rsem-plot-transcript-wiggles

   1 #!/usr/bin/perl
   2
   3 use Getopt::Long;
   4 use Pod::Usage;
   5 use File::Basename;
   6 use strict;
   7
   8 my $gene_list = 0; # default is 0, means input is a transcript list; 1 means input is a gene list
   9 my $show_unique = 0; # 0, default value, means do not show unique transcript wiggles; 1 means show unique transcript wiggles
  10 my $help = 0;
  11
  12 GetOptions("gene-list" => \$gene_list,
  13            "show-unique" => \$show_unique,
  14            "h|help" => \$help) or pod2usage(-exitval => 2, -verbose => 2);
  15
  16 pod2usage(-verbose => 2) if ($help == 1);
  17 pod2usage(-msg => "Invalid number of arguments!", -exitval => 2, -verbose => 2) if (scalar(@ARGV) != 3);
  18
  19 my ($fn, $dir, $suf) = fileparse($0);
  20 my $command = "";
  21
  22 unless (-e "$ARGV[0].transcript.readdepth") {
  23     $command = $dir."rsem-bam2readdepth $ARGV[0].transcript.sorted.bam > $ARGV[0].transcript.readdepth";
  24     &runCommand($command);
  25 }
  26
  27 if ($show_unique) {
  28     unless (-e "$ARGV[0].uniq.transcript.bam") {
  29         $command = $dir."rsem-get-unique $ARGV[0].transcript.bam $ARGV[0].uniq.transcript.bam";
  30         &runCommand($command);
  31     }
  32     unless (-e "$ARGV[0].uniq.transcript.sorted.bam") {
  33         $command = $dir."sam/samtools sort $ARGV[0].uniq.transcript.bam $ARGV[0].uniq.transcript.sorted";
  34         &runCommand($command);
  35     }
  36     unless (-e "$ARGV[0].uniq.transcript.readdepth") {
  37         $command = $dir."rsem-bam2readdepth $ARGV[0].uniq.transcript.sorted.bam > $ARGV[0].uniq.transcript.readdepth";
  38         &runCommand($command);
  39     }
  40 }
  41
  42 $command = $dir."rsem-gen-transcript-plots $ARGV[0] $ARGV[1] $gene_list $show_unique $ARGV[2]";
  43 &runCommand($command);
  44
  45 # command, {err_msg}
  46 sub runCommand {
  47     print $_[0]."\n";
  48     my $status = system($_[0]);
  49     if ($status != 0) {
  50         my $errmsg;
  51         if (scalar(@_) > 1) { $errmsg = $_[1]; }
  52         else { $errmsg = "\"$command\" failed! Plase check if you provide correct parameters/options for the pipeline!"; }
  53         print $errmsg."\n";
  54         exit(-1);
  55     }
  56     print "\n";
  57 }
  58
  59 __END__
  60
  61 =head1 NAME
  62
  63 rsem-plot-transcript-wiggles
  64
  65 =head1 SYNOPSIS
  66
  67 =over
  68
  69  rsem-plot-transcript-wiggles [options] sample_name input_list output_plot_file
  70
  71 =back
  72
  73 =head1 ARGUMENTS
  74
  75 =over
  76
  77 =item B<sample_name>
  78
  79 blablabla
  80
  81 =item B<input_list>
  82
  83 blablabla
  84
  85 =item B<output_plot_file>
  86
  87 blablabla
  88
  89 =back
  90
  91 =head1 OPTIONS
  92
  93 =over
  94
  95 =item B<--gene-list>
  96
  97 blablabla
  98
  99 =item B<--show-unique>
 100
 101 blablabla
 102
 103 =item B<-h/--help>
 104
 105 Show help information.
 106
 107 =back
 108
 109 =head1 DESCRIPTION
 110
 111 blablabla
 112
 113 =head1 OUTPUT
 114
 115 blablabla
 116
 117 =head1 EXAMPLES
 118
 119 =cut