libshuff and updated help to include libshuff and modifications to read.dist.

working on libshuff

added nseqs and sharednseqs calculators, removed excess tabs in output files.

working on libshuff

changed the ending of the unique fasta sequence file generated by deconvolute

added abs() to weighted and unweighted to account for negative branch lengths

fixed bug in read.tree

fixed bug in summary.shared for groups

fixed bug with line and label parameters and added all as option for both

deleted read.shared command and added its functionality to read.otu.

added ability for user to select which groups to analyze with the collect.shared, summary.shared and rarefaction.shared commands

fixed outputs in unifrac to look the same

fixed memory issue with cluster command

fixed valid parameters to include shared parameter for read.shared command.

mucked around some with the output in the unifrac.weighted, unifrac.unweighted, and parsimony commands

got rid of rd_parsimony ext.

fixed bug wit unifrac files

added full matrix files

fixed bug in random option of parsimony()

fixed parsimony bug

changed format of output in unifrac and parsimony files

fixed bug in read tree

fixed bug in read tree

working on readtree

unifrac.weighted

parsimony output changed

unifrac.unweighted command changes

worked on unifrac.unweighted()

fixed bug in unweighted

fixed parsimony with groups and worked on unifrac.unweighted with groups

parsimony with groups

parsimony with groups

fix weighted unifrac bug in findIndex and randomize labels

weightedcommand

changed unifrac.weighted()

changed unifrac.weighted()

changed unifrac.weighted()

test

print tree debugger

parsimony fix

fixed parsimony for groups

fixed parsimony for groups

fixed unweighted calculator

fixed unweighted calculator

added mothur.h and fixed includes in many files

fixed linking error in collect, collectshared, and errorcheckor

Johns fix

Added get.line command.
Added get.label command.
Added get.group command.
Added parameter and parameter value error checking.
Modified ace to allow changing the abund variable.
Made it so you don't need a space after the comma when entering parameters.
Added error checking for invalid labels.
Added a new convert method that tests if a given string can be converted into an int.

Added get.line command.
Added get.label command.
Added get.group command.
Added parameter and parameter value error checking.
Modified ace to allow changing the abund variable.
Made it so you don't need a space after the comma when entering parameters.
Added error checking for invalid labels.
Added a new convert method that tests if a given string can be converted into an int.

parsimony command now uses groups, fixed bug with unweighted groups

parsimony command now uses groups, fixed bug with unweighted groups

changed unweighted and weighted score cumulatives to be that score or higher instead of lower.

fixed bug in read.tree

fixed bug in fastmap readFastaFile so that if there is a blank line inbetween the sequences it still runs.

minor bugs fixes and added line and label options to read.otu's parselist and shared commands.

minor error checking fixes

added read.shared, broke up globaldata a bit

fixed bug with displaying info for collect.shared() and summary.shared().

added errorchecking and help info on new unifrac and treeclimber code

adding treeclimber and unifrac pieces

When Pat tried to compile mothur in Ubuntu linux, there were a number of minor problems that needed to be fixed in the code

changed all files to be relative to project instead of relative to enclosing group

rarefaction.shared() fixed bug

fixed line and label bug.

updated help

rarefaction default bug

fixed parameter issues

collect.single bug in readphil.

I've changed the listfile, sabundfile, etc. option handles to not need the "file" part - pat

fixed summary.shared bug and set jumble default to 1.

fixed bug in sharedcommand and parselistcommand and changed file extension of sorensonabund.

finishing the container classes, combining read.otu and read.list commands.  some cosmetic fixes.

deconvolute command

changed read.shared to read.list and incorporated the shared and parselist commands into it.

Updated the project setting parameters

Initial revision

Initial revision