sharedrabundvector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedvector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/5/08.
   6  *  Copyright 2008 Schloss Lab UMASS Amherst. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10
  11 using namespace std;
  12
  13 #include "sharedrabundvector.h"
  14 #include "datavector.hpp"
  15 #include "utilities.hpp"
  16 #include <exception>
  17 #include "sharedrabundvector.h"
  18 #include "sabundvector.hpp"
  19 #include "ordervector.hpp"
  20
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  25
  26 /***********************************************************************/
  27
  28 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(int n) : DataVector(), maxRank(0), numBins(n), numSeqs(0) {
  29                 individual newGuy;
  30                 //initialize data
  31                 for (int i=0; i< n; i++) {
  32                         newGuy.bin = i;
  33                         newGuy.abundance = 0;
  34                         data.push_back(newGuy);
  35                 }
  36 };
  37
  38 /***********************************************************************
  39
  40 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(string id, vector<individual> rav) : DataVector(id), data(rav) {
  41         try {
  42                 numBins = 0;
  43                 maxRank = 0;
  44                 numSeqs = 0;
  45
  46                 for(int i=0;i<data.size();i++){
  47                         if(data[i].abundance != 0)              {       numBins = i+1;          }
  48                         if(data[i].abundance > maxRank) {       maxRank = data[i].abundance;    }
  49                         numSeqs += data[i].abundance;
  50                 }
  51         }
  52         catch(exception& e) {
  53                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  54                 exit(1);
  55         }
  56         catch(...) {
  57                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  58                 exit(1);
  59         }
  60 }
  61
  62
  63 /***********************************************************************
  64
  65
  66 SharedRAbundVector::SharedRAbundVector(ifstream& f) : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {
  67         try {
  68                 int i, num;
  69                 string holdLabel, group
  70                 individual newGuy;
  71
  72                 f >> label >> group >> num;
  73
  74                 //initialize data
  75                 for (i=0; i<hold; i++) {
  76                         newGuy = new individual;
  77                         newGuy.abundance = 0;
  78                         newGuy.bin = i;
  79                         data.push_back(newGuy);
  80                 }
  81                 int inputData;
  82
  83                 for(int i=0;i<hold;i++){
  84                         f >> inputData;
  85                         set(i, inputData);
  86                 }
  87         }
  88         catch(exception& e) {
  89                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  90                 exit(1);
  91         }
  92         catch(...) {
  93                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function SharedRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  94                 exit(1);
  95         }
  96 }
  97
  98 /***********************************************************************/
  99
 100 SharedRAbundVector::~SharedRAbundVector() {
 101
 102 }
 103
 104 /***********************************************************************/
 105
 106 void SharedRAbundVector::set(int binNumber, int newBinSize, string groupname){
 107         try {
 108                 int oldBinSize = data[binNumber].abundance;
 109                 data[binNumber].abundance = newBinSize;
 110                 data[binNumber].group = groupname;
 111
 112                 if(newBinSize > maxRank)        {       maxRank = newBinSize;   }
 113
 114                 numSeqs += (newBinSize - oldBinSize);
 115         }
 116         catch(exception& e) {
 117                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 118                 exit(1);
 119         }
 120         catch(...) {
 121                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function set. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 122                 exit(1);
 123         }
 124 }
 125
 126 /***********************************************************************/
 127
 128 int SharedRAbundVector::getAbundance(int index){
 129         return data[index].abundance;
 130
 131 }
 132
 133 /***********************************************************************/
 134
 135 individual SharedRAbundVector::get(int index){
 136         return data[index];
 137
 138 }
 139
 140 /***********************************************************************/
 141
 142 void SharedRAbundVector::push_back(int binSize, int otu, string groupName){
 143         try {
 144                 individual newGuy;
 145                 newGuy.abundance = binSize;
 146                 newGuy.group = groupName;
 147                 newGuy.bin = otu;
 148
 149                 data.push_back(newGuy);
 150                 numBins++;
 151
 152                 if(binSize > maxRank){
 153                         maxRank = binSize;
 154                 }
 155
 156                 numSeqs += binSize;
 157         }
 158         catch(exception& e) {
 159                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 160                 exit(1);
 161         }
 162         catch(...) {
 163                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function push_back. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 164                 exit(1);
 165         }
 166 }
 167
 168 /***********************************************************************/
 169
 170 void SharedRAbundVector::pop_back(){
 171
 172         return data.pop_back();
 173 }
 174
 175 /***********************************************************************/
 176
 177
 178 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rbegin(){
 179         return data.rbegin();
 180 }
 181
 182 /***********************************************************************/
 183
 184 vector<individual>::reverse_iterator SharedRAbundVector::rend(){
 185         return data.rend();
 186 }
 187
 188 /***********************************************************************/
 189 void SharedRAbundVector::resize(int size){
 190
 191         data.resize(size);
 192 }
 193
 194 /***********************************************************************/
 195
 196 int SharedRAbundVector::size(){
 197         return data.size();
 198 }
 199
