PairedEndRead.h

   1 #ifndef PAIREDENDREAD
   2 #define PAIREDENDREAD
   3
   4 #include<cassert>
   5 #include<iostream>
   6 #include<string>
   7
   8 #include "Read.h"
   9 #include "SingleRead.h"
  10
  11 class PairedEndRead : public Read {
  12  public:
  13   PairedEndRead() : mate1(), mate2() {}
  14   PairedEndRead(const SingleRead& mate1, const SingleRead& mate2) {
  15           this->mate1 = mate1;
  16           this->mate2 = mate2;
  17           this->name = mate1.getName();
  18
  19           calc_lq();
  20   }
  21
  22   bool read(int argc, std::istream* argv[], int flags = 7);
  23   void write(int argc, std::ostream* argv[]);
  24
  25   const SingleRead& getMate1() const { return mate1; }
  26   const SingleRead& getMate2() const { return mate2; }
  27   const SingleRead& getMate(int i) const {
  28           if (i == 1) return mate1;
  29           else return mate2;
  30   }
  31
  32  private:
  33   SingleRead mate1, mate2;
  34
  35   void calc_lq();
  36 };
  37
  38 bool PairedEndRead::read(int argc, std::istream* argv[], int flags) {
  39         bool success;
  40     std::istream *inpMate1[1], *inpMate2[1];
  41
  42         assert(argc == 2);
  43         inpMate1[0] = argv[0]; inpMate2[0] = argv[1];
  44         success = mate1.read(1, inpMate1, flags) && mate2.read(1, inpMate2, flags);
  45         name = "";
  46         if (flags & 4) { name = mate1.getName(); } //May chop 1 char later if we want
  47
  48         if (flags & 1) calc_lq();
  49
  50         return success;
  51 }
  52
  53 void PairedEndRead::write(int argc, std::ostream *argv[]) {
  54         std::ostream *outMate1[1], *outMate2[1];
  55
  56         assert(argc == 2);
  57         outMate1[0] = argv[0]; outMate2[0] = argv[1];
  58         mate1.write(1, outMate1);
  59         mate2.write(1, outMate2);
  60 }
  61
  62 void PairedEndRead::calc_lq() {
  63         low_quality = mate1.isLowQuality() && mate2.isLowQuality();
  64         if (mate1.getReadLength() < OLEN || mate2.getReadLength() < OLEN) low_quality = true;
  65 }
  66
  67 #endif