added read.shared, broke up globaldata a bit

fixed bug with displaying info for collect.shared() and summary.shared().

added errorchecking and help info on new unifrac and treeclimber code

adding treeclimber and unifrac pieces

When Pat tried to compile mothur in Ubuntu linux, there were a number of minor problems that needed to be fixed in the code

changed all files to be relative to project instead of relative to enclosing group

rarefaction.shared() fixed bug

fixed line and label bug.

updated help

rarefaction default bug

fixed parameter issues

collect.single bug in readphil.

I've changed the listfile, sabundfile, etc. option handles to not need the "file" part - pat

fixed summary.shared bug and set jumble default to 1.

fixed bug in sharedcommand and parselistcommand and changed file extension of sorensonabund.

finishing the container classes, combining read.otu and read.list commands.  some cosmetic fixes.

deconvolute command

changed read.shared to read.list and incorporated the shared and parselist commands into it.

Updated the project setting parameters

Initial revision

Initial revision