dla-resume.org

   1 #+OPTIONS: ^:nil
   2 #+OPTIONS: toc:nil
   3 #+TITLE: Resume
   4 #+AUTHOR: Don Armstrong
   5 #+LATEX_CMD: xelatex
   6 #+LATEX_CLASS: dlaresume
   7 #+LATEX_CLASS_OPTIONS: [10pt,breaklinks]
   8
   9 #+BEGIN_EXPORT latex
  10   %% Name
  11   \noindent{\color{headings}\fontsize{24pt}{24pt}\selectfont {\textsc{\textbf{\myauthor}}}}
  12   \hfill
  13    \begin{minipage}[t]{0.0in}
  14      % dummy (needed here)
  15   \end{minipage}
  16 %  \medskip
  17   % Address and contact block
  18   \hfill
  19   \begin{minipage}[t]{1.7in}
  20     \flushright {\footnotesize
  21       \myphone \\
  22       \href{mailto:\myemail}{\myemail} \\
  23       \href{\myweb}{\myweb}}
  24   \end{minipage}
  25   %
  26   \begin{minipage}[t]{0.75in}
  27   \qrcode[tight,level=L,link,height=0.75in]{https://dla2.us/res}
  28   \end{minipage}
  29
  30 %  \medskip
  31
  32 #+END_EXPORT
  33
  34 #+BEGIN_EXPORT latex
  35 \begin{minipage}[t]{0.4\textwidth}
  36 #+END_EXPORT
  37
  38 * Education
  39 ** UC Riverside
  40 + *PhD* in Cell, Molecular and Developmental Biology
  41 + *BS* in Biology
  42 * Skills
  43 ** Genomics and Epigenomics
  44 + Genomics and Epigenomics of complex human diseases including
  45   PTSD, Systemic Lupus Erythematosus, and Alzheimer's Disease using
  46   cross-sectional and longitudinal experimental designs
  47 + Correcting for and experimental design to overcome multiple
  48   testing, confounders, and batch effects using Bayesian and
  49   frequentist methods approaches
  50 + Reproducible, scalable analysis using workflows on cloud- and
  51   cluster-based systems on terabyte-scale datasets
  52 + Using evolutionary genomics to identify causal human variants
  53 ** Statistics
  54 + Statistical modeling
  55 + Addressing confounders and batch effects
  56 + Reproducible research
  57 ** Big Data
  58 + Parallel and Cloud Computing
  59 + Inter-process communication: MPI, OpenMP, Hadoop
  60 + Filestorage: Gluster, CEFS, GPFS, Lustre
  61 + Cloud based-infrastructure: Azure, AWS, Docker, cloud-init
  62 + Debian GNU/Linux system administration
  63 ** Mentoring and Leadership
  64 + Mentored graduate students and Outreachy and Google Summer of Code
  65   interns
  66 + Chairperson of the Debian Technical Committee
  67 + Head developer behind https://bugs.debian.org
  68 ** Software Development
  69 + Languages: perl, R, C, C++, python, groovy, assembly, sh, make
  70 + Collaborative Development: git, travis, continuous integration,
  71   automated testing
  72 + Databases: Postgresql (PL/SQL), SQLite, Mysql
  73 # ** Consortia Involvement
  74 # + *H3A Bionet*: Generating workflows and cloud resources for H3 Africa
  75 # + *Psychiatric Genomics Consortium*: Identification of epigenetic
  76 #   variants which are correlated with PTSD.
  77 # + *SLEGEN*: System lupus erythematosus genetics consortium.
  78
  79 #+BEGIN_EXPORT latex
  80 \end{minipage}
  81   \hfill
  82    \begin{minipage}[t]{0.0in}
  83      % dummy (needed here)
  84   \end{minipage}
  85   \medskip
  86 \hfill
  87 \begin{minipage}[t]{0.55\textwidth}
  88
  89 #+END_EXPORT
  90 * Experience
  91 ** Research Scientist at UIUC
  92 + 2015--Present. University of Illinois at Urbana-Champaign. Epigenetic
  93   modifications associated with PTSD, the genomic basis of the
  94   development of parturition in mammals, and detecting adverse
  95   pregnancy outcomes.
