globaldata.hpp

   1 #ifndef GLOBALDATA_HPP
   2 #define GLOBALDATA_HPP
   3
   4 #include <string>
   5 #include <vector>
   6 #include <set>
   7 #include <iostream>
   8 #include <iomanip>
   9 #include <map>
  10 #include <sstream>
  11 #include <stdexcept>
  12 #include <exception>
  13
  14 #include "groupmap.h"
  15 #include "treemap.h"
  16
  17 using namespace std;
  18
  19 class ListVector;
  20 class SharedListVector;
  21 class SparseMatrix;
  22 class Tree;
  23 class OrderVector;
  24 class InputData;
  25 class GroupMap;
  26 class TreeMap;
  27 class SAbundVector;
  28
  29 class GlobalData {
  30 public:
  31         static GlobalData* getInstance();
  32         ListVector* getListVector();
  33         SparseMatrix* getSparseMatrix();
  34         InputData* ginput;
  35         OrderVector* gorder;
  36         ListVector* glist;
  37         vector<Tree*> gTree;
  38         SharedListVector* gSharedList;
  39         SAbundVector* sabund;
  40         GroupMap* gGroupmap;
  41         TreeMap* gTreemap;
  42         string inputFileName, helpRequest, commandName;
  43         bool allLines;
  44         vector<string> Estimators; //holds estimators to be used
  45         set<int> lines; //hold lines to be used
  46         set<string> labels; //holds labels to be used
  47         vector<string> Groups;
  48
  49         string getPhylipFile();
  50         string getColumnFile();
  51         string getListFile();
  52         string getRabundFile();
  53         string getSabundFile();
  54         string getNameFile();
  55         string getGroupFile();
  56         string getOrderFile();
  57         string getFastaFile();
  58         string getTreeFile();
  59         string getSharedFile();
  60         string getCutOff();
  61         string getFormat();
  62         string getPrecision();
  63         string getMethod();
  64         string getFileRoot();
  65         string getIters();
  66         string getJumble();
  67         string getFreq();
  68         string getRandomTree();
  69         void setListFile(string);
  70         void setPhylipFile(string);
  71         void setColumnFile(string);
  72         void setNameFile(string);
  73         void setRabundFile(string);
  74         void setSabundFile(string);
  75         void setFormat(string);
  76         void setRandomTree(string);
  77         void setCalc(string);
  78
  79
  80         void setListVector(ListVector*);
  81         void setSparseMatrix(SparseMatrix*);
  82         void parseGlobalData(string, string);
  83
  84 private:
  85         string phylipfile, columnfile, listfile, rabundfile, sabundfile, namefile, groupfile, orderfile, fastafile, treefile, sharedfile, line, label, randomtree, groups;
  86         string cutoff, format, precision, method, fileroot, iters, jumble, freq, calc;
  87         static GlobalData* _uniqueInstance;
  88         GlobalData( const GlobalData& ); // Disable copy constructor
  89         void operator=( const GlobalData& ); // Disable assignment operator
  90         GlobalData();
  91         ~GlobalData();
  92         ListVector* gListVector;
  93         SparseMatrix* gSparseMatrix;
  94         void clear();  //clears all parameters
  95         void reset();   //clears all non filename parameters
  96
  97
  98
  99 };
 100
 101 #endif