sharedordervector.cpp

   1 /*
   2  *  sharedSharedOrderVector.cpp
   3  *  Dotur
   4  *
   5  *  Created by Sarah Westcott on 12/9/08.
   6  *  Copyright 2008 __MyCompanyName__. All rights reserved.
   7  *
   8  */
   9
  10 using namespace std;
  11
  12
  13 #include "sharedordervector.h"
  14 #include "datavector.hpp"
  15 #include "utilities.hpp"
  16 #include <exception>
  17
  18 /***********************************************************************/
  19
  20 SharedOrderVector::SharedOrderVector() : DataVector(), maxRank(0), numBins(0), numSeqs(0)  {}
  21
  22 /***********************************************************************/
  23
  24 SharedOrderVector::SharedOrderVector(string id, vector<individual>  ov) :
  25                                                                                         DataVector(id), data(ov)
  26 {
  27                 updateStats();
  28 }
  29
  30 /***********************************************************************
  31
  32 SharedOrderVector::SharedOrderVector(ifstream& f) : DataVector() {
  33         try {
  34                 int hold;
  35
  36                 f >> label;
  37                 f >> hold;
  38
  39                 data.assign(hold, -1);
  40
  41                 int inputData;
  42
  43                 for(int i=0;i<hold;i++){
  44                         f >> inputData;
  45                         set(i, inputData);
  46                 }
  47
  48                 updateStats();
  49         }
  50         catch(exception& e) {
  51                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function SharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  52                 exit(1);
  53         }
  54         catch(...) {
  55                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function SharedOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
  56                 exit(1);
  57         }
  58 }
  59
  60 /***********************************************************************/
  61
  62
  63 int SharedOrderVector::getNumBins(){
  64         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  65         return numBins;
  66 }
  67
  68 /***********************************************************************/
  69
  70 int SharedOrderVector::getNumSeqs(){
  71         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  72         return numSeqs;
  73 }
  74
  75 /***********************************************************************/
  76
  77 int SharedOrderVector::getMaxRank(){
  78         if(needToUpdate == 1){  updateStats();  }
  79         return maxRank;
  80 }
  81
  82
  83 /***********************************************************************/
  84
  85
  86
  87 void SharedOrderVector::set(int index, int binNumber, int abund, string groupName){
  88
  89         data[index].group = groupName;
  90         data[index].bin = binNumber;
  91         data[index].abundance = abund;
  92         needToUpdate = 1;
  93
  94 }
  95
  96 /***********************************************************************/
  97
  98 individual SharedOrderVector::get(int index){
  99         return data[index];
 100 }
 101
 102
 103 /***********************************************************************/
 104
 105 void SharedOrderVector::push_back(int binNumber, int abund, string groupName){
 106         individual newGuy;
 107         newGuy.group = groupName;
 108         newGuy.abundance = abund;
 109         newGuy.bin = binNumber;
 110         data.push_back(newGuy);
 111         needToUpdate = 1;
 112
 113 }
 114
 115 /***********************************************************************/
 116
 117 void SharedOrderVector::print(ostream& output){
 118         try {
 119                 output << label << '\t' << numSeqs << '\t';
 120
 121                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 122                         output << data[i].bin << '\t';
 123                 }
 124                 output << endl;
 125         }
 126         catch(exception& e) {
 127                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 128                 exit(1);
 129         }
 130         catch(...) {
 131                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function print. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 132                 exit(1);
 133         }
 134 }
 135
 136
 137 /***********************************************************************/
 138
 139 void SharedOrderVector::resize(int){
 140         cout << "resize() did nothing in class SharedOrderVector";
 141 }
 142
 143 /***********************************************************************/
 144
 145
 146 vector<individual>::iterator SharedOrderVector::begin(){
 147         return data.begin();
 148 }
 149
 150 /***********************************************************************/
 151
 152 vector<individual>::iterator SharedOrderVector::end(){
 153         return data.end();
 154 }
 155
 156 /***********************************************************************/
 157
 158 int SharedOrderVector::size(){
 159         return data.size();
 160 }
 161
 162 /***********************************************************************/
 163
 164 RAbundVector SharedOrderVector::getRAbundVector(){
 165         try {
 166                 RAbundVector rav(data.size());
 167
 168                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 169                         rav.set(data[i].bin, rav.get(data[i].bin) + 1);
 170                 }
 171                 sort(rav.rbegin(), rav.rend());
 172                 for(int i=numSeqs-1;i>=0;i--){
 173                         if(rav.get(i) == 0){    rav.pop_back(); }
 174                         else{
 175                                 break;
 176                         }
 177                 }
 178                 rav.setLabel(label);
 179
 180                 return rav;
 181         }
 182         catch(exception& e) {
 183                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 184                 exit(1);
 185         }
 186         catch(...) {
 187                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function getRAbundVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 188                 exit(1);
 189         }
 190 }
 191 /***********************************************************************/
 192
 193 OrderVector SharedOrderVector::getOrderVector(map<string,int>* nameMap = NULL) {
 194         try {
 195                 OrderVector ov;
 196
 197                 for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
 198                         ov.push_back(data[i].bin);
 199                 }
 200
 201                 random_shuffle(ov.begin(), ov.end());
 202
 203                 ov.setLabel(label);
 204                 return ov;
 205         }
 206         catch(exception& e) {
 207                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 208                 exit(1);
 209         }
 210         catch(...) {
 211                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function getOrderVector. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 212                 exit(1);
 213         }
 214 }
 215
 216
 217 /***********************************************************************/
 218
 219 SAbundVector SharedOrderVector::getSAbundVector(){
 220
 221         RAbundVector rav(this->getRAbundVector());
 222         return rav.getSAbundVector();
 223
 224 }
 225
 226 /***********************************************************************/
 227
 228 SharedOrderVector SharedOrderVector::getSharedOrderVector(){
 229         return *this;
 230 }
 231
 232 /***********************************************************************/
 233
 234 void SharedOrderVector::updateStats(){
 235         try {
 236                 needToUpdate = 0;
 237                 numSeqs = 0;
 238                 numBins = 0;
 239                 maxRank = 0;
 240
 241                 for(int i=0;i<data.size();i++){
 242                         if(data[i].bin != -1){
 243                                 numSeqs++;
 244                         }
 245                 }
 246
 247                 vector<individual> hold(numSeqs);
 248
 249                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 250                         if(data[i].bin != -1){
 251                                 hold[data[i].bin].bin = hold[data[i].bin].bin+1;
 252                         }
 253                 }
 254
 255                 for(int i=0;i<numSeqs;i++){
 256                         if(data[i].bin > numBins) { numBins = data[i].bin;      }
 257                         if(data[i].abundance > maxRank) {       maxRank = data[i].abundance;    }
 258                 }
 259                 numBins++; //if you have 10 bins largest .bin is 9 since we start at 0.
 260         }
 261         catch(exception& e) {
 262                 cout << "Standard Error: " << e.what() << " has occurred in the SharedOrderVector class Function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 263                 exit(1);
 264         }
 265         catch(...) {
 266                 cout << "An unknown error has occurred in the SharedOrderVector class function updateStats. Please contact Pat Schloss at pschloss@microbio.umass.edu." << "\n";
 267                 exit(1);
 268         }
 269 }
 270
 271 /***********************************************************************/
 272
 273