readsharedcommand.cpp

   1 /*
   2  *  readsharedcommand.cpp
   3  *  Mothur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 2/12/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "readsharedcommand.h"
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  12 //**********************************************************************************************************************
  13 ReadSharedCommand::ReadSharedCommand(){
  14         try {
  15                 globaldata = GlobalData::getInstance();
  16                 filename = globaldata->inputFileName;
  17                 read = new ReadPhilFile(filename);
  18         }
  19         catch(exception& e) {
  20                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReadSharedCommand class Function ReadSharedCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  21                 exit(1);
  22         }
  23         catch(...) {
  24                 cout << "An unknown error has occurred in the ReadSharedCommand class function ReadSharedCommand. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  25                 exit(1);
  26         }
  27 }
  28
  29 //**********************************************************************************************************************
  30
  31 ReadSharedCommand::~ReadSharedCommand(){
  32         delete read;
  33 }
  34
  35 //**********************************************************************************************************************
  36
  37 int ReadSharedCommand::execute(){
  38         try {
  39                 read->read(&*globaldata);
  40
  41                 return 0;
  42         }
  43         catch(exception& e) {
  44                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the ReadSharedCommand class Function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  45                 exit(1);
  46         }
  47         catch(...) {
  48                 cout << "An unknown error has occurred in the ReadSharedCommand class function execute. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  49                 exit(1);
  50         }
  51 }
  52 //**********************************************************************************************************************