sharedordervector.h

   1 #ifndef SHAREDORDER_H
   2 #define SHAREDORDER_H
   3 /*
   4  *  sharedorder.h
   5  *  Dotur
   6  *
   7  *  Created by Sarah Westcott on 12/9/08.
   8  *  Copyright 2008 __MyCompanyName__. All rights reserved.
   9  *
  10  */
  11
  12 #include <Carbon/Carbon.h>
  13 #include "datavector.hpp"
  14 #include "sabundvector.hpp"
  15 #include "rabundvector.hpp"
  16
  17 struct individual {
  18                 string group;
  19                 int bin;
  20                 int abundance;
  21 };
  22
  23
  24 class SharedOrderVector : public DataVector {
  25
  26 public:
  27         SharedOrderVector();
  28 //      SharedOrderVector(int ns, int nb=0, int mr=0)   : DataVector(), data(ns, -1), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0) {};
  29         SharedOrderVector(const SharedOrderVector& ov)  : DataVector(ov.label), data(ov.data), maxRank(ov.maxRank), numBins(ov.numBins), numSeqs(ov.numSeqs), needToUpdate(ov.needToUpdate) {if(needToUpdate == 1){     updateStats();}};
  30
  31         SharedOrderVector(string, vector<individual>);
  32 //      SharedOrderVector(ifstream&);
  33         ~SharedOrderVector(){};
  34
  35         void set(int, int, int, string);
  36         individual get(int);
  37         void push_back(int, int, string);
  38         void resize(int);
  39         int size();
  40         void print(ostream&);
  41         vector<individual>::iterator begin();
  42         vector<individual>::iterator end();
  43
  44
  45         int getNumBins();
  46         int getNumSeqs();
  47         int getMaxRank();
  48
  49         RAbundVector getRAbundVector();
  50         SAbundVector getSAbundVector();
  51         OrderVector getOrderVector(map<string,int>*);
  52         SharedOrderVector getSharedOrderVector();
  53
  54 private:
  55         vector<individual>  data;
  56         map< int, vector<individual> >::iterator it;
  57         int maxRank;
  58         int numBins;
  59         int numSeqs;
  60         bool needToUpdate;
  61         void updateStats();
  62 };
  63
  64 #endif
  65