sparsematrix.hpp

   1 #ifndef SPARSEMATRIX_H
   2 #define SPARSEMATRIX_H
   3
   4 #include "mothur.h"
   5 #include "mothurout.h"
   6
   7
   8 class ListVector;
   9
  10 /***********************************************************************/
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  13  struct PCell{
  14         ull row;
  15         ull column;
  16         float dist;
  17         PCell** vectorMap;
  18         PCell() : row(0), column(0), dist(0), vectorMap(NULL) {};
  19         PCell(ull r, ull c, float d) : row(r), column(c), dist(d), vectorMap(NULL) {};
  20 };
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 typedef list<PCell>::iterator MatData;
  25
  26 class SparseMatrix {
  27
  28 public:
  29         SparseMatrix();
  30         int getNNodes();
  31         void print();                                   //Print the contents of the matrix
  32         void print(ListVector*);                //Print the contents of the matrix
  33         PCell* getSmallestCell();               //Return the cell with the smallest distance
  34         float getSmallDist();
  35
  36         MatData rmCell(MatData);
  37         void addCell(PCell);
  38         void clear();
  39         MatData begin();
  40         MatData end();
  41
  42 private:
  43         PCell* smallCell;                               //The cell with the smallest distance
  44         int numNodes;
  45
  46         list<PCell> matrix;
  47
  48         vector<PCell*> mins;
  49         float smallDist;
  50         int minsIndex;
  51         MothurOut* m;
  52 };
  53
  54 /***********************************************************************/
  55
  56 #endif