change SO

a little more accurate mem estimate

control compression level at command line

optionally surpress /[12] in bam2fq

Merge branch 'master' into mt

bugfix: downsampling not always working

name sorting checkes READ1 and READ2

sorting also considers strand

Previously, merging considers strand but sorting not. This is a bug and breaks
stability. Now it seems that sorting is stable and it gives the same output no
matter what parameters in use.

change the default block size in sorting

multi-threaded sorting

added .gitignore

added mt comression to merge

updated the alphanum comparison function

avoid wasting CPU time by the master thread

use conditional variable

bugfix in caching

multi-threading working on toy examples

preliminary implementation; not tested

updated with the latest bgzf library

On behalf of Petr: multi-allelic GT

Removed SVN ChangeLog; merged my private github Log to ChangeLog.old

doc for downsampling

another example, used by g1k for QA

Two auxilary Lua scripts

Incoporated changes from Nils Homer.

 * Better error checking in bam_sort.c
 * Parse "K", "M" and "G" in the sort command
 * Better color-space handling
 * Bugfix of wrong integer conversion

New commands are not added.

bugfix: wrong SP; missing DV in the VCF header

changes from git

unpadded output

added the ace2sam converter

converted padded SAM to unpadded SAM

 * Updated samtools to the latest
 * Added seqtk.c
 * Updated wgsim.c
 * release samtools-0.1.18

 * bugfix in index: large memory when a read pos is 1
 * bugfix in BAQ: incorrect probability (rare)
 * compute variant distance bias (commited by Petr)
 * bugfix for computing LRT2: LRT2=nan

allow to set seed in view-subsampling

subsampling read pairs

support trio indels

for WIN32 compatibility

fixed a bug in bam_plcmd.c

Release samtools-0.1.17

fixed a bug caused by a recent patch

 * 0.1.16-dev (r969:252)
 * faidx/view: smarter way to parse a region string
 * index: more rigorously check the sorting order
 * Makefile: added -s to ar
 * bcftools: compute 2-degree P-value by default
 * bcftools: compute the ML estimate of the allele count

Removed the pileup command

Release samtools-0.1.16 (r963:234)

fixed a bug in merge

Added the support for the new SAM/BAM type "B"

 * fixed a bug in bedidx: input BED not sorted
 * make bcftools a little bit more robust given wrong inputs
 * perform posterior-chi^2 by default

 * Added Brent's method for frequency estimate
 * Added likelihood ratio test for HWE and association

Release samtools-0.1.15 (r949:203)

 * added bam_verbose global variable
 * fixed a bug when grouping reads in mpileup (due to recent changes)
 * do not validate SAM header
 * estimate genotype frequency
 * added HWE test back, but with a different method

added quality filtering

fixed a few typos in comments

Added an example of using mpileup

 * synchronize bgzf in tabix and in samtools
 * fixed a severe bug in bedidx.c

 * added BED support to samtools view and mpileup and bcftools view
 * ML estimate of allele frequency in two groups
 * better error message given inconsisten RG labels
 * compute all-pair r^2

Release samtools-0.1.14 (r933:170)

forget to add this file

 * allow to change the compression level in BAM output
 * use compress level 1 in sorting
 * association test
 * concatenate BAMs
 * allow to threshold on max depth in INDEL calling

export2sam.pl-2.3.1, provided by Chris Saunders from Illumina Inc.

added the haploid mode

Release samtools-0.1.13 (r926:134)

 * optionally drop phase ambiguous reads
 * write vcf format 4.1 instead of 4.0

minor changes to a heuristic rule

 * 0.1.12-r924:126
 * fixed a bug in phase (due to recent changes)
 * fixed a bug in vcf2fq

 * put version number in bam.h
 * write version to BCF
 * in phase, change the default -q to 37
 * output a little more information during phasing

 * change the order of PL/GL according to the latest VCF spec
 * change the type of SP to int32_t

update the BCF spec

added the phase command

added "const" to bcf_p1_cal()

more meaningful BAM truncation message

 * automatically fix errors in GL
 * output unrecognized FORMAT as "."

finished VCF->BCF conversion

Prevent division by zero

fixed a typo in the VCF header

 * fixed an out-of-boundary bug
 * improved sorting order checking in index

 * avoid a segfault when network connect fails
 * update INSTALL
 * fixed a bug in tview on big-endian by Nathan Weeks

 * fixed a rare memory issue in bam_md.c
 * fixed a bug in indel calling related to unmapped and refskip reads

fixed two minor bugs in Fisher's exact test

Skip sites with unknown ref

move bam_nt16_nt4_table[] from bam_maqcns.c to bam_md.c

 * samtools-0.1.12-10 (r896)
 * allow to exclude read groups in mpileup

sorry. It is SP not ST

added ST

Fixed a typo in read_samples

System libraries go *after* user libraries in link commands, because
the user libraries may themselves have dependencies that are satisfied
by the system libraries.  It's not rocket science!

This makes a difference with some linkers; or with -static or --as-needed.

The examples/Makefile fix is from Charles Plessy.
See also http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=606004

 * samtools-0.1.12-9 (r891)
 * allow to call SNPs from a subset of samples

 * samtools-0.1.12-12 (r889)
 * set mapQ as 20 if it equals 255

When -B is applied to mpileup, still use paired reads only unless -A is flagged.

 * samtools-0.1.12-6 (r887)
 * added a hidden option -E to mpileup/calmd. -E triggers an alternative way to apply BAQ.

(Arguably) improved the indel caller a tiny bit for lowCov data.

Fixed the VCF header to pass validation

 * samtools-0.1.12-4 (r884)
 * fixed a long-existing flaw in the INDEL calling model

compute max SP and max GQ from sample genotypes

drop bcf-fix.pl as it is redundant by the latest changes

 * fixed a minor issue in printing VCFs
 * write bcftools specific INFO and FORMAT in the header

Make sure that the GT genotype field is the first

 * samtools-0.1.12-2 (r877)

 * allow to fine control the selection of indel candidates. The current
   setting is okay for lowCov and highCov with ~100 samples, but it
   skips too many indels for highCov with >250 samples.

a spelling error..

 * samtools-0.1.12-1 (r873)
 * added a switch to allow anomalous read pairs in calling

fixed a bug in vcf2fq

added a warning for the Windows version

In ksprintf(), change "%lf" and "%lg" to "%f" and "%g", respectively.
According to the manual page, this change is valid. However, MinGW seems
to interpret "%lf" as "%Lf".