Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

added sort.seqs command.  puts sequences from a fasta, name, group, quality or taxonomy file in the same order. may provide a accnos file it you wish to specify order used. large parameter can be set to true if the fasta or qfile is too large to fit in memory.

upped the optimization code for debugging from -O0 to -O3 and fixed the sigma problem in shhh.seqs

testing public / private push error

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

testing public repo change

Merge remote-tracking branch 'origin/master'

test of commit push pull

test on main machine

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

Removing .DS_Store

trying to push, still figuring out the new Xcode

Merge remote-tracking branch 'mothur/master'

added significance scores to core.axes. added design file to get.groups and remove.groups

pat testing git hub commit

test on laptop setup

test ignore

test

test

test

added test comment

added sequence name to error string in fastq.info. Changed np_shannon to npshannon.

added otu.association command. added calcSpearman, calcKendall and calcPearson functions to linear algebra classes to allow for passing single dimension vectors.

fixed bug with shhh.flow from file path name in write functions, added "smart" feature with namefile, added fasta and qfile parameters to fastq.info, added checking for reverse sequences in classifier.

1.23.0

1.23.0

1.23.0

changed rarefaction.single output

*** empty log message ***

added qvalues to metastats. fixed bug with chimera.uchime location. fixed windows bug with tellg() in trim.seqs.

metastats in progress

metastats in progress

fixed label option in sens.spec and added smart distancing.

Added summary.qual command.  Added fontsize parameter to heatmap.sim and venn commands

added fontsize to heatmap.sim, paralellized chimera.slayer byGroup for all os's, fixed mpi code in screen.seqs optimize function, fixed bellerophon mpi version, fixed set.dir command for mpi version.

finished shhh.seqs command, fixed bug with remove.groups and get.groups that caused file mismatch if column 1 of the names file was not chosen, added warning to sequence class about protein sequences.

fixed bug with trim.flows that was adding flow files names to the .flow.files file more than once. working on shhh.seqs command, finished chimera.perseus command.  Fixed bug with chimera.uchime relating to uchime executable location. added column headings to chimera.uchime output.

working on chimera.perseus. made removeConfidences function smarter. Fixed bug in mothurmetastats.cpp that stemmed from the original source. Indexes were off, became noticeable because we sort group names.

paralellized chimera.uchime for windows for both by group and with a template.

added processors to pre.cluster for mac and windows. Fixed bug in reNameFile function in mothurOut that prevented Windows from renaming the file. If user runs cluster with a phylip formatted distance file and no cutoff, use cluster.classic to save memory and time.

1.22.0

1.22.0

1.22.0

camberra fix

testing 1.22.0

fixed minor issue with sub.sample command.

check in for trip

added summary.tax command and fixed bug with root level totals in tax.summary file

finished added bygroup processing of chimeras in chimera.slayer and chimera.uchime. Added mean to summary.seqs

modified split.groups to use sequenceParser

adds group parameter to chimera.uchime so you can check for chimeras with template=self on a bygroup basis.

working on windows paralellization, added trimOligos class to be used by trim.flows and trim.seqs commands.  Added sequenceParser class to divide fasta and names files by group.  Added group and bygroup options to pre.cluster to allow you to pre.cluster within each group.

added multiple processors option for Windows users to align.seqs, dist.seqs, summary.seqs. forced mothurOut, groupmap and treemap groups to be private so we can force the order to be sorted

added count.groups command and paralellized align.seqs for windows

added count.groups command and paralellized align.seqs for windows

added paralellization for windows to dist.seqs and summary.seqs

removed UWSig and WSig from output if user does not set random=T

1.21.0

1.21.0

added blastlocation to chimera.slayer and fixed issue with clearcut getting current file

added shared file type to get.groups and remove.groups

changed normalize.shared and sub.sample commands to fix bug in normalize.shared and make otu labels persist.

rewrote metastats command in c++, added mothurRemove function to handle ~ error. fixed bug with classify.otu summary file. added check for isnum in quality scores read.

added save parameter to align.seqs, chimera commands, classify.seqs, and seq.error commands. added clear.memory command.  added error message to chimera.slayer and chimera.uchime to avoid user entering both a namefile and reference file.

minor mods to seq.error

paralellized the indicator command

small bug with trimming of quality scores over a window. lost last base if sequence was good over entire length.

indicator command

changed citation for uchime

indicator command

added cutoff change to mgcluster

added cutoff change to hcluster

descriptions

added command descriptions

1.20.0

small change to shhh.seqs

working on current change

working on current change

removed some testing changes i made to classify.seqs

trim.flows mod

some of pat's small modifications

fixed bug with blastdb.cpp

fixed bug with blastdb.cpp

added headers to shared and relabund files

added count.seqs command and made some modifcations to the uchime code to allow it to build properly in cygwin

added count.seqs command and made some modifcations to the uchime code to allow it to build properly in cygwin

working on removing pointers from chimera.slayer to eliminate pesky memory leaks

changes to beta diversity calculators

finished consensus.seqs cutoff change

added deunique.tree command

captured stdout from system command, fixed bug in trim.seqs added error checks for blast exes to blastdb.cpp

v 19.3

paralellized seq.error and dist.shared added some error checks to libshuff and dist.seqs

paralellized seq.error and dist.shared added some error checks to libshuff and dist.seqs

added path search for lookup file in shhh.seqs

add lookup files for shhh.seqs

changed blastdb.cpp to no include sequence names in blast input filenames. modified phylo.diversity to allow for no group file.

finished adding the names option to trim.seqs

mods to shhh.seqs and trim.flows to fix eye candy output

added name option to trim.seqs