Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

fine tuning to make.contigs parameters

finished up adding N code to trim.flows

added N for trimOligos change

added N code to flow data. removed changed for trimming of fast=T in trim.flows.

added pacbio parameter to fastq.info. fixed issue with paired primers in trim.seqs

<= change for anova and homova. finished chimera.uchime dereplicate=t issue.

Merge remote-tracking branch 'origin'

working on chimera.uchime change for dereplicate=t bug. added shared file to get.shareseqs command and changed groups parameters to shared groups and unique groups. fixed trimming bug with trim.flows. working on trim.seqs for paired barcodes.

Added flow=I to trim.flows

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

pat's mods to seqerrorcommand

mods to resolve some misc warnings. added alignPrimer function to needle man to allow for degenerated bases.  added trimming of paired barcodes and primers to trim.seqs

updated project file

working on topdown in pre.cluster

linux screen.seqs segfault

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

update to new version of Xcode

test

Removed file that shouldn't be tracked

test

test commit

added trim overlap parameter to make.contigs

added merge.taxsummary command. added column format to dist.shared.

added order=A or order=B to trim.flows and shhh.flows commands.  added load balancing based on flow file size to shhh.flows.  fixed bug in tree.shared subsampling.  fixed bug in pcr.seqs with aligned files using both forward and reverse primers.

added ':' name check to seq. error and fastq.info. sffinfo now ignores clipQualRight values of 0. fixed bug in pcr.seqs if file was aligned and both forward and reverse primers were given, reverse primer was not trimmed properly.  added pdiffs to pcr.seqs.

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

some minor typo

added *.count.summary file to count.groups command. added deltaq and insert parameters to make.contigs and changed contigs.report file. added illumina1.8+ format to fast commands. added contigsreport, align report and summary files to screen.seqs to allow files to be screened using their inputs.  added minoverlap, ostart, oend, mismatches, maxn, minscore,maxinsert, minsim parameters to screen.seqs. added optimization types of minoverlap, ostart, oend, mismatches, maxn, minscore,maxinsert, minsim to screen.seqs.  added getNumNs function to sequence class. working on Windows \\ issue.

added get.dists and remove.dists commands. fixed bug in trim.seqs windows paralellization that caused blank groups in group file. added list and shared file to get.otulabels and remove.otulabels. added list file to list.otulabels.

added checks to make sure windows processes completed their tasks.

added primer.design command.  fixed bug with linux unifrac subsampling, metastats output filename, venn command is no shared outs,  added check for ':' in sequence names to avoid trouble with trees. added format parameter to make.contigs.

fixed seq. error align=f issue. added std and ave calcs to mothurout. working on unifrac bug report

added topdown parameter to pre.cluster.  added more debugging output to bayesian class. fixed mpi compile issue in cluster.split.  fixed 32bit constant declarations in refchimeratest.cpp. fixed some commandName issues for gui interface

fixed bug in pre.cluster with output file name change and other bugs while testing 1.29.0

added dereplicate parameter to chimera.slayer and chimera.persues. added minnumsamples and minpercentsamples to filter.shared.  fixed output names in cluster commands. added count parameter to parse.list. improved speed and memory requirements on sens.spec. added debugging code to some phylotree functions.

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

added filter.shared command. fixed lci and uci for thetayc calc

fix bug in unaligned seq.error / chimeraref

TEST

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

test

test

test

Changes to seq.error so that an alignment is not necessary

added ignore option to oligos files for make.contigs, trim.seqs, trim.flows

trim.seqs filename

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

working on make.contigs. fixed trim.seqs filename issue

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

Working on seq.error changes

added sharedotu parameter to venn command. working of make.contigs.

fixed issue in tree.shared when shared file was not sorted

added warning to readBlast to warn about duplicate names in the blast file.

added kruskwalliscommand to Xcode project and fixed parameter issues.

fixed outputName creator, added debugging to readblast

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

fixed bug in phylo.diversity rooting. added filename patterns and create filename methods to all commands.

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

edits to cooccurrence command

added files for regularized random forest

fixed rf memory issue in constructure

changed added group output to indicator command. a few changes to work with the guy

fix to summary.tax for 1.28.0

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

classify.seqs allows sequences to be in taxonomy file that are not in template.  it ignores them. fixed windows bug in clearcut char* declarations. get.lineage and remove.lineage can now handle taxons with (). list vector sorts list file outs by abundance. bugs while testing

restructuring random forest implementation

changed random forest's inheritance

added new class forest

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

added sets to amova and homova commands.  added oligos to make.contigs. added metadata to make.biom. fixed bug in get.oturep caused by adding the count file. changed vector declaration in cooccurrence to fixed windows issue. classify.seqs can now ignore seqs in taxonomy file not in template file.

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

PDS: update citation fields

changed dups parameter to dereplicate in chimera.uchime.

added dups parameter to chimera.uchime. working on make.contigs command.

added zap method to classify.seqs and changed bayesian method name to wang.

added classify.shared command and random forest files. added count file to pcr.seqs, remove.rare, screen.seqs, sort.seqs, split.abund, and subsample commands

added count file to get.oturep, pre.cluster, screen.seqs, tree.shared. made remove.lineage and get.lineage more flexible to remove or get taxons wrapped in quotes if not given in taxon parameter.

added count file to trim.seqs, get.groups, get.lineage, get.seqs, heatmap.sim, list.seqs, remove.groups, remove.lineage, remove.seqs, align.check, summary.seqs, summary.qual.

optimizing classify.seqs calculating of template probabilities.

added count file to get.groups and remove.groups. added shortcut parameter to classify.seqs.

major change to the tree class to use the count table class instead of tree map.  This change involved changes to subsample class for trees, changes to the tree reader and readTree class.  This change fixed bug with parsimony random tree generation that was leaving out the name file info. added count file to unifrac.unweighted, unifrac.weighted, parsimony, bin.seqs, classify.otu, classify.seqs, classify.tree, cluster.fragments, consensus.seqs, unique.seqs, phylo.diversity, summary.tax.

added sff.multiple command.  fixed issue with windows paralellization in chimera.uchime with count file.

added oligos, pdiffs, bdiffs, ldiffs, sdiffs, tiffs parameters to sffinfo to allow for spitting the sff file by barcode. working on sff.multiple command.

added code to format fast files for uchime.  started work on sff.multiple command

added count file to chimera.uchime. found issue with uchime program that indicated order mattered.  added sort to mothur.h and reported to edgar.

added count parameter to chimera.slayer command

added SequenceCountParser class to parse the count table by group. added count parameter to chimera.perseus.

changes while testing 1.27

paralellized chop.seqs

added count file to cluster.classic and cluster.split. modified splitting classes to use the count file.

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

fixed subsample name file name issue.  added count parameter to cluster command. added read to readColumn and readMatrix that uses a count table. added functions to countTable class to work with clusters reads.

added sparseDistanceMatrix class.  Modified cluster commands to use the new sparse distance matrix class.  cut cluster time by 55% and reduced memory usage by 50%.

working on adding count file to mgcluster

working on mgcluster count file change

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

added debug statements to trim.seqs

merged mgcluster. kw files added, but not working in this commit!

changes while testing 1.26