sharedrabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedvector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10
  11 using namespace std;
  12
  13 #include "sharedrabundvector.h"
  14 #include "datavector.hpp"
  15 #include "utilities.hpp"
  16 #include <exception>
  17 #include "sharedrabundvector.h"
  18 #include "sabundvector.hpp"
  19 #include "ordervector.hpp"
  20
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  25
  26 /***********************************************************************/
  27
  28 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(int n) : DataVector(), maxRank(0), numBins(n), numSeqs(0) {
  29                 individual newGuy;
  30                 //initialize data
  31                 for (int i=0; i< n; i++) {
  32                         newGuy.bin = i;
  33                         newGuy.abundance = 0;
  34                         data.push_back(newGuy);
  35                 }
  36 };
  37
  38 /***********************************************************************
  39
  40 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(string id, vector<individual> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  41         try {
  42                 numBins = 0;
  43                 maxRank = 0;
  44                 numSeqs = 0;
  45
  46                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  47                         if(data[i].abundance != 0)              {       numBins = i+1;          }
  48                         if(data[i].abundance > maxRank) {       maxRank = data[i].abundance;    }
  49                         numSeqs += data[i].abundance;
  50                 }
  51         }
  52         catch(exception& e) {
  53                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  54                 exit(1);
  55         }
  56         catch(...) {
  57                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  58                 exit(1);
  59         }
  60 }
  61
  62
  63 /***********************************************************************
  64
  65
  66 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  67         try {
  68                 int i, hold;
  69                 individual newGuy;
  70
  71                 f >> label >> hold;
  72
  73                 //initialize data
  74                 for (i=0; i<hold; i++) {
  75                         newGuy = new individual;
  76                         newGuy.abundance = 0;
  77                         newGuy.bin = i;
  78                         data.push_back(newGuy);
  79                 }
  80                 int inputData;
  81
  82                 for(int i=0;i<hold;i++){
  83                         f >> inputData;
  84                         set(i, inputData);
  85                 }
  86         }
  87         catch(exception& e) {
  88                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  89                 exit(1);
  90         }
  91         catch(...) {
  92                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  93                 exit(1);
  94         }
  95 }
  96
  97 /***********************************************************************/
  98
  99 SharedRAbundVector::~SharedRAbundVector() {
 100
 101 }
 102
 103 /***********************************************************************/
 104
 105 void SharedRAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize, string groupname){
 106         try {
 107                 int oldBinSize = data[binNumber].abundance;
 108                 data[binNumber].abundance = newBinSize;
 109                 data[binNumber].group = groupname;
 110
 111                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
 112
 113                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 114         }
 115         catch(exception& e) {
 116                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 117                 exit(1);
 118         }
 119         catch(...) {
 120                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 121                 exit(1);
 122         }
 123 }
 124
 125 /***********************************************************************/
 126
 127 int SharedRAbundVector::getAbundance(int index){
 128         return data[index].abundance;
 129
 130 }
 131
 132 /***********************************************************************/
 133
 134 individual SharedRAbundVector::get(int index){
 135         return data[index];
 136
 137 }
 138
 139 /***********************************************************************/
 140
 141 void SharedRAbundVector::push_back(int binSize, int otu, string groupName){
 142         try {
 143                 individual newGuy;
 144                 newGuy.abundance = binSize;
 145                 newGuy.group = groupName;
 146                 newGuy.bin = otu;
 147
 148                 data.push_back(newGuy);
 149                 numBins++;
 150
 151                 if(binSize > maxRank){
 152                         maxRank = binSize;
 153                 }
 154
 155                 numSeqs += binSize;
 156         }
 157         catch(exception& e) {
 158                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 159                 exit(1);
 160         }
 161         catch(...) {
 162                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 163                 exit(1);
 164         }
 165 }
 166
 167 /***********************************************************************/
 168
 169 void SharedRAbundVector::pop_back(){
 170
 171         return data.pop_back();
 172 }
 173
 174 /***********************************************************************/
 175
 176
 177 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rbegin(){
 178         return data.rbegin();
 179 }
 180
 181 /***********************************************************************/
 182
 183 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rend(){
 184         return data.rend();
 185 }
 186
 187 /***********************************************************************/
 188 void SharedRAbundVector::resize(int size){
 189
 190         data.resize(size);
 191 }
 192
 193 /***********************************************************************/
 194
 195 int SharedRAbundVector::size(){
 196         return data.size();
 197 }
 198
 199 /***********************************************************************/
 200 void SharedRAbundVector::print(ostream& output){
 201         try {
 202                 output << numBins << '\t';
 203
 204                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << data[i].abundance << '\t';            }
 205                 output << endl;
 206         }
 207         catch(exception& e) {
 208                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 209                 exit(1);
 210         }
 211         catch(...) {
 212                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 213                 exit(1);
 214         }
 215 }
 216 /***********************************************************************/
 217 string SharedRAbundVector::getGroup(){
 218         return group;
 219 }
 220
 221 /***********************************************************************/
 222
 223 void SharedRAbundVector::setGroup(string groupName){
 224         group = groupName;
 225 }
 226 /***********************************************************************/
 227 int SharedRAbundVector::getGroupIndex()  { return index; }
 228 /***********************************************************************/
 229 void SharedRAbundVector::setGroupIndex(int vIndex)      { index = vIndex; }
 230 /***********************************************************************/
 231 int SharedRAbundVector::getNumBins(){
 232         return numBins;
 233 }
 234
 235 /***********************************************************************/
 236
 237 int SharedRAbundVector::getNumSeqs(){
 238         return numSeqs;
 239 }
 240
 241 /***********************************************************************/
 242
 243 int SharedRAbundVector::getMaxRank(){
 244         return maxRank;
 245 }
 246
 247 /***********************************************************************/
 248
 249 SharedRAbundVector SharedRAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 250         return *this;
 251 }
 252 /***********************************************************************/
 253
 254 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector() {
 255         try {
 256                 RAbundVector rav(data.size());
 257
 258                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
 259                         rav.set(i, data[i].abundance);
 260                 }
 261
 262                 return rav;
 263         }
 264         catch(exception& e) {
 265                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 266                 exit(1);
 267         }
 268         catch(...) {
 269                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 270                 exit(1);
 271         }
 272 }
 273
 274 /***********************************************************************/
 275
 276 SharedSAbundVector SharedRAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 277         try {
 278                 SharedSAbundVector sav(maxRank+1);
 279
 280                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 281                         int abund = data[i].abundance;
 282                         sav.set(abund, sav.getAbundance(abund) + 1, group);
 283                 }
 284
 285                 sav.set(0, 0, group);
 286                 sav.setLabel(label);
 287                 sav.setGroup(group);
 288
 289                 return sav;
 290         }
 291         catch(exception& e) {
 292                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 293                 exit(1);
 294         }
 295         catch(...) {
 296                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 297                 exit(1);
 298         }
 299 }
 300 /***********************************************************************/
 301
 302 SAbundVector SharedRAbundVector::getSAbundVector() {
 303         try {
 304                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 305
 306                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 307                         int abund = data[i].abundance;
 308                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 309                 }
 310                 sav.set(0, 0);
 311                 sav.setLabel(label);
 312                 return sav;
 313         }
 314         catch(exception& e) {
 315                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 316                 exit(1);
 317         }
 318         catch(...) {
 319                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 320                 exit(1);
 321         }
 322 }
 323
 324 /***********************************************************************/
 325
 326 SharedOrderVector SharedRAbundVector::getSharedOrderVector() {
 327         try {
 328                 SharedOrderVector ov;
 329
 330                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 331                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 332                                 ov.push_back(data[i].bin, data[i].abundance, data[i].group);
 333                         }
 334                 }
 335                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 336
 337                 ov.setLabel(label);
 338                 return ov;
 339         }
 340         catch(exception& e) {
 341                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 342                 exit(1);
 343         }
 344         catch(...) {
 345                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 346                 exit(1);
 347         }
 348 }
 349 /***********************************************************************/
 350
 351 OrderVector SharedRAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 352         try {
 353                 OrderVector ov;
 354
 355                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 356                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 357                                 ov.push_back(i);
 358                         }
 359                 }
 360                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 361
 362                 ov.setLabel(label);
 363                 return ov;
 364         }
 365         catch(exception& e) {
 366                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 367                 exit(1);
 368         }
 369         catch(...) {
 370                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 371                 exit(1);
 372         }
 373 }
 374
 375 /***********************************************************************/
 376