changes from git

unpadded output

added the ace2sam converter

converted padded SAM to unpadded SAM

 * Updated samtools to the latest
 * Added seqtk.c
 * Updated wgsim.c
 * release samtools-0.1.18

 * bugfix in index: large memory when a read pos is 1
 * bugfix in BAQ: incorrect probability (rare)
 * compute variant distance bias (commited by Petr)
 * bugfix for computing LRT2: LRT2=nan

allow to set seed in view-subsampling

subsampling read pairs

support trio indels

for WIN32 compatibility

fixed a bug in bam_plcmd.c

Release samtools-0.1.17

fixed a bug caused by a recent patch

 * 0.1.16-dev (r969:252)
 * faidx/view: smarter way to parse a region string
 * index: more rigorously check the sorting order
 * Makefile: added -s to ar
 * bcftools: compute 2-degree P-value by default
 * bcftools: compute the ML estimate of the allele count

Removed the pileup command

Release samtools-0.1.16 (r963:234)

fixed a bug in merge

Added the support for the new SAM/BAM type "B"

 * fixed a bug in bedidx: input BED not sorted
 * make bcftools a little bit more robust given wrong inputs
 * perform posterior-chi^2 by default

 * Added Brent's method for frequency estimate
 * Added likelihood ratio test for HWE and association

Release samtools-0.1.15 (r949:203)

 * added bam_verbose global variable
 * fixed a bug when grouping reads in mpileup (due to recent changes)
 * do not validate SAM header
 * estimate genotype frequency
 * added HWE test back, but with a different method

added quality filtering

fixed a few typos in comments

Added an example of using mpileup

 * synchronize bgzf in tabix and in samtools
 * fixed a severe bug in bedidx.c

 * added BED support to samtools view and mpileup and bcftools view
 * ML estimate of allele frequency in two groups
 * better error message given inconsisten RG labels
 * compute all-pair r^2

Release samtools-0.1.14 (r933:170)

forget to add this file

 * allow to change the compression level in BAM output
 * use compress level 1 in sorting
 * association test
 * concatenate BAMs
 * allow to threshold on max depth in INDEL calling

export2sam.pl-2.3.1, provided by Chris Saunders from Illumina Inc.

added the haploid mode

Release samtools-0.1.13 (r926:134)

 * optionally drop phase ambiguous reads
 * write vcf format 4.1 instead of 4.0

minor changes to a heuristic rule

 * 0.1.12-r924:126
 * fixed a bug in phase (due to recent changes)
 * fixed a bug in vcf2fq

 * put version number in bam.h
 * write version to BCF
 * in phase, change the default -q to 37
 * output a little more information during phasing

 * change the order of PL/GL according to the latest VCF spec
 * change the type of SP to int32_t

update the BCF spec

added the phase command

added "const" to bcf_p1_cal()

more meaningful BAM truncation message

 * automatically fix errors in GL
 * output unrecognized FORMAT as "."

finished VCF->BCF conversion

Prevent division by zero

fixed a typo in the VCF header

 * fixed an out-of-boundary bug
 * improved sorting order checking in index

 * avoid a segfault when network connect fails
 * update INSTALL
 * fixed a bug in tview on big-endian by Nathan Weeks

 * fixed a rare memory issue in bam_md.c
 * fixed a bug in indel calling related to unmapped and refskip reads

fixed two minor bugs in Fisher's exact test

Skip sites with unknown ref

move bam_nt16_nt4_table[] from bam_maqcns.c to bam_md.c

 * samtools-0.1.12-10 (r896)
 * allow to exclude read groups in mpileup

sorry. It is SP not ST

added ST

Fixed a typo in read_samples

System libraries go *after* user libraries in link commands, because
the user libraries may themselves have dependencies that are satisfied
by the system libraries.  It's not rocket science!

This makes a difference with some linkers; or with -static or --as-needed.

The examples/Makefile fix is from Charles Plessy.
See also http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=606004

 * samtools-0.1.12-9 (r891)
 * allow to call SNPs from a subset of samples

 * samtools-0.1.12-12 (r889)
 * set mapQ as 20 if it equals 255

When -B is applied to mpileup, still use paired reads only unless -A is flagged.

 * samtools-0.1.12-6 (r887)
 * added a hidden option -E to mpileup/calmd. -E triggers an alternative way to apply BAQ.

(Arguably) improved the indel caller a tiny bit for lowCov data.

Fixed the VCF header to pass validation

 * samtools-0.1.12-4 (r884)
 * fixed a long-existing flaw in the INDEL calling model

compute max SP and max GQ from sample genotypes

drop bcf-fix.pl as it is redundant by the latest changes

 * fixed a minor issue in printing VCFs
 * write bcftools specific INFO and FORMAT in the header

Make sure that the GT genotype field is the first

 * samtools-0.1.12-2 (r877)

 * allow to fine control the selection of indel candidates. The current
   setting is okay for lowCov and highCov with ~100 samples, but it
   skips too many indels for highCov with >250 samples.

a spelling error..

 * samtools-0.1.12-1 (r873)
 * added a switch to allow anomalous read pairs in calling

fixed a bug in vcf2fq

added a warning for the Windows version

In ksprintf(), change "%lf" and "%lg" to "%f" and "%g", respectively.
According to the manual page, this change is valid. However, MinGW seems
to interpret "%lf" as "%Lf".

bring back the windows support

Fixed a compiling error when knetfile is not used.

vcf->fastq

 * remove "-f". Instead always compute consensus quality
 * increase the upper limit of quality

more informative error message

Release samtools-0.1.12a

a possible fix to DP4=0,0,0,0; have not tested, but should have no side-effect

Release samtools-0.1.12

 * samtools-0.1.11-1 (r858)
 * fixed a bug in mpileup which causes segfaults
 * bcftools: do not segfault when BCF contains errors

fixed a memory leak in bam_fetch()

 * fixed a memory violation
 * added splitchr to vcfutils.pl

fixed a typo/bug in r^2 computation

forget to change the version information

Release samtools-0.1.11

 * samtools-0.1.10-9 (r844)
 * added the "folded" or reference-free mode for variant calling

In merging, if -R is specified, do not abort if the sequence dictionary is different.

When merging BAM headers, compare the list of target reference sequences
strictly (and fail/abort if there is a mismatch), but allow one list to be a
prefix of the other.  (i.e., check that the lists are identical up until the
shorter runs out, and add the excess targets from the longer to the output.)

 * samtools-0.1.10 (r841)
 * fixed a bug in pileup when the first CIGAR operation is D
 * fixed a bug in view with range query

 * samtools-0.1.10-4 (r840)

 * drop the MNP caller. It is slow while does not diliver too much
   benefit. Possibly I will work on it in future given more time.

 * there is a segfault in pileup

 * someone has reported segfault from view/index/sort

 * samtools-0.1.10-6 (r839)

 * call MNPs without realignment because it seems to me that it is not
   worthwhile to significantly slow down SNP calling.

 * the result looks quite different from the previous version. I have
   work to do...

Apply a patch by Rob Davis, which improves fault detection.

 * samtools-r836
 * initiate MNP realignment when the MNP has at least 0.2% frequency (otherwise too slow)

 * modify the filtering rule: also filter SNPs around filtered indels
 * added MNP filter

 * samtools-0.1.10-4 (r834)
 * fixed a silly bug in printing MNP
 * restrict to at most 1 alternative allele

fixed a bug in printing MNPs

minor change to how seqQ is applied