 200 /***********************************************************************/
 201 void SharedRAbundVector::print(ostream& output){
 202         try {
 203                 output << numBins << '\t';
 204
 205                 for(int i=0;i<numBins;i++){             output << data[i].abundance << '\t';            }
 206                 output << endl;
 207         }
 208         catch(exception& e) {
 209                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 210                 exit(1);
 211         }
 212         catch(...) {
 213                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 214                 exit(1);
 215         }
 216 }
 217 /***********************************************************************/
 218 string SharedRAbundVector::getGroup(){
 219         return group;
 220 }
 221
 222 /***********************************************************************/
 223
 224 void SharedRAbundVector::setGroup(string groupName){
 225         group = groupName;
 226 }
 227 /***********************************************************************/
 228 int SharedRAbundVector::getGroupIndex()  { return index; }
 229 /***********************************************************************/
 230 void SharedRAbundVector::setGroupIndex(int vIndex)      { index = vIndex; }
 231 /***********************************************************************/
 232 int SharedRAbundVector::getNumBins(){
 233         return numBins;
 234 }
 235
 236 /***********************************************************************/
 237
 238 int SharedRAbundVector::getNumSeqs(){
 239         return numSeqs;
 240 }
 241
 242 /***********************************************************************/
 243
 244 int SharedRAbundVector::getMaxRank(){
 245         return maxRank;
 246 }
 247
 248 /***********************************************************************/
 249
 250 SharedRAbundVector SharedRAbundVector::getSharedRAbundVector(){
 251         return *this;
 252 }
 253 /***********************************************************************/
 254
 255 RAbundVector SharedRAbundVector::getRAbundVector() {
 256         try {
 257                 RAbundVector rav(data.size());
 258
 259                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
 260                         rav.set(i, data[i].abundance);
 261                 }
 262
 263                 return rav;
 264         }
 265         catch(exception& e) {
 266                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 267                 exit(1);
 268         }
 269         catch(...) {
 270                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 271                 exit(1);
 272         }
 273 }
 274
 275 /***********************************************************************/
 276
 277 SharedSAbundVector SharedRAbundVector::getSharedSAbundVector(){
 278         try {
 279                 SharedSAbundVector sav(maxRank+1);
 280
 281                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 282                         int abund = data[i].abundance;
 283                         sav.set(abund, sav.getAbundance(abund) + 1, group);
 284                 }
 285
 286                 sav.set(0, 0, group);
 287                 sav.setLabel(label);
 288                 sav.setGroup(group);
 289
 290                 return sav;
 291         }
 292         catch(exception& e) {
 293                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 294                 exit(1);
 295         }
 296         catch(...) {
 297                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSharedSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 298                 exit(1);
 299         }
 300 }
 301 /***********************************************************************/
 302
 303 SAbundVector SharedRAbundVector::getSAbundVector() {
 304         try {
 305                 SAbundVector sav(maxRank+1);
 306
 307                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 308                         int abund = data[i].abundance;
 309                         sav.set(abund, sav.get(abund) + 1);
 310                 }
 311                 sav.set(0, 0);
 312                 sav.setLabel(label);
 313                 return sav;
 314         }
 315         catch(exception& e) {
 316                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 317                 exit(1);
 318         }
 319         catch(...) {
 320                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getSAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 321                 exit(1);
 322         }
 323 }
 324
 325 /***********************************************************************/
 326
 327 SharedOrderVector SharedRAbundVector::getSharedOrderVector() {
 328         try {
 329                 SharedOrderVector ov;
 330
 331                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 332                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 333                                 ov.push_back(data[i].bin, data[i].abundance, data[i].group);
 334                         }
 335                 }
 336                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 337
 338                 ov.setLabel(label);
 339                 return ov;
 340         }
 341         catch(exception& e) {
 342                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 343                 exit(1);
 344         }
 345         catch(...) {
 346                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 347                 exit(1);
 348         }
 349 }
 350 /***********************************************************************/
 351
 352 OrderVector SharedRAbundVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 353         try {
 354                 OrderVector ov;
 355
 356                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 357                         for(int j=0;j<data[i].abundance;j++){
 358                                 ov.push_back(i);
 359                         }
 360                 }
 361                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 362
 363                 ov.setLabel(label);
 364                 return ov;
 365         }
 366         catch(exception& e) {
 367                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedRAbundVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 368                 exit(1);
 369         }
 370         catch(...) {
 371                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedRAbundVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 372                 exit(1);
 373         }
 374 }
 375
 376 /***********************************************************************/
 377