weightedlinkage.cpp

   1 #ifndef WEIGHTEDLINKAGE_H
   2 #define WEIGHTEDLINKAGE_H
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   4
   5 #include "mothur.h"
   6 #include "cluster.hpp"
   7 #include "rabundvector.hpp"
   8 #include "sparsematrix.hpp"
   9
  10 /* This class implements the WPGMA, weighted average neighbor clustering algorithm */
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  12 /***********************************************************************/
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  14 WeightedLinkage::WeightedLinkage(RAbundVector* rav, ListVector* lv, SparseMatrix* dm, float c, string s) :
  15         Cluster(rav, lv, dm, c, s)
  16 {
  17         saveRow = -1;
  18         saveCol = -1;
  19 }
  20
  21
  22 /***********************************************************************/
  23 //This function returns the tag of the method.
  24 string WeightedLinkage::getTag() {
  25         return("wn");
  26 }
  27
  28
  29 /***********************************************************************/
  30 //This function updates the distance based on the average linkage method.
  31 bool WeightedLinkage::updateDistance(MatData& colCell, MatData& rowCell) {
  32         try {
  33                 if ((saveRow != smallRow) || (saveCol != smallCol)) {
  34 //                      rowBin = rabund->get(smallRow);
  35 //                      colBin = rabund->get(smallCol);
  36 //                      totalBin = rowBin + colBin;
  37                         saveRow = smallRow;
  38                         saveCol = smallCol;
  39                 }
  40
  41                 colCell->dist = (colCell->dist + rowCell->dist) / 2.0;
  42
  43                 return(true);
  44         }
  45         catch(exception& e) {
  46                 m->errorOut(e, "WeightedLinkage", "updateDistance");
  47                 exit(1);
  48         }
  49 }
  50
  51 /***********************************************************************/
  52
  53
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 #endif