  96 ** Postdoctoral Researcher at USC
  97 + 2013--2015. Identifying genes and causal alleles associated with
  98   Systemic Lupus Erythematosus using genome-wide association,
  99   next-generation sequencing, computational and biochemical
 100   approaches.
 101 ** Postdoctoral Researcher at UCR
 102 + 2010--2012. Identifying genes which are associated with Systemic
 103   Lupus Erythematosus using prior information and targeted trio-based
 104   studies.
 105 ** Debian Developer with the Debian Project
 106 + 2004--Present. \emph{Debian Project}, Developer; Technical Committee
 107   Member (2010--Present), Technical Committee Chair (2015--2016).
 108 * Authored Software
 109 + *[[http://bugs.debian.org][Debbugs]]*: Bug tracking software for the Debian GNU/Linux
 110    distribution. [[https://bugs.debian.org]]
 111 + *[[http://git.donarmstrong.com/r/CairoHacks.git][CairoHacks]]*: Bookmarks and Raster images for large PDF plots in R.
 112 + *[[http://rzlab.ucr.edu/function2gene/][Function2Gene]]*: Gene selection tool based on literature mining which
 113    enables Bayesian approaches to significance testing.
 114 + *[[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi?sequence=ABCDEFGHIJLKMNOP&submit=Submit][Helical Wheel Projections]]*: Web-based tool to draw helical wheel
 115    protein projections. [[http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel]]
 116 * Publications
 117 + 20 peer-reviewed refereed publications cited over 1700 times
 118 + Publication record in GWAS, expression analysis
 119
 120 #+BEGIN_EXPORT latex
 121 \end{minipage}
 122 #+END_EXPORT
 123
 124 * Funding and Awards
 125 ** Grants
 126 + 2017 R Consortium: *[[https://www.r-consortium.org/blog/2017/04/03/q1-2017-isc-grants][Adding Linux Binary Builders to R-Hub]]* Role:
 127   Co-PI
 128 + 2015 Blue Waters Allocation Grant: *Making ancestral trees using Bayesian
 129   inference to identify disease-causing genetic variants* Role:
 130   Primary Investigator
 131 + BD2K Mentored Career Development Award: *Predicting individualized*
 132   *chemotherapeutic treatment outcomes using large multi-omics and*
 133   *clinical datasets* (K01 RFA-ES-16-002) (under review) Role: PI
 134 + *Mechanism of PR Resistance in Endometriosis* (R01 RFA-HD-16-036)
 135   (under review) Role: Co-PI
 136 + *Tracking placenta and uterine funciton using urinary extracellular vesicles* (R21
 137   RFA-HD-16-037) (under review) Role: Key Personnel
 138 + *Molecular Transducers of Physical Activity Bioinformatics Center*
 139   (U24 RFA-RM-15-012) (under review) Role: Key Personnel
 140 + *NIAMS* R01-AR045650-04 *Genetics of Childhood Onset SLE* to Chaim O. Jacob.
 141   Role: Key Personnel
 142 ** Conference Awards
 143 + 2007 FOCIS Trainee Award
 144 + 2009 FOCIS Trainee Award
 145 ** Scholarships and Fellowships
 146 + 2001--2003: University of California, Riverside Doctoral Fellowship
 147 + 1997--2001: Regents of the University of California Scholarship.
 148 * Service
 149 ** Consortiums
 150 + *H3A Bionet*: Generating workflows and cloud resources for
 151   bioinformatics analysis as part of the H3 Africa consortium
 152 + *Psychiatric Genomics Consortium*: Identification of epigenetic
 153   variants which are correlated with PTSD.
 154 + *SLEGEN*: System lupus erythematosus genetics consortium.
 155 ** Mentoring
 156 + *Laren Riesche*: Differential methylation of marmoset placentas
 157   using RRBS. Statistical training and bioinformatics training
 158   resulting in PhD in Nursing. 2016-2017.
 159 + *Christine Y. Chan*: Ancestral trees for disease predictions. 2016
 160 + *[[https://developers.google.com/open-source/gsoc/2006/][Phillip Kern]]*: GUI for Debian's bug tracking system.
 161 + *[[https://gnome.org/opw/][Virginia King]]*: Improving documentation of Debian's Bug Tracking system.
 162 ** Reviewing
 163 + /Ad hoc/ reviewer for PLoS One.
 164
 165
 166