LoadNextAlignment() to ensure this works properly.

Added JsonCPP code to repo. Will be used by FilterTool for script parsing

change printf's to fprint(stderr,

This pushes errors to the expected output, stderr, instead of mixing
them into the standard output stream.

Missed a Makefile in last commit - just adding header comments

Added simple header comments to all Makefiles, to help distinguish between them easier

Modified Makefile to ensure creation of bin/ and obj/ directories

Reorganized source tree & build system

Minor formatting cleanup in BamIndex.*

Modified the way BGZF sets up uncompressed output. Modified BamWriter to support uncompressed option.

Modified BamWriter::Open() to return bool on success/fail - was silent before, so clients had no way of handling errors

Added write-uncompressed flag to BGZF. Commit includes some other formatting cleanup as well.

Merge git://github.com/ekg/bamtools

Minor formatting cleanup: really just an update to be able to pull in Erik's JSON changes.