Merge remote-tracking branch 'origin/master'

added check to cluster.classic to make sure file type is phylip.  added mapping function to alignments traceback function so we can relate the position in the unaligned sequence to the aligned sequence.  worked on make.contigs command

added check for numOTUS, will skip if < 2.

Merge branch 'master' of https://github.com/mothur/mothur.git

updated output to include standard deviation

replaced p-value with zscore for lookup in ztable.

added classic parameter to cluster.split.  working on make.contigs command. fixed bug in align.seqs with align=blast - caused segfault.

added functions to calculate standard deviation and zscore

added list.labels command. started work on make.contigs command. fixed fastq.info and make.fastq quality scores control character.  fixed bug in classify.otu that made bootstrap values for "unknown" taxon too high

last checkin for 1.25.1

fixed bug in make.biom that occurred if some taxonomies had confidence scores and others did not.

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

added debug info to engines function to get mother's path

trying to clean up project files path issues

fixing pbxproj

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

small mods to sensspec command

added some debug stuff to chimera.uchime.  optimized phylo.diversity to improve rarefy speed.

fixed path redirect issue in shhh.flows. optimized the subsampling in unifrac commands

fixed typos

added abundance and sample parameters to get.coremicrobiome command.

working on get.coremicrobiom

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

added debug flag to mothurOut. added debug parameter to set.dir. added debug code to catchall and get.seqs commands. created newcommandtemplate. started work on get.coremicrobiom command. fixed command parameter bug in chimera.bellerophon command.

cluster.split split method defaults to classify if taxonomy file is given with no fast file.

fixed segfault in unifrac with subsample. in progress of implementing a version of the subsample tree that sets sees you don't want to includes groups to doNotIncludeMe. to test which is more efficient.

Revert to previous commit

fixing

moving source to source folder

moved mothur's source into a folder to make grabbing just the source easier on github

removing chime source files from mother project.

another test

test2

test commit

commit test

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

fix rarefaction.single

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

bug in dist.shared and tree.shared with new subsampling code when groups were eliminated the numgroups and lines were not updated.

fixed sim9 and trial_swap

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

changes while testing

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

fixed bug in rarefaction.single creating the groups file. working on cooccurrence command

fixed sim4

added else if (matrix == "sim2") { }

changed sim2 to random_shuffle

added a matrix "burn in" for sim9 so that the matrix is suitably different from the initial matrix.

fixed rowtotal and columntotal

removed initmatrix and replaced it with co_matrix. With the re-written command there shouldn't be a need to keep the initial matrix, it's just taking up memory.

changes while testing

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

changes while testing

re-wrote co-occurrence command

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

changes while testing.

commented out the update_row_col_totals command. Should fix sim7.

bugs found while testing

added check for positive values in pairwise.seqs gap extend, gap open and mismatch. fixed segfault in concurrence command.

added uchime_src folder. added biom parameter to make.shared. added biom as a current file type.

added make.biom command

added subsample and consensus parameters to unifrac.unweighted command

fixing out labels to match those in shared file.  If shared file does not have column headers create them.

added tree reader class to handle reading trees.  Reworked the tree map to tree class relationship to make less dependant.

fixed bug with windows version of trim.seqs when run with 1 processor. fixed file output redirect for shhh.slows command.  modified mothur so that you can set input and output directories using the parameters in the command.

added subsample and consensus parameters to unifrac.weighted command

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

fixing outputdir bug in shhhercommand.cpp

dunno

mod .gitignore

fixed shhh.flows outputdir bug

adding uchime source

deleted consensus command

added subsample, tiers and processors to tree.shared command. removed bootstrap.shared command. converted consensus command to a class. fixed a few small things related to binLabels.

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

Pat's fix

Pat's testing

fixed bug in corr.axes so that it now uses the shared files bin numbers. finished adding subsample and tiers parameters to dist.shared.

working on adding subsampling to dist.shared. fixed bug in phylotype command related to "unknown" addition.

added create.database command. fixed help in get.sharedseqs. added new constructor to sequence class to get comment strings after sequence name.  fixed filenames in sffinfo when sff file did not end in .sff. removed debugging c out statement from trim.flows.

mods to pcr.seqs

added keep dots to pcr.seqs. fixed pre.cluster name file name when group option is used.

minor changes to pcr.seqs.  Added filterToPos and filterFromPos to sequence class. started work on create.database command.

initialized numLinkers and numSpacers in trim.seqs and trim.flows

added pcr.seqs command. fixed bug in rarefacftion.single that caused parsing error if group names contained '_' in shared file.  metastats - modified to more closely follow results from metastats website. trim.flows and trim.seqs allow for characters other than ATGC in reverse primers. removed name file warning when mother calls command internally.

fixed makefile

bug fix in linear algebra that caused an infinite loop

added unix to ifdefs. minor changes while testing 1.24.0.

fixed pvalues for otu.association and corr.axes, fixed bug with pre.cluster added when we checked to make sure files are aligned.

changed sffinfo flow default to true. fixed bug in trim.seqs and filter.seqs related to windows paralellization mods, added help and description to concurrence command

fixed classify.seq error message when flip accnos file was blank. Fixed bug with phylotype command related to the addition of "unknown" classification in phylotree.

added cooccurence command

paralellized metastats for windows

paralellized dist.shared for windows

fixed bug in windows summary.seqs and summary.qual paralellization. paralellized summary.shared for windows.

paralellized screen.seqs for windows.

added linker and spacer to trim.flows

paralellized trim.seqs for windows.  fixed bug in trim.flows that stopped fasta data from being trimmed.

trim.seqs linker and spacer mods

paralellized pairwise.seqs for windows