git.donarmstrong.com Git - mothur.git/tree

-rw-r--r--	3119	Mothur.1	blob \| history \| raw
drwxr-xr-x	-	Mothur.xcodeproj	tree \| history
-rw-r--r--	4392	ace.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	695	ace.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1930	averagelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1191	bootstrap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	698	bootstrap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	44524	calculator.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	10346	calculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1768	chao1.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	667	chao1.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3739	cluster.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1423	cluster.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5439	clustercommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1525	clustercommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5242	collect.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1030	collect.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4002	collectcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1848	collectcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2240	collectdisplay.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1869	collectorscurvedata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5272	collectsharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2127	collectsharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	391	command.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3311	commandfactory.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	351	commandfactory.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1921	commandoptionparser.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	448	commandoptionparser.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1698	completelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1449	database.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	355	database.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1456	datavector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1511	deconvolutecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	856	deconvolutecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	632	display.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5506	engine.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	852	engine.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	21532	errorchecking.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1311	errorchecking.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4095	fastamap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1708	fastamap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11324	fileoutput.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2537	fileoutput.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	21023	globaldata.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2672	globaldata.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1734	groupmap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	910	groupmap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	17010	helpcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	466	helpcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5145	inputdata.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	672	inputdata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4247	jackknife.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	825	jackknife.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2824	kmer.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	608	kmer.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3330	kmerdb.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	433	kmerdb.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8269	listvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1423	listvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1063	mothur.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2839	nameassignment.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	393	nameassignment.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1110	nocommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	392	nocommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1387	npshannon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	707	npshannon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	410	observable.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6513	ordervector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1772	ordervector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5394	parselistcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1458	parselistcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1183	parsimony.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	590	parsimony.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9319	parsimonycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1839	parsimonycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2438	progress.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	216	progress.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	768	quitcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	481	quitcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8288	rabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1413	rabundvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1552	rarecalc.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	761	rarecalc.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4975	raredisplay.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1021	raredisplay.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4847	rarefact.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	845	rarefact.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4052	rarefactcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2129	rarefactcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1838	rarefactioncurvedata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3178	rarefactsharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1998	rarefactsharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2234	readdistcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1151	readdistcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11581	readmatrix.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1717	readmatrix.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2137	readotucommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2057	readotucommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11118	readtree.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1269	readtree.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2069	readtreecommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	542	readtreecommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	7036	sabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1477	sabundvector.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3366	sequence.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	785	sequence.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1718	shannon.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	698	shannon.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2435	shared.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	864	shared.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4133	sharedace.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	733	sharedace.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2398	sharedchao1.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	708	sharedchao1.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3244	sharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1107	sharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1148	sharedjabund.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	739	sharedjabund.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1468	sharedjclass.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	726	sharedjclass.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1715	sharedjest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	713	sharedjest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11376	sharedlistvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2090	sharedlistvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8789	sharedordervector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2220	sharedordervector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11147	sharedrabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1939	sharedrabundvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	8756	sharedsabundvector.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1734	sharedsabundvector.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1310	sharedsobs.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	756	sharedsobs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1428	sharedsobscollectsummary.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	660	sharedsobscollectsummary.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1140	sharedsorabund.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	752	sharedsorabund.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1478	sharedsorclass.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	740	sharedsorclass.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1718	sharedsorest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	727	sharedsorest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1986	sharedthetan.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	727	sharedthetan.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2054	sharedthetayc.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	735	sharedthetayc.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1855	simpson.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	681	simpson.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1734	singlelinkage.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	759	sobs.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6631	sparsematrix.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1144	sparsematrix.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4005	summarycommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1759	summarycommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	924	summarydata.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	773	summarydisplay.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	6755	summarysharedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2191	summarysharedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	13724	tree.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1494	tree.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	909	treecalculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3866	treemap.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1190	treemap.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2649	treenode.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1635	treenode.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9082	unifracunweightedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1945	unifracunweightedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	11278	unifracweightedcommand.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2212	unifracweightedcommand.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3466	unweighted.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	678	unweighted.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	4419	utilities.hpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	3142	uvest.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	726	uvest.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	9545	validcalculator.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	1024	validcalculator.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2671	validcommands.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	651	validcommands.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	2780	validparameter.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	673	validparameter.h	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	5221	weighted.cpp	blob \| history \| raw
-rw-r--r--	727	weighted.h	blob \| history \| raw