sharedsobs.cpp

   1 /*
   2  *  sharedsobs.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 1/7/09.
   6  *  Copyright 2009 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 #include "sharedsobs.h"
  11
  12 /***********************************************************************/
  13 //This returns the number of unique species observed in several groups.
  14 //The shared vector is each groups sharedrabundvector.
  15
  16 EstOutput SharedSobs::getValues(SharedRAbundVector* shared1, SharedRAbundVector* shared2){
  17         try {
  18                 data.resize(1,0);
  19                 int observed = 0;;
  20
  21                 //loop through the species in each group
  22                 for (int k = 0; k < shared1->size(); k++) {
  23                         //if you have found a new species
  24                         if (shared1->getAbundance(k) != 0) { observed++; }
  25                         else if ((shared1->getAbundance(k) == 0) && (shared2->getAbundance(k) != 0)) { observed++; }
  26                 }
  27
  28                 data[0] = observed;
  29                 return data;
  30         }
  31         catch(exception& e) {
  32                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedSobs class Function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  33                 exit(1);
  34         }
  35         catch(...) {
  36                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedSobs class function getValues. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  37                 exit(1);
  38         }
  39 }
  40
  41 /***********************************************************************/