added checks for ^C to quit command instead of program

adding mothurout.h and .cpp to repo

filter.seqs can now accept multiple fasta files

created mothurOut class to handle logfiles

added parse.list command

finished chimera changes

added warning about merging with something above cutoff to cluster. working on chimeras

added warning about merging with something above cutoff to cluster. working on chimeras

chimeras, fix to sabundvector and sharedsabundvector that caused getRabundVector to step out of bounds

chimeras

chimeracode

working on chimeras

test

pat's ../ bug fix - test

pat's ../ bug fix

added name option to read.tree for use in unifrac and parimony commands

pat's differences before v.1.8

fixed bugs for 1.8

fixed some bugs found while testing 1.8

fixed some bugs found while testing 1.8

added distance search method to classify.seqs

added set.dir command and modified commands to redirect input and output, removed get.line command.

pat's edits from 1/26/2010

added out.hierarchy command

pat's mods to morisitahorn and pre.cluster

added warning about average neighbor merges around cutoff. fixed little bugs.

added formatmatrix, formatcolumn, and formatphylip classes. Used these classes in get.oturep to make it able to process distance matrices too large to fit in RAM. added output of .rep.names file to get.oturep command

worked on hcluster. made .single command run using a sharedfile. and various other small changes

you can now use a distance matrix as input for the heatmap.sim command.
added distance parameter to unifrac.weighted and unifrac.unweighted commands that allows you to output a distance matrix from the command.
added random parameter to unifrac.weighted and unifrac.unweighted commands that allows you to shut off the comparison to random trees.

added pca command

added average and nearest neighbor methods to hcluster

precluster command finished

fixed some bugs and added mgcluster command

added sorted parameter to get.oturep, added error checking to chimera classes in case unaligned sequences are used where aligned are expected and added probs parameter to classify.seqs to shut off bootstrapping with bayesian method

added list parameter to get.seqs and remove.seqs and added readline library for interact engine

modified sequence class to read fasta files with comments. this required modifications to several other files that use sequence.  also added flip and threshold parameter to align.seqs command

a few changes to chimera classes

version for 10.5

changed get.sharedotu to get.sharedseqs

fixed splash page citation

changed get.sharedotu to get.sharedseqs

fixed bug in hcluster command

edited taxonomy equalizer to fix bug with windows

updated phylotype command

changed label outputs for phylotype command

added phylotype command which reads a taxonomy file and creates a .list, .rabund and .sabund file.

fixed bug in libshuff

final fixes for 1.7

finished work on classify.seqs bayesian method and various bug fixes

started work on classify.seqs command. changed the database class so that it does not store the template sequences. created alignmentDB class that stores template seqs and uses database class for searching.  made changes to aligncommand and chimeracheckrdp to reflect the changes to database class.

added groups option to read.otu, added qtrim option to trim.seqs, fixed bug in get.oturep that started bin numbers at 0, finished work on hcluster command.

fixed bug with hcluster

added hcluster command and fixed some bugs, namely one with smart distancing.

finished chimeraslayer method and added get.listcount command

working on chimeraslayer and found bug in shared command.

started adding chimeraslayer method and fixed minor bug in treegroupscommand deconstructor

added get.sharedotu command

removed line option

align.check command added

adding more error checking for list and group files.  outputs missing.names or missing.group if you have files with different number of sequences in them

removing extra file output from pintail

added check for blank files in openInputFile, add check for groupfiles that contain more seqs than the list files in sharedcommand

fixed some issues while testing 1.6

added help to chimera.seqs

chimeracheck method added

continued work on chimeras and fixed bug in trim.seqs and reverse.seqs that was due to the fact that we changed the sequence class so that all seqs now have an aligned version.  that change was made to fix another bug.

finished with ccode, returned bellerophon to last save before move, cleaned up pintails outputs

changed reporting in ccode to only report those who are found to be chimeric by all three tests, also fixed issue with the masking

ccode working - still need to paralellize

updated pats contact and mothur header info

changed raredisplay to use vectors instead of files

added more descriptive error messages to sharedlist

checking in chimera files in progress after move to michigan

last changes before move

last changes before move

removing mallard

chimera.seqs pintail is working.

mothur-v.1.5.0

This is 1.5.

bugs fixes while testing for 1.5 release

bugs fixes while testing for 1.5 release

bugs fixes while testing for 1.5 release

bugs for 1.5

bugs for 1.5

bugs fixes while testing for 1.5 release

bugs fixes while testing for 1.5 release

working on chimeras

pat's changes after generating wiki pages for 1.5

Thallinger changes to cluster command.

pat's edits prior to v.1.5

working on chimeras

fixed bug with aligner in database class, worked on chimeras

worked on chimeras

changed sequence class so that when constructor is called aligned and unaligned values are filled, also worked on chimeras

fixed bugs in venn and aligner

*** empty log message ***

added sorted option to get.rabund command

added getline function to mothur and modified places where we use getline to use this new function.

added stricter compilation requirements and fixed resulting errors

added system command