]> git.donarmstrong.com Git - mothur.git/tree
added read.shared, broke up globaldata a bit
-rw-r--r-- 3119 Mothur.1
drwxr-xr-x - Mothur.xcodeproj
-rw-r--r-- 4392 ace.cpp
-rw-r--r-- 695 ace.h
-rw-r--r-- 1976 averagelinkage.cpp
-rw-r--r-- 1191 bootstrap.cpp
-rw-r--r-- 698 bootstrap.h
-rw-r--r-- 44524 calculator.cpp
-rw-r--r-- 10346 calculator.h
-rw-r--r-- 1768 chao1.cpp
-rw-r--r-- 667 chao1.h
-rw-r--r-- 3739 cluster.cpp
-rw-r--r-- 1423 cluster.hpp
-rw-r--r-- 5439 clustercommand.cpp
-rw-r--r-- 1525 clustercommand.h
-rw-r--r-- 5242 collect.cpp
-rw-r--r-- 1030 collect.h
-rw-r--r-- 4285 collectcommand.cpp
-rw-r--r-- 1913 collectcommand.h
-rw-r--r-- 2240 collectdisplay.h
-rw-r--r-- 1869 collectorscurvedata.h
-rw-r--r-- 5968 collectsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2208 collectsharedcommand.h
-rw-r--r-- 391 command.hpp
-rw-r--r-- 3425 commandfactory.cpp
-rw-r--r-- 351 commandfactory.hpp
-rw-r--r-- 1921 commandoptionparser.cpp
-rw-r--r-- 448 commandoptionparser.hpp
-rw-r--r-- 1698 completelinkage.cpp
-rw-r--r-- 1449 database.cpp
-rw-r--r-- 355 database.hpp
-rw-r--r-- 1456 datavector.hpp
-rw-r--r-- 1511 deconvolutecommand.cpp
-rw-r--r-- 856 deconvolutecommand.h
-rw-r--r-- 632 display.h
-rw-r--r-- 5506 engine.cpp
-rw-r--r-- 852 engine.hpp
-rw-r--r-- 17899 errorchecking.cpp
-rw-r--r-- 1044 errorchecking.h
-rw-r--r-- 4095 fastamap.cpp
-rw-r--r-- 1708 fastamap.h
-rw-r--r-- 11324 fileoutput.cpp
-rw-r--r-- 2537 fileoutput.h
-rw-r--r-- 13423 globaldata.cpp
-rw-r--r-- 2428 globaldata.hpp
-rw-r--r-- 1881 groupmap.cpp
-rw-r--r-- 947 groupmap.h
-rw-r--r-- 17164 helpcommand.cpp
-rw-r--r-- 524 helpcommand.h
-rw-r--r-- 5882 inputdata.cpp
-rw-r--r-- 780 inputdata.h
-rw-r--r-- 4247 jackknife.cpp
-rw-r--r-- 825 jackknife.h
-rw-r--r-- 2824 kmer.cpp
-rw-r--r-- 608 kmer.hpp
-rw-r--r-- 3330 kmerdb.cpp
-rw-r--r-- 433 kmerdb.hpp
-rw-r--r-- 8269 listvector.cpp
-rw-r--r-- 1423 listvector.hpp
-rw-r--r-- 1063 mothur.cpp
-rw-r--r-- 2839 nameassignment.cpp
-rw-r--r-- 393 nameassignment.hpp
-rw-r--r-- 1110 nocommand.cpp
-rw-r--r-- 392 nocommand.h
-rw-r--r-- 1387 npshannon.cpp
-rw-r--r-- 707 npshannon.h
-rw-r--r-- 410 observable.h
-rw-r--r-- 6513 ordervector.cpp
-rw-r--r-- 1772 ordervector.hpp
-rw-r--r-- 5394 parselistcommand.cpp
-rw-r--r-- 1458 parselistcommand.h
-rw-r--r-- 1183 parsimony.cpp
-rw-r--r-- 590 parsimony.h
-rw-r--r-- 9319 parsimonycommand.cpp
-rw-r--r-- 1839 parsimonycommand.h
-rw-r--r-- 2438 progress.cpp
-rw-r--r-- 216 progress.hpp
-rw-r--r-- 768 quitcommand.cpp
-rw-r--r-- 481 quitcommand.h
-rw-r--r-- 8288 rabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1413 rabundvector.hpp
-rw-r--r-- 1552 rarecalc.cpp
-rw-r--r-- 761 rarecalc.h
-rw-r--r-- 4975 raredisplay.cpp
-rw-r--r-- 1021 raredisplay.h
-rw-r--r-- 4847 rarefact.cpp
-rw-r--r-- 845 rarefact.h
-rw-r--r-- 4355 rarefactcommand.cpp
-rw-r--r-- 2194 rarefactcommand.h
-rw-r--r-- 1838 rarefactioncurvedata.h
-rw-r--r-- 3953 rarefactsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2079 rarefactsharedcommand.h
-rw-r--r-- 2234 readdistcommand.cpp
-rw-r--r-- 1151 readdistcommand.h
-rw-r--r-- 11643 readmatrix.cpp
-rw-r--r-- 1717 readmatrix.hpp
-rw-r--r-- 2137 readotucommand.cpp
-rw-r--r-- 2057 readotucommand.h
-rw-r--r-- 1818 readsharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 866 readsharedcommand.h
-rw-r--r-- 11118 readtree.cpp
-rw-r--r-- 1269 readtree.h
-rw-r--r-- 2069 readtreecommand.cpp
-rw-r--r-- 542 readtreecommand.h
-rw-r--r-- 7036 sabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1477 sabundvector.hpp
-rw-r--r-- 3366 sequence.cpp
-rw-r--r-- 785 sequence.hpp
-rw-r--r-- 1718 shannon.cpp
-rw-r--r-- 698 shannon.h
-rw-r--r-- 2435 shared.cpp
-rw-r--r-- 864 shared.h
-rw-r--r-- 4133 sharedace.cpp
-rw-r--r-- 733 sharedace.h
-rw-r--r-- 2398 sharedchao1.cpp
-rw-r--r-- 708 sharedchao1.h
-rw-r--r-- 3244 sharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1107 sharedcommand.h
-rw-r--r-- 1148 sharedjabund.cpp
-rw-r--r-- 739 sharedjabund.h
-rw-r--r-- 1468 sharedjclass.cpp
-rw-r--r-- 726 sharedjclass.h
-rw-r--r-- 1715 sharedjest.cpp
-rw-r--r-- 713 sharedjest.h
-rw-r--r-- 11371 sharedlistvector.cpp
-rw-r--r-- 2090 sharedlistvector.h
-rw-r--r-- 10258 sharedordervector.cpp
-rw-r--r-- 2312 sharedordervector.h
-rw-r--r-- 11180 sharedrabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1939 sharedrabundvector.h
-rw-r--r-- 8756 sharedsabundvector.cpp
-rw-r--r-- 1734 sharedsabundvector.h
-rw-r--r-- 1310 sharedsobs.cpp
-rw-r--r-- 756 sharedsobs.h
-rw-r--r-- 1428 sharedsobscollectsummary.cpp
-rw-r--r-- 737 sharedsobscollectsummary.h
-rw-r--r-- 1140 sharedsorabund.cpp
-rw-r--r-- 752 sharedsorabund.h
-rw-r--r-- 1478 sharedsorclass.cpp
-rw-r--r-- 740 sharedsorclass.h
-rw-r--r-- 1718 sharedsorest.cpp
-rw-r--r-- 727 sharedsorest.h
-rw-r--r-- 1986 sharedthetan.cpp
-rw-r--r-- 727 sharedthetan.h
-rw-r--r-- 2054 sharedthetayc.cpp
-rw-r--r-- 735 sharedthetayc.h
-rw-r--r-- 1855 simpson.cpp
-rw-r--r-- 681 simpson.h
-rw-r--r-- 1734 singlelinkage.cpp
-rw-r--r-- 759 sobs.h
-rw-r--r-- 6631 sparsematrix.cpp
-rw-r--r-- 1144 sparsematrix.hpp
-rw-r--r-- 4285 summarycommand.cpp
-rw-r--r-- 1824 summarycommand.h
-rw-r--r-- 924 summarydata.h
-rw-r--r-- 773 summarydisplay.h
-rw-r--r-- 7456 summarysharedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2264 summarysharedcommand.h
-rw-r--r-- 13724 tree.cpp
-rw-r--r-- 1365 tree.h
-rw-r--r-- 909 treecalculator.h
-rw-r--r-- 3866 treemap.cpp
-rw-r--r-- 1190 treemap.h
-rw-r--r-- 2649 treenode.cpp
-rw-r--r-- 1635 treenode.h
-rw-r--r-- 9082 unifracunweightedcommand.cpp
-rw-r--r-- 1945 unifracunweightedcommand.h
-rw-r--r-- 11278 unifracweightedcommand.cpp
-rw-r--r-- 2212 unifracweightedcommand.h
-rw-r--r-- 3466 unweighted.cpp
-rw-r--r-- 678 unweighted.h
-rw-r--r-- 9319 utilities.hpp
-rw-r--r-- 3142 uvest.cpp
-rw-r--r-- 726 uvest.h
-rw-r--r-- 10021 validcalculator.cpp
-rw-r--r-- 1063 validcalculator.h
-rw-r--r-- 3184 validcommands.cpp
-rw-r--r-- 719 validcommands.h
-rw-r--r-- 2955 validparameter.cpp
-rw-r--r-- 709 validparameter.h
-rw-r--r-- 5221 weighted.cpp
-rw-r--r-- 727 weighted